src/jalview/schemes/NucleotideColourScheme.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)
   3  * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.schemes;
  20
  21 import java.awt.*;
  22
  23 /**
  24  * DOCUMENT ME!
  25  *
  26  * @author $author$
  27  * @version $Revision$
  28  */
  29 public class NucleotideColourScheme extends ResidueColourScheme
  30 {
  31   /**
  32    * Creates a new NucleotideColourScheme object.
  33    */
  34   public NucleotideColourScheme()
  35   {
  36     super(ResidueProperties.nucleotide, 0);
  37   }
  38
  39   /**
  40    * DOCUMENT ME!
  41    *
  42    * @param n
  43    *                DOCUMENT ME!
  44    *
  45    * @return DOCUMENT ME!
  46    */
  47   public Color findColour(char c)
  48   {
  49     // System.out.println("called"); log.debug
  50     return colors[ResidueProperties.nucleotideIndex[c]];
  51   }
  52
  53   /**
  54    * DOCUMENT ME!
  55    *
  56    * @param n
  57    *                DOCUMENT ME!
  58    * @param j
  59    *                DOCUMENT ME!
  60    *
  61    * @return DOCUMENT ME!
  62    */
  63   public Color findColour(char c, int j)
  64   {
  65     Color currentColour;
  66     if ((threshold == 0) || aboveThreshold(c, j))
  67     {
  68       try
  69       {
  70         currentColour = colors[ResidueProperties.nucleotideIndex[c]];
  71       } catch (Exception ex)
  72       {
  73         return Color.white;
  74       }
  75     }
  76     else
  77     {
  78       return Color.white;
  79     }
  80
  81     if (conservationColouring)
  82     {
  83       currentColour = applyConservation(currentColour, j);
  84     }
  85
  86     return currentColour;
  87   }
  88 }