src/jalview/schemes/ResidueColourScheme.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.schemes;
  22
  23 import jalview.analysis.AAFrequency;
  24 import jalview.analysis.Conservation;
  25 import jalview.datamodel.AnnotatedCollectionI;
  26 import jalview.datamodel.SequenceCollectionI;
  27 import jalview.datamodel.SequenceI;
  28 import jalview.util.MessageManager;
  29
  30 import java.awt.Color;
  31 import java.util.Hashtable;
  32 import java.util.Map;
  33
  34 /**
  35  * DOCUMENT ME!
  36  *
  37  * @author $author$
  38  * @version $Revision$
  39  */
  40 public class ResidueColourScheme implements ColourSchemeI
  41 {
  42   final int[] symbolIndex;
  43
  44   boolean conservationColouring = false;
  45
  46   Color[] colors = null;
  47
  48   int threshold = 0;
  49
  50   /* Set when threshold colouring to either pid_gaps or pid_nogaps */
  51   protected String ignoreGaps = AAFrequency.PID_GAPS;
  52
  53   /** Consenus as a hashtable array */
  54   Hashtable[] consensus;
  55
  56   /** Conservation string as a char array */
  57   char[] conservation;
  58
  59   int conservationLength = 0;
  60
  61   /** DOCUMENT ME!! */
  62   int inc = 30;
  63
  64   /**
  65    * Creates a new ResidueColourScheme object.
  66    *
  67    * @param final int[] index table into colors (ResidueProperties.naIndex or
  68    *        ResidueProperties.aaIndex)
  69    * @param colors
  70    *          colours for symbols in sequences
  71    * @param threshold
  72    *          threshold for conservation shading
  73    */
  74   public ResidueColourScheme(int[] aaOrnaIndex, Color[] colours,
  75           int threshold)
  76   {
  77     symbolIndex = aaOrnaIndex;
  78     this.colors = colours;
  79     this.threshold = threshold;
  80   }
  81
  82   /**
  83    * Creates a new ResidueColourScheme object with a lookup table for indexing
  84    * the colour map
  85    */
  86   public ResidueColourScheme(int[] aaOrNaIndex)
  87   {
  88     symbolIndex = aaOrNaIndex;
  89   }
  90
  91   /**
  92    * Creates a new ResidueColourScheme object - default constructor for
  93    * non-sequence dependent colourschemes
  94    */
  95   public ResidueColourScheme()
  96   {
  97     symbolIndex = null;
  98   }
  99
 100   /**
 101    * Find a colour without an index in a sequence
 102    */
 103   public Color findColour(char c)
 104   {
 105     return colors == null ? Color.white : colors[symbolIndex[c]];
 106   }
 107
 108   @Override
 109   public Color findColour(char c, int j, SequenceI seq)
 110   {
 111     Color currentColour;
 112
 113     if (colors != null && symbolIndex != null && (threshold == 0)
 114             || aboveThreshold(c, j))
 115     {
 116       currentColour = colors[symbolIndex[c]];
 117     }
 118     else
 119     {
 120       currentColour = Color.white;
 121     }
 122
 123     if (conservationColouring)
 124     {
 125       currentColour = applyConservation(currentColour, j);
 126     }
 127
 128     return currentColour;
 129   }
 130
 131   /**
 132    * Get the percentage threshold for this colour scheme
 133    *
 134    * @return Returns the percentage threshold
 135    */
 136   public int getThreshold()
 137   {
 138     return threshold;
 139   }
 140
 141   /**
 142    * DOCUMENT ME!
 143    *
 144    * @param ct
 145    *          DOCUMENT ME!
 146    */
 147   public void setThreshold(int ct, boolean ignoreGaps)
 148   {
 149     threshold = ct;
 150     if (ignoreGaps)
 151     {
 152       this.ignoreGaps = AAFrequency.PID_NOGAPS;
 153     }
 154     else
 155     {
 156       this.ignoreGaps = AAFrequency.PID_GAPS;
 157     }
 158   }
 159
 160   /**
 161    * DOCUMENT ME!
 162    *
 163    * @param s
 164    *          DOCUMENT ME!
 165    * @param j
 166    *          DOCUMENT ME!
 167    *
 168    * @return DOCUMENT ME!
