src/jalview/schemes/PIDColourScheme.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.schemes;\r
  20 \r
  21 import java.awt.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.analysis.*;\r
  24 import jalview.datamodel.*;\r
  25 \r
  26 public class PIDColourScheme\r
  27     extends ResidueColourScheme\r
  28 {\r
  29   public Color[] pidColours;\r
  30   public float[] thresholds;\r
  31   SequenceGroup group;\r
  32 \r
  33   public PIDColourScheme()\r
  34   {\r
  35     this.pidColours = ResidueProperties.pidColours;\r
  36     this.thresholds = ResidueProperties.pidThresholds;\r
  37   }\r
  38 \r
  39   public Color findColour(char c, int j)\r
  40   {\r
  41     if ('a' <= c && c <= 'z')\r
  42     {\r
  43       c -= ('a' - 'A');\r
  44     }\r
  45 \r
  46     if (consensus == null\r
  47         || j >= consensus.length\r
  48         || consensus[j] == null)\r
  49     {\r
  50       return Color.white;\r
  51     }\r
  52 \r
  53     if ( (threshold != 0) && !aboveThreshold(c, j))\r
  54     {\r
  55       return Color.white;\r
  56     }\r
  57 \r
  58     Color currentColour = Color.white;\r
  59 \r
  60     double sc = 0;\r
  61 \r
  62     if (consensus.length <= j)\r
  63     {\r
  64       return Color.white;\r
  65     }\r
  66 \r
  67     if ( (Integer.parseInt(consensus[j].get(AAFrequency.MAXCOUNT).toString()) !=\r
  68           -1) &&\r
  69         consensus[j].contains(String.valueOf(c)))\r
  70     {\r
  71       sc = ( (Float) consensus[j].get(ignoreGaps)).floatValue();\r
  72 \r
  73       if (!jalview.util.Comparison.isGap(c))\r
  74       {\r
  75         for (int i = 0; i < thresholds.length; i++)\r
  76         {\r
  77           if (sc > thresholds[i])\r
  78           {\r
  79             currentColour = pidColours[i];\r
  80 \r
  81             break;\r
  82           }\r
  83         }\r
  84       }\r
  85     }\r
  86 \r
  87     if (conservationColouring)\r
  88     {\r
  89       currentColour = applyConservation(currentColour, j);\r
  90     }\r
  91 \r
  92     return currentColour;\r
  93   }\r
  94 }\r