src/jalview/schemes/PIDColourScheme.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)
   3  * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.schemes;
  20
  21 import java.awt.*;
  22
  23 import jalview.analysis.*;
  24 import jalview.datamodel.*;
  25
  26 public class PIDColourScheme extends ResidueColourScheme
  27 {
  28   public Color[] pidColours;
  29
  30   public float[] thresholds;
  31
  32   SequenceGroup group;
  33
  34   public PIDColourScheme()
  35   {
  36     this.pidColours = ResidueProperties.pidColours;
  37     this.thresholds = ResidueProperties.pidThresholds;
  38   }
  39
  40   public Color findColour(char c, int j)
  41   {
  42     if ('a' <= c && c <= 'z')
  43     {
  44       c -= ('a' - 'A');
  45     }
  46
  47     if (consensus == null || j >= consensus.length || consensus[j] == null)
  48     {
  49       return Color.white;
  50     }
  51
  52     if ((threshold != 0) && !aboveThreshold(c, j))
  53     {
  54       return Color.white;
  55     }
  56
  57     Color currentColour = Color.white;
  58
  59     double sc = 0;
  60
  61     if (consensus.length <= j)
  62     {
  63       return Color.white;
  64     }
  65
  66     if ((Integer
  67             .parseInt(consensus[j].get(AAFrequency.MAXCOUNT).toString()) != -1)
  68             && consensus[j].contains(String.valueOf(c)))
  69     {
  70       sc = ((Float) consensus[j].get(ignoreGaps)).floatValue();
  71
  72       if (!jalview.util.Comparison.isGap(c))
  73       {
  74         for (int i = 0; i < thresholds.length; i++)
  75         {
  76           if (sc > thresholds[i])
  77           {
  78             currentColour = pidColours[i];
  79
  80             break;
  81           }
  82         }
  83       }
  84     }
  85
  86     if (conservationColouring)
  87     {
  88       currentColour = applyConservation(currentColour, j);
  89     }
  90
  91     return currentColour;
  92   }
  93 }