src/jalview/schemes/ResidueProperties.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.schemes;\r
  20 \r
  21 import java.util.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 \r
  25 public class ResidueProperties\r
  26 {\r
  27   //Stores residue codes/names and colours and other things\r
  28   public static Hashtable aaHash = new Hashtable(); // stores the number value of the aa\r
  29   public static Hashtable aa3Hash = new Hashtable();\r
  30   public static Hashtable aa2Triplet = new Hashtable();\r
  31   public static Hashtable nucleotideHash = new Hashtable();\r
  32 \r
  33   static\r
  34   {\r
  35     aaHash.put("A", new Integer(0));\r
  36     aaHash.put("R", new Integer(1));\r
  37     aaHash.put("N", new Integer(2));\r
  38     aaHash.put("D", new Integer(3));\r
  39     aaHash.put("C", new Integer(4));\r
  40     aaHash.put("Q", new Integer(5));\r
  41     aaHash.put("E", new Integer(6));\r
  42     aaHash.put("G", new Integer(7));\r
  43     aaHash.put("H", new Integer(8));\r
  44     aaHash.put("I", new Integer(9));\r
  45     aaHash.put("L", new Integer(10));\r
  46     aaHash.put("K", new Integer(11));\r
  47     aaHash.put("M", new Integer(12));\r
  48     aaHash.put("F", new Integer(13));\r
  49     aaHash.put("P", new Integer(14));\r
  50     aaHash.put("S", new Integer(15));\r
  51     aaHash.put("T", new Integer(16));\r
  52     aaHash.put("W", new Integer(17));\r
  53     aaHash.put("Y", new Integer(18));\r
  54     aaHash.put("V", new Integer(19));\r
  55     aaHash.put("B", new Integer(20));\r
  56     aaHash.put("Z", new Integer(21));\r
  57     aaHash.put("X", new Integer(22));\r
  58     aaHash.put("a", new Integer(0));\r
  59     aaHash.put("r", new Integer(1));\r
  60     aaHash.put("n", new Integer(2));\r
  61     aaHash.put("d", new Integer(3));\r
  62     aaHash.put("c", new Integer(4));\r
  63     aaHash.put("q", new Integer(5));\r
  64     aaHash.put("e", new Integer(6));\r
  65     aaHash.put("g", new Integer(7));\r
  66     aaHash.put("h", new Integer(8));\r
  67     aaHash.put("i", new Integer(9));\r
  68     aaHash.put("l", new Integer(10));\r
  69     aaHash.put("k", new Integer(11));\r
  70     aaHash.put("m", new Integer(12));\r
  71     aaHash.put("f", new Integer(13));\r
  72     aaHash.put("p", new Integer(14));\r
  73     aaHash.put("s", new Integer(15));\r
  74     aaHash.put("t", new Integer(16));\r
  75     aaHash.put("w", new Integer(17));\r
  76     aaHash.put("y", new Integer(18));\r
  77     aaHash.put("v", new Integer(19));\r
  78     aaHash.put("b", new Integer(20));\r
  79     aaHash.put("z", new Integer(21));\r
  80     aaHash.put("x", new Integer(22));\r
  81     aaHash.put("-", new Integer(23));\r
  82     aaHash.put("*", new Integer(23));\r
  83     aaHash.put(".", new Integer(23));\r
  84     aaHash.put(" ", new Integer(23));\r
  85   }\r
  86 \r
  87   static\r
  88   {\r
  89     nucleotideHash.put("A", new Integer(0));\r
  90     nucleotideHash.put("C", new Integer(1));\r
  91     nucleotideHash.put("G", new Integer(2));\r
  92     nucleotideHash.put("T", new Integer(3));\r
  93     nucleotideHash.put("U", new Integer(4));\r
  94   }\r
  95 \r
  96   // These numbers should correspond to the indices in the Color hashes\r
  97   public static Hashtable aaSpecialsHash = new Hashtable();\r
  98 \r
  99   static\r
 100   {\r
 101     aaSpecialsHash.put("-", new Integer(23));\r
 102     aaSpecialsHash.put("*", new Integer(24));\r
 103     aaSpecialsHash.put(".", new Integer(25));\r
 104     aaSpecialsHash.put(" ", new Integer(26));\r
 105   }\r
 106 \r
 107   static\r
 108   {\r
 109     aa3Hash.put("ALA", new Integer(0));\r
 110     aa3Hash.put("ARG", new Integer(1));\r
 111     aa3Hash.put("ASN", new Integer(2));\r
 112     aa3Hash.put("ASP", new Integer(3)); //D\r
 113     aa3Hash.put("CYS", new Integer(4));\r
 114     aa3Hash.put("GLN", new Integer(5)); //Q\r
 115     aa3Hash.put("GLU", new Integer(6)); // E\r
 116     aa3Hash.put("GLY", new Integer(7));\r
 117     aa3Hash.put("HIS", new Integer(8));\r
 118     aa3Hash.put("ILE", new Integer(9));\r
 119     aa3Hash.put("LEU", new Integer(10));\r
 120     aa3Hash.put("LYS", new Integer(11));\r
 121     aa3Hash.put("MET", new Integer(12));\r
 122     aa3Hash.put("PHE", new Integer(13));\r
 123     aa3Hash.put("PRO", new Integer(14));\r
 124     aa3Hash.put("SER", new Integer(15));\r
 125     aa3Hash.put("THR", new Integer(16));\r
 126     aa3Hash.put("TRP", new Integer(17));\r
 127     aa3Hash.put("TYR", new Integer(18));\r
 128     aa3Hash.put("VAL", new Integer(19));\r
 129     aa3Hash.put("B", new Integer(20));\r
 130     aa3Hash.put("Z", new Integer(21));\r
 131     aa3Hash.put("X", new Integer(22));\r
 132     aa3Hash.put("-", new Integer(23));\r
 133     aa3Hash.put("*", new Integer(23));\r
 134     aa3Hash.put(".", new Integer(23));\r
 135     aa3Hash.put(" ", new Integer(23));\r
 136   }\r
 137 \r
 138   static\r
 139   {\r
 140     aa2Triplet.put("A", "ALA");\r
 141     aa2Triplet.put("R", "ARG");\r
 142     aa2Triplet.put("N", "ASN");\r
 143     aa2Triplet.put("D", "ASP");\r
 144     aa2Triplet.put("C", "CYS");\r
 145     aa2Triplet.put("Q", "GLN");\r
 146     aa2Triplet.put("E", "GLU");\r
 147     aa2Triplet.put("G", "GLY");\r
 148     aa2Triplet.put("H", "HIS");\r
