formatting
[jalview.git] / src / jalview / schemes / ResidueProperties.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
10  * 
11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
15  * 
16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
17  */
18 package jalview.schemes;
19
20 import java.util.*;
21
22 import java.awt.*;
23
24 public class ResidueProperties
25 {
26   public static Hashtable scoreMatrices = new Hashtable();
27
28   // Stores residue codes/names and colours and other things
29   public static final int[] aaIndex; // aaHash version 2.1.1 and below
30
31   public static final int[] nucleotideIndex;
32
33   public static final int[] purinepyrimidineIndex;
34
35   public static final Hashtable aa3Hash = new Hashtable();
36
37   public static final Hashtable aa2Triplet = new Hashtable();
38
39   public static final Hashtable nucleotideName = new Hashtable();
40
41   static
42   {
43     aaIndex = new int[255];
44     for (int i = 0; i < 255; i++)
45     {
46       aaIndex[i] = 23;
47     }
48
49     aaIndex['A'] = 0;
50     aaIndex['R'] = 1;
51     aaIndex['N'] = 2;
52     aaIndex['D'] = 3;
53     aaIndex['C'] = 4;
54     aaIndex['Q'] = 5;
55     aaIndex['E'] = 6;
56     aaIndex['G'] = 7;
57     aaIndex['H'] = 8;
58     aaIndex['I'] = 9;
59     aaIndex['L'] = 10;
60     aaIndex['K'] = 11;
61     aaIndex['M'] = 12;
62     aaIndex['F'] = 13;
63     aaIndex['P'] = 14;
64     aaIndex['S'] = 15;
65     aaIndex['T'] = 16;
66     aaIndex['W'] = 17;
67     aaIndex['Y'] = 18;
68     aaIndex['V'] = 19;
69     aaIndex['B'] = 20;
70     aaIndex['Z'] = 21;
71     aaIndex['X'] = 22;
72     aaIndex['U'] = 22;
73     aaIndex['a'] = 0;
74     aaIndex['r'] = 1;
75     aaIndex['n'] = 2;
76     aaIndex['d'] = 3;
77     aaIndex['c'] = 4;
78     aaIndex['q'] = 5;
79     aaIndex['e'] = 6;
80     aaIndex['g'] = 7;
81     aaIndex['h'] = 8;
82     aaIndex['i'] = 9;
83     aaIndex['l'] = 10;
84     aaIndex['k'] = 11;
85     aaIndex['m'] = 12;
86     aaIndex['f'] = 13;
87     aaIndex['p'] = 14;
88     aaIndex['s'] = 15;
89     aaIndex['t'] = 16;
90     aaIndex['w'] = 17;
91     aaIndex['y'] = 18;
92     aaIndex['v'] = 19;
93     aaIndex['b'] = 20;
94     aaIndex['z'] = 21;
95     aaIndex['x'] = 22;
96     aaIndex['u'] = 22; // TODO: selenocystine triplet and codons needed. also
97     // extend subt. matrices
98   }
99
100   static
101   {
102     nucleotideIndex = new int[255];
103     for (int i = 0; i < 255; i++)
104     {
105       nucleotideIndex[i] = 10; // non-nucleotide symbols are all non-gap gaps.
106     }
107
108     nucleotideIndex['A'] = 0;
109     nucleotideIndex['a'] = 0;
110     nucleotideIndex['C'] = 1;
111     nucleotideIndex['c'] = 1;
112     nucleotideIndex['G'] = 2;
113     nucleotideIndex['g'] = 2;
114     nucleotideIndex['T'] = 3;
115     nucleotideIndex['t'] = 3;
116     nucleotideIndex['U'] = 4;
117     nucleotideIndex['u'] = 4;
118     nucleotideIndex['I'] = 5;
119     nucleotideIndex['i'] = 5;
120     nucleotideIndex['X'] = 6;
121     nucleotideIndex['x'] = 6;
122     nucleotideIndex['R'] = 7;
123     nucleotideIndex['r'] = 7;
124     nucleotideIndex['Y'] = 8;
125     nucleotideIndex['y'] = 8;
126     nucleotideIndex['N'] = 9;
127     nucleotideIndex['n'] = 9;
128
129     nucleotideName.put("A", "Adenine");
130     nucleotideName.put("a", "Adenine");
131     nucleotideName.put("G", "Guanine");
132     nucleotideName.put("g", "Guanine");
133     nucleotideName.put("C", "Cytosine");
134     nucleotideName.put("c", "Cytosine");
135     nucleotideName.put("T", "Thymine");
136     nucleotideName.put("t", "Thymine");
137     nucleotideName.put("U", "Uracil");
138     nucleotideName.put("u", "Uracil");
139     nucleotideName.put("I", "Inosine");
140     nucleotideName.put("i", "Inosine");
141     nucleotideName.put("X", "Xanthine");
142     nucleotideName.put("x", "Xanthine");
143     nucleotideName.put("R", "Unknown Purine");
144     nucleotideName.put("r", "Unknown Purine");
145     nucleotideName.put("Y", "Unknown Pyrimidine");
146     nucleotideName.put("y", "Unknown Pyrimidine");
147     nucleotideName.put("N", "Unknown");
148     nucleotideName.put("n", "Unknown");
149     nucleotideName.put("W", "Weak nucleotide (A or T)");
150     nucleotideName.put("w", "Weak nucleotide (A or T)");
151     nucleotideName.put("S", "Strong nucleotide (G or C)");
152     nucleotideName.put("s", "Strong nucleotide (G or C)");
153     nucleotideName.put("M", "Amino (A or C)");
154     nucleotideName.put("m", "Amino (A or C)");
155     nucleotideName.put("K", "Keto (G or T)");
156     nucleotideName.put("k", "Keto (G or T)");
157     nucleotideName.put("B", "Not A (G or C or T)");
158     nucleotideName.put("b", "Not A (G or C or T)");
159     nucleotideName.put("H", "Not G (A or C or T)");
160     nucleotideName.put("h", "Not G (A or C or T)");
161     nucleotideName.put("D", "Not C (A or G or T)");
162     nucleotideName.put("d", "Not C (A or G or T)");
163     nucleotideName.put("V", "Not T (A or G or C");
164     nucleotideName.put("v", "Not T (A or G or C");
165
166   }
167
168   static
169   {
170     purinepyrimidineIndex = new int[255];
171     for (int i = 0; i < 255; i++)
172     {
173       purinepyrimidineIndex[i] = 3; // non-nucleotide symbols are all non-gap
174       // gaps.
