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[jalview.git] / src / jalview / schemes / NucleotideColourScheme.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
10  * 
11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
15  * 
16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
17  */
18 package jalview.schemes;
19
20 import java.awt.*;
21
22 /**
23  * DOCUMENT ME!
24  * 
25  * @author $author$
26  * @version $Revision$
27  */
28 public class NucleotideColourScheme extends ResidueColourScheme
29 {
30   /**
31    * Creates a new NucleotideColourScheme object.
32    */
33   public NucleotideColourScheme()
34   {
35     super(ResidueProperties.nucleotide, 0);
36   }
37
38   /**
39    * DOCUMENT ME!
40    * 
41    * @param n
42    *          DOCUMENT ME!
43    * 
44    * @return DOCUMENT ME!
45    */
46   public Color findColour(char c)
47   {
48     // System.out.println("called"); log.debug
49     return colors[ResidueProperties.nucleotideIndex[c]];
50   }
51
52   /**
53    * DOCUMENT ME!
54    * 
55    * @param n
56    *          DOCUMENT ME!
57    * @param j
58    *          DOCUMENT ME!
59    * 
60    * @return DOCUMENT ME!
61    */
62   public Color findColour(char c, int j)
63   {
64     Color currentColour;
65     if ((threshold == 0) || aboveThreshold(c, j))
66     {
67       try
68       {
69         currentColour = colors[ResidueProperties.nucleotideIndex[c]];
70       } catch (Exception ex)
71       {
72         return Color.white;
73       }
74     }
75     else
76     {
77       return Color.white;
78     }
79
80     if (conservationColouring)
81     {
82       currentColour = applyConservation(currentColour, j);
83     }
84
85     return currentColour;
86   }
87 }