moved to org.biojava
[jalview.git] / src / jalview / schemes / PIDColourScheme.java
1 /*\r
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
4  *\r
5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
9  *\r
10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
13  * GNU General Public License for more details.\r
14  *\r
15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
18  */\r
19 package jalview.schemes;\r
20 \r
21 import java.awt.*;\r
22 \r
23 import jalview.datamodel.*;\r
24 \r
25 public class PIDColourScheme\r
26     extends ResidueColourScheme\r
27 {\r
28   public Color[] pidColours;\r
29   public float[] thresholds;\r
30   SequenceGroup group;\r
31 \r
32   public PIDColourScheme()\r
33   {\r
34     this.pidColours = ResidueProperties.pidColours;\r
35     this.thresholds = ResidueProperties.pidThresholds;\r
36   }\r
37 \r
38   public Color findColour(String s, int j)\r
39   {\r
40     char res = s.charAt(0);\r
41     if ('a' <= res && res <= 'z')\r
42     {\r
43       s = String.valueOf(res -= ('a' - 'A'));\r
44     }\r
45 \r
46 \r
47     if ( (threshold != 0) && !aboveThreshold(s, j))\r
48     {\r
49       return Color.white;\r
50     }\r
51 \r
52     currentColour = Color.white;\r
53 \r
54     double sc = 0;\r
55 \r
56     if(consensus.length<=j)\r
57       return Color.white;\r
58 \r
59       if ( (Integer.parseInt(consensus[j].get("maxCount").toString()) != -1) &&\r
60           consensus[j].contains(s))\r
61       {\r
62         sc = ( (Float) consensus[j].get(ignoreGaps)).floatValue();\r
63 \r
64         if (!jalview.util.Comparison.isGap(res))\r
65         {\r
66           for (int i = 0; i < thresholds.length; i++)\r
67           {\r
68             if (sc > thresholds[i])\r
69             {\r
70               currentColour = pidColours[i];\r
71 \r
72               break;\r
73             }\r
74           }\r
75         }\r
76       }\r
77 \r
78     if(conservationColouring)\r
79          applyConservation(j);\r
80 \r
81     return currentColour;\r
82   }\r
83 }\r