175     }
176
177     purinepyrimidineIndex['A'] = 0;
178     purinepyrimidineIndex['a'] = 0;
179     purinepyrimidineIndex['C'] = 1;
180     purinepyrimidineIndex['c'] = 1;
181     purinepyrimidineIndex['G'] = 0;
182     purinepyrimidineIndex['g'] = 0;
183     purinepyrimidineIndex['T'] = 1;
184     purinepyrimidineIndex['t'] = 1;
185     purinepyrimidineIndex['U'] = 1;
186     purinepyrimidineIndex['u'] = 1;
187     purinepyrimidineIndex['I'] = 2;
188     purinepyrimidineIndex['i'] = 2;
189     purinepyrimidineIndex['X'] = 2;
190     purinepyrimidineIndex['x'] = 2;
191     purinepyrimidineIndex['R'] = 0;
192     purinepyrimidineIndex['r'] = 0;
193     purinepyrimidineIndex['Y'] = 1;
194     purinepyrimidineIndex['y'] = 1;
195     purinepyrimidineIndex['N'] = 2;
196     purinepyrimidineIndex['n'] = 2;
197   }
198
199   static
200   {
201     aa3Hash.put("ALA", new Integer(0));
202     aa3Hash.put("ARG", new Integer(1));
203     aa3Hash.put("ASN", new Integer(2));
204     aa3Hash.put("ASP", new Integer(3)); // D
205     aa3Hash.put("CYS", new Integer(4));
206     aa3Hash.put("GLN", new Integer(5)); // Q
207     aa3Hash.put("GLU", new Integer(6)); // E
208     aa3Hash.put("GLY", new Integer(7));
209     aa3Hash.put("HIS", new Integer(8));
210     aa3Hash.put("ILE", new Integer(9));
211     aa3Hash.put("LEU", new Integer(10));
212     aa3Hash.put("LYS", new Integer(11));
213     aa3Hash.put("MET", new Integer(12));
214     aa3Hash.put("PHE", new Integer(13));
215     aa3Hash.put("PRO", new Integer(14));
216     aa3Hash.put("SER", new Integer(15));
217     aa3Hash.put("THR", new Integer(16));
218     aa3Hash.put("TRP", new Integer(17));
219     aa3Hash.put("TYR", new Integer(18));
220     aa3Hash.put("VAL", new Integer(19));
221     // IUB Nomenclature for ambiguous peptides
222     aa3Hash.put("ASX", new Integer(20)); // "B";
223     aa3Hash.put("GLX", new Integer(21)); // X
224     aa3Hash.put("XAA", new Integer(22)); // X unknown
225     aa3Hash.put("-", new Integer(23));
226     aa3Hash.put("*", new Integer(23));
227     aa3Hash.put(".", new Integer(23));
228     aa3Hash.put(" ", new Integer(23));
229     aa3Hash.put("Gap", new Integer(23));
230   }
231
232   static
233   {
234     aa2Triplet.put("A", "ALA");
235     aa2Triplet.put("a", "ALA");
236     aa2Triplet.put("R", "ARG");
237     aa2Triplet.put("r", "ARG");
238     aa2Triplet.put("N", "ASN");
239     aa2Triplet.put("n", "ASN");
240     aa2Triplet.put("D", "ASP");
241     aa2Triplet.put("d", "ASP");
242     aa2Triplet.put("C", "CYS");
243     aa2Triplet.put("c", "CYS");
244     aa2Triplet.put("Q", "GLN");
245     aa2Triplet.put("q", "GLN");
246     aa2Triplet.put("E", "GLU");
247     aa2Triplet.put("e", "GLU");
248     aa2Triplet.put("G", "GLY");
249     aa2Triplet.put("g", "GLY");
250     aa2Triplet.put("H", "HIS");
251     aa2Triplet.put("h", "HIS");
252     aa2Triplet.put("I", "ILE");
253     aa2Triplet.put("i", "ILE");
254     aa2Triplet.put("L", "LEU");
255     aa2Triplet.put("l", "LEU");
256     aa2Triplet.put("K", "LYS");
257     aa2Triplet.put("k", "LYS");
258     aa2Triplet.put("M", "MET");
259     aa2Triplet.put("m", "MET");
260     aa2Triplet.put("F", "PHE");
261     aa2Triplet.put("f", "PHE");
262     aa2Triplet.put("P", "PRO");
263     aa2Triplet.put("p", "PRO");
264     aa2Triplet.put("S", "SER");
265     aa2Triplet.put("s", "SER");
266     aa2Triplet.put("T", "THR");
267     aa2Triplet.put("t", "THR");
268     aa2Triplet.put("W", "TRP");
269     aa2Triplet.put("w", "TRP");
270     aa2Triplet.put("Y", "TYR");
271     aa2Triplet.put("y", "TYR");
272     aa2Triplet.put("V", "VAL");
273     aa2Triplet.put("v", "VAL");
274   }
275
276   public static final String[] aa =
277   { "A", "R", "N", "D", "C", "Q", "E", "G", "H", "I", "L", "K", "M", "F",
278       "P", "S", "T", "W", "Y", "V", "B", "Z", "X", "_", "*", ".", " " };
279
280   public static final Color midBlue = new Color(100, 100, 255);
281
282   public static final Vector scaleColours = new Vector();
283
284   static
285   {
286     scaleColours.addElement(new Color(114, 0, 147));
287     scaleColours.addElement(new Color(156, 0, 98));
288     scaleColours.addElement(new Color(190, 0, 0));
289     scaleColours.addElement(Color.red);
290     scaleColours.addElement(new Color(255, 125, 0));
291     scaleColours.addElement(Color.orange);
292     scaleColours.addElement(new Color(255, 194, 85));
293     scaleColours.addElement(Color.yellow);
294     scaleColours.addElement(new Color(255, 255, 181));
295     scaleColours.addElement(Color.white);
