src/jalview/schemes/PIDColourScheme.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.schemes;
  20
  21 import java.awt.*;
  22
  23 import jalview.datamodel.*;
  24
  25 public class PIDColourScheme
  26     extends ResidueColourScheme
  27 {
  28   public Color[] pidColours;
  29   public float[] thresholds;
  30   SequenceGroup group;
  31
  32   public PIDColourScheme()
  33   {
  34     this.pidColours = ResidueProperties.pidColours;
  35     this.thresholds = ResidueProperties.pidThresholds;
  36   }
  37
  38   public Color findColour(String s, int j)
  39   {
  40     char res = s.charAt(0);
  41     if ('a' <= res && res <= 'z')
  42     {
  43       s = String.valueOf(res -= ('a' - 'A'));
  44     }
  45
  46
  47     if ( (threshold != 0) && !aboveThreshold(s, j))
  48     {
  49       return Color.white;
  50     }
  51
  52     currentColour = Color.white;
  53
  54     double sc = 0;
  55
  56     if(consensus.length<=j)
  57       return Color.white;
  58
  59       if ( (Integer.parseInt(consensus[j].get("maxCount").toString()) != -1) &&
  60           consensus[j].contains(s))
  61       {
  62         sc = ( (Float) consensus[j].get(ignoreGaps)).floatValue();
  63
  64         if (!jalview.util.Comparison.isGap(res))
  65         {
  66           for (int i = 0; i < thresholds.length; i++)
  67           {
  68             if (sc > thresholds[i])
  69             {
  70               currentColour = pidColours[i];
  71
  72               break;
  73             }
  74           }
  75         }
  76       }
  77
  78     if(conservationColouring)
  79          applyConservation(j);
  80
  81     return currentColour;
  82   }
  83 }