 149     aa2Triplet.put("I", "ILE");\r
 150     aa2Triplet.put("L", "LEU");\r
 151     aa2Triplet.put("K", "LYS");\r
 152     aa2Triplet.put("M", "MET");\r
 153     aa2Triplet.put("F", "PHE");\r
 154     aa2Triplet.put("P", "PRO");\r
 155     aa2Triplet.put("S", "SER");\r
 156     aa2Triplet.put("T", "THR");\r
 157     aa2Triplet.put("W", "TRP");\r
 158     aa2Triplet.put("Y", "TYR");\r
 159     aa2Triplet.put("V", "VAL");\r
 160   }\r
 161 \r
 162   public static String[] aa =\r
 163       {\r
 164       "A", "R", "N", "D", "C", "Q", "E", "G", "H", "I", "L", "K", "M", "F",\r
 165       "P", "S", "T", "W", "Y", "V", "B", "Z", "X", "_", "*", ".", " "\r
 166   };\r
 167   public static Color midBlue = new Color(100, 100, 255);\r
 168   public static Vector scaleColours = new Vector();\r
 169 \r
 170   static\r
 171   {\r
 172     scaleColours.addElement(new Color(114, 0, 147));\r
 173     scaleColours.addElement(new Color(156, 0, 98));\r
 174     scaleColours.addElement(new Color(190, 0, 0));\r
 175     scaleColours.addElement(Color.red);\r
 176     scaleColours.addElement(new Color(255, 125, 0));\r
 177     scaleColours.addElement(Color.orange);\r
 178     scaleColours.addElement(new Color(255, 194, 85));\r
 179     scaleColours.addElement(Color.yellow);\r
 180     scaleColours.addElement(new Color(255, 255, 181));\r
 181     scaleColours.addElement(Color.white);\r
 182   }\r
 183 \r
 184   public static Color[] taylor =\r
 185       {\r
 186       new Color(204, 255, 0), // A  Greenish-yellowy-yellow\r
 187       new Color(0, 0, 255), // R  Blueish-bluey-blue\r
 188       new Color(204, 0, 255), // N  Blueish-reddy-blue\r
 189       new Color(255, 0, 0), // D  Reddish-reddy-red\r
 190       new Color(255, 255, 0), // C  Yellowish-yellowy-yellow\r
 191       new Color(255, 0, 204), // Q  Reddish-bluey-red\r
 192       new Color(255, 0, 102), // E  Blueish-reddy-red\r
 193       new Color(255, 153, 0), // G  Yellowy-reddy-yellow\r
 194       new Color(0, 102, 255), // H  Greenish-bluey-blue\r
 195       new Color(102, 255, 0), // I  Greenish-yellowy-green\r
 196       new Color(51, 255, 0), // L  Yellowish-greeny-green\r
 197       new Color(102, 0, 255), // K  Reddish-bluey-blue\r
 198       new Color(0, 255, 0), // M  Greenish-greeny-green\r
 199       new Color(0, 255, 102), // F  Blueish-greeny-green\r
 200       new Color(255, 204, 0), // P  Reddish-yellowy-yellow\r
 201       new Color(255, 51, 0), // S  Yellowish-reddy-red\r
 202       new Color(255, 102, 0), // T  Reddish-yellowy-red\r
 203       new Color(0, 204, 255), // W  Blueish-greeny-green\r
 204       new Color(0, 255, 204), // Y  Greenish-bluey-green\r
 205       new Color(153, 255, 0), // V  Yellowish-greeny-yellow\r
 206       Color.white, // B\r
 207       Color.white, // Z\r
 208       Color.white, // X\r
 209       Color.white, // -\r
 210       Color.white, // *\r
 211       Color.white // .\r
 212   };\r
 213   public static Color[] nucleotide =\r
 214       {\r
 215       new Color(100, 247, 63), // A\r
 216       new Color(255, 179, 64), // C\r
 217       new Color(235, 65, 60), // G\r
 218       new Color(60, 136, 238), // T\r
 219       new Color(60, 136, 238) // U\r
 220   };\r
 221   public static Color[] color =\r
 222       {\r
 223       Color.pink, // A\r
 224       midBlue, // R\r
 225       Color.green, // N\r
 226       Color.red, // D\r
 227       Color.yellow, // C\r
 228       Color.green, // Q\r
 229       Color.red, // E\r
 230       Color.magenta, // G\r
 231       Color.red, // H\r
 232       Color.pink, // I\r
 233       Color.pink, // L\r
 234       midBlue, // K\r
 235       Color.pink, // M\r
 236       Color.orange, // F\r
 237       Color.magenta, // P\r
 238       Color.green, // S\r
 239       Color.green, // T\r
 240       Color.orange, // W\r
 241       Color.orange, // Y\r
 242       Color.pink, // V\r
 243       Color.white, // B\r
 244       Color.white, // Z\r
 245       Color.white, // X\r
 246       Color.white, // -\r
 247       Color.white, // *\r
 248       Color.white, // .\r
 249       Color.white // ' '\r
 250   };\r
 251 \r
 252   // Dunno where I got these numbers from\r
 253   public static double[] hyd2 =\r
 254       {\r
 255       0.62, //A\r
 256       0.29, //R\r
 257       -0.90, //N\r
 258       -0.74, //D\r
 259       1.19, //C\r
 260       0.48, //Q\r
 261       -0.40, //E\r
 262       1.38, //G\r
 263       -1.50, //H\r
 264       1.06, //I\r
 265       0.64, //L\r
 266       -0.78, //K\r
 267       0.12, //M\r
 268       -0.85, //F\r
 269       -2.53, //P\r
 270       -0.18, //S\r
 271       -0.05, //T\r
 272       1.08, //W\r
 273       0.81, //Y\r
 274       0.0, //V\r
 275       0.26, //B\r
 276       0.0, //Z\r
 277       0.0 //X\r
 278   };\r
 279   public static double[] helix =\r
 280       {\r
 281       1.42, 0.98, 0.67, 1.01, 0.70, 1.11, 1.51, 0.57, 1.00, 1.08, 1.21, 1.16,\r
 282       1.45, 1.13, 0.57, 0.77, 0.83, 1.08, 0.69, 1.06, 0.84, 1.31, 1.00, 0.0\r
 283   };\r
 284   public static double helixmin = 0.57;\r
 285   public static double helixmax = 1.51;\r
 286   public static double[] strand =\r
 287       {\r
 288       0.83, 0.93, 0.89, 0.54, 1.19, 1.10, 0.37, 0.75, 0.87, 1.60, 1.30, 0.74,\r
 289       1.05, 1.38, 0.55, 0.75, 1.19, 1.37, 1.47, 1.70, 0.72, 0.74, 1.0, 0.0\r
