src/jalview/schemes/ResidueProperties.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.schemes;
  20
  21 import java.util.*;
  22
  23 import java.awt.*;
  24
  25 public class ResidueProperties
  26 {
  27   //Stores residue codes/names and colours and other things
  28   public static final Hashtable aaHash = new Hashtable(); // stores the number value of the aa
  29   public static final Hashtable aa3Hash = new Hashtable();
  30   public static final Hashtable aa2Triplet = new Hashtable();
  31   public static final Hashtable nucleotideHash = new Hashtable();
  32   public static final Hashtable nucleotideName = new Hashtable();
  33
  34   static
  35   {
  36     aaHash.put("A", new Integer(0));
  37     aaHash.put("R", new Integer(1));
  38     aaHash.put("N", new Integer(2));
  39     aaHash.put("D", new Integer(3));
  40     aaHash.put("C", new Integer(4));
  41     aaHash.put("Q", new Integer(5));
  42     aaHash.put("E", new Integer(6));
  43     aaHash.put("G", new Integer(7));
  44     aaHash.put("H", new Integer(8));
  45     aaHash.put("I", new Integer(9));
  46     aaHash.put("L", new Integer(10));
  47     aaHash.put("K", new Integer(11));
  48     aaHash.put("M", new Integer(12));
  49     aaHash.put("F", new Integer(13));
  50     aaHash.put("P", new Integer(14));
  51     aaHash.put("S", new Integer(15));
  52     aaHash.put("T", new Integer(16));
  53     aaHash.put("W", new Integer(17));
  54     aaHash.put("Y", new Integer(18));
  55     aaHash.put("V", new Integer(19));
  56     aaHash.put("B", new Integer(20));
  57     aaHash.put("Z", new Integer(21));
  58     aaHash.put("X", new Integer(22));
  59     aaHash.put("U", new Integer(22));
  60     aaHash.put("a", new Integer(0));
  61     aaHash.put("r", new Integer(1));
  62     aaHash.put("n", new Integer(2));
  63     aaHash.put("d", new Integer(3));
  64     aaHash.put("c", new Integer(4));
  65     aaHash.put("q", new Integer(5));
  66     aaHash.put("e", new Integer(6));
  67     aaHash.put("g", new Integer(7));
  68     aaHash.put("h", new Integer(8));
  69     aaHash.put("i", new Integer(9));
  70     aaHash.put("l", new Integer(10));
  71     aaHash.put("k", new Integer(11));
  72     aaHash.put("m", new Integer(12));
  73     aaHash.put("f", new Integer(13));
  74     aaHash.put("p", new Integer(14));
  75     aaHash.put("s", new Integer(15));
  76     aaHash.put("t", new Integer(16));
  77     aaHash.put("w", new Integer(17));
  78     aaHash.put("y", new Integer(18));
  79     aaHash.put("v", new Integer(19));
  80     aaHash.put("b", new Integer(20));
  81     aaHash.put("z", new Integer(21));
  82     aaHash.put("x", new Integer(22));
  83     aaHash.put("u", new Integer(22));
  84     aaHash.put("-", new Integer(23));
  85     aaHash.put("*", new Integer(23));
  86     aaHash.put(".", new Integer(23));
  87     aaHash.put(" ", new Integer(23));
  88   }
  89
  90   static
  91   {
  92     nucleotideHash.put("A", new Integer(0));
  93     nucleotideHash.put("a", new Integer(0));
  94     nucleotideHash.put("C", new Integer(1));
  95     nucleotideHash.put("c", new Integer(1));
  96     nucleotideHash.put("G", new Integer(2));
  97     nucleotideHash.put("g", new Integer(2));
  98     nucleotideHash.put("T", new Integer(3));
  99     nucleotideHash.put("t", new Integer(3));
 100     nucleotideHash.put("U", new Integer(4));
 101     nucleotideHash.put("u", new Integer(4));
 102     nucleotideHash.put("I", new Integer(5));
 103     nucleotideHash.put("i", new Integer(5));
 104     nucleotideHash.put("X", new Integer(6));
 105     nucleotideHash.put("x", new Integer(6));
 106     nucleotideHash.put("R", new Integer(7));
 107     nucleotideHash.put("r", new Integer(7));
 108     nucleotideHash.put("Y", new Integer(8));
 109     nucleotideHash.put("y", new Integer(8));
 110     nucleotideHash.put("N", new Integer(9));
 111     nucleotideHash.put("n", new Integer(9));
 112
 113
 114     nucleotideName.put("A", "Adenine");
 115     nucleotideName.put("a", "Adenine");
 116     nucleotideName.put("G", "Guanine");
 117     nucleotideName.put("g", "Guanine");
