src/jalview/schemes/NucleotideColourScheme.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
   3  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
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  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.schemes;
  19
  20 import java.awt.*;
  21
  22 /**
  23  * DOCUMENT ME!
  24  *
  25  * @author $author$
  26  * @version $Revision$
  27  */
  28 public class NucleotideColourScheme extends ResidueColourScheme
  29 {
  30   /**
  31    * Creates a new NucleotideColourScheme object.
  32    */
  33   public NucleotideColourScheme()
  34   {
  35     super(ResidueProperties.nucleotide, 0);
  36   }
  37
  38   /**
  39    * DOCUMENT ME!
  40    *
  41    * @param n
  42    *          DOCUMENT ME!
  43    *
  44    * @return DOCUMENT ME!
  45    */
  46   public Color findColour(char c)
  47   {
  48     // System.out.println("called"); log.debug
  49     return colors[ResidueProperties.nucleotideIndex[c]];
  50   }
  51
  52   /**
  53    * DOCUMENT ME!
  54    *
  55    * @param n
  56    *          DOCUMENT ME!
  57    * @param j
  58    *          DOCUMENT ME!
  59    *
  60    * @return DOCUMENT ME!
  61    */
  62   public Color findColour(char c, int j)
  63   {
  64     Color currentColour;
  65     if ((threshold == 0) || aboveThreshold(c, j))
  66     {
  67       try
  68       {
  69         currentColour = colors[ResidueProperties.nucleotideIndex[c]];
  70       } catch (Exception ex)
  71       {
  72         return Color.white;
  73       }
  74     }
  75     else
  76     {
  77       return Color.white;
  78     }
  79
  80     if (conservationColouring)
  81     {
  82       currentColour = applyConservation(currentColour, j);
  83     }
  84
  85     return currentColour;
  86   }
  87 }