 290   };\r
 291   public static double strandmin = 0.37;\r
 292   public static double strandmax = 1.7;\r
 293   public static double[] turn =\r
 294       {\r
 295       0.66, 0.95, 1.56, 1.46, 1.19, 0.98, 0.74, 1.56, 0.95, 0.47, 0.59, 1.01,\r
 296       0.60, 0.60, 1.52, 1.43, 0.96, 0.96, 1.14, 0.50, 1.51, 0.86, 1.00, 0, 0\r
 297   };\r
 298   public static double turnmin = 0.47;\r
 299   public static double turnmax = 1.56;\r
 300   public static double[] buried =\r
 301       {\r
 302       1.7, 0.1, 0.4, 0.4, 4.6, 0.3, 0.3, 1.8, 0.8, 3.1, 2.4, 0.05, 1.9, 2.2,\r
 303       0.6, 0.8, 0.7, 1.6, 0.5, 2.9, 0.4, 0.3, 1.358, 0.00\r
 304   };\r
 305   public static double buriedmin = 0.05;\r
 306   public static double buriedmax = 4.6;\r
 307 \r
 308   // This is hydropathy index\r
 309   // Kyte, J., and Doolittle, R.F., J. Mol. Biol.\r
 310   // 1157, 105-132, 1982\r
 311   public static double[] hyd =\r
 312       {\r
 313       1.8, -4.5, -3.5, -3.5, 2.5, -3.5, -3.5, -0.4, -3.2, 4.5, 3.8, -3.9, 1.9,\r
 314       2.8, -1.6, -0.8, -0.7, -0.9, -1.3, 4.2, -3.5, -3.5, -0.49, 0.0\r
 315   };\r
 316   public static final double hydmax = 4.5;\r
 317   public static final double hydmin = -3.9;\r
 318 \r
 319   //public static final double hydmax = 1.38;\r
 320   //public static final double hydmin = -2.53;\r
 321   static final int[][] BLOSUM62 =\r
 322       {\r
 323       {\r
 324       4, -1, -2, -2, 0, -1, -1, 0, -2, -1, -1, -1, -1, -2, -1, 1, 0, -3,\r
 325       -2, 0, -2, -1, 0, -4\r
 326   },\r
 327       {\r
 328       -1, 5, 0, -2, -3, 1, 0, -2, 0, -3, -2, 2, -1, -3, -2, -1, -1, -3, -2,\r
 329       -3, -1, 0, -1, -4\r
 330   },\r
 331       {\r
 332       -2, 0, 6, 1, -3, 0, 0, 0, 1, -3, -3, 0, -2, -3, -2, 1, 0, -4, -2, -3,\r
 333       3, 0, -1, -4\r
 334   },\r
 335       {\r
 336       -2, -2, 1, 6, -3, 0, 2, -1, -1, -3, -4, -1, -3, -3, -1, 0, -1, -4,\r
 337       -3, -3, 4, 1, -1, -4\r
 338   },\r
 339       {\r
 340       0, 3, -3, -3, 9, -3, -4, -3, -3, -1, -1, -3, -1, -2, -3, -1, -1, -2,\r
 341       -2, -1, -3, -3, -2, -4\r
 342   },\r
 343       {\r
 344       -1, 1, 0, 0, -3, 5, 2, -2, 0, -3, -2, 1, 0, -3, -1, 0, -1, -2, -1,\r
 345       -2, 0, 3, -1, -4\r
 346   },\r
 347       {\r
 348       -1, 0, 0, 2, -4, 2, 5, -2, 0, -3, -3, 1, -2, -3, -1, 0, -1, -3, -2,\r
 349       -2, 1, 4, -1, -4\r
 350   },\r
 351       {\r
 352       0, -2, 0, -1, -3, -2, -2, 6, -2, -4, -4, -2, -3, -3, -2, 0, -2, -2,\r
 353       -3, -3, -1, -2, -1, -4\r
 354   },\r
 355       {\r
 356       -2, 0, 1, -1, -3, 0, 0, -2, 8, -3, -3, -1, -2, -1, -2, -1, -2, -2, 2,\r
 357       -3, 0, 0, -1, -4\r
 358   },\r
 359       {\r
 360       -1, -3, -3, -3, -1, -3, -3, -4, -3, 4, 2, -3, 1, 0, -3, -2, -1, -3,\r
 361       -1, 3, -3, -3, -1, -4\r
 362   },\r
 363       {\r
 364       -1, -2, -3, -4, -1, -2, -3, -4, -3, 2, 4, -2, 2, 0, -3, -2, -1, -2,\r
 365       -1, 1, -4, -3, -1, -4\r
 366   },\r
 367       {\r
 368       -1, 2, 0, -1, -3, 1, 1, -2, -1, -3, -2, 5, -1, -3, -1, 0, -1, -3, -2,\r
 369       -2, 0, 1, -1, -4\r
 370   },\r
 371       {\r
 372       -1, -1, -2, -3, -1, 0, -2, -3, -2, 1, 2, -1, 5, 0, -2, -1, -1, -1,\r
 373       -1, 1, -3, -1, -1, -4\r
 374   },\r
 375       {\r
 376       -2, -3, -3, -3, -2, -3, -3, -3, -1, 0, 0, -3, 0, 6, -4, -2, -2, 1, 3,\r
 377       -1, -3, -3, -1, -4\r
 378   },\r
 379       {\r
 380       -1, -2, -2, -1, -3, -1, -1, -2, -2, -3, -3, -1, -2, -4, 7, -1, -1,\r
 381       -4, -3, -2, -2, -1, -2, -4\r
 382   },\r
 383       {\r
 384       1, -1, 1, 0, -1, 0, 0, 0, -1, -2, -2, 0, -1, -2, -1, 4, 1, -3, -2,\r
 385       -2, 0, 0, 0, -4\r
 386   },\r
 387       {\r
 388       0, -1, 0, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -1, -1, -1, -1, -2, -1, 1, 5, -2,\r
 389       -2, 0, -1, -1, 0, -4\r
 390   },\r
 391       {\r
 392       -3, -3, -4, -4, -2, -2, -3, -2, -2, -3, -2, -3, -1, 1, -4, -3, -2,\r
 393       11, 2, -3, -4, -3, -2, -4\r
 394   },\r
 395       {\r
 396       -2, -2, -2, -3, -2, -1, -2, -3, 2, -1, -1, -2, -1, 3, -3, -2, -2, 2,\r
 397       7, -1, -3, -2, -1, -4\r
 398   },\r
 399       {\r
 400       0, -3, -3, -3, -1, -2, -2, -3, -3, 3, 1, -2, 1, -1, -2, -2, 0, -3,\r
 401       -1, 4, -3, -2, -1, -4\r
 402   },\r
 403       {\r
 404       -2, -1, 3, 4, -3, 0, 1, -1, 0, -3, -4, 0, -3, -3, -2, 0, -1, -4, -3,\r
 405       -3, 4, 1, -1, -4\r
 406   },\r
 407       {\r
 408       -1, 0, 0, 1, -3, 3, 4, -2, 0, -3, -3, 1, -1, -3, -1, 0, -1, -3, -2,\r
 409       -2, 1, 4, -1, -4\r
 410   },\r
 411       {\r
 412       0, -1, -1, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -2, 0, 0, -2,\r
 413       -1, -1, -1, -1, -1, -4\r
 414   },\r
 415       {\r
 416       -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4,\r
 417       -4, -4, -4, -4, -4, -4, 1\r
 418   },\r
 419   };\r
 420   static final int[][] PAM250 =\r
 421       {\r
 422       {\r
 423       2, -2, 0, 0, -2, 0, 0, 1, -1, -1, -2, -1, -1, -3, 1, 1, 1, -6, -3, 0,\r
 424       0, 0, 0, -8\r
 425   },\r
 426       {\r
 427       -2, 6, 0, -1, -4, 1, -1, -3, 2, -2, -3, 3, 0, -4, 0, 0, -1, 2, -4,\r
 428       -2, -1, 0, -1, -8\r
 429   },\r
 430       {\r
 431       0, 0, 2, 2, -4, 1, 1, 0, 2, -2, -3, 1, -2, -3, 0, 1, 0, -4, -2, -2,\r
 432       2, 1, 0, -8\r
 433   },\r
 434       {\r
