src/jalview/schemes/ResidueColourScheme.java

   1 package jalview.schemes;\r
   2 \r
   3 import jalview.datamodel.*;\r
   4 import java.util.*;\r
   5 import java.awt.*;\r
   6 \r
   7 public class ResidueColourScheme implements ColourSchemeI{\r
   8     Color    [] colors;\r
   9     int         threshold = 90;\r
  10 \r
  11     public ResidueColourScheme(Color[] colors, int threshold) {\r
  12         this.colors    = colors;\r
  13         this.threshold = threshold;\r
  14     }\r
  15 \r
  16     public ResidueColourScheme() {\r
  17     }\r
  18 \r
  19     public Color findColour(String aa)\r
  20     {\r
  21       return colors[((Integer)(ResidueProperties.aaHash.get(aa))).intValue()];\r
  22     }\r
  23 \r
  24     public Color findColour(SequenceI seq,String s, int j, Vector aa) {\r
  25   try {\r
  26             return colors[((Integer)(ResidueProperties.aaHash.get(s))).intValue()];\r
  27         } catch (Exception e) {\r
  28             return Color.white;\r
  29         }\r
  30     }\r
  31 \r
  32     // aa should maybe be a class\r
  33     public Color getColour(SequenceI seq, int j,Vector aa) {\r
  34 \r
  35         Color  c       = Color.white;\r
  36         String s       = seq.getSequence(j,j+1);\r
  37 \r
  38         if (threshold > 0 && aa != null)\r
  39         {\r
  40             if (aboveThreshold(aa,seq,j,threshold))\r
  41                 c = findColour(seq,s,j,aa);\r
  42         }\r
  43         else\r
  44             c = findColour(seq,s,j,aa);\r
  45 \r
  46 \r
  47       return c;\r
  48     }\r
  49     public int getThreshold() {\r
  50         return threshold;\r
  51     }\r
  52 \r
  53     public void setThreshold(int ct) {\r
  54         threshold = ct;\r
  55     }\r
  56 \r
  57     public Vector  getColours(SequenceI s, Vector aa) {\r
  58         Vector colours = new Vector();\r
  59 \r
  60         for (int j = 0; j < s.getLength(); j++)\r
  61             colours.addElement(getColour(s,j,aa));\r
  62 \r
  63         return colours;\r
  64     }\r
  65 \r
  66     public Vector getColours(SequenceGroup sg, Vector aa) {\r
  67         Vector colours = new Vector();\r
  68 \r
  69         for (int j = 0; j < sg.getSize(); j++) {\r
  70             SequenceI s = sg.getSequenceAt(j);\r
  71 \r
  72             for (int i = 0; i < s.getLength();i++) {\r
  73                 colours.addElement(getColour(s,i,aa));\r
  74             }\r
  75         }\r
  76         return colours;\r
  77     }\r
  78 \r
  79     public boolean aboveThreshold(Vector aa,SequenceI seq, int j, int threshold) {\r
  80         String    s    = seq.getSequence(j,j+1);\r
  81         Hashtable hash = (Hashtable)aa.elementAt(j);\r
  82 \r
  83         if (j < aa.size()) {\r
  84             String maxRes = (String)hash.get("maxResidue");\r
  85 \r
  86             double sc = 0;\r
  87 \r
  88             if (((Integer)hash.get("maxCount")).intValue() != -1  && hash.contains(s)) {\r
  89                 int maxCount = ((Integer)hash.get("maxCount")).intValue();\r
  90                 int resCount = ((Integer)hash.get(s)).intValue();\r
  91 \r
  92                 sc = resCount * 100.0 / resCount;\r
  93 \r
  94                 // This should be isGap somewhere\r
  95                 if  ( !s.equals("-")  && !s.equals(".") && !s.equals(" ")) {\r
  96                     if (sc >= (double)threshold) {\r
  97                         return true;\r
  98                     }\r
  99                 }\r
 100             }\r
 101         }\r
 102         return false;\r
 103     }\r
 104 \r
 105     public boolean canThreshold() {\r
 106         return true;\r
 107     }\r
 108     public boolean isUserDefinable() {\r
 109         return false;\r
 110     }\r
 111 }\r