src/jalview/schemes/RNAHelicesColourChooser.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
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  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.schemes;
  19
  20 import java.util.*;
  21 import java.awt.event.*;
  22
  23 import jalview.api.AlignViewportI;
  24 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  25 import jalview.datamodel.*;
  26 import jalview.schemes.*;
  27
  28 /**
  29  * Helps generate the colors for RNA secondary structure. Future: add option to
  30  * change colors based on covariation.
  31  *
  32  * @author Lauren Michelle Lui
  33  *
  34  */
  35 public class RNAHelicesColourChooser
  36 {
  37
  38   AlignViewportI av;
  39
  40   AlignmentViewPanel ap;
  41
  42   ColourSchemeI oldcs;
  43
  44   Hashtable oldgroupColours;
  45
  46   jalview.datamodel.AlignmentAnnotation currentAnnotation;
  47
  48   boolean adjusting = false;
  49
  50   public RNAHelicesColourChooser(AlignViewportI av, final AlignmentViewPanel ap)
  51   {
  52     oldcs = av.getGlobalColourScheme();
  53     if (av.getAlignment().getGroups() != null)
  54     {
  55       oldgroupColours = new Hashtable();
  56       Vector allGroups = ap.getAlignment().getGroups();
  57       SequenceGroup sg;
  58       for (int g = 0; g < allGroups.size(); g++)
  59       {
  60         sg = (SequenceGroup) allGroups.get(g);
  61         if (sg.cs != null)
  62         {
  63           oldgroupColours.put(sg, sg.cs);
  64         }
  65       }
  66     }
  67     this.av = av;
  68     this.ap = ap;
  69
  70     if (oldcs instanceof RNAHelicesColour)
  71     {
  72       RNAHelicesColour rhc = (RNAHelicesColour) oldcs;
  73
  74     }
  75
  76     adjusting = true;
  77     Vector list = new Vector();
  78     int index = 1;
  79     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getAlignmentAnnotation().length; i++)
  80     {
  81       String label = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[i].label;
  82       if (!list.contains(label))
  83         list.addElement(label);
  84       else
  85         list.addElement(label + "_" + (index++));
  86     }
  87
  88     adjusting = false;
  89
  90     changeColour();
  91
  92   }
  93
  94   void changeColour()
  95   {
  96     // Check if combobox is still adjusting
  97     if (adjusting)
  98     {
  99       return;
 100     }
 101
 102     currentAnnotation = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[0];// annotations.getSelectedIndex()];
 103
 104     RNAHelicesColour rhc = null;
 105
 106     rhc = new RNAHelicesColour(currentAnnotation);
 107
 108     av.setGlobalColourScheme(rhc);
 109
 110     if (av.getAlignment().getGroups() != null)
 111     {
 112       Vector allGroups = ap.getAlignment().getGroups();
 113       SequenceGroup sg;
 114       for (int g = 0; g < allGroups.size(); g++)
 115       {
 116         sg = (SequenceGroup) allGroups.get(g);
 117
 118         if (sg.cs == null)
 119         {
 120           continue;
 121         }
 122
 123         sg.cs = new RNAHelicesColour(currentAnnotation);
 124
 125       }
 126     }
 127
 128     ap.paintAlignment(false);
 129   }
 130
 131   void reset()
 132   {
 133     av.setGlobalColourScheme(oldcs);
 134     if (av.getAlignment().getGroups() != null)
 135     {
 136       Vector allGroups = ap.getAlignment().getGroups();
 137       SequenceGroup sg;
 138       for (int g = 0; g < allGroups.size(); g++)
 139       {
 140         sg = (SequenceGroup) allGroups.get(g);
 141         sg.cs = (ColourSchemeI) oldgroupColours.get(sg);
 142       }
 143     }
 144   }
 145
 146   public void annotations_actionPerformed(ActionEvent e)
 147   {
 148     changeColour();
 149   }
 150
 151 }