formatting
[jalview.git] / src / jalview / schemes / PIDColourScheme.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
10  * 
11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
15  * 
16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
17  */
18 package jalview.schemes;
19
20 import java.awt.*;
21
22 import jalview.analysis.*;
23 import jalview.datamodel.*;
24
25 public class PIDColourScheme extends ResidueColourScheme
26 {
27   public Color[] pidColours;
28
29   public float[] thresholds;
30
31   SequenceGroup group;
32
33   public PIDColourScheme()
34   {
35     this.pidColours = ResidueProperties.pidColours;
36     this.thresholds = ResidueProperties.pidThresholds;
37   }
38
39   public Color findColour(char c, int j)
40   {
41     if ('a' <= c && c <= 'z')
42     {
43       c -= ('a' - 'A');
44     }
45
46     if (consensus == null || j >= consensus.length || consensus[j] == null)
47     {
48       return Color.white;
49     }
50
51     if ((threshold != 0) && !aboveThreshold(c, j))
52     {
53       return Color.white;
54     }
55
56     Color currentColour = Color.white;
57
58     double sc = 0;
59
60     if (consensus.length <= j)
61     {
62       return Color.white;
63     }
64
65     if ((Integer
66             .parseInt(consensus[j].get(AAFrequency.MAXCOUNT).toString()) != -1)
67             && consensus[j].contains(String.valueOf(c)))
68     {
69       sc = ((Float) consensus[j].get(ignoreGaps)).floatValue();
70
71       if (!jalview.util.Comparison.isGap(c))
72       {
73         for (int i = 0; i < thresholds.length; i++)
74         {
75           if (sc > thresholds[i])
76           {
77             currentColour = pidColours[i];
78
79             break;
80           }
81         }
82       }
83     }
84
85     if (conservationColouring)
86     {
87       currentColour = applyConservation(currentColour, j);
88     }
89
90     return currentColour;
91   }
92 }