JAL-3676 Documentation in Help for Java Console, Logging and Reporting Bugs
[jalview.git] / src / jalview / schemes / RNAInteractionColourScheme.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
10  * of the License, or (at your option) any later version.
11  *  
12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
20  */
21 package jalview.schemes;
22
23 import jalview.api.AlignViewportI;
24 import jalview.datamodel.AnnotatedCollectionI;
25 import jalview.datamodel.SequenceI;
26
27 import java.awt.Color;
28
29 public class RNAInteractionColourScheme extends ResidueColourScheme
30 {
31   public RNAInteractionColourScheme()
32   {
33     super();
34   }
35
36   @Override
37   public Color findColour(char c)
38   {
39     // FIXME this is just a copy of NucleotideColourScheme
40     return colors[ResidueProperties.nucleotideIndex[c]];
41   }
42
43   @Override
44   public Color findColour(char c, int j, SequenceI seq)
45   {
46     // FIXME this is just a copy of NucleotideColourScheme
47     Color currentColour = Color.white;
48     try
49     {
50       currentColour = colors[ResidueProperties.nucleotideIndex[c]];
51     } catch (Exception ex)
52     {
53     }
54
55     return currentColour;
56   }
57
58   @Override
59   public boolean isNucleotideSpecific()
60   {
61     return true;
62   }
63
64   @Override
65   public String getSchemeName()
66   {
67     return "RNA Interaction type";
68   }
69
70   /**
71    * Returns a new instance of this colour scheme with which the given data may
72    * be coloured
73    */
74   @Override
75   public ColourSchemeI getInstance(AlignViewportI view,
76           AnnotatedCollectionI coll)
77   {
78     return new RNAInteractionColourScheme();
79   }
80 }