296   }
297
298   public static final Color[] taylor =
299   { new Color(204, 255, 0), // A Greenish-yellowy-yellow
300       new Color(0, 0, 255), // R Blueish-bluey-blue
301       new Color(204, 0, 255), // N Blueish-reddy-blue
302       new Color(255, 0, 0), // D Reddish-reddy-red
303       new Color(255, 255, 0), // C Yellowish-yellowy-yellow
304       new Color(255, 0, 204), // Q Reddish-bluey-red
305       new Color(255, 0, 102), // E Blueish-reddy-red
306       new Color(255, 153, 0), // G Yellowy-reddy-yellow
307       new Color(0, 102, 255), // H Greenish-bluey-blue
308       new Color(102, 255, 0), // I Greenish-yellowy-green
309       new Color(51, 255, 0), // L Yellowish-greeny-green
310       new Color(102, 0, 255), // K Reddish-bluey-blue
311       new Color(0, 255, 0), // M Greenish-greeny-green
312       new Color(0, 255, 102), // F Blueish-greeny-green
313       new Color(255, 204, 0), // P Reddish-yellowy-yellow
314       new Color(255, 51, 0), // S Yellowish-reddy-red
315       new Color(255, 102, 0), // T Reddish-yellowy-red
316       new Color(0, 204, 255), // W Blueish-greeny-green
317       new Color(0, 255, 204), // Y Greenish-bluey-green
318       new Color(153, 255, 0), // V Yellowish-greeny-yellow
319       Color.white, // B
320       Color.white, // Z
321       Color.white, // X
322       Color.white, // -
323       Color.white, // *
324       Color.white // .
325   };
326
327   public static final Color[] nucleotide =
328   { new Color(100, 247, 63), // A
329       new Color(255, 179, 64), // C
330       new Color(235, 65, 60), // G
331       new Color(60, 136, 238), // T
332       new Color(60, 136, 238), // U
333       Color.white, // I (inosine)
334       Color.white, // X (xanthine)
335       Color.white, // R
336       Color.white, // Y
337       Color.white, // N
338       Color.white, // Gap
339   };
340
341   // Added for PurinePyrimidineColourScheme
342   public static final Color[] purinepyrimidine =
343   { new Color(255, 131, 250), // A, G, R purines purplish/orchid
344       new Color(64, 224, 208), // C,U, T, Y pyrimidines turquoise
345       Color.white, // all other nucleotides
346       Color.white // Gap
347   };
348
349   // Zappo
350   public static final Color[] zappo =
351   { Color.pink, // A
352       midBlue, // R
353       Color.green, // N
354       Color.red, // D
355       Color.yellow, // C
356       Color.green, // Q
357       Color.red, // E
358       Color.magenta, // G
359       midBlue,// Color.red, // H
360       Color.pink, // I
361       Color.pink, // L
362       midBlue, // K
363       Color.pink, // M
364       Color.orange, // F
365       Color.magenta, // P
366       Color.green, // S
367       Color.green, // T
368       Color.orange, // W
369       Color.orange, // Y
370       Color.pink, // V
371       Color.white, // B
372       Color.white, // Z
373       Color.white, // X
374       Color.white, // -
375       Color.white, // *
376       Color.white, // .
377       Color.white // ' '
378   };
379
380   // Dunno where I got these numbers from
381   public static final double[] hyd2 =
382   { 0.62, // A
383       0.29, // R
384       -0.90, // N
385       -0.74, // D
386       1.19, // C
387       0.48, // Q
388       -0.40, // E
389       1.38, // G
390       -1.50, // H
391       1.06, // I
392       0.64, // L
393       -0.78, // K
394       0.12, // M
395       -0.85, // F
396       -2.53, // P
397       -0.18, // S
398       -0.05, // T
399       1.08, // W
400       0.81, // Y
401       0.0, // V
402       0.26, // B
403       0.0, // Z
404       0.0 // X
405   };
406
407   public static final double[] helix =
408   { 1.42, 0.98, 0.67, 1.01, 0.70, 1.11, 1.51, 0.57, 1.00, 1.08, 1.21, 1.16,
409       1.45, 1.13, 0.57, 0.77, 0.83, 1.08, 0.69, 1.06, 0.84, 1.31, 1.00, 0.0 };
410
411   public static final double helixmin = 0.57;
412
413   public static final double helixmax = 1.51;
414
415   public static final double[] strand =
416   { 0.83, 0.93, 0.89, 0.54, 1.19, 1.10, 0.37, 0.75, 0.87, 1.60, 1.30, 0.74,
417       1.05, 1.38, 0.55, 0.75, 1.19, 1.37, 1.47, 1.70, 0.72, 0.74, 1.0, 0.0 };
418
419   public static final double strandmin = 0.37;
420
421   public static final double strandmax = 1.7;
422
423   public static final double[] turn =
424   { 0.66, 0.95, 1.56, 1.46, 1.19, 0.98, 0.74, 1.56, 0.95, 0.47, 0.59, 1.01,
425       0.60, 0.60, 1.52, 1.43, 0.96, 0.96, 1.14, 0.50, 1.51, 0.86, 1.00, 0,
426       0 };
427
428   public static final double turnmin = 0.47;
429
430   public static final double turnmax = 1.56;
431
432   public static final double[] buried =
433   { 1.7, 0.1, 0.4, 0.4, 4.6, 0.3, 0.3, 1.8, 0.8, 3.1, 2.4, 0.05, 1.9, 2.2,
434       0.6, 0.8, 0.7, 1.6, 0.5, 2.9, 0.4, 0.3, 1.358, 0.00 };
435
436   public static final double buriedmin = 0.05;
437
438   public static final double buriedmax = 4.6;
439
440   // This is hydropathy index
441   // Kyte, J., and Doolittle, R.F., J. Mol. Biol.
442   // 1157, 105-132, 1982
443   public static final double[] hyd =
444   { 1.8, -4.5, -3.5, -3.5, 2.5, -3.5, -3.5, -0.4, -3.2, 4.5, 3.8, -3.9,
445       1.9, 2.8, -1.6, -0.8, -0.7, -0.9, -1.3, 4.2, -3.5, -3.5, -0.49, 0.0 };
446
447   public static final double hydmax = 4.5;
448
449   public static final double hydmin = -3.9;
450
451   // public static final double hydmax = 1.38;
452   // public static final double hydmin = -2.53;
453   private static final int[][] BLOSUM62 =
454   {
455       { 4, -1, -2, -2, 0, -1, -1, 0, -2, -1, -1, -1, -1, -2, -1, 1, 0, -3,
456           -2, 0, -2, -1, 0, -4 },
457       { -1, 5, 0, -2, -3, 1, 0, -2, 0, -3, -2, 2, -1, -3, -2, -1, -1, -3,
458           -2, -3, -1, 0, -1, -4 },
459       { -2, 0, 6, 1, -3, 0, 0, 0, 1, -3, -3, 0, -2, -3, -2, 1, 0, -4, -2,
460           -3, 3, 0, -1, -4 },
461       { -2, -2, 1, 6, -3, 0, 2, -1, -1, -3, -4, -1, -3, -3, -1, 0, -1, -4,
462           -3, -3, 4, 1, -1, -4 },
463       { 0, 3, -3, -3, 9, -3, -4, -3, -3, -1, -1, -3, -1, -2, -3, -1, -1,
464           -2, -2, -1, -3, -3, -2, -4 },
465       { -1, 1, 0, 0, -3, 5, 2, -2, 0, -3, -2, 1, 0, -3, -1, 0, -1, -2, -1,
466           -2, 0, 3, -1, -4 },
467       { -1, 0, 0, 2, -4, 2, 5, -2, 0, -3, -3, 1, -2, -3, -1, 0, -1, -3, -2,
468           -2, 1, 4, -1, -4 },
469       { 0, -2, 0, -1, -3, -2, -2, 6, -2, -4, -4, -2, -3, -3, -2, 0, -2, -2,
470           -3, -3, -1, -2, -1, -4 },
471       { -2, 0, 1, -1, -3, 0, 0, -2, 8, -3, -3, -1, -2, -1, -2, -1, -2, -2,
472           2, -3, 0, 0, -1, -4 },