 118     nucleotideName.put("C", "Cytosine");
 119     nucleotideName.put("c", "Cytosine");
 120     nucleotideName.put("T", "Thymine");
 121     nucleotideName.put("t", "Thymine");
 122     nucleotideName.put("U", "Uracil");
 123     nucleotideName.put("u", "Uracil");
 124     nucleotideName.put("I", "Inosine");
 125     nucleotideName.put("i", "Inosine");
 126     nucleotideName.put("X", "Xanthine");
 127     nucleotideName.put("x", "Xanthine");
 128     nucleotideName.put("R", "Unknown Purine");
 129     nucleotideName.put("r", "Unknown Purine");
 130     nucleotideName.put("Y", "Unknown Pyrimidine");
 131     nucleotideName.put("y", "Unknown Pyrimidine");
 132     nucleotideName.put("N", "Unknown");
 133     nucleotideName.put("n", "Unknown");
 134   }
 135
 136
 137   static
 138   {
 139     aa3Hash.put("ALA", new Integer(0));
 140     aa3Hash.put("ARG", new Integer(1));
 141     aa3Hash.put("ASN", new Integer(2));
 142     aa3Hash.put("ASP", new Integer(3)); //D
 143     aa3Hash.put("CYS", new Integer(4));
 144     aa3Hash.put("GLN", new Integer(5)); //Q
 145     aa3Hash.put("GLU", new Integer(6)); // E
 146     aa3Hash.put("GLY", new Integer(7));
 147     aa3Hash.put("HIS", new Integer(8));
 148     aa3Hash.put("ILE", new Integer(9));
 149     aa3Hash.put("LEU", new Integer(10));
 150     aa3Hash.put("LYS", new Integer(11));
 151     aa3Hash.put("MET", new Integer(12));
 152     aa3Hash.put("PHE", new Integer(13));
 153     aa3Hash.put("PRO", new Integer(14));
 154     aa3Hash.put("SER", new Integer(15));
 155     aa3Hash.put("THR", new Integer(16));
 156     aa3Hash.put("TRP", new Integer(17));
 157     aa3Hash.put("TYR", new Integer(18));
 158     aa3Hash.put("VAL", new Integer(19));
 159     // IUB Nomenclature for ambiguous peptides
 160     aa3Hash.put("ASX", new Integer(20)); // "B";
 161     aa3Hash.put("GLX", new Integer(21)); // X
 162     aa3Hash.put("XAA", new Integer(22));// X unknown
 163     aa3Hash.put("-", new Integer(23));
 164     aa3Hash.put("*", new Integer(23));
 165     aa3Hash.put(".", new Integer(23));
 166     aa3Hash.put(" ", new Integer(23));
 167     aa3Hash.put("Gap", new Integer(23));
 168   }
 169
 170   static
 171   {
 172     aa2Triplet.put("A", "ALA");
 173     aa2Triplet.put("a", "ALA");
 174     aa2Triplet.put("R", "ARG");
 175     aa2Triplet.put("r", "ARG");
 176     aa2Triplet.put("N", "ASN");
 177     aa2Triplet.put("n", "ASN");
 178     aa2Triplet.put("D", "ASP");
 179     aa2Triplet.put("d", "ASP");
 180     aa2Triplet.put("C", "CYS");
 181     aa2Triplet.put("c", "CYS");
 182     aa2Triplet.put("Q", "GLN");
 183     aa2Triplet.put("q", "GLN");
 184     aa2Triplet.put("E", "GLU");
 185     aa2Triplet.put("e", "GLU");
 186     aa2Triplet.put("G", "GLY");
 187     aa2Triplet.put("g", "GLY");
 188     aa2Triplet.put("H", "HIS");
 189     aa2Triplet.put("h", "HIS");
 190     aa2Triplet.put("I", "ILE");
 191     aa2Triplet.put("i", "ILE");
 192     aa2Triplet.put("L", "LEU");
 193     aa2Triplet.put("l", "LEU");
 194     aa2Triplet.put("K", "LYS");
 195     aa2Triplet.put("k", "LYS");
 196     aa2Triplet.put("M", "MET");
 197     aa2Triplet.put("m", "MET");
 198     aa2Triplet.put("F", "PHE");
 199     aa2Triplet.put("f", "PHE");
 200     aa2Triplet.put("P", "PRO");
 201     aa2Triplet.put("p", "PRO");
 202     aa2Triplet.put("S", "SER");
 203     aa2Triplet.put("s", "SER");
 204     aa2Triplet.put("T", "THR");
 205     aa2Triplet.put("t", "THR");
 206     aa2Triplet.put("W", "TRP");
 207     aa2Triplet.put("w", "TRP");
 208     aa2Triplet.put("Y", "TYR");
 209     aa2Triplet.put("y", "TYR");
 210     aa2Triplet.put("V", "VAL");
 211     aa2Triplet.put("v", "VAL");
 212   }
 213
 214   public static final String[] aa =
 215       {
 216       "A", "R", "N", "D", "C", "Q", "E", "G", "H", "I", "L", "K", "M", "F",
 217       "P", "S", "T", "W", "Y", "V", "B", "Z", "X", "_", "*", ".", " "
 218   };
 219   public static final Color midBlue = new Color(100, 100, 255);
 220   public static final Vector scaleColours = new Vector();
 221
 222   static
 223   {
 224     scaleColours.addElement(new Color(114, 0, 147));
