src/jalview/schemes/ResidueColourScheme.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package jalview.schemes;\r
  20 \r
  21 import java.awt.*;\r
  22 \r
  23 import java.util.*;\r
  24 \r
  25 \r
  26 public class ResidueColourScheme implements ColourSchemeI {\r
  27     Color[] colors;\r
  28     int threshold = 0;\r
  29     public Vector consensus;\r
  30 \r
  31     public ResidueColourScheme(Color[] colors, int threshold) {\r
  32         this.colors = colors;\r
  33         this.threshold = threshold;\r
  34     }\r
  35 \r
  36     public ResidueColourScheme() {\r
  37     }\r
  38 \r
  39     public void setConsensus(Vector consensus) {\r
  40         this.consensus = consensus;\r
  41     }\r
  42 \r
  43     public Color findColour(String aa) {\r
  44         return colors[((Integer) (ResidueProperties.aaHash.get(aa))).intValue()];\r
  45     }\r
  46 \r
  47     public Color findColour(String s, int j) {\r
  48         if ((threshold == 0) || aboveThreshold(s, j)) {\r
  49             return colors[((Integer) (ResidueProperties.aaHash.get(s))).intValue()];\r
  50         } else {\r
  51             return Color.white;\r
  52         }\r
  53     }\r
  54 \r
  55     public int getThreshold() {\r
  56         return threshold;\r
  57     }\r
  58 \r
  59     public void setThreshold(int ct) {\r
  60         threshold = ct;\r
  61     }\r
  62 \r
  63     public boolean aboveThreshold(String s, int j) {\r
  64         Hashtable hash = (Hashtable) consensus.elementAt(j);\r
  65 \r
  66         if ((((Integer) hash.get("maxCount")).intValue() != -1) &&\r
  67                 hash.contains(s)) {\r
  68             ////  resCount////////////////////                  ///////////////seq count////////////\r
  69             double sc = (((Integer) hash.get(s)).intValue() * 100.0) / ((Integer) hash.get(\r
  70                     "size")).intValue();\r
  71 \r
  72             if (sc >= threshold) {\r
  73                 return true;\r
  74             }\r
  75         }\r
  76 \r
  77         return false;\r
  78     }\r
  79 }\r