apparent bug in JpredFile parser where annotation was not being removed from alignmen...
[jalview.git] / src / jalview / schemes / PIDColourScheme.java
1 /*\r
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
4  *\r
5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
9  *\r
10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
13  * GNU General Public License for more details.\r
14  *\r
15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
18  */\r
19 package jalview.schemes;\r
20 \r
21 import java.awt.*;\r
22 \r
23 import jalview.analysis.*;\r
24 import jalview.datamodel.*;\r
25 \r
26 public class PIDColourScheme\r
27     extends ResidueColourScheme\r
28 {\r
29   public Color[] pidColours;\r
30   public float[] thresholds;\r
31   SequenceGroup group;\r
32 \r
33   public PIDColourScheme()\r
34   {\r
35     this.pidColours = ResidueProperties.pidColours;\r
36     this.thresholds = ResidueProperties.pidThresholds;\r
37   }\r
38 \r
39   public Color findColour(char c, int j)\r
40   {\r
41     if ('a' <= c && c <= 'z')\r
42     {\r
43       c -= ('a' - 'A');\r
44     }\r
45 \r
46     if (consensus == null\r
47         || j >= consensus.length\r
48         || consensus[j] == null)\r
49     {\r
50       return Color.white;\r
51     }\r
52 \r
53     if ( (threshold != 0) && !aboveThreshold(c, j))\r
54     {\r
55       return Color.white;\r
56     }\r
57 \r
58     Color currentColour = Color.white;\r
59 \r
60     double sc = 0;\r
61 \r
62     if (consensus.length <= j)\r
63     {\r
64       return Color.white;\r
65     }\r
66 \r
67     if ( (Integer.parseInt(consensus[j].get(AAFrequency.MAXCOUNT).toString()) !=\r
68           -1) &&\r
69         consensus[j].contains(String.valueOf(c)))\r
70     {\r
71       sc = ( (Float) consensus[j].get(ignoreGaps)).floatValue();\r
72 \r
73       if (!jalview.util.Comparison.isGap(c))\r
74       {\r
75         for (int i = 0; i < thresholds.length; i++)\r
76         {\r
77           if (sc > thresholds[i])\r
78           {\r
79             currentColour = pidColours[i];\r
80 \r
81             break;\r
82           }\r
83         }\r
84       }\r
85     }\r
86 \r
87     if (conservationColouring)\r
88     {\r
89       currentColour = applyConservation(currentColour, j);\r
90     }\r
91 \r
92     return currentColour;\r
93   }\r
94 }\r