src/jalview/schemes/PIDColourScheme.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.schemes;\r
  20 \r
  21 import java.awt.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.datamodel.*;\r
  24 \r
  25 public class PIDColourScheme\r
  26     extends ResidueColourScheme\r
  27 {\r
  28   public Color[] pidColours;\r
  29   public float[] thresholds;\r
  30   SequenceGroup group;\r
  31 \r
  32   public PIDColourScheme()\r
  33   {\r
  34     this.pidColours = ResidueProperties.pidColours;\r
  35     this.thresholds = ResidueProperties.pidThresholds;\r
  36   }\r
  37 \r
  38   public Color findColour(String s, int j)\r
  39   {\r
  40     char res = s.charAt(0);\r
  41     if ('a' <= res && res <= 'z')\r
  42     {\r
  43       s = String.valueOf(res -= ('a' - 'A'));\r
  44     }\r
  45 \r
  46 \r
  47     if ( (threshold != 0) && !aboveThreshold(s, j))\r
  48     {\r
  49       return Color.white;\r
  50     }\r
  51 \r
  52     currentColour = Color.white;\r
  53 \r
  54     double sc = 0;\r
  55 \r
  56     if(consensus.length<=j)\r
  57       return Color.white;\r
  58 \r
  59       if ( (Integer.parseInt(consensus[j].get("maxCount").toString()) != -1) &&\r
  60           consensus[j].contains(s))\r
  61       {\r
  62         sc = ( (Float) consensus[j].get(ignoreGaps)).floatValue();\r
  63 \r
  64         if (!jalview.util.Comparison.isGap(res))\r
  65         {\r
  66           for (int i = 0; i < thresholds.length; i++)\r
  67           {\r
  68             if (sc > thresholds[i])\r
  69             {\r
  70               currentColour = pidColours[i];\r
  71 \r
  72               break;\r
  73             }\r
  74           }\r
  75         }\r
  76       }\r
  77 \r
  78     if(conservationColouring)\r
  79          applyConservation(j);\r
  80 \r
  81     return currentColour;\r
  82   }\r
  83 }\r