src/jalview/schemes/RNAHelicesColourChooser.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.schemes;
  22
  23 import jalview.api.AlignViewportI;
  24 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  25 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  26 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  27
  28 import java.util.Hashtable;
  29 import java.util.Map;
  30 import java.util.Vector;
  31
  32 /**
  33  * Helps generate the colors for RNA secondary structure. Future: add option to
  34  * change colors based on covariation.
  35  *
  36  * @author Lauren Michelle Lui
  37  * @deprecated this seems to be unfinished - just use RNAHelicesColour
  38  */
  39 @Deprecated
  40 public class RNAHelicesColourChooser
  41 {
  42
  43   AlignViewportI av;
  44
  45   AlignmentViewPanel ap;
  46
  47   ColourSchemeI oldcs;
  48
  49   Map<SequenceGroup, ColourSchemeI> oldgroupColours;
  50
  51   AlignmentAnnotation currentAnnotation;
  52
  53   boolean adjusting = false;
  54
  55   public RNAHelicesColourChooser(AlignViewportI av,
  56           final AlignmentViewPanel ap)
  57   {
  58     oldcs = av.getGlobalColourScheme();
  59     if (av.getAlignment().getGroups() != null)
  60     {
  61       oldgroupColours = new Hashtable<>();
  62       for (SequenceGroup sg : ap.getAlignment().getGroups())
  63       {
  64         if (sg.getColourScheme() != null)
  65         {
  66           oldgroupColours.put(sg, sg.getColourScheme());
  67         }
  68       }
  69     }
  70     this.av = av;
  71     this.ap = ap;
  72
  73     adjusting = true;
  74     Vector<String> list = new Vector<>();
  75     int index = 1;
  76     AlignmentAnnotation[] anns = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
  77     if (anns != null)
  78     {
  79       for (int i = 0; i < anns.length; i++)
  80       {
  81         String label = anns[i].label;
  82         if (!list.contains(label))
  83         {
  84           list.addElement(label);
  85         }
  86         else
  87         {
  88           list.addElement(label + "_" + (index++));
  89         }
  90       }
  91     }
  92
  93     adjusting = false;
  94     changeColour();
  95   }
  96
  97   void changeColour()
  98   {
  99     // Check if combobox is still adjusting
 100     if (adjusting)
 101     {
 102       return;
 103     }
 104     RNAHelicesColour rhc = new RNAHelicesColour(av.getAlignment());
 105
 106     av.setGlobalColourScheme(rhc);
 107
 108     ap.paintAlignment(true, true);
 109   }
 110 }