src/jalview/schemes/RNAInteractionColourScheme.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.schemes;
  22
  23 import jalview.api.AlignViewportI;
  24 import jalview.datamodel.AnnotatedCollectionI;
  25 import jalview.datamodel.SequenceI;
  26
  27 import java.awt.Color;
  28
  29 public class RNAInteractionColourScheme extends ResidueColourScheme
  30 {
  31   public RNAInteractionColourScheme()
  32   {
  33     super();
  34   }
  35
  36   @Override
  37   public Color findColour(char c)
  38   {
  39     // FIXME this is just a copy of NucleotideColourScheme
  40     return colors[ResidueProperties.nucleotideIndex[c]];
  41   }
  42
  43   @Override
  44   public Color findColour(char c, int j, SequenceI seq)
  45   {
  46     // FIXME this is just a copy of NucleotideColourScheme
  47     Color currentColour = Color.white;
  48     try
  49     {
  50       currentColour = colors[ResidueProperties.nucleotideIndex[c]];
  51     } catch (Exception ex)
  52     {
  53     }
  54
  55     return currentColour;
  56   }
  57
  58   @Override
  59   public boolean isNucleotideSpecific()
  60   {
  61     return true;
  62   }
  63
  64   @Override
  65   public String getSchemeName()
  66   {
  67     return "RNA Interaction type";
  68   }
  69
  70   /**
  71    * Returns a new instance of this colour scheme with which the given data may
  72    * be coloured
  73    */
  74   @Override
  75   public ColourSchemeI getInstance(AlignViewportI view,
  76           AnnotatedCollectionI coll)
  77   {
  78     return new RNAInteractionColourScheme();
  79   }
  80 }