 169    */
 170   public boolean aboveThreshold(char c, int j)
 171   {
 172     if ('a' <= c && c <= 'z')
 173     {
 174       // TO UPPERCASE !!!
 175       // Faster than toUpperCase
 176       c -= ('a' - 'A');
 177     }
 178
 179     if (consensus == null || consensus.length < j || consensus[j] == null)
 180     {
 181       return false;
 182     }
 183
 184     if ((((Integer) consensus[j].get(AAFrequency.MAXCOUNT)).intValue() != -1)
 185             && consensus[j].contains(String.valueOf(c)))
 186     {
 187       if (((Float) consensus[j].get(ignoreGaps)).floatValue() >= threshold)
 188       {
 189         return true;
 190       }
 191     }
 192
 193     return false;
 194   }
 195
 196   public boolean conservationApplied()
 197   {
 198     return conservationColouring;
 199   }
 200
 201   @Override
 202   public void setConservationApplied(boolean conservationApplied)
 203   {
 204     conservationColouring = conservationApplied;
 205   }
 206
 207   public void setConservationInc(int i)
 208   {
 209     inc = i;
 210   }
 211
 212   public int getConservationInc()
 213   {
 214     return inc;
 215   }
 216
 217   /**
 218    * DOCUMENT ME!
 219    *
 220    * @param consensus
 221    *          DOCUMENT ME!
 222    */
 223   public void setConsensus(Hashtable[] consensus)
 224   {
 225     if (consensus == null)
 226     {
 227       return;
 228     }
 229
 230     this.consensus = consensus;
 231   }
 232
 233   public void setConservation(Conservation cons)
 234   {
 235     if (cons == null)
 236     {
 237       conservationColouring = false;
 238       conservation = null;
 239     }
 240     else
 241     {
 242       conservationColouring = true;
 243       int i, iSize = cons.getConsSequence().getLength();
 244       conservation = new char[iSize];
 245       for (i = 0; i < iSize; i++)
 246       {
 247         conservation[i] = cons.getConsSequence().getCharAt(i);
 248       }
 249       conservationLength = conservation.length;
 250     }
 251
 252   }
 253
 254   /**
 255    * DOCUMENT ME!
 256    *
 257    * @param s
 258    *          DOCUMENT ME!
 259    * @param i
 260    *          DOCUMENT ME!
 261    *
 262    * @return DOCUMENT ME!
 263    */
 264
 265   Color applyConservation(Color currentColour, int i)
 266   {
 267
 268     if ((conservationLength > i) && (conservation[i] != '*')
 269             && (conservation[i] != '+'))
 270     {
 271       if (jalview.util.Comparison.isGap(conservation[i]))
 272       {
 273         currentColour = Color.white;
 274       }
 275       else
 276       {
 277         float t = 11 - (conservation[i] - '0');
 278         if (t == 0)
 279         {
 280           return Color.white;
 281         }
 282
 283         int red = currentColour.getRed();
 284         int green = currentColour.getGreen();
 285         int blue = currentColour.getBlue();
 286
 287         int dr = 255 - red;
 288         int dg = 255 - green;
 289         int db = 255 - blue;
 290
 291         dr *= t / 10f;
 292         dg *= t / 10f;
 293         db *= t / 10f;
 294
 295         red += (inc / 20f) * dr;
 296         green += (inc / 20f) * dg;
 297         blue += (inc / 20f) * db;
 298
 299         if (red > 255 || green > 255 || blue > 255)
 300         {
 301           currentColour = Color.white;
 302         }
 303         else
 304         {
 305           currentColour = new Color(red, green, blue);
 306         }
 307       }
 308     }
 309     return currentColour;
 310   }
 311
 312   @Override
 313   public void alignmentChanged(AnnotatedCollectionI alignment,
 314           Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hiddenReps)
 315   {
 316   }
 317
 318   @Override
 319   public ColourSchemeI applyTo(AnnotatedCollectionI sg,
 320           Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hiddenRepSequences)
 321   {
 322     try
 323     {
 324       return getClass().newInstance();
 325     } catch (Exception q)
 326     {
 327       throw new Error(MessageManager.formatMessage("error.implementation_error_cannot_duplicate_colour_scheme", new String[]{getClass().getName()}), q);
 328     }
 329   }
 330 }