 435       0, -1, 2, 4, -5, 2, 3, 1, 1, -2, -4, 0, -3, -6, -1, 0, 0, -7, -4, -2,\r
 436       3, 3, -1, -8\r
 437   },\r
 438       {\r
 439       -2, -4, -4, -5, 12, -5, -5, -3, -3, -2, -6, -5, -5, -4, -3, 0, -2,\r
 440       -8, 0, -2, -4, -5, -3, -8\r
 441   },\r
 442       {\r
 443       0, 1, 1, 2, -5, 4, 2, -1, 3, -2, -2, 1, -1, -5, 0, -1, -1, -5, -4,\r
 444       -2, 1, 3, -1, -8\r
 445   },\r
 446       {\r
 447       0, -1, 1, 3, -5, 2, 4, 0, 1, -2, -3, 0, -2, -5, -1, 0, 0, -7, -4, -2,\r
 448       3, 3, -1, -8\r
 449   },\r
 450       {\r
 451       1, -3, 0, 1, -3, -1, 0, 5, -2, -3, -4, -2, -3, -5, 0, 1, 0, -7, -5,\r
 452       -1, 0, 0, -1, -8\r
 453   },\r
 454       {\r
 455       -1, 2, 2, 1, -3, 3, 1, -2, 6, -2, -2, 0, -2, -2, 0, -1, -1, -3, 0,\r
 456       -2, 1, 2, -1, -8\r
 457   },\r
 458       {\r
 459       -1, -2, -2, -2, -2, -2, -2, -3, -2, 5, 2, -2, 2, 1, -2, -1, 0, -5,\r
 460       -1, 4, -2, -2, -1, -8\r
 461   },\r
 462       {\r
 463       -2, -3, -3, -4, -6, -2, -3, -4, -2, 2, 6, -3, 4, 2, -3, -3, -2, -2,\r
 464       -1, 2, -3, -3, -1, -8\r
 465   },\r
 466       {\r
 467       -1, 3, 1, 0, -5, 1, 0, -2, 0, -2, -3, 5, 0, -5, -1, 0, 0, -3, -4, -2,\r
 468       1, 0, -1, -8\r
 469   },\r
 470       {\r
 471       -1, 0, -2, -3, -5, -1, -2, -3, -2, 2, 4, 0, 6, 0, -2, -2, -1, -4, -2,\r
 472       2, -2, -2, -1, -8\r
 473   },\r
 474       {\r
 475       -3, -4, -3, -6, -4, -5, -5, -5, -2, 1, 2, -5, 0, 9, -5, -3, -3, 0, 7,\r
 476       -1, -4, -5, -2, -8\r
 477   },\r
 478       {\r
 479       1, 0, 0, -1, -3, 0, -1, 0, 0, -2, -3, -1, -2, -5, 6, 1, 0, -6, -5,\r
 480       -1, -1, 0, -1, -8\r
 481   },\r
 482       {\r
 483       1, 0, 1, 0, 0, -1, 0, 1, -1, -1, -3, 0, -2, -3, 1, 2, 1, -2, -3, -1,\r
 484       0, 0, 0, -8\r
 485   },\r
 486       {\r
 487       1, -1, 0, 0, -2, -1, 0, 0, -1, 0, -2, 0, -1, -3, 0, 1, 3, -5, -3, 0,\r
 488       0, -1, 0, -8\r
 489   },\r
 490       {\r
 491       -6, 2, -4, -7, -8, -5, -7, -7, -3, -5, -2, -3, -4, 0, -6, -2, -5, 17,\r
 492       0, -6, -5, -6, -4, -8\r
 493   },\r
 494       {\r
 495       -3, -4, -2, -4, 0, -4, -4, -5, 0, -1, -1, -4, -2, 7, -5, -3, -3, 0,\r
 496       10, -2, -3, -4, -2, -8\r
 497   },\r
 498       {\r
 499       0, -2, -2, -2, -2, -2, -2, -1, -2, 4, 2, -2, 2, -1, -1, -1, 0, -6,\r
 500       -2, 4, -2, -2, -1, -8\r
 501   },\r
 502       {\r
 503       0, -1, 2, 3, -4, 1, 3, 0, 1, -2, -3, 1, -2, -4, -1, 0, 0, -5, -3, -2,\r
 504       3, 2, -1, -8\r
 505   },\r
 506       {\r
 507       0, 0, 1, 3, -5, 3, 3, 0, 2, -2, -3, 0, -2, -5, 0, 0, -1, -6, -4, -2,\r
 508       2, 3, -1, -8\r
 509   },\r
 510       {\r
 511       0, -1, 0, -1, -3, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -2, -1, 0, 0, -4,\r
 512       -2, -1, -1, -1, -1, -8\r
 513   },\r
 514       {\r
 515       -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8,\r
 516       -8, -8, -8, -8, -8, -8, 1\r
 517   },\r
 518   };\r
 519   public static Hashtable ssHash = new Hashtable(); // stores the number value of the aa\r
 520 \r
 521   static\r
 522   {\r
 523     ssHash.put("H", Color.magenta);\r
 524     ssHash.put("E", Color.yellow);\r
 525     ssHash.put("-", Color.white);\r
 526     ssHash.put(".", Color.white);\r
 527     ssHash.put("S", Color.cyan);\r
 528     ssHash.put("T", Color.blue);\r
 529     ssHash.put("G", Color.pink);\r
 530     ssHash.put("I", Color.pink);\r
 531     ssHash.put("B", Color.yellow);\r
 532   }\r
 533 \r
 534   static final int[][] DNA =\r
 535       {\r
 536       {\r
 537       5, -4, -4, -4, 1}, // C\r
 538       {\r
 539       -4, 5, -4, -4, 1}, // T\r
 540       {\r
 541       -4, -4, 5, -4, 1}, // A\r
 542       {\r
 543       -4, -4, -4, 5, 1}, // G\r
 544       {\r
 545       1, 1, 1, 1, 1}, // -\r
 546   };\r
 547   public static Color[] pidColours =\r
 548       {\r
 549       midBlue, new Color(153, 153, 255),\r
 550       //    Color.lightGray,\r
 551       new Color(204, 204, 255),\r
 552   };\r
 553   public static float[] pidThresholds =\r
 554       {\r
 555       80, 60, 40, };\r
 556   public static Hashtable codonHash = new Hashtable();\r
 557   public static Vector Lys = new Vector();\r
 558   public static Vector Asn = new Vector();\r
 559   public static Vector Gln = new Vector();\r
 560   public static Vector His = new Vector();\r
 561   public static Vector Glu = new Vector();\r
 562   public static Vector Asp = new Vector();\r
 563   public static Vector Tyr = new Vector();\r
 564   public static Vector Thr = new Vector();\r
 565   public static Vector Pro = new Vector();\r
 566   public static Vector Ala = new Vector();\r
 567   public static Vector Ser = new Vector();\r
 568   public static Vector Arg = new Vector();\r
 569   public static Vector Gly = new Vector();\r
 570   public static Vector Trp = new Vector();\r
 571   public static Vector Cys = new Vector();\r
 572   public static Vector Ile = new Vector();\r
 573   public static Vector Met = new Vector();\r
 574   public static Vector Leu = new Vector();\r
 575   public static Vector Val = new Vector();\r
 576   public static Vector Phe = new Vector();\r
 577   public static Vector STOP = new Vector();\r
 578 \r
 579   static\r
 580   {\r
 581     codonHash.put("K", Lys);\r
 582     codonHash.put("N", Asn);\r
 583     codonHash.put("Q", Gln);\r
