src/jalview/schemes/RNAHelicesColourChooser.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.schemes;
  19
  20 import java.util.*;
  21 import java.awt.event.*;
  22
  23 import jalview.api.AlignViewportI;
  24 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  25 import jalview.datamodel.*;
  26 import jalview.schemes.*;
  27
  28 /**
  29  * Helps generate the colors for RNA secondary structure. Future: add option to
  30  * change colors based on covariation.
  31  *
  32  * @author Lauren Michelle Lui
  33  *
  34  */
  35 public class RNAHelicesColourChooser
  36 {
  37
  38   AlignViewportI av;
  39
  40   AlignmentViewPanel ap;
  41
  42   ColourSchemeI oldcs;
  43
  44   Hashtable oldgroupColours;
  45
  46   jalview.datamodel.AlignmentAnnotation currentAnnotation;
  47
  48   boolean adjusting = false;
  49
  50   public RNAHelicesColourChooser(AlignViewportI av, final AlignmentViewPanel ap)
  51   {
  52     oldcs = av.getGlobalColourScheme();
  53     if (av.getAlignment().getGroups() != null)
  54     {
  55       oldgroupColours = new Hashtable();
  56       for (SequenceGroup sg:ap.getAlignment().getGroups())
  57       {
  58         if (sg.cs != null)
  59         {
  60           oldgroupColours.put(sg, sg.cs);
  61         }
  62       }
  63     }
  64     this.av = av;
  65     this.ap = ap;
  66
  67     if (oldcs instanceof RNAHelicesColour)
  68     {
  69       RNAHelicesColour rhc = (RNAHelicesColour) oldcs;
  70
  71     }
  72
  73     adjusting = true;
  74     Vector list = new Vector();
  75     int index = 1;
  76     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getAlignmentAnnotation().length; i++)
  77     {
  78       String label = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[i].label;
  79       if (!list.contains(label))
  80         list.addElement(label);
  81       else
  82         list.addElement(label + "_" + (index++));
  83     }
  84
  85     adjusting = false;
  86
  87     changeColour();
  88
  89   }
  90
  91   void changeColour()
  92   {
  93     // Check if combobox is still adjusting
  94     if (adjusting)
  95     {
  96       return;
  97     }
  98
  99     currentAnnotation = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[0];// annotations.getSelectedIndex()];
 100
 101     RNAHelicesColour rhc = null;
 102
 103     rhc = new RNAHelicesColour(currentAnnotation);
 104
 105     av.setGlobalColourScheme(rhc);
 106
 107     if (av.getAlignment().getGroups() != null)
 108     {
 109       for (SequenceGroup sg:ap.getAlignment().getGroups())
 110       {
 111         if (sg.cs == null)
 112         {
 113           continue;
 114         }
 115
 116         sg.cs = new RNAHelicesColour(currentAnnotation);
 117
 118       }
 119     }
 120
 121     ap.paintAlignment(false);
 122   }
 123
 124   void reset()
 125   {
 126     av.setGlobalColourScheme(oldcs);
 127     if (av.getAlignment().getGroups() != null)
 128     {
 129       for (SequenceGroup sg:ap.getAlignment().getGroups())
 130       {
 131         sg.cs = (ColourSchemeI) oldgroupColours.get(sg);
 132       }
 133     }
 134   }
 135
 136   public void annotations_actionPerformed(ActionEvent e)
 137   {
 138     changeColour();
 139   }
 140
 141 }