473       { -1, -3, -3, -3, -1, -3, -3, -4, -3, 4, 2, -3, 1, 0, -3, -2, -1, -3,
474           -1, 3, -3, -3, -1, -4 },
475       { -1, -2, -3, -4, -1, -2, -3, -4, -3, 2, 4, -2, 2, 0, -3, -2, -1, -2,
476           -1, 1, -4, -3, -1, -4 },
477       { -1, 2, 0, -1, -3, 1, 1, -2, -1, -3, -2, 5, -1, -3, -1, 0, -1, -3,
478           -2, -2, 0, 1, -1, -4 },
479       { -1, -1, -2, -3, -1, 0, -2, -3, -2, 1, 2, -1, 5, 0, -2, -1, -1, -1,
480           -1, 1, -3, -1, -1, -4 },
481       { -2, -3, -3, -3, -2, -3, -3, -3, -1, 0, 0, -3, 0, 6, -4, -2, -2, 1,
482           3, -1, -3, -3, -1, -4 },
483       { -1, -2, -2, -1, -3, -1, -1, -2, -2, -3, -3, -1, -2, -4, 7, -1, -1,
484           -4, -3, -2, -2, -1, -2, -4 },
485       { 1, -1, 1, 0, -1, 0, 0, 0, -1, -2, -2, 0, -1, -2, -1, 4, 1, -3, -2,
486           -2, 0, 0, 0, -4 },
487       { 0, -1, 0, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -1, -1, -1, -1, -2, -1, 1, 5, -2,
488           -2, 0, -1, -1, 0, -4 },
489       { -3, -3, -4, -4, -2, -2, -3, -2, -2, -3, -2, -3, -1, 1, -4, -3, -2,
490           11, 2, -3, -4, -3, -2, -4 },
491       { -2, -2, -2, -3, -2, -1, -2, -3, 2, -1, -1, -2, -1, 3, -3, -2, -2,
492           2, 7, -1, -3, -2, -1, -4 },
493       { 0, -3, -3, -3, -1, -2, -2, -3, -3, 3, 1, -2, 1, -1, -2, -2, 0, -3,
494           -1, 4, -3, -2, -1, -4 },
495       { -2, -1, 3, 4, -3, 0, 1, -1, 0, -3, -4, 0, -3, -3, -2, 0, -1, -4,
496           -3, -3, 4, 1, -1, -4 },
497       { -1, 0, 0, 1, -3, 3, 4, -2, 0, -3, -3, 1, -1, -3, -1, 0, -1, -3, -2,
498           -2, 1, 4, -1, -4 },
499       { 0, -1, -1, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -2, 0, 0,
500           -2, -1, -1, -1, -1, -1, -4 },
501       { -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4,
502           -4, -4, -4, -4, -4, -4, 1 }, };
503
504   static final int[][] PAM250 =
505   {
506       { 2, -2, 0, 0, -2, 0, 0, 1, -1, -1, -2, -1, -1, -3, 1, 1, 1, -6, -3,
507           0, 0, 0, 0, -8 },
508       { -2, 6, 0, -1, -4, 1, -1, -3, 2, -2, -3, 3, 0, -4, 0, 0, -1, 2, -4,
509           -2, -1, 0, -1, -8 },
510       { 0, 0, 2, 2, -4, 1, 1, 0, 2, -2, -3, 1, -2, -3, 0, 1, 0, -4, -2, -2,
511           2, 1, 0, -8 },
512       { 0, -1, 2, 4, -5, 2, 3, 1, 1, -2, -4, 0, -3, -6, -1, 0, 0, -7, -4,
513           -2, 3, 3, -1, -8 },
514       { -2, -4, -4, -5, 12, -5, -5, -3, -3, -2, -6, -5, -5, -4, -3, 0, -2,
515           -8, 0, -2, -4, -5, -3, -8 },
516       { 0, 1, 1, 2, -5, 4, 2, -1, 3, -2, -2, 1, -1, -5, 0, -1, -1, -5, -4,
517           -2, 1, 3, -1, -8 },
518       { 0, -1, 1, 3, -5, 2, 4, 0, 1, -2, -3, 0, -2, -5, -1, 0, 0, -7, -4,
519           -2, 3, 3, -1, -8 },
520       { 1, -3, 0, 1, -3, -1, 0, 5, -2, -3, -4, -2, -3, -5, 0, 1, 0, -7, -5,
521           -1, 0, 0, -1, -8 },
522       { -1, 2, 2, 1, -3, 3, 1, -2, 6, -2, -2, 0, -2, -2, 0, -1, -1, -3, 0,
523           -2, 1, 2, -1, -8 },
524       { -1, -2, -2, -2, -2, -2, -2, -3, -2, 5, 2, -2, 2, 1, -2, -1, 0, -5,
525           -1, 4, -2, -2, -1, -8 },
526       { -2, -3, -3, -4, -6, -2, -3, -4, -2, 2, 6, -3, 4, 2, -3, -3, -2, -2,
527           -1, 2, -3, -3, -1, -8 },
528       { -1, 3, 1, 0, -5, 1, 0, -2, 0, -2, -3, 5, 0, -5, -1, 0, 0, -3, -4,
529           -2, 1, 0, -1, -8 },
530       { -1, 0, -2, -3, -5, -1, -2, -3, -2, 2, 4, 0, 6, 0, -2, -2, -1, -4,
531           -2, 2, -2, -2, -1, -8 },
532       { -3, -4, -3, -6, -4, -5, -5, -5, -2, 1, 2, -5, 0, 9, -5, -3, -3, 0,
533           7, -1, -4, -5, -2, -8 },
534       { 1, 0, 0, -1, -3, 0, -1, 0, 0, -2, -3, -1, -2, -5, 6, 1, 0, -6, -5,
535           -1, -1, 0, -1, -8 },
536       { 1, 0, 1, 0, 0, -1, 0, 1, -1, -1, -3, 0, -2, -3, 1, 2, 1, -2, -3,
537           -1, 0, 0, 0, -8 },
538       { 1, -1, 0, 0, -2, -1, 0, 0, -1, 0, -2, 0, -1, -3, 0, 1, 3, -5, -3,
539           0, 0, -1, 0, -8 },
540       { -6, 2, -4, -7, -8, -5, -7, -7, -3, -5, -2, -3, -4, 0, -6, -2, -5,
541           17, 0, -6, -5, -6, -4, -8 },
542       { -3, -4, -2, -4, 0, -4, -4, -5, 0, -1, -1, -4, -2, 7, -5, -3, -3, 0,
543           10, -2, -3, -4, -2, -8 },
544       { 0, -2, -2, -2, -2, -2, -2, -1, -2, 4, 2, -2, 2, -1, -1, -1, 0, -6,
545           -2, 4, -2, -2, -1, -8 },
546       { 0, -1, 2, 3, -4, 1, 3, 0, 1, -2, -3, 1, -2, -4, -1, 0, 0, -5, -3,
547           -2, 3, 2, -1, -8 },
548       { 0, 0, 1, 3, -5, 3, 3, 0, 2, -2, -3, 0, -2, -5, 0, 0, -1, -6, -4,
549           -2, 2, 3, -1, -8 },
550       { 0, -1, 0, -1, -3, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -2, -1, 0, 0, -4,
551           -2, -1, -1, -1, -1, -8 },
552       { -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8,
553           -8, -8, -8, -8, -8, -8, 1 }, };
554
555   public static final Hashtable ssHash = new Hashtable(); // stores the number
556   // value of the aa
557
558   static
559   {
560     ssHash.put("H", Color.magenta);
561     ssHash.put("E", Color.yellow);
562     ssHash.put("-", Color.white);
563     ssHash.put(".", Color.white);
564     ssHash.put("S", Color.cyan);
565     ssHash.put("T", Color.blue);
566     ssHash.put("G", Color.pink);
567     ssHash.put("I", Color.pink);
568     ssHash.put("B", Color.yellow);
569   }
570
571   /*
572    * new Color(60, 136, 238), // U Color.white, // I Color.white, // X
573    * Color.white, // R Color.white, // Y Color.white, // N Color.white, // Gap
574    */
575   static final int[][] DNA =
576   {
577   { 10, -8, -8, -8, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1 }, // C
578       { -8, 10, -8, -8, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1 }, // T
579       { -8, -8, 10, -8, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1 }, // A
580       { -8, -8, -8, 10, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1 }, // G
581       { 1, 1, 1, 1, 10, 0, 0, 0, 0, 0, 1 }, // -
582       { 1, 1, 1, 1, 1, 10, 0, 0, 0, 0, 1 }, // -
583       { 1, 1, 1, 1, 1, 0, 10, 0, 0, 0, 1 }, // -
584       { 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 10, 0, 0, 1 }, // -
585       { 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 10, 0, 1 }, // -
586       { 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 10, 1 }, // -
587       { 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1 }, // -
588   };
589   /**
590    * register matrices in list
591    */
592   static
593   {
594     scoreMatrices.put("BLOSUM62", new ScoreMatrix("BLOSUM62", BLOSUM62, 0));
595     scoreMatrices.put("PAM250", new ScoreMatrix("PAM250", PAM250, 0));
596     scoreMatrices.put("DNA", new ScoreMatrix("DNA", DNA, 1));
597   }
598
599   public static final Color[] pidColours =