 584     codonHash.put("H", His);\r
 585     codonHash.put("E", Glu);\r
 586     codonHash.put("D", Asp);\r
 587     codonHash.put("Y", Tyr);\r
 588     codonHash.put("T", Thr);\r
 589     codonHash.put("P", Pro);\r
 590     codonHash.put("A", Ala);\r
 591     codonHash.put("S", Ser);\r
 592     codonHash.put("R", Arg);\r
 593     codonHash.put("G", Gly);\r
 594     codonHash.put("W", Trp);\r
 595     codonHash.put("C", Cys);\r
 596     codonHash.put("I", Ile);\r
 597     codonHash.put("M", Met);\r
 598     codonHash.put("L", Leu);\r
 599     codonHash.put("V", Val);\r
 600     codonHash.put("F", Phe);\r
 601     codonHash.put("STOP", STOP);\r
 602   }\r
 603 \r
 604   public static Hashtable codonHash2 = new Hashtable();\r
 605 \r
 606   static\r
 607   {\r
 608     codonHash2.put("AAA", "K");\r
 609     codonHash2.put("AAG", "K");\r
 610     codonHash2.put("AAC", "N");\r
 611     codonHash2.put("AAT", "N");\r
 612 \r
 613     codonHash2.put("CAA", "E");\r
 614     codonHash2.put("CAG", "E");\r
 615     codonHash2.put("CAC", "H");\r
 616     codonHash2.put("CAT", "H");\r
 617 \r
 618     codonHash2.put("GAA", "Q");\r
 619     codonHash2.put("GAG", "Q");\r
 620     codonHash2.put("GAC", "D");\r
 621     codonHash2.put("GAT", "D");\r
 622 \r
 623     codonHash2.put("TAC", "Y");\r
 624     codonHash2.put("TAT", "Y");\r
 625 \r
 626     codonHash2.put("ACA", "T");\r
 627     codonHash2.put("AAG", "T");\r
 628     codonHash2.put("ACC", "T");\r
 629     codonHash2.put("ACT", "T");\r
 630 \r
 631     codonHash2.put("CCA", "P");\r
 632     codonHash2.put("CCG", "P");\r
 633     codonHash2.put("CCC", "P");\r
 634     codonHash2.put("CCT", "P");\r
 635 \r
 636     codonHash2.put("GCA", "A");\r
 637     codonHash2.put("GCG", "A");\r
 638     codonHash2.put("GCC", "A");\r
 639     codonHash2.put("GCT", "A");\r
 640 \r
 641     codonHash2.put("TCA", "S");\r
 642     codonHash2.put("TCG", "S");\r
 643     codonHash2.put("TCC", "S");\r
 644     codonHash2.put("TCT", "S");\r
 645     codonHash2.put("AGC", "S");\r
 646     codonHash2.put("AGT", "S");\r
 647 \r
 648     codonHash2.put("AGA", "R");\r
 649     codonHash2.put("AGG", "R");\r
 650     codonHash2.put("CGA", "R");\r
 651     codonHash2.put("CGG", "R");\r
 652     codonHash2.put("CGC", "R");\r
 653     codonHash2.put("CGT", "R");\r
 654 \r
 655     codonHash2.put("GGA", "G");\r
 656     codonHash2.put("GGG", "G");\r
 657     codonHash2.put("GGC", "G");\r
 658     codonHash2.put("GGT", "G");\r
 659 \r
 660     codonHash2.put("TGA", "*");\r
 661     codonHash2.put("TAA", "*");\r
 662     codonHash2.put("TAG", "*");\r
 663 \r
 664     codonHash2.put("TGG", "W");\r
 665 \r
 666     codonHash2.put("TGC", "C");\r
 667     codonHash2.put("TGT", "C");\r
 668 \r
 669     codonHash2.put("ATA", "I");\r
 670     codonHash2.put("ATC", "I");\r
 671     codonHash2.put("ATT", "I");\r
 672 \r
 673     codonHash2.put("ATG", "M");\r
 674 \r
 675     codonHash2.put("CTA", "L");\r
 676     codonHash2.put("CTG", "L");\r
 677     codonHash2.put("CTC", "L");\r
 678     codonHash2.put("CTT", "L");\r
 679     codonHash2.put("TTA", "L");\r
 680     codonHash2.put("TTG", "L");\r
 681 \r
 682     codonHash2.put("GTA", "V");\r
 683     codonHash2.put("GTG", "V");\r
 684     codonHash2.put("GTC", "V");\r
 685     codonHash2.put("GTT", "V");\r
 686 \r
 687     codonHash2.put("TTC", "F");\r
 688     codonHash2.put("TTT", "F");\r
 689   }\r
 690 \r
 691   static\r
 692   {\r
 693     Lys.addElement("AAA");\r
 694     Lys.addElement("AAG");\r
 695     Asn.addElement("AAC");\r
 696     Asn.addElement("AAT");\r
 697 \r
 698     Gln.addElement("CAA");\r
 699     Gln.addElement("CAG");\r
 700     His.addElement("CAC");\r
 701     His.addElement("CAT");\r
 702 \r
 703     Glu.addElement("GAA");\r
 704     Glu.addElement("GAG");\r
 705     Asp.addElement("GAC");\r
 706     Asp.addElement("GAT");\r
 707 \r
 708     Tyr.addElement("TAC");\r
 709     Tyr.addElement("TAT");\r
 710 \r
 711     Thr.addElement("ACA");\r
 712     Thr.addElement("ACG");\r
 713     Thr.addElement("ACC");\r
 714     Thr.addElement("ACT");\r
 715 \r
 716     Pro.addElement("CCA");\r
 717     Pro.addElement("CCG");\r
 718     Pro.addElement("CCC");\r
 719     Pro.addElement("CCT");\r
 720 \r
 721     Ala.addElement("GCA");\r
 722     Ala.addElement("GCG");\r
 723     Ala.addElement("GCC");\r
 724     Ala.addElement("GCT");\r
 725 \r
 726     Ser.addElement("TCA");\r
 727     Ser.addElement("TCG");\r
 728     Ser.addElement("TCC");\r
 729     Ser.addElement("TCT");\r
 730     Ser.addElement("AGC");\r
 731     Ser.addElement("AGT");\r
 732 \r
 733     Arg.addElement("AGA");\r
 734     Arg.addElement("AGG");\r
 735     Arg.addElement("CGA");\r
 736     Arg.addElement("CGG");\r
 737     Arg.addElement("CGC");\r
 738     Arg.addElement("CGT");\r
 739 \r
 740     Gly.addElement("GGA");\r
 741     Gly.addElement("GGG");\r
 742     Gly.addElement("GGC");\r
 743     Gly.addElement("GGT");\r
 744 \r
 745     STOP.addElement("TGA");\r
 746     STOP.addElement("TAA");\r
 747     STOP.addElement("TAG");\r
 748 \r
 749     Trp.addElement("TGG");\r
 750 \r
 751     Cys.addElement("TGC");\r
 752     Cys.addElement("TGT");\r
 753 \r
 754     Ile.addElement("ATA");\r
 755     Ile.addElement("ATC");\r
 756     Ile.addElement("ATT");\r
 757 \r
 758     Met.addElement("ATG");\r
