Format changes
[jalview.git] / src / jalview / schemes / NucleotideColourScheme.java
1 /*\r
2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
3 * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
4 *\r
5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
9 *\r
10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
13 * GNU General Public License for more details.\r
14 *\r
15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
18 */\r
19 package jalview.schemes;\r
20 \r
21 import java.awt.*;\r
22 \r
23 \r
24 /**\r
25  * DOCUMENT ME!\r
26  *\r
27  * @author $author$\r
28  * @version $Revision$\r
29  */\r
30 public class NucleotideColourScheme extends ResidueColourScheme\r
31 {\r
32     /**\r
33      * Creates a new NucleotideColourScheme object.\r
34      */\r
35     public NucleotideColourScheme()\r
36     {\r
37         super(ResidueProperties.nucleotide, 0);\r
38     }\r
39 \r
40     /**\r
41      * DOCUMENT ME!\r
42      *\r
43      * @param n DOCUMENT ME!\r
44      *\r
45      * @return DOCUMENT ME!\r
46      */\r
47     public Color findColour(String n)\r
48     {\r
49         // System.out.println("called"); log.debug\r
50         return colors[ResidueProperties.nucleotideIndex[n.charAt(0)]];\r
51     }\r
52 \r
53     /**\r
54      * DOCUMENT ME!\r
55      *\r
56      * @param n DOCUMENT ME!\r
57      * @param j DOCUMENT ME!\r
58      *\r
59      * @return DOCUMENT ME!\r
60      */\r
61     public Color findColour(String n, int j)\r
62     {\r
63         Color currentColour;\r
64         if ((threshold == 0) || aboveThreshold(n, j))\r
65         {\r
66             try\r
67             {\r
68                 currentColour = colors[ ResidueProperties.nucleotideIndex[n.charAt(0)]];\r
69             }\r
70             catch (Exception ex)\r
71             {\r
72                 return Color.white;\r
73             }\r
74         }\r
75         else\r
76         {\r
77             return Color.white;\r
78         }\r
79 \r
80         if(conservationColouring)\r
81          currentColour = applyConservation(currentColour, j);\r
82 \r
83        return currentColour;\r
84     }\r
85 }\r