600   { midBlue, new Color(153, 153, 255),
601       // Color.lightGray,
602       new Color(204, 204, 255), };
603
604   public static final float[] pidThresholds =
605   { 80, 60, 40, };
606
607   public static Hashtable codonHash = new Hashtable();
608
609   public static Vector Lys = new Vector();
610
611   public static Vector Asn = new Vector();
612
613   public static Vector Gln = new Vector();
614
615   public static Vector His = new Vector();
616
617   public static Vector Glu = new Vector();
618
619   public static Vector Asp = new Vector();
620
621   public static Vector Tyr = new Vector();
622
623   public static Vector Thr = new Vector();
624
625   public static Vector Pro = new Vector();
626
627   public static Vector Ala = new Vector();
628
629   public static Vector Ser = new Vector();
630
631   public static Vector Arg = new Vector();
632
633   public static Vector Gly = new Vector();
634
635   public static Vector Trp = new Vector();
636
637   public static Vector Cys = new Vector();
638
639   public static Vector Ile = new Vector();
640
641   public static Vector Met = new Vector();
642
643   public static Vector Leu = new Vector();
644
645   public static Vector Val = new Vector();
646
647   public static Vector Phe = new Vector();
648
649   public static Vector STOP = new Vector();
650
651   static
652   {
653     codonHash.put("K", Lys);
654     codonHash.put("N", Asn);
655     codonHash.put("Q", Gln);
656     codonHash.put("H", His);
657     codonHash.put("E", Glu);
658     codonHash.put("D", Asp);
659     codonHash.put("Y", Tyr);
660     codonHash.put("T", Thr);
661     codonHash.put("P", Pro);
662     codonHash.put("A", Ala);
663     codonHash.put("S", Ser);
664     codonHash.put("R", Arg);
665     codonHash.put("G", Gly);
666     codonHash.put("W", Trp);
667     codonHash.put("C", Cys);
668     codonHash.put("I", Ile);
669     codonHash.put("M", Met);
670     codonHash.put("L", Leu);
671     codonHash.put("V", Val);
672     codonHash.put("F", Phe);
673     codonHash.put("STOP", STOP);
674   }
675
676   public static Hashtable codonHash2 = new Hashtable();
677
678   static
679   {
680     codonHash2.put("AAA", "K");
681     codonHash2.put("AAG", "K");
682     codonHash2.put("AAC", "N");
683     codonHash2.put("AAT", "N");
684
685     codonHash2.put("CAA", "E");
686     codonHash2.put("CAG", "E");
687     codonHash2.put("CAC", "H");
688     codonHash2.put("CAT", "H");
689
690     codonHash2.put("GAA", "Q");
691     codonHash2.put("GAG", "Q");
692     codonHash2.put("GAC", "D");
693     codonHash2.put("GAT", "D");
694
695     codonHash2.put("TAC", "Y");
696     codonHash2.put("TAT", "Y");
697
698     codonHash2.put("ACA", "T");
699     codonHash2.put("AAG", "T");
700     codonHash2.put("ACC", "T");
701     codonHash2.put("ACT", "T");
702
703     codonHash2.put("CCA", "P");
704     codonHash2.put("CCG", "P");
705     codonHash2.put("CCC", "P");
706     codonHash2.put("CCT", "P");
707
708     codonHash2.put("GCA", "A");
709     codonHash2.put("GCG", "A");
710     codonHash2.put("GCC", "A");
711     codonHash2.put("GCT", "A");
712
713     codonHash2.put("TCA", "S");
714     codonHash2.put("TCG", "S");
715     codonHash2.put("TCC", "S");
716     codonHash2.put("TCT", "S");
717     codonHash2.put("AGC", "S");
718     codonHash2.put("AGT", "S");
719
720     codonHash2.put("AGA", "R");
721     codonHash2.put("AGG", "R");
722     codonHash2.put("CGA", "R");
723     codonHash2.put("CGG", "R");
724     codonHash2.put("CGC", "R");
725     codonHash2.put("CGT", "R");
726
727     codonHash2.put("GGA", "G");
728     codonHash2.put("GGG", "G");
729     codonHash2.put("GGC", "G");
730     codonHash2.put("GGT", "G");
731
732     codonHash2.put("TGA", "*");
733     codonHash2.put("TAA", "*");
734     codonHash2.put("TAG", "*");
735
736     codonHash2.put("TGG", "W");
737
738     codonHash2.put("TGC", "C");
739     codonHash2.put("TGT", "C");
740
741     codonHash2.put("ATA", "I");
742     codonHash2.put("ATC", "I");
743     codonHash2.put("ATT", "I");
744
745     codonHash2.put("ATG", "M");
746
747     codonHash2.put("CTA", "L");
748     codonHash2.put("CTG", "L");
749     codonHash2.put("CTC", "L");
750     codonHash2.put("CTT", "L");
751     codonHash2.put("TTA", "L");
752     codonHash2.put("TTG", "L");
753
754     codonHash2.put("GTA", "V");
755     codonHash2.put("GTG", "V");
756     codonHash2.put("GTC", "V");
757     codonHash2.put("GTT", "V");
758
759     codonHash2.put("TTC", "F");
760     codonHash2.put("TTT", "F");
761   }
762
763   static
764   {
765     Lys.addElement("AAA");
766     Lys.addElement("AAG");
767     Asn.addElement("AAC");
768     Asn.addElement("AAT");
769
770     Gln.addElement("CAA");
771     Gln.addElement("CAG");
772     His.addElement("CAC");
773     His.addElement("CAT");
774
775     Glu.addElement("GAA");
776     Glu.addElement("GAG");
777     Asp.addElement("GAC");
778     Asp.addElement("GAT");
779
780     Tyr.addElement("TAC");
781     Tyr.addElement("TAT");
782
783     Thr.addElement("ACA");
784     Thr.addElement("ACG");
785     Thr.addElement("ACC");
786     Thr.addElement("ACT");
787
788     Pro.addElement("CCA");
789     Pro.addElement("CCG");
790     Pro.addElement("CCC");
791     Pro.addElement("CCT");
792
793     Ala.addElement("GCA");
794     Ala.addElement("GCG");
795     Ala.addElement("GCC");
796     Ala.addElement("GCT");
797
798     Ser.addElement("TCA");
799     Ser.addElement("TCG");
800     Ser.addElement("TCC");
801     Ser.addElement("TCT");
802     Ser.addElement("AGC");
803     Ser.addElement("AGT");
804
805     Arg.addElement("AGA");
806     Arg.addElement("AGG");
807     Arg.addElement("CGA");
808     Arg.addElement("CGG");
809     Arg.addElement("CGC");
810     Arg.addElement("CGT");
811
812     Gly.addElement("GGA");
813     Gly.addElement("GGG");
814     Gly.addElement("GGC");
815     Gly.addElement("GGT");
816
817     STOP.addElement("TGA");
818     STOP.addElement("TAA");
819     STOP.addElement("TAG");
820
821     Trp.addElement("TGG");
822
823     Cys.addElement("TGC");
824     Cys.addElement("TGT");
825
826     Ile.addElement("ATA");
827     Ile.addElement("ATC");
828     Ile.addElement("ATT");
829
830     Met.addElement("ATG");
831
832     Leu.addElement("CTA");
833     Leu.addElement("CTG");
834     Leu.addElement("CTC");
835     Leu.addElement("CTT");
836     Leu.addElement("TTA");
837     Leu.addElement("TTG");
838
839     Val.addElement("GTA");
840     Val.addElement("GTG");
841     Val.addElement("GTC");
842     Val.addElement("GTT");
