JAL-2416 order score models by order of addition rather than name
[jalview.git] / src / jalview / schemes / HelixColourScheme.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
4  * 
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11  *  
12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
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14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
20  */
21 package jalview.schemes;
22
23 import jalview.datamodel.AnnotatedCollectionI;
24 import jalview.datamodel.SequenceCollectionI;
25 import jalview.datamodel.SequenceI;
26
27 import java.awt.Color;
28 import java.util.Map;
29
30 public class HelixColourScheme extends ScoreColourScheme
31 {
32   public HelixColourScheme()
33   {
34     super(ResidueProperties.aaIndex, ResidueProperties.helix,
35             ResidueProperties.helixmin, ResidueProperties.helixmax);
36   }
37
38   @Override
39   public Color makeColour(float c)
40   {
41     return new Color(c, (float) 1.0 - c, c);
42   }
43
44   @Override
45   public boolean isPeptideSpecific()
46   {
47     return true;
48   }
49
50   @Override
51   public String getSchemeName()
52   {
53     return JalviewColourScheme.Helix.toString();
54   }
55
56   /**
57    * Returns a new instance of this colour scheme with which the given data may
58    * be coloured
59    */
60   @Override
61   public ColourSchemeI getInstance(AnnotatedCollectionI coll,
62           Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hrs)
63   {
64     return new HelixColourScheme();
65   }
66 }