JAL-2668 fix broken factory method for colour scheme
[jalview.git] / src / jalview / schemes / RNAHelicesColour.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
4  * 
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6  * 
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8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
10  * of the License, or (at your option) any later version.
11  *  
12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
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14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
20  */
21 package jalview.schemes;
22
23 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
24 import jalview.datamodel.AlignmentI;
25 import jalview.datamodel.AnnotatedCollectionI;
26 import jalview.datamodel.SequenceCollectionI;
27 import jalview.datamodel.SequenceI;
28
29 import java.awt.Color;
30 import java.util.Hashtable;
31 import java.util.Map;
32
33 /**
34  * Looks at the information computed from an RNA Stockholm format file on the
35  * secondary structure of the alignment. Extracts the information on the
36  * positions of the helices present and assigns colors.
37  * 
38  * @author Lauren Michelle Lui
39  * @version 2.5
40  */
41 public class RNAHelicesColour extends ResidueColourScheme
42 {
43
44   /**
45    * Maps sequence positions to the RNA helix they belong to. Key: position,
46    * Value: helix TODO: Revise or drop in favour of annotation position numbers
47    */
48   public Hashtable<Integer, String> positionsToHelix = new Hashtable<Integer, String>();
49
50   /**
51    * Number of helices in the RNA secondary structure
52    */
53   int numHelix = 0;
54
55   public AlignmentAnnotation annotation;
56
57   /**
58    * Default constructor (required for ColourSchemes cache)
59    */
60   public RNAHelicesColour()
61   {
62
63   }
64
65   /**
66    * Creates a new RNAHelicesColour object.
67    */
68   public RNAHelicesColour(AlignmentAnnotation annotation)
69   {
70     super(ResidueProperties.nucleotideIndex);
71     this.annotation = annotation;
72     ColourSchemeProperty.resetRnaHelicesShading();
73     refresh();
74   }
75
76   public RNAHelicesColour(AnnotatedCollectionI alignment)
77   {
78     super(ResidueProperties.nucleotideIndex);
79     ColourSchemeProperty.resetRnaHelicesShading();
80     alignmentChanged(alignment, null);
81   }
82
83   /**
84    * clones colour settings and annotation row data
85    * 
86    * @param rnaHelicesColour
87    */
88   public RNAHelicesColour(RNAHelicesColour rnaHelicesColour)
89   {
90     super(ResidueProperties.nucleotideIndex);
91     annotation = rnaHelicesColour.annotation;
92     refresh();
93   }
94
95   @Override
96   public void alignmentChanged(AnnotatedCollectionI alignment,
97           Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hiddenReps)
98   {
99
100     // This loop will find the first rna structure annotation by which to colour
101     // the sequences.
102     AlignmentAnnotation[] annotations = alignment.getAlignmentAnnotation();
103     if (annotations == null)
104     {
105       return;
106     }
107     for (int i = 0; i < annotations.length; i++)
108     {
109
110       // is this a sensible way of determining type of annotation?
111       if (annotations[i].visible && annotations[i].isRNA()
112               && annotations[i].isValidStruc())
113       {
114         annotation = annotations[i];
115         break;
116       }
117     }
118
119     refresh();
120
121   }
122
123   private long lastrefresh = -1;
124
125   public void refresh()
126   {
127
128     if (annotation != null && ((annotation._rnasecstr == null
129             || lastrefresh != annotation._rnasecstr.hashCode())
130             && annotation.isValidStruc()))
131     {
132       annotation.getRNAStruc();
133       lastrefresh = annotation._rnasecstr.hashCode();
134       numHelix = 0;
135       positionsToHelix = new Hashtable<Integer, String>();
136
137       // Figure out number of helices
138       // Length of rnasecstr is the number of pairs of positions that base pair
139       // with each other in the secondary structure
140       for (int x = 0; x < this.annotation._rnasecstr.length; x++)
141       {
142
143         /*
144          * System.out.println(this.annotation._rnasecstr[x] + " Begin" +
145          * this.annotation._rnasecstr[x].getBegin());
146          */
147         // System.out.println(this.annotation._rnasecstr[x].getFeatureGroup());
148
149         positionsToHelix.put(this.annotation._rnasecstr[x].getBegin(),
150                 this.annotation._rnasecstr[x].getFeatureGroup());
151         positionsToHelix.put(this.annotation._rnasecstr[x].getEnd(),
152                 this.annotation._rnasecstr[x].getFeatureGroup());
153
154         if (Integer.parseInt(
155                 this.annotation._rnasecstr[x].getFeatureGroup()) > numHelix)
156         {
157           numHelix = Integer.parseInt(
158                   this.annotation._rnasecstr[x].getFeatureGroup());
159         }
160
161       }
162       ColourSchemeProperty.initRnaHelicesShading(numHelix);
163     }
164   }
165
166   /**
167    * Returns default color base on purinepyrimidineIndex in
168    * jalview.schemes.ResidueProperties (Allows coloring in sequence logo)
169    * 
170    * @param c
171    *          Character in sequence
172    * 
173    * @return color in RGB
174    */
175   @Override
176   public Color findColour(char c)
177   {
178     return ResidueProperties.purinepyrimidine[ResidueProperties.purinepyrimidineIndex[c]];
179     // random colors for all positions
180     // jalview.util.ColorUtils.generateRandomColor(Color.white); If you want
181   }
182
183   /**
184    * Returns color based on helices
185    * 
186    * @param c
187    *          Character in sequence
188    * @param j
189    *          position in sequence - used to locate helix
190    * 
191    * @return Color in RGB
192    */
193   @Override
194   public Color findColour(char c, int j, SequenceI seq)
195   {
196     refresh();
197     Color currentColour = Color.white;
198     String currentHelix = null;
199     currentHelix = positionsToHelix.get(j);
200     if (currentHelix != null)
201     {
202       currentColour = ColourSchemeProperty.rnaHelices[Integer
203               .parseInt(currentHelix)];
204     }
205     return currentColour;
206   }
207
208   @Override
209   public ColourSchemeI getInstance(AnnotatedCollectionI sg,
210           Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hiddenRepSequences)
211   {
212     return new RNAHelicesColour(sg);
213   }
214
215   @Override
216   public boolean isNucleotideSpecific()
217   {
218     return true;
219   }
220
221   /**
222    * Answers true if the data has RNA secondary structure annotation
223    */
224   @Override
225   public boolean isApplicableTo(AnnotatedCollectionI ac)
226   {
227     if (ac instanceof AlignmentI && ((AlignmentI) ac).hasRNAStructure())
228     {
229       return true;
230     }
231
232     /*
233      * not currently supporting this option for group annotation / colouring
234      */
235     return false;
236   }
237
238   @Override
239   public String getSchemeName()
240   {
241     return JalviewColourScheme.RNAHelices.toString();
242   }
243
244   @Override
245   public boolean isSimple()
246   {
247     return false;
248   }
249 }