src/jalview/schemes/PurinePyrimidineColourScheme.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.schemes;
  22
  23 import java.awt.Color;
  24
  25 /**
  26  * Class is based off of NucleotideColourScheme
  27  *
  28  * @author Lauren Michelle Lui
  29  */
  30 public class PurinePyrimidineColourScheme extends ResidueColourScheme
  31 {
  32   /**
  33    * Creates a new PurinePyrimidineColourScheme object.
  34    */
  35   public PurinePyrimidineColourScheme()
  36   {
  37     super(ResidueProperties.purinepyrimidineIndex,
  38             ResidueProperties.purinepyrimidine, 0);
  39   }
  40
  41   /**
  42    * Finds the corresponding color for the type of character inputed
  43    *
  44    * @param c
  45    *          Character in sequence
  46    *
  47    * @return Color from purinepyrimidineIndex in
  48    *         jalview.schemes.ResidueProperties
  49    */
  50   public Color findColour(char c)
  51   {
  52     return colors[ResidueProperties.purinepyrimidineIndex[c]];
  53   }
  54
  55   /**
  56    * Returns color based on conservation
  57    *
  58    * @param c
  59    *          Character in sequence
  60    * @param j
  61    *          Threshold
  62    *
  63    * @return Color in RGB
  64    */
  65   public Color findColour(char c, int j)
  66   {
  67     Color currentColour;
  68     if ((threshold == 0) || aboveThreshold(c, j))
  69     {
  70       try
  71       {
  72         currentColour = colors[ResidueProperties.purinepyrimidineIndex[c]];
  73       } catch (Exception ex)
  74       {
  75         return Color.white;
  76       }
  77     }
  78     else
  79     {
  80       return Color.white;
  81     }
  82
  83     if (conservationColouring)
  84     {
  85       currentColour = applyConservation(currentColour, j);
  86     }
  87
  88     return currentColour;
  89   }
  90 }