src/jalview/schemes/RNAHelicesColourChooser.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.schemes;
  22
  23 import jalview.api.AlignViewportI;
  24 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  25 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  26 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  27
  28 import java.awt.event.ActionEvent;
  29 import java.util.Hashtable;
  30 import java.util.Vector;
  31
  32 /**
  33  * Helps generate the colors for RNA secondary structure. Future: add option to
  34  * change colors based on covariation.
  35  *
  36  * @author Lauren Michelle Lui
  37  *
  38  */
  39 public class RNAHelicesColourChooser
  40 {
  41
  42   AlignViewportI av;
  43
  44   AlignmentViewPanel ap;
  45
  46   ColourSchemeI oldcs;
  47
  48   Hashtable oldgroupColours;
  49
  50   jalview.datamodel.AlignmentAnnotation currentAnnotation;
  51
  52   boolean adjusting = false;
  53
  54   public RNAHelicesColourChooser(AlignViewportI av,
  55           final AlignmentViewPanel ap)
  56   {
  57     oldcs = av.getGlobalColourScheme();
  58     if (av.getAlignment().getGroups() != null)
  59     {
  60       oldgroupColours = new Hashtable();
  61       for (SequenceGroup sg : ap.getAlignment().getGroups())
  62       {
  63         if (sg.cs != null)
  64         {
  65           oldgroupColours.put(sg, sg.cs);
  66         }
  67       }
  68     }
  69     this.av = av;
  70     this.ap = ap;
  71
  72     if (oldcs instanceof RNAHelicesColour)
  73     {
  74       RNAHelicesColour rhc = (RNAHelicesColour) oldcs;
  75
  76     }
  77
  78     adjusting = true;
  79     Vector list = new Vector();
  80     int index = 1;
  81     AlignmentAnnotation[] anns = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
  82     if (anns != null)
  83     {
  84       for (int i = 0; i < anns.length; i++)
  85       {
  86         String label = anns[i].label;
  87         if (!list.contains(label))
  88         {
  89           list.addElement(label);
  90         }
  91         else
  92         {
  93           list.addElement(label + "_" + (index++));
  94         }
  95       }
  96     }
  97
  98     adjusting = false;
  99
 100     changeColour();
 101
 102   }
 103
 104   void changeColour()
 105   {
 106     // Check if combobox is still adjusting
 107     if (adjusting)
 108     {
 109       return;
 110     }
 111     RNAHelicesColour rhc = null;
 112
 113     rhc = new RNAHelicesColour(av.getAlignment());
 114
 115     av.setGlobalColourScheme(rhc);
 116
 117     ap.paintAlignment(true);
 118   }
 119
 120   void reset()
 121   {
 122     av.setGlobalColourScheme(oldcs);
 123     if (av.getAlignment().getGroups() != null)
 124     {
 125       for (SequenceGroup sg : ap.getAlignment().getGroups())
 126       {
 127         sg.cs = (ColourSchemeI) oldgroupColours.get(sg);
 128       }
 129     }
 130   }
 131
 132   public void annotations_actionPerformed(ActionEvent e)
 133   {
 134     changeColour();
 135   }
 136
 137 }