src/jalview/schemes/NucleotideColourScheme.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.schemes;\r
  20 \r
  21 import java.awt.*;\r
  22 \r
  23 /**\r
  24  * DOCUMENT ME!\r
  25  *\r
  26  * @author $author$\r
  27  * @version $Revision$\r
  28  */\r
  29 public class NucleotideColourScheme\r
  30     extends ResidueColourScheme\r
  31 {\r
  32   /**\r
  33    * Creates a new NucleotideColourScheme object.\r
  34    */\r
  35   public NucleotideColourScheme()\r
  36   {\r
  37     super(ResidueProperties.nucleotide, 0);\r
  38   }\r
  39 \r
  40   /**\r
  41    * DOCUMENT ME!\r
  42    *\r
  43    * @param n DOCUMENT ME!\r
  44    *\r
  45    * @return DOCUMENT ME!\r
  46    */\r
  47   public Color findColour(char c)\r
  48   {\r
  49     // System.out.println("called"); log.debug\r
  50     return colors[ResidueProperties.nucleotideIndex[c]];\r
  51   }\r
  52 \r
  53   /**\r
  54    * DOCUMENT ME!\r
  55    *\r
  56    * @param n DOCUMENT ME!\r
  57    * @param j DOCUMENT ME!\r
  58    *\r
  59    * @return DOCUMENT ME!\r
  60    */\r
  61   public Color findColour(char c, int j)\r
  62   {\r
  63     Color currentColour;\r
  64     if ( (threshold == 0) || aboveThreshold(c, j))\r
  65     {\r
  66       try\r
  67       {\r
  68         currentColour = colors[ResidueProperties.nucleotideIndex[c]];\r
  69       }\r
  70       catch (Exception ex)\r
  71       {\r
  72         return Color.white;\r
  73       }\r
  74     }\r
  75     else\r
  76     {\r
  77       return Color.white;\r
  78     }\r
  79 \r
  80     if (conservationColouring)\r
  81     {\r
  82       currentColour = applyConservation(currentColour, j);\r
  83     }\r
  84 \r
  85     return currentColour;\r
  86   }\r
  87 }\r