src/jalview/schemes/ResidueColourScheme.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 \r
  20 package jalview.schemes;\r
  21 \r
  22 import java.util.*;\r
  23 import java.awt.*;\r
  24 \r
  25 public class ResidueColourScheme implements ColourSchemeI{\r
  26     Color    [] colors;\r
  27     int       threshold = 0;\r
  28     public Vector   consensus;\r
  29 \r
  30     public ResidueColourScheme(Color[] colors, int threshold) {\r
  31         this.colors    = colors;\r
  32         this.threshold = threshold;\r
  33     }\r
  34 \r
  35     public ResidueColourScheme()\r
  36     {   }\r
  37 \r
  38     public void setConsensus(Vector consensus)\r
  39     {\r
  40       this.consensus = consensus;\r
  41     }\r
  42 \r
  43     public Color findColour(String aa)\r
  44     {\r
  45       return colors[((Integer)(ResidueProperties.aaHash.get(aa))).intValue()];\r
  46     }\r
  47 \r
  48     public Color findColour(String s, int j) {\r
  49 \r
  50        if( threshold==0 || aboveThreshold(s,j))\r
  51           return colors[((Integer)(ResidueProperties.aaHash.get(s))).intValue()];\r
  52        else\r
  53           return Color.white;\r
  54 \r
  55     }\r
  56 \r
  57     public int getThreshold() {\r
  58         return threshold;\r
  59     }\r
  60 \r
  61     public void setThreshold(int ct) {\r
  62         threshold = ct;\r
  63     }\r
  64 \r
  65     public boolean aboveThreshold(String s, int j)\r
  66     {\r
  67         Hashtable hash = (Hashtable)consensus.elementAt(j);\r
  68 \r
  69         if ( ( (Integer) hash.get("maxCount")).intValue() != -1 && hash.contains(s))\r
  70         {\r
  71                ////  resCount////////////////////                  ///////////////seq count////////////\r
  72           double sc = ( (Integer) hash.get(s)).intValue()  * 100.0 / ( (Integer) hash.get("size")).intValue();\r
  73 \r
  74           if (sc >= threshold)\r
  75             return true;\r
  76 \r
  77         }\r
  78 \r
  79         return false;\r
  80     }\r
  81 }\r