src/jalview/schemes/NucleotideColourScheme.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package jalview.schemes;\r
  20 \r
  21 import java.awt.*;\r
  22 \r
  23 \r
  24 /**\r
  25  * DOCUMENT ME!\r
  26  *\r
  27  * @author $author$\r
  28  * @version $Revision$\r
  29  */\r
  30 public class NucleotideColourScheme extends ResidueColourScheme\r
  31 {\r
  32     /**\r
  33      * Creates a new NucleotideColourScheme object.\r
  34      */\r
  35     public NucleotideColourScheme()\r
  36     {\r
  37         super(ResidueProperties.nucleotide, 0);\r
  38     }\r
  39 \r
  40     /**\r
  41      * DOCUMENT ME!\r
  42      *\r
  43      * @param n DOCUMENT ME!\r
  44      *\r
  45      * @return DOCUMENT ME!\r
  46      */\r
  47     public Color findColour(String n)\r
  48     {\r
  49         // System.out.println("called"); log.debug\r
  50         return colors[ResidueProperties.nucleotideIndex[n.charAt(0)]];\r
  51     }\r
  52 \r
  53     /**\r
  54      * DOCUMENT ME!\r
  55      *\r
  56      * @param n DOCUMENT ME!\r
  57      * @param j DOCUMENT ME!\r
  58      *\r
  59      * @return DOCUMENT ME!\r
  60      */\r
  61     public Color findColour(String n, int j)\r
  62     {\r
  63         Color currentColour;\r
  64         if ((threshold == 0) || aboveThreshold(n, j))\r
  65         {\r
  66             try\r
  67             {\r
  68                 currentColour = colors[ ResidueProperties.nucleotideIndex[n.charAt(0)]];\r
  69             }\r
  70             catch (Exception ex)\r
  71             {\r
  72                 return Color.white;\r
  73             }\r
  74         }\r
  75         else\r
  76         {\r
  77             return Color.white;\r
  78         }\r
  79 \r
  80         if(conservationColouring)\r
  81          currentColour = applyConservation(currentColour, j);\r
  82 \r
  83        return currentColour;\r
  84     }\r
  85 }\r