src/jalview/schemes/RNAInteractionColourScheme.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
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  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.schemes;
  22
  23 import jalview.datamodel.SequenceI;
  24
  25 import java.awt.Color;
  26
  27 public class RNAInteractionColourScheme extends ResidueColourScheme
  28 {
  29   public RNAInteractionColourScheme()
  30   {
  31     super();
  32   }
  33
  34   /**
  35    * DOCUMENT ME!
  36    *
  37    * @param n
  38    *          DOCUMENT ME!
  39    *
  40    * @return DOCUMENT ME!
  41    */
  42   @Override
  43   public Color findColour(char c)
  44   {
  45     // System.out.println("called"); log.debug
  46     return colors[ResidueProperties.nucleotideIndex[c]];
  47   }
  48
  49   /**
  50    * DOCUMENT ME!
  51    *
  52    * @param n
  53    *          DOCUMENT ME!
  54    * @param j
  55    *          DOCUMENT ME!
  56    *
  57    * @return DOCUMENT ME!
  58    */
  59   @Override
  60   public Color findColour(char c, int j, SequenceI seq)
  61   {
  62     Color currentColour;
  63     if ((threshold == 0) || aboveThreshold(c, j))
  64     {
  65       try
  66       {
  67         currentColour = colors[ResidueProperties.nucleotideIndex[c]];
  68       } catch (Exception ex)
  69       {
  70         return Color.white;
  71       }
  72     }
  73     else
  74     {
  75       return Color.white;
  76     }
  77
  78     if (conservationColouring)
  79     {
  80       currentColour = applyConservation(currentColour, j);
  81     }
  82
  83     return currentColour;
  84   }
  85 }