src/jalview/schemes/NucleotideColourScheme.java

   1 /*
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3 * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4 *
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 * of the License, or (at your option) any later version.
   9 *
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 * GNU General Public License for more details.
  14 *
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18 */
  19 package jalview.schemes;
  20
  21 import java.awt.*;
  22
  23
  24 /**
  25  * DOCUMENT ME!
  26  *
  27  * @author $author$
  28  * @version $Revision$
  29  */
  30 public class NucleotideColourScheme extends ResidueColourScheme
  31 {
  32     /**
  33      * Creates a new NucleotideColourScheme object.
  34      */
  35     public NucleotideColourScheme()
  36     {
  37         super(ResidueProperties.nucleotide, 0);
  38     }
  39
  40     /**
  41      * DOCUMENT ME!
  42      *
  43      * @param n DOCUMENT ME!
  44      *
  45      * @return DOCUMENT ME!
  46      */
  47     public Color findColour(String n)
  48     {
  49         // System.out.println("called"); log.debug
  50         return colors[((Integer) (ResidueProperties.nucleotideHash.get(n))).intValue()];
  51     }
  52
  53     /**
  54      * DOCUMENT ME!
  55      *
  56      * @param n DOCUMENT ME!
  57      * @param j DOCUMENT ME!
  58      *
  59      * @return DOCUMENT ME!
  60      */
  61     public Color findColour(String n, int j)
  62     {
  63         if ((threshold == 0) || aboveThreshold(n, j))
  64         {
  65             try
  66             {
  67                 currentColour = colors[((Integer) (ResidueProperties.nucleotideHash.get(n))).intValue()];
  68             }
  69             catch (Exception ex)
  70             {
  71                 return Color.white;
  72             }
  73         }
  74         else
  75         {
  76             return Color.white;
  77         }
  78
  79         if(conservationColouring)
  80          applyConservation(j);
  81
  82        return currentColour;
  83     }
  84 }