src/jalview/schemes/RNAHelicesColour.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.schemes;
  22
  23 import jalview.api.AlignViewportI;
  24 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  25 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  26 import jalview.datamodel.AnnotatedCollectionI;
  27 import jalview.datamodel.SequenceCollectionI;
  28 import jalview.datamodel.SequenceI;
  29
  30 import java.awt.Color;
  31 import java.util.Hashtable;
  32 import java.util.Map;
  33
  34 /**
  35  * Looks at the information computed from an RNA Stockholm format file on the
  36  * secondary structure of the alignment. Extracts the information on the
  37  * positions of the helices present and assigns colors.
  38  *
  39  * @author Lauren Michelle Lui
  40  * @version 2.5
  41  */
  42 public class RNAHelicesColour extends ResidueColourScheme
  43 {
  44
  45   /**
  46    * Maps sequence positions to the RNA helix they belong to. Key: position,
  47    * Value: helix TODO: Revise or drop in favour of annotation position numbers
  48    */
  49   public Hashtable<Integer, String> positionsToHelix = new Hashtable<>();
  50
  51   /**
  52    * Number of helices in the RNA secondary structure
  53    */
  54   int numHelix = 0;
  55
  56   public AlignmentAnnotation annotation;
  57
  58   /**
  59    * Default constructor (required for ColourSchemes cache)
  60    */
  61   public RNAHelicesColour()
  62   {
  63
  64   }
  65
  66   /**
  67    * Creates a new RNAHelicesColour object.
  68    */
  69   public RNAHelicesColour(AlignmentAnnotation annotation)
  70   {
  71     super(ResidueProperties.nucleotideIndex);
  72     this.annotation = annotation;
  73     ColourSchemeProperty.resetRnaHelicesShading();
  74     refresh();
  75   }
  76
  77   public RNAHelicesColour(AnnotatedCollectionI alignment)
  78   {
  79     super(ResidueProperties.nucleotideIndex);
  80     ColourSchemeProperty.resetRnaHelicesShading();
  81     alignmentChanged(alignment, null);
  82   }
  83
  84   /**
  85    * clones colour settings and annotation row data
  86    *
  87    * @param rnaHelicesColour
  88    */
  89   public RNAHelicesColour(RNAHelicesColour rnaHelicesColour)
  90   {
  91     super(ResidueProperties.nucleotideIndex);
  92     annotation = rnaHelicesColour.annotation;
  93     refresh();
  94   }
  95
  96   @Override
  97   public void alignmentChanged(AnnotatedCollectionI alignment,
  98           Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hiddenReps)
  99   {
 100
 101     // This loop will find the first rna structure annotation by which to colour
 102     // the sequences.
 103     AlignmentAnnotation[] annotations = alignment.getAlignmentAnnotation();
 104     if (annotations == null)
 105     {
 106       return;
 107     }
 108     for (int i = 0; i < annotations.length; i++)
 109     {
 110
 111       // is this a sensible way of determining type of annotation?
 112       if (annotations[i].visible && annotations[i].isRNA()
 113               && annotations[i].isValidStruc())
 114       {
 115         annotation = annotations[i];
 116         break;
 117       }
 118     }
 119
 120     refresh();
 121
 122   }
 123
 124   private long lastrefresh = -1;
 125
 126   public void refresh()
 127   {
 128
 129     if (annotation != null && ((annotation._rnasecstr == null
 130             || lastrefresh != annotation._rnasecstr.hashCode())
 131             && annotation.isValidStruc()))
 132     {
 133       annotation.getRNAStruc();
 134       lastrefresh = annotation._rnasecstr.hashCode();
 135       numHelix = 0;
 136       positionsToHelix = new Hashtable<>();
 137
 138       // Figure out number of helices
 139       // Length of rnasecstr is the number of pairs of positions that base pair
 140       // with each other in the secondary structure
 141       for (int x = 0; x < this.annotation._rnasecstr.length; x++)
 142       {
 143
 144         /*
 145          * System.out.println(this.annotation._rnasecstr[x] + " Begin" +
 146          * this.annotation._rnasecstr[x].getBegin());
 147          */
 148         // System.out.println(this.annotation._rnasecstr[x].getFeatureGroup());
 149
 150         positionsToHelix.put(this.annotation._rnasecstr[x].getBegin(),
 151                 this.annotation._rnasecstr[x].getFeatureGroup());
 152         positionsToHelix.put(this.annotation._rnasecstr[x].getEnd(),
 153                 this.annotation._rnasecstr[x].getFeatureGroup());
 154
 155         if (Integer.parseInt(
 156                 this.annotation._rnasecstr[x].getFeatureGroup()) > numHelix)
 157         {
 158           numHelix = Integer.parseInt(
 159                   this.annotation._rnasecstr[x].getFeatureGroup());
 160         }
 161
 162       }
 163       ColourSchemeProperty.initRnaHelicesShading(numHelix);
 164     }
 165   }
 166
 167   /**
 168    * Returns default color base on purinepyrimidineIndex in
 169    * jalview.schemes.ResidueProperties (Allows coloring in sequence logo)
 170    *
 171    * @param c
 172    *          Character in sequence
 173    *
 174    * @return color in RGB
 175    */
 176   @Override
 177   public Color findColour(char c)
 178   {
 179     return ResidueProperties.purinepyrimidine[ResidueProperties.purinepyrimidineIndex[c]];
 180     // random colors for all positions
 181     // jalview.util.ColorUtils.generateRandomColor(Color.white); If you want
 182   }
 183
 184   /**
 185    * Returns color based on helices
 186    *
 187    * @param c
 188    *          Character in sequence
 189    * @param j
 190    *          position in sequence - used to locate helix
 191    *
 192    * @return Color in RGB
 193    */
 194   @Override
 195   public Color findColour(char c, int j, SequenceI seq)
 196   {
 197     refresh();
 198     Color currentColour = Color.white;
 199     String currentHelix = null;
 200     currentHelix = positionsToHelix.get(j);
 201     if (currentHelix != null)
 202     {
 203       currentColour = ColourSchemeProperty.rnaHelices[Integer
 204               .parseInt(currentHelix)];
 205     }
 206     return currentColour;
 207   }
 208
 209   @Override
 210   public ColourSchemeI getInstance(AlignViewportI view,
 211           AnnotatedCollectionI sg)
 212   {
 213     return new RNAHelicesColour(sg);
 214   }
 215
 216   @Override
 217   public boolean isNucleotideSpecific()
 218   {
 219     return true;
 220   }
 221
 222   /**
 223    * Answers true if the data has RNA secondary structure annotation
 224    */
 225   @Override
 226   public boolean isApplicableTo(AnnotatedCollectionI ac)
 227   {
 228     if (ac instanceof AlignmentI && ((AlignmentI) ac).hasRNAStructure())
 229     {
 230       return true;
 231     }
 232
 233     /*
 234      * not currently supporting this option for group annotation / colouring
 235      */
 236     return false;
 237   }
 238
 239   @Override
 240   public String getSchemeName()
 241   {
 242     return JalviewColourScheme.RNAHelices.toString();
 243   }
 244
 245   @Override
 246   public boolean isSimple()
 247   {
 248     return false;
 249   }
 250 }