Merge branch 'features/JAL-2446NCList' into features/JAL-2574findFeaturesByColumn
[jalview.git] / src / jalview / schemes / RNAInteractionColourScheme.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
10  * of the License, or (at your option) any later version.
11  *  
12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
20  */
21 package jalview.schemes;
22
23 import jalview.datamodel.AnnotatedCollectionI;
24 import jalview.datamodel.SequenceCollectionI;
25 import jalview.datamodel.SequenceI;
26
27 import java.awt.Color;
28 import java.util.Map;
29
30 public class RNAInteractionColourScheme extends ResidueColourScheme
31 {
32   public RNAInteractionColourScheme()
33   {
34     super();
35   }
36
37   @Override
38   public Color findColour(char c)
39   {
40     // FIXME this is just a copy of NucleotideColourScheme
41     return colors[ResidueProperties.nucleotideIndex[c]];
42   }
43
44   @Override
45   public Color findColour(char c, int j, SequenceI seq)
46   {
47     // FIXME this is just a copy of NucleotideColourScheme
48     Color currentColour = Color.white;
49     try
50     {
51       currentColour = colors[ResidueProperties.nucleotideIndex[c]];
52     } catch (Exception ex)
53     {
54     }
55
56     return currentColour;
57   }
58
59   @Override
60   public boolean isNucleotideSpecific()
61   {
62     return true;
63   }
64
65   @Override
66   public String getSchemeName()
67   {
68     return "RNA Interaction type";
69   }
70
71   /**
72    * Returns a new instance of this colour scheme with which the given data may
73    * be coloured
74    */
75   @Override
76   public ColourSchemeI getInstance(AnnotatedCollectionI coll,
77           Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hrs)
78   {
79     return new RNAInteractionColourScheme();
80   }
81 }