src/jalview/schemes/PIDColourScheme.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.schemes;
  22
  23 import jalview.datamodel.ProfileI;
  24 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  25 import jalview.datamodel.SequenceI;
  26 import jalview.util.Comparison;
  27
  28 import java.awt.Color;
  29
  30 public class PIDColourScheme extends ResidueColourScheme
  31 {
  32   public Color[] pidColours;
  33
  34   public float[] thresholds;
  35
  36   SequenceGroup group;
  37
  38   public PIDColourScheme()
  39   {
  40     this.pidColours = ResidueProperties.pidColours;
  41     this.thresholds = ResidueProperties.pidThresholds;
  42   }
  43
  44   @Override
  45   public Color findColour(char c, int j, SequenceI seq)
  46   {
  47     if ('a' <= c && c <= 'z')
  48     {
  49       c -= ('a' - 'A');
  50     }
  51
  52     if (consensus == null || consensus.get(j) == null)
  53     {
  54       return Color.white;
  55     }
  56
  57     if ((threshold != 0) && !aboveThreshold(c, j))
  58     {
  59       return Color.white;
  60     }
  61
  62     Color currentColour = Color.white;
  63
  64     double sc = 0;
  65
  66
  67     /*
  68      * test whether this is the consensus (or joint consensus) residue
  69      */
  70     ProfileI profile = consensus.get(j);
  71     boolean matchesConsensus = profile.getModalResidue().contains(
  72             String.valueOf(c));
  73     if (matchesConsensus)
  74     {
  75       sc = profile.getPercentageIdentity(ignoreGaps);
  76
  77       if (!Comparison.isGap(c))
  78       {
  79         for (int i = 0; i < thresholds.length; i++)
  80         {
  81           if (sc > thresholds[i])
  82           {
  83             currentColour = pidColours[i];
  84             break;
  85           }
  86         }
  87       }
  88     }
  89
  90     if (conservationColouring)
  91     {
  92       currentColour = applyConservation(currentColour, j);
  93     }
  94
  95     return currentColour;
  96   }
  97 }