src/jalview/schemes/HydrophobicColourScheme.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.schemes;
  22
  23 import jalview.api.AlignViewportI;
  24 import jalview.datamodel.AnnotatedCollectionI;
  25
  26 import java.awt.Color;
  27
  28 /**
  29  * A hydrophobicity colour scheme based on
  30  *
  31  * <pre>
  32  * Kyte, J., and Doolittle, R.F., J. Mol. Biol. 1157, 105-132, 1982
  33  * </pre>
  34  */
  35 public class HydrophobicColourScheme extends ScoreColourScheme
  36 {
  37   private static final Color minScoreColour = new Color(0, 0, 255);
  38
  39   private static final Color maxScoreColour = new Color(255, 0, 0);
  40
  41   /**
  42    * Constructor
  43    */
  44   public HydrophobicColourScheme()
  45   {
  46     super(JalviewColourScheme.Hydrophobic.toString(),
  47             ResidueProperties.aaIndex, ResidueProperties.hyd,
  48             minScoreColour, maxScoreColour);
  49   }
  50
  51   @Override
  52   public boolean isPeptideSpecific()
  53   {
  54     return true;
  55   }
  56
  57   /**
  58    * Returns a new instance of this colour scheme with which the given data may
  59    * be coloured
  60    */
  61   @Override
  62   public ColourSchemeI getInstance(AlignViewportI view,
  63           AnnotatedCollectionI coll)
  64   {
  65     return new HydrophobicColourScheme();
  66   }
  67 }