 759 \r
 760     Leu.addElement("CTA");\r
 761     Leu.addElement("CTG");\r
 762     Leu.addElement("CTC");\r
 763     Leu.addElement("CTT");\r
 764     Leu.addElement("TTA");\r
 765     Leu.addElement("TTG");\r
 766 \r
 767     Val.addElement("GTA");\r
 768     Val.addElement("GTG");\r
 769     Val.addElement("GTC");\r
 770     Val.addElement("GTT");\r
 771 \r
 772     Phe.addElement("TTC");\r
 773     Phe.addElement("TTT");\r
 774   }\r
 775 \r
 776   public static Color[][] groupColors =\r
 777       {\r
 778       {\r
 779       Color.red, Color.red.brighter(), Color.red.brighter().brighter()},\r
 780       {\r
 781       Color.orange, Color.orange.brighter(),\r
 782       Color.orange.brighter().brighter()\r
 783   },\r
 784       {\r
 785       Color.green, Color.green.brighter(), Color.green.brighter().brighter()},\r
 786       {\r
 787       Color.blue, Color.blue.brighter(), Color.blue.brighter().brighter()},\r
 788       {\r
 789       Color.magenta, Color.magenta.brighter(),\r
 790       Color.magenta.brighter().brighter()\r
 791   },\r
 792       {\r
 793       Color.cyan, Color.cyan.brighter(), Color.cyan.brighter().brighter()},\r
 794       {\r
 795       Color.pink, Color.pink.brighter(), Color.pink.brighter().brighter()},\r
 796   };\r
 797 \r
 798   //Stores residue codes/names and colours and other things\r
 799   public static Hashtable propHash = new Hashtable();\r
 800   public static Hashtable hydrophobic = new Hashtable();\r
 801   public static Hashtable polar = new Hashtable();\r
 802   public static Hashtable small = new Hashtable();\r
 803   public static Hashtable positive = new Hashtable();\r
 804   public static Hashtable negative = new Hashtable();\r
 805   public static Hashtable charged = new Hashtable();\r
 806   public static Hashtable aromatic = new Hashtable();\r
 807   public static Hashtable aliphatic = new Hashtable();\r
 808   public static Hashtable tiny = new Hashtable();\r
 809   public static Hashtable proline = new Hashtable();\r
 810 \r
 811   static\r
 812   {\r
 813     hydrophobic.put("I", new Integer(1));\r
 814     hydrophobic.put("L", new Integer(1));\r
 815     hydrophobic.put("V", new Integer(1));\r
 816     hydrophobic.put("C", new Integer(1));\r
 817     hydrophobic.put("A", new Integer(1));\r
 818     hydrophobic.put("G", new Integer(1));\r
 819     hydrophobic.put("M", new Integer(1));\r
 820     hydrophobic.put("F", new Integer(1));\r
 821     hydrophobic.put("Y", new Integer(1));\r
 822     hydrophobic.put("W", new Integer(1));\r
 823     hydrophobic.put("H", new Integer(1));\r
 824     hydrophobic.put("K", new Integer(1));\r
 825     hydrophobic.put("X", new Integer(1));\r
 826     hydrophobic.put("-", new Integer(1));\r
 827     hydrophobic.put("*", new Integer(1));\r
 828     hydrophobic.put("R", new Integer(0));\r
 829     hydrophobic.put("E", new Integer(0));\r
 830     hydrophobic.put("Q", new Integer(0));\r
 831     hydrophobic.put("D", new Integer(0));\r
 832     hydrophobic.put("N", new Integer(0));\r
 833     hydrophobic.put("S", new Integer(0));\r
 834     hydrophobic.put("T", new Integer(0));\r
 835     hydrophobic.put("P", new Integer(0));\r
 836   }\r
 837 \r
 838   static\r
 839   {\r
 840     polar.put("Y", new Integer(1));\r
 841     polar.put("W", new Integer(1));\r
 842     polar.put("H", new Integer(1));\r
 843     polar.put("K", new Integer(1));\r
 844     polar.put("R", new Integer(1));\r
 845     polar.put("E", new Integer(1));\r
 846     polar.put("Q", new Integer(1));\r
 847     polar.put("D", new Integer(1));\r
 848     polar.put("N", new Integer(1));\r
 849     polar.put("S", new Integer(1));\r
 850     polar.put("T", new Integer(1));\r
 851     polar.put("X", new Integer(1));\r
 852     polar.put("-", new Integer(1));\r
 853     polar.put("*", new Integer(1));\r
 854     polar.put("I", new Integer(0));\r
 855     polar.put("L", new Integer(0));\r
 856     polar.put("V", new Integer(0));\r
 857     polar.put("C", new Integer(0));\r
 858     polar.put("A", new Integer(0));\r
 859     polar.put("G", new Integer(0));\r
 860     polar.put("M", new Integer(0));\r
 861     polar.put("F", new Integer(0));\r
 862     polar.put("P", new Integer(0));\r
 863   }\r
 864 \r
 865   static\r
 866   {\r
 867     small.put("I", new Integer(0));\r
 868     small.put("L", new Integer(0));\r
 869     small.put("V", new Integer(1));\r
 870     small.put("C", new Integer(1));\r
 871     small.put("A", new Integer(1));\r
 872     small.put("G", new Integer(1));\r
 873     small.put("M", new Integer(0));\r
 874     small.put("F", new Integer(0));\r
 875     small.put("Y", new Integer(0));\r
 876     small.put("W", new Integer(0));\r
 877     small.put("H", new Integer(0));\r
 878     small.put("K", new Integer(0));\r
 879     small.put("R", new Integer(0));\r
 880     small.put("E", new Integer(0));\r
 881     small.put("Q", new Integer(0));\r
 882     small.put("D", new Integer(1));\r
 883     small.put("N", new Integer(1));\r
 884     small.put("S", new Integer(1));\r
 885     small.put("T", new Integer(1));\r
 886     small.put("P", new Integer(1));\r
 887     small.put("-", new Integer(1));\r
 888     small.put("*", new Integer(1));\r
 889   }\r
 890 \r
 891   static\r
 892   {\r
 893     positive.put("I", new Integer(0));\r