843
844     Phe.addElement("TTC");
845     Phe.addElement("TTT");
846   }
847
848   // Stores residue codes/names and colours and other things
849   public static Hashtable propHash = new Hashtable();
850
851   public static Hashtable hydrophobic = new Hashtable();
852
853   public static Hashtable polar = new Hashtable();
854
855   public static Hashtable small = new Hashtable();
856
857   public static Hashtable positive = new Hashtable();
858
859   public static Hashtable negative = new Hashtable();
860
861   public static Hashtable charged = new Hashtable();
862
863   public static Hashtable aromatic = new Hashtable();
864
865   public static Hashtable aliphatic = new Hashtable();
866
867   public static Hashtable tiny = new Hashtable();
868
869   public static Hashtable proline = new Hashtable();
870
871   static
872   {
873     hydrophobic.put("I", new Integer(1));
874     hydrophobic.put("L", new Integer(1));
875     hydrophobic.put("V", new Integer(1));
876     hydrophobic.put("C", new Integer(1));
877     hydrophobic.put("A", new Integer(1));
878     hydrophobic.put("G", new Integer(1));
879     hydrophobic.put("M", new Integer(1));
880     hydrophobic.put("F", new Integer(1));
881     hydrophobic.put("Y", new Integer(1));
882     hydrophobic.put("W", new Integer(1));
883     hydrophobic.put("H", new Integer(1));
884     hydrophobic.put("K", new Integer(1));
885     hydrophobic.put("X", new Integer(1));
886     hydrophobic.put("-", new Integer(1));
887     hydrophobic.put("*", new Integer(1));
888     hydrophobic.put("R", new Integer(0));
889     hydrophobic.put("E", new Integer(0));
890     hydrophobic.put("Q", new Integer(0));
891     hydrophobic.put("D", new Integer(0));
892     hydrophobic.put("N", new Integer(0));
893     hydrophobic.put("S", new Integer(0));
894     hydrophobic.put("T", new Integer(0));
895     hydrophobic.put("P", new Integer(0));
896   }
897
898   static
899   {
900     polar.put("Y", new Integer(1));
901     polar.put("W", new Integer(1));
902     polar.put("H", new Integer(1));
903     polar.put("K", new Integer(1));
904     polar.put("R", new Integer(1));
905     polar.put("E", new Integer(1));
906     polar.put("Q", new Integer(1));
907     polar.put("D", new Integer(1));
908     polar.put("N", new Integer(1));
909     polar.put("S", new Integer(1));
910     polar.put("T", new Integer(1));
911     polar.put("X", new Integer(1));
912     polar.put("-", new Integer(1));
913     polar.put("*", new Integer(1));
914     polar.put("I", new Integer(0));
915     polar.put("L", new Integer(0));
916     polar.put("V", new Integer(0));
917     polar.put("C", new Integer(0));
918     polar.put("A", new Integer(0));
919     polar.put("G", new Integer(0));
920     polar.put("M", new Integer(0));
921     polar.put("F", new Integer(0));
922     polar.put("P", new Integer(0));
923   }
924
925   static
926   {
927     small.put("I", new Integer(0));
928     small.put("L", new Integer(0));
929     small.put("V", new Integer(1));
930     small.put("C", new Integer(1));
931     small.put("A", new Integer(1));
932     small.put("G", new Integer(1));
933     small.put("M", new Integer(0));
934     small.put("F", new Integer(0));
935     small.put("Y", new Integer(0));
936     small.put("W", new Integer(0));
937     small.put("H", new Integer(0));
938     small.put("K", new Integer(0));
939     small.put("R", new Integer(0));
940     small.put("E", new Integer(0));
941     small.put("Q", new Integer(0));
942     small.put("D", new Integer(1));
943     small.put("N", new Integer(1));
944     small.put("S", new Integer(1));
945     small.put("T", new Integer(1));
946     small.put("P", new Integer(1));
947     small.put("-", new Integer(1));
948     small.put("*", new Integer(1));
949   }
950
951   static
952   {
953     positive.put("I", new Integer(0));
954     positive.put("L", new Integer(0));
955     positive.put("V", new Integer(0));
956     positive.put("C", new Integer(0));
957     positive.put("A", new Integer(0));
958     positive.put("G", new Integer(0));
959     positive.put("M", new Integer(0));
960     positive.put("F", new Integer(0));
961     positive.put("Y", new Integer(0));
962     positive.put("W", new Integer(0));
963     positive.put("H", new Integer(1));
964     positive.put("K", new Integer(1));
965     positive.put("R", new Integer(1));
966     positive.put("E", new Integer(0));
967     positive.put("Q", new Integer(0));
968     positive.put("D", new Integer(0));
969     positive.put("N", new Integer(0));
970     positive.put("S", new Integer(0));
971     positive.put("T", new Integer(0));
972     positive.put("P", new Integer(0));
973     positive.put("-", new Integer(1));
974     positive.put("*", new Integer(1));
975   }
976
977   static
978   {
979     negative.put("I", new Integer(0));
980     negative.put("L", new Integer(0));
981     negative.put("V", new Integer(0));
982     negative.put("C", new Integer(0));
983     negative.put("A", new Integer(0));
984     negative.put("G", new Integer(0));
985     negative.put("M", new Integer(0));
986     negative.put("F", new Integer(0));
987     negative.put("Y", new Integer(0));
988     negative.put("W", new Integer(0));
989     negative.put("H", new Integer(0));
990     negative.put("K", new Integer(0));
991     negative.put("R", new Integer(0));
992     negative.put("E", new Integer(1));
993     negative.put("Q", new Integer(0));
994     negative.put("D", new Integer(1));
995     negative.put("N", new Integer(0));
996     negative.put("S", new Integer(0));
997     negative.put("T", new Integer(0));
998     negative.put("P", new Integer(0));
999     negative.put("-", new Integer(1));
1000     negative.put("*", new Integer(1));
1001   }
1002
1003   static
1004   {
1005     charged.put("I", new Integer(0));
1006     charged.put("L", new Integer(0));
1007     charged.put("V", new Integer(0));
1008     charged.put("C", new Integer(0));
1009     charged.put("A", new Integer(0));
1010     charged.put("G", new Integer(0));
1011     charged.put("M", new Integer(0));
1012     charged.put("F", new Integer(0));
1013     charged.put("Y", new Integer(0));
1014     charged.put("W", new Integer(0));
1015     charged.put("H", new Integer(1));
1016     charged.put("K", new Integer(1));
1017     charged.put("R", new Integer(1));
1018     charged.put("E", new Integer(1));
1019     charged.put("Q", new Integer(0));
1020     charged.put("D", new Integer(1));
1021     charged.put("N", new Integer(0)); // Asparagine is polar but not charged.
