apparent bug in JpredFile parser where annotation was not being removed from alignmen...
[jalview.git] / src / jalview / schemes / NucleotideColourScheme.java
1 /*\r
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
4  *\r
5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
9  *\r
10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
13  * GNU General Public License for more details.\r
14  *\r
15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
18  */\r
19 package jalview.schemes;\r
20 \r
21 import java.awt.*;\r
22 \r
23 /**\r
24  * DOCUMENT ME!\r
25  *\r
26  * @author $author$\r
27  * @version $Revision$\r
28  */\r
29 public class NucleotideColourScheme\r
30     extends ResidueColourScheme\r
31 {\r
32   /**\r
33    * Creates a new NucleotideColourScheme object.\r
34    */\r
35   public NucleotideColourScheme()\r
36   {\r
37     super(ResidueProperties.nucleotide, 0);\r
38   }\r
39 \r
40   /**\r
41    * DOCUMENT ME!\r
42    *\r
43    * @param n DOCUMENT ME!\r
44    *\r
45    * @return DOCUMENT ME!\r
46    */\r
47   public Color findColour(char c)\r
48   {\r
49     // System.out.println("called"); log.debug\r
50     return colors[ResidueProperties.nucleotideIndex[c]];\r
51   }\r
52 \r
53   /**\r
54    * DOCUMENT ME!\r
55    *\r
56    * @param n DOCUMENT ME!\r
57    * @param j DOCUMENT ME!\r
58    *\r
59    * @return DOCUMENT ME!\r
60    */\r
61   public Color findColour(char c, int j)\r
62   {\r
63     Color currentColour;\r
64     if ( (threshold == 0) || aboveThreshold(c, j))\r
65     {\r
66       try\r
67       {\r
68         currentColour = colors[ResidueProperties.nucleotideIndex[c]];\r
69       }\r
70       catch (Exception ex)\r
71       {\r
72         return Color.white;\r
73       }\r
74     }\r
75     else\r
76     {\r
77       return Color.white;\r
78     }\r
79 \r
80     if (conservationColouring)\r
81     {\r
82       currentColour = applyConservation(currentColour, j);\r
83     }\r
84 \r
85     return currentColour;\r
86   }\r
87 }\r