 894     positive.put("L", new Integer(0));\r
 895     positive.put("V", new Integer(0));\r
 896     positive.put("C", new Integer(0));\r
 897     positive.put("A", new Integer(0));\r
 898     positive.put("G", new Integer(0));\r
 899     positive.put("M", new Integer(0));\r
 900     positive.put("F", new Integer(0));\r
 901     positive.put("Y", new Integer(0));\r
 902     positive.put("W", new Integer(0));\r
 903     positive.put("H", new Integer(1));\r
 904     positive.put("K", new Integer(1));\r
 905     positive.put("R", new Integer(1));\r
 906     positive.put("E", new Integer(0));\r
 907     positive.put("Q", new Integer(0));\r
 908     positive.put("D", new Integer(0));\r
 909     positive.put("N", new Integer(0));\r
 910     positive.put("S", new Integer(0));\r
 911     positive.put("T", new Integer(0));\r
 912     positive.put("P", new Integer(0));\r
 913     positive.put("-", new Integer(1));\r
 914     positive.put("*", new Integer(1));\r
 915   }\r
 916 \r
 917   static\r
 918   {\r
 919     negative.put("I", new Integer(0));\r
 920     negative.put("L", new Integer(0));\r
 921     negative.put("V", new Integer(0));\r
 922     negative.put("C", new Integer(0));\r
 923     negative.put("A", new Integer(0));\r
 924     negative.put("G", new Integer(0));\r
 925     negative.put("M", new Integer(0));\r
 926     negative.put("F", new Integer(0));\r
 927     negative.put("Y", new Integer(0));\r
 928     negative.put("W", new Integer(0));\r
 929     negative.put("H", new Integer(0));\r
 930     negative.put("K", new Integer(0));\r
 931     negative.put("R", new Integer(0));\r
 932     negative.put("E", new Integer(1));\r
 933     negative.put("Q", new Integer(0));\r
 934     negative.put("D", new Integer(1));\r
 935     negative.put("N", new Integer(0));\r
 936     negative.put("S", new Integer(0));\r
 937     negative.put("T", new Integer(0));\r
 938     negative.put("P", new Integer(0));\r
 939     negative.put("-", new Integer(1));\r
 940     negative.put("*", new Integer(1));\r
 941   }\r
 942 \r
 943   static\r
 944   {\r
 945     charged.put("I", new Integer(0));\r
 946     charged.put("L", new Integer(0));\r
 947     charged.put("V", new Integer(0));\r
 948     charged.put("C", new Integer(0));\r
 949     charged.put("A", new Integer(0));\r
 950     charged.put("G", new Integer(0));\r
 951     charged.put("M", new Integer(0));\r
 952     charged.put("F", new Integer(0));\r
 953     charged.put("Y", new Integer(0));\r
 954     charged.put("W", new Integer(0));\r
 955     charged.put("H", new Integer(1));\r
 956     charged.put("K", new Integer(1));\r
 957     charged.put("R", new Integer(1));\r
 958     charged.put("E", new Integer(1));\r
 959     charged.put("Q", new Integer(0));\r
 960     charged.put("D", new Integer(1));\r
 961     charged.put("N", new Integer(1));\r
 962     charged.put("S", new Integer(0));\r
 963     charged.put("T", new Integer(0));\r
 964     charged.put("P", new Integer(0));\r
 965     charged.put("-", new Integer(1));\r
 966     charged.put("*", new Integer(1));\r
 967   }\r
 968 \r
 969   static\r
 970   {\r
 971     aromatic.put("I", new Integer(0));\r
 972     aromatic.put("L", new Integer(0));\r
 973     aromatic.put("V", new Integer(0));\r
 974     aromatic.put("C", new Integer(0));\r
 975     aromatic.put("A", new Integer(0));\r
 976     aromatic.put("G", new Integer(0));\r
 977     aromatic.put("M", new Integer(0));\r
 978     aromatic.put("F", new Integer(1));\r
 979     aromatic.put("Y", new Integer(1));\r
 980     aromatic.put("W", new Integer(1));\r
 981     aromatic.put("H", new Integer(1));\r
 982     aromatic.put("K", new Integer(0));\r
 983     aromatic.put("R", new Integer(0));\r
 984     aromatic.put("E", new Integer(0));\r
 985     aromatic.put("Q", new Integer(0));\r
 986     aromatic.put("D", new Integer(0));\r
 987     aromatic.put("N", new Integer(0));\r
 988     aromatic.put("S", new Integer(0));\r
 989     aromatic.put("T", new Integer(0));\r
 990     aromatic.put("P", new Integer(0));\r
 991     aromatic.put("-", new Integer(1));\r
 992     aromatic.put("*", new Integer(1));\r
 993   }\r
 994 \r
 995   static\r
 996   {\r
 997     aliphatic.put("I", new Integer(1));\r
 998     aliphatic.put("L", new Integer(1));\r
 999     aliphatic.put("V", new Integer(1));\r
1000     aliphatic.put("C", new Integer(0));\r
1001     aliphatic.put("A", new Integer(0));\r
1002     aliphatic.put("G", new Integer(0));\r
1003     aliphatic.put("M", new Integer(0));\r
1004     aliphatic.put("F", new Integer(0));\r
1005     aliphatic.put("Y", new Integer(0));\r
1006     aliphatic.put("W", new Integer(0));\r
1007     aliphatic.put("H", new Integer(0));\r
1008     aliphatic.put("K", new Integer(0));\r
1009     aliphatic.put("R", new Integer(0));\r
1010     aliphatic.put("E", new Integer(0));\r
1011     aliphatic.put("Q", new Integer(0));\r
1012     aliphatic.put("D", new Integer(0));\r
1013     aliphatic.put("N", new Integer(0));\r
1014     aliphatic.put("S", new Integer(0));\r
1015     aliphatic.put("T", new Integer(0));\r
1016     aliphatic.put("P", new Integer(0));\r
1017     aliphatic.put("-", new Integer(1));\r
1018     aliphatic.put("*", new Integer(1));\r
1019   }\r
1020 \r
1021   static\r
1022   {\r
1023     tiny.put("I", new Integer(0));\r
1024     tiny.put("L", new Integer(0));\r
