src/jalview/schemes/ResidueColourScheme.java

   1 package jalview.schemes;\r
   2 \r
   3 import java.util.*;\r
   4 import java.awt.*;\r
   5 \r
   6 public class ResidueColourScheme implements ColourSchemeI{\r
   7     Color    [] colors;\r
   8     int       threshold = 0;\r
   9     public Vector   consensus;\r
  10 \r
  11     public ResidueColourScheme(Color[] colors, int threshold) {\r
  12         this.colors    = colors;\r
  13         this.threshold = threshold;\r
  14     }\r
  15 \r
  16     public ResidueColourScheme()\r
  17     {   }\r
  18 \r
  19     public void setConsensus(Vector consensus)\r
  20     {\r
  21       this.consensus = consensus;\r
  22     }\r
  23 \r
  24     public Color findColour(String aa)\r
  25     {\r
  26       return colors[((Integer)(ResidueProperties.aaHash.get(aa))).intValue()];\r
  27     }\r
  28 \r
  29     public Color findColour(String s, int j) {\r
  30 \r
  31        if( threshold==0 || aboveThreshold(s,j))\r
  32           return colors[((Integer)(ResidueProperties.aaHash.get(s))).intValue()];\r
  33        else\r
  34           return Color.white;\r
  35 \r
  36     }\r
  37 \r
  38     public int getThreshold() {\r
  39         return threshold;\r
  40     }\r
  41 \r
  42     public void setThreshold(int ct) {\r
  43         threshold = ct;\r
  44     }\r
  45 \r
  46     public boolean aboveThreshold(String s, int j)\r
  47     {\r
  48         Hashtable hash = (Hashtable)consensus.elementAt(j);\r
  49 \r
  50         if ( ( (Integer) hash.get("maxCount")).intValue() != -1 && hash.contains(s))\r
  51         {\r
  52                ////  resCount////////////////////                  ///////////////seq count////////////\r
  53           double sc = ( (Integer) hash.get(s)).intValue()  * 100.0 / ( (Integer) hash.get("size")).intValue();\r
  54 \r
  55           if (sc >= threshold)\r
  56             return true;\r
  57 \r
  58         }\r
  59 \r
  60         return false;\r
  61     }\r
  62 }\r