1022                                       // Alternative would be charged and
1023                                       // negative (in basic form)?
1024     charged.put("S", new Integer(0));
1025     charged.put("T", new Integer(0));
1026     charged.put("P", new Integer(0));
1027     charged.put("-", new Integer(1));
1028     charged.put("*", new Integer(1));
1029   }
1030
1031   static
1032   {
1033     aromatic.put("I", new Integer(0));
1034     aromatic.put("L", new Integer(0));
1035     aromatic.put("V", new Integer(0));
1036     aromatic.put("C", new Integer(0));
1037     aromatic.put("A", new Integer(0));
1038     aromatic.put("G", new Integer(0));
1039     aromatic.put("M", new Integer(0));
1040     aromatic.put("F", new Integer(1));
1041     aromatic.put("Y", new Integer(1));
1042     aromatic.put("W", new Integer(1));
1043     aromatic.put("H", new Integer(1));
1044     aromatic.put("K", new Integer(0));
1045     aromatic.put("R", new Integer(0));
1046     aromatic.put("E", new Integer(0));
1047     aromatic.put("Q", new Integer(0));
1048     aromatic.put("D", new Integer(0));
1049     aromatic.put("N", new Integer(0));
1050     aromatic.put("S", new Integer(0));
1051     aromatic.put("T", new Integer(0));
1052     aromatic.put("P", new Integer(0));
1053     aromatic.put("-", new Integer(1));
1054     aromatic.put("*", new Integer(1));
1055   }
1056
1057   static
1058   {
1059     aliphatic.put("I", new Integer(1));
1060     aliphatic.put("L", new Integer(1));
1061     aliphatic.put("V", new Integer(1));
1062     aliphatic.put("C", new Integer(0));
1063     aliphatic.put("A", new Integer(0));
1064     aliphatic.put("G", new Integer(0));
1065     aliphatic.put("M", new Integer(0));
1066     aliphatic.put("F", new Integer(0));
1067     aliphatic.put("Y", new Integer(0));
1068     aliphatic.put("W", new Integer(0));
1069     aliphatic.put("H", new Integer(0));
1070     aliphatic.put("K", new Integer(0));
1071     aliphatic.put("R", new Integer(0));
1072     aliphatic.put("E", new Integer(0));
1073     aliphatic.put("Q", new Integer(0));
1074     aliphatic.put("D", new Integer(0));
1075     aliphatic.put("N", new Integer(0));
1076     aliphatic.put("S", new Integer(0));
1077     aliphatic.put("T", new Integer(0));
1078     aliphatic.put("P", new Integer(0));
1079     aliphatic.put("-", new Integer(1));
1080     aliphatic.put("*", new Integer(1));
1081   }
1082
1083   static
1084   {
1085     tiny.put("I", new Integer(0));
1086     tiny.put("L", new Integer(0));
1087     tiny.put("V", new Integer(0));
1088     tiny.put("C", new Integer(0));
1089     tiny.put("A", new Integer(1));
1090     tiny.put("G", new Integer(1));
1091     tiny.put("M", new Integer(0));
1092     tiny.put("F", new Integer(0));
1093     tiny.put("Y", new Integer(0));
1094     tiny.put("W", new Integer(0));
1095     tiny.put("H", new Integer(0));
1096     tiny.put("K", new Integer(0));
1097     tiny.put("R", new Integer(0));
1098     tiny.put("E", new Integer(0));
1099     tiny.put("Q", new Integer(0));
1100     tiny.put("D", new Integer(0));
1101     tiny.put("N", new Integer(0));
1102     tiny.put("S", new Integer(1));
1103     tiny.put("T", new Integer(0));
1104     tiny.put("P", new Integer(0));
1105     tiny.put("-", new Integer(1));
1106     tiny.put("*", new Integer(1));
1107   }
1108
1109   static
1110   {
1111     proline.put("I", new Integer(0));
1112     proline.put("L", new Integer(0));
1113     proline.put("V", new Integer(0));
1114     proline.put("C", new Integer(0));
1115     proline.put("A", new Integer(0));
1116     proline.put("G", new Integer(0));
1117     proline.put("M", new Integer(0));
1118     proline.put("F", new Integer(0));
1119     proline.put("Y", new Integer(0));
1120     proline.put("W", new Integer(0));
1121     proline.put("H", new Integer(0));
1122     proline.put("K", new Integer(0));
1123     proline.put("R", new Integer(0));
1124     proline.put("E", new Integer(0));
1125     proline.put("Q", new Integer(0));
1126     proline.put("D", new Integer(0));
1127     proline.put("N", new Integer(0));
1128     proline.put("S", new Integer(0));
1129     proline.put("T", new Integer(0));
1130     proline.put("P", new Integer(1));
1131     proline.put("-", new Integer(1));
1132     proline.put("*", new Integer(1));
1133   }
1134
1135   static
1136   {
1137     propHash.put("hydrophobic", hydrophobic);
1138     propHash.put("small", small);
1139     propHash.put("positive", positive);
1140     propHash.put("negative", negative);
1141     propHash.put("charged", charged);
1142     propHash.put("aromatic", aromatic);
1143     propHash.put("aliphatic", aliphatic);
1144     propHash.put("tiny", tiny);
1145     propHash.put("proline", proline);
1146     propHash.put("polar", polar);
1147   }
1148
1149   private ResidueProperties()
1150   {
1151   }
1152
1153   public static double getHydmax()
1154   {
1155     return hydmax;
1156   }
1157
1158   public static double getHydmin()
1159   {
1160     return hydmin;
1161   }
1162
1163   public static double[] getHyd()
1164   {
1165     return hyd;
1166   }
1167
1168   public static Hashtable getAA3Hash()
1169   {
1170     return aa3Hash;
1171   }
1172
1173   public static int[][] getDNA()
1174   {
1175     return ResidueProperties.DNA;
1176   }
1177
1178   public static int[][] getBLOSUM62()
1179   {
1180     return ResidueProperties.BLOSUM62;
1181   }
1182
1183   public static int getPAM250(String A1, String A2)
1184   {
1185     return getPAM250(A1.charAt(0), A2.charAt(0));
1186   }
1187
1188   public static int getBLOSUM62(char c1, char c2)
1189   {
1190     int pog = 0;
1191
1192     try
1193     {
1194       int a = aaIndex[c1];
1195       int b = aaIndex[c2];
1196
1197       pog = ResidueProperties.BLOSUM62[a][b];
1198     } catch (Exception e)
1199     {