1025     tiny.put("V", new Integer(0));\r
1026     tiny.put("C", new Integer(0));\r
1027     tiny.put("A", new Integer(1));\r
1028     tiny.put("G", new Integer(1));\r
1029     tiny.put("M", new Integer(0));\r
1030     tiny.put("F", new Integer(0));\r
1031     tiny.put("Y", new Integer(0));\r
1032     tiny.put("W", new Integer(0));\r
1033     tiny.put("H", new Integer(0));\r
1034     tiny.put("K", new Integer(0));\r
1035     tiny.put("R", new Integer(0));\r
1036     tiny.put("E", new Integer(0));\r
1037     tiny.put("Q", new Integer(0));\r
1038     tiny.put("D", new Integer(0));\r
1039     tiny.put("N", new Integer(0));\r
1040     tiny.put("S", new Integer(1));\r
1041     tiny.put("T", new Integer(0));\r
1042     tiny.put("P", new Integer(0));\r
1043     tiny.put("-", new Integer(1));\r
1044     tiny.put("*", new Integer(1));\r
1045   }\r
1046 \r
1047   static\r
1048   {\r
1049     proline.put("I", new Integer(0));\r
1050     proline.put("L", new Integer(0));\r
1051     proline.put("V", new Integer(0));\r
1052     proline.put("C", new Integer(0));\r
1053     proline.put("A", new Integer(0));\r
1054     proline.put("G", new Integer(0));\r
1055     proline.put("M", new Integer(0));\r
1056     proline.put("F", new Integer(0));\r
1057     proline.put("Y", new Integer(0));\r
1058     proline.put("W", new Integer(0));\r
1059     proline.put("H", new Integer(0));\r
1060     proline.put("K", new Integer(0));\r
1061     proline.put("R", new Integer(0));\r
1062     proline.put("E", new Integer(0));\r
1063     proline.put("Q", new Integer(0));\r
1064     proline.put("D", new Integer(0));\r
1065     proline.put("N", new Integer(0));\r
1066     proline.put("S", new Integer(0));\r
1067     proline.put("T", new Integer(0));\r
1068     proline.put("P", new Integer(1));\r
1069     proline.put("-", new Integer(1));\r
1070     proline.put("*", new Integer(1));\r
1071   }\r
1072 \r
1073   static\r
1074   {\r
1075     propHash.put("hydrophobic", hydrophobic);\r
1076     propHash.put("small", small);\r
1077     propHash.put("positive", positive);\r
1078     propHash.put("negative", negative);\r
1079     propHash.put("charged", charged);\r
1080     propHash.put("aromatic", aromatic);\r
1081     propHash.put("aliphatic", aliphatic);\r
1082     propHash.put("tiny", tiny);\r
1083     propHash.put("proline", proline);\r
1084     propHash.put("polar", polar);\r
1085   }\r
1086 \r
1087   public static Hashtable chainColours = new Hashtable();\r
1088 \r
1089   static\r
1090   {\r
1091     chainColours.put("A", Color.red);\r
1092     chainColours.put("B", Color.orange);\r
1093     chainColours.put("C", Color.yellow);\r
1094     chainColours.put("D", Color.green);\r
1095     chainColours.put("E", Color.cyan);\r
1096     chainColours.put("F", Color.blue);\r
1097     chainColours.put("G", Color.magenta);\r
1098     chainColours.put("H", Color.pink);\r
1099   }\r
1100 \r
1101   private ResidueProperties()\r
1102   {\r
1103   }\r
1104 \r
1105   public static double getHydmax()\r
1106   {\r
1107     return hydmax;\r
1108   }\r
1109 \r
1110   public static double getHydmin()\r
1111   {\r
1112     return hydmin;\r
1113   }\r
1114 \r
1115   public static double[] getHyd()\r
1116   {\r
1117     return hyd;\r
1118   }\r
1119 \r
1120   public static Hashtable getAAHash()\r
1121   {\r
1122     return aaHash;\r
1123   }\r
1124 \r
1125   public static Hashtable getAA3Hash()\r
1126   {\r
1127     return aa3Hash;\r
1128   }\r
1129 \r
1130   public static int[][] getDNA()\r
1131   {\r
1132     return ResidueProperties.DNA;\r
1133   }\r
1134 \r
1135   public static int[][] getBLOSUM62()\r
1136   {\r
1137     return ResidueProperties.BLOSUM62;\r
1138   }\r
1139 \r
1140   public static int getPAM250(String A1, String A2)\r
1141   {\r
1142     Integer pog1 = (Integer) aaHash.get(A1);\r
1143     Integer pog2 = (Integer) aaHash.get(A2);\r
1144     int pog = ResidueProperties.PAM250[pog1.intValue()][pog2.intValue()];\r
1145 \r
1146     return pog;\r
1147   }\r
1148 \r
1149   public static int getBLOSUM62(String A1, String A2)\r
1150   {\r
1151     int pog = 0;\r
1152 \r
1153     try\r
1154     {\r
1155       Integer pog1 = (Integer) aaHash.get(A1);\r
1156       Integer pog2 = (Integer) aaHash.get(A2);\r
1157       pog = ResidueProperties.BLOSUM62[pog1.intValue()][pog2.intValue()];\r
1158     }\r
1159     catch (Exception e)\r
1160     {\r
1161       //System.out.println("Unknown residue in " + A1 + " " + A2);\r
1162     }\r
1163 \r
1164     return pog;\r
1165   }\r
1166 \r
1167   public static Vector getCodons(String res)\r
1168   {\r
1169     if (codonHash.containsKey(res))\r
1170     {\r
1171       return (Vector) codonHash.get(res);\r
1172     }\r
1173 \r
1174     return null;\r
1175   }\r
1176 \r
1177   public static String codonTranslate(String codon)\r
1178   {\r
1179     Enumeration e = codonHash.keys();\r
1180 \r
1181     while (e.hasMoreElements())\r
1182     {\r
1183       String key = (String) e.nextElement();\r
1184       Vector tmp = (Vector) codonHash.get(key);\r
1185 \r
1186       if (tmp.contains(codon))\r
1187       {\r
1188         return key;\r
1189       }\r
1190     }\r
1191 \r
1192     return null;\r
1193   }\r
1194 \r
1195   public static Hashtable getChainColours()\r
1196   {\r
1197     return chainColours;\r
1198   }\r
1199 }\r