JAL-972 workaround for working out source URL for pre DAS 1.6 sources.
[jalview.git] / src / jalview / schemes / PurinePyrimidineColourScheme.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
10  * 
11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
15  * 
16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
17  */
18 package jalview.schemes;
19
20 import java.awt.*;
21
22 /**
23  * Class is based off of NucleotideColourScheme
24  * 
25  * @author Lauren Michelle Lui
26  */
27 public class PurinePyrimidineColourScheme extends ResidueColourScheme
28 {
29   /**
30    * Creates a new PurinePyrimidineColourScheme object.
31    */
32   public PurinePyrimidineColourScheme()
33   {
34     super(ResidueProperties.purinepyrimidine, 0);
35   }
36
37   /**
38    * Finds the corresponding color for the type of character inputed
39    * 
40    * @param c
41    *          Character in sequence
42    * 
43    * @return Color from purinepyrimidineIndex in
44    *         jalview.schemes.ResidueProperties
45    */
46   public Color findColour(char c)
47   {
48     return colors[ResidueProperties.purinepyrimidineIndex[c]];
49   }
50
51   /**
52    * Returns color based on conservation
53    * 
54    * @param c
55    *          Character in sequence
56    * @param j
57    *          Threshold
58    * 
59    * @return Color in RGB
60    */
61   public Color findColour(char c, int j)
62   {
63     Color currentColour;
64     if ((threshold == 0) || aboveThreshold(c, j))
65     {
66       try
67       {
68         currentColour = colors[ResidueProperties.purinepyrimidineIndex[c]];
69       } catch (Exception ex)
70       {
71         return Color.white;
72       }
73     }
74     else
75     {
76       return Color.white;
77     }
78
79     if (conservationColouring)
80     {
81       currentColour = applyConservation(currentColour, j);
82     }
83
84     return currentColour;
85   }
86 }