1200       // System.out.println("Unknown residue in " + A1 + " " + A2);
1201     }
1202
1203     return pog;
1204   }
1205
1206   public static Vector getCodons(String res)
1207   {
1208     if (codonHash.containsKey(res))
1209     {
1210       return (Vector) codonHash.get(res);
1211     }
1212
1213     return null;
1214   }
1215
1216   public static String codonTranslate(String lccodon)
1217   {
1218     String codon = lccodon.toUpperCase();
1219     // all base ambiguity codes yield an 'X' amino acid residue
1220     if (codon.indexOf('X') > -1 || codon.indexOf('N') > -1)
1221     {
1222       return "X";
1223     }
1224     Enumeration e = codonHash.keys();
1225
1226     while (e.hasMoreElements())
1227     {
1228       String key = (String) e.nextElement();
1229       Vector tmp = (Vector) codonHash.get(key);
1230
1231       if (tmp.contains(codon))
1232       {
1233         return key;
1234       }
1235     }
1236
1237     return null;
1238   }
1239
1240   public static int[][] getDefaultPeptideMatrix()
1241   {
1242     return ResidueProperties.getBLOSUM62();
1243   }
1244
1245   public static int[][] getDefaultDnaMatrix()
1246   {
1247     return ResidueProperties.getDNA();
1248   }
1249
1250   /**
1251    * get a ScoreMatrix based on its string name
1252    * 
1253    * @param pwtype
1254    * @return matrix in scoreMatrices with key pwtype or null
1255    */
1256   public static ScoreMatrix getScoreMatrix(String pwtype)
1257   {
1258     Object val = scoreMatrices.get(pwtype);
1259     if (val != null)
1260     {
1261       return (ScoreMatrix) val;
1262     }
1263     return null;
1264   }
1265
1266   public static int getPAM250(char c, char d)
1267   {
1268     int a = aaIndex[c];
1269     int b = aaIndex[d];
1270
1271     int pog = ResidueProperties.PAM250[a][b];
1272
1273     return pog;
1274   }
1275
1276   public static Hashtable toDssp3State;
1277   static
1278   {
1279     toDssp3State = new Hashtable();
1280     toDssp3State.put("H", "H");
1281     toDssp3State.put("E", "E");
1282     toDssp3State.put("C", " ");
1283     toDssp3State.put(" ", " ");
1284     toDssp3State.put("T", " ");
1285     toDssp3State.put("B", "E");
1286     toDssp3State.put("G", "H");
1287     toDssp3State.put("I", "H");
1288     toDssp3State.put("X", " ");
1289   }
1290
1291   /**
1292    * translate from other dssp secondary structure alphabets to 3-state
1293    * 
1294    * @param ssstring
1295    * @return ssstring as a three-state secondary structure assignment.
1296    */
1297   public static String getDssp3state(String ssstring)
1298   {
1299     if (ssstring == null)
1300     {
1301       return null;
1302     }
1303     StringBuffer ss = new StringBuffer();
1304     for (int i = 0; i < ssstring.length(); i++)
1305     {
1306       String ssc = ssstring.substring(i, i + 1);
1307       if (toDssp3State.containsKey(ssc))
1308       {
1309         ss.append((String) toDssp3State.get(ssc));
1310       }
1311       else
1312       {
1313         ss.append(" ");
1314       }
1315     }
1316     return ss.toString();
1317   }
1318
1319   /**
1320    * Used by getRNASecStrucState
1321    * 
1322    */
1323   public static Hashtable toRNAssState;
1324   static
1325   {
1326     toRNAssState = new Hashtable();
1327     toRNAssState.put(")", "S");
1328     toRNAssState.put("(", "S");
1329   }
1330
1331   /**
1332    * translate to RNA secondary structure representation
1333    * 
1334    * @param ssstring
1335    * @return ssstring as a RNA-state secondary structure assignment.
1336    */
1337   public static String getRNASecStrucState(String ssstring)
1338   {
1339     if (ssstring == null)
1340     {
1341       return null;
1342     }
1343     StringBuffer ss = new StringBuffer();
1344     for (int i = 0; i < ssstring.length(); i++)
1345     {
1346       String ssc = ssstring.substring(i, i + 1);
1347       if (toRNAssState.containsKey(ssc))
1348       {
1349         ss.append((String) toRNAssState.get(ssc));
1350       }
1351       else
1352       {
1353         ss.append(" ");
1354       }
1355     }
1356     return ss.toString();
1357   }
1358
1359   // main method generates perl representation of residue property hash
1360   // / cut here
1361   public static void main(String[] args)
1362   {
1363     Hashtable aa = new Hashtable();
1364     System.out.println("my %aa = {");
1365     // invert property hashes
1366     Enumeration prop = propHash.keys();
1367     while (prop.hasMoreElements())
1368     {
1369       String pname = (String) prop.nextElement();
1370       Hashtable phash = (Hashtable) propHash.get(pname);
1371       Enumeration res = phash.keys();
1372       while (res.hasMoreElements())
1373       {
1374         String rname = (String) res.nextElement();
1375         Vector aprops = (Vector) aa.get(rname);
1376         if (aprops == null)
1377         {
1378           aprops = new Vector();
1379           aa.put(rname, aprops);
1380         }
1381         Integer hasprop = (Integer) phash.get(rname);
1382         if (hasprop.intValue() == 1)
1383         {
1384           aprops.addElement(pname);
1385         }
1386       }
1387     }
1388     Enumeration res = aa.keys();
1389     while (res.hasMoreElements())
1390     {
1391       String rname = (String) res.nextElement();
1392
1393       System.out.print("'" + rname + "' => [");
1394       Enumeration props = ((Vector) aa.get(rname)).elements();
1395       while (props.hasMoreElements())
1396       {
1397         System.out.print("'" + (String) props.nextElement() + "'");
1398         if (props.hasMoreElements())
1399         {
1400           System.out.println(", ");
1401         }
1402       }
1403       System.out.println("]" + (res.hasMoreElements() ? "," : ""));
1404     }
1405     System.out.println("};");
1406   }
1407   // to here
1408 }