 225     scaleColours.addElement(new Color(156, 0, 98));
 226     scaleColours.addElement(new Color(190, 0, 0));
 227     scaleColours.addElement(Color.red);
 228     scaleColours.addElement(new Color(255, 125, 0));
 229     scaleColours.addElement(Color.orange);
 230     scaleColours.addElement(new Color(255, 194, 85));
 231     scaleColours.addElement(Color.yellow);
 232     scaleColours.addElement(new Color(255, 255, 181));
 233     scaleColours.addElement(Color.white);
 234   }
 235
 236   public static final Color[] taylor =
 237       {
 238       new Color(204, 255, 0), // A  Greenish-yellowy-yellow
 239       new Color(0, 0, 255), // R  Blueish-bluey-blue
 240       new Color(204, 0, 255), // N  Blueish-reddy-blue
 241       new Color(255, 0, 0), // D  Reddish-reddy-red
 242       new Color(255, 255, 0), // C  Yellowish-yellowy-yellow
 243       new Color(255, 0, 204), // Q  Reddish-bluey-red
 244       new Color(255, 0, 102), // E  Blueish-reddy-red
 245       new Color(255, 153, 0), // G  Yellowy-reddy-yellow
 246       new Color(0, 102, 255), // H  Greenish-bluey-blue
 247       new Color(102, 255, 0), // I  Greenish-yellowy-green
 248       new Color(51, 255, 0), // L  Yellowish-greeny-green
 249       new Color(102, 0, 255), // K  Reddish-bluey-blue
 250       new Color(0, 255, 0), // M  Greenish-greeny-green
 251       new Color(0, 255, 102), // F  Blueish-greeny-green
 252       new Color(255, 204, 0), // P  Reddish-yellowy-yellow
 253       new Color(255, 51, 0), // S  Yellowish-reddy-red
 254       new Color(255, 102, 0), // T  Reddish-yellowy-red
 255       new Color(0, 204, 255), // W  Blueish-greeny-green
 256       new Color(0, 255, 204), // Y  Greenish-bluey-green
 257       new Color(153, 255, 0), // V  Yellowish-greeny-yellow
 258       Color.white, // B
 259       Color.white, // Z
 260       Color.white, // X
 261       Color.white, // -
 262       Color.white, // *
 263       Color.white // .
 264   };
 265   public static final Color[] nucleotide =
 266       {
 267       new Color(100, 247, 63), // A
 268       new Color(255, 179, 64), // C
 269       new Color(235, 65, 60), // G
 270       new Color(60, 136, 238), // T
 271       new Color(60, 136, 238) // U
 272   };
 273   public static final Color[] color =
 274       {
 275       Color.pink, // A
 276       midBlue, // R
 277       Color.green, // N
 278       Color.red, // D
 279       Color.yellow, // C
 280       Color.green, // Q
 281       Color.red, // E
 282       Color.magenta, // G
 283       Color.red, // H
 284       Color.pink, // I
 285       Color.pink, // L
 286       midBlue, // K
 287       Color.pink, // M
 288       Color.orange, // F
 289       Color.magenta, // P
 290       Color.green, // S
 291       Color.green, // T
 292       Color.orange, // W
 293       Color.orange, // Y
 294       Color.pink, // V
 295       Color.white, // B
 296       Color.white, // Z
 297       Color.white, // X
 298       Color.white, // -
 299       Color.white, // *
 300       Color.white, // .
 301       Color.white // ' '
 302   };
 303
 304   // Dunno where I got these numbers from
 305   public static final double[] hyd2 =
 306       {
 307       0.62, //A
 308       0.29, //R
 309       -0.90, //N
 310       -0.74, //D
 311       1.19, //C
 312       0.48, //Q
 313       -0.40, //E
 314       1.38, //G
 315       -1.50, //H
 316       1.06, //I
 317       0.64, //L
 318       -0.78, //K
 319       0.12, //M
 320       -0.85, //F
 321       -2.53, //P
 322       -0.18, //S
 323       -0.05, //T
 324       1.08, //W
 325       0.81, //Y
 326       0.0, //V
 327       0.26, //B
 328       0.0, //Z
 329       0.0 //X
 330   };
 331   public static final double[] helix =
 332       {
 333       1.42, 0.98, 0.67, 1.01, 0.70, 1.11, 1.51, 0.57, 1.00, 1.08, 1.21, 1.16,
 334       1.45, 1.13, 0.57, 0.77, 0.83, 1.08, 0.69, 1.06, 0.84, 1.31, 1.00, 0.0
 335   };
 336   public static final double helixmin = 0.57;
 337   public static final double helixmax = 1.51;
 338   public static final double[] strand =
 339       {
 340       0.83, 0.93, 0.89, 0.54, 1.19, 1.10, 0.37, 0.75, 0.87, 1.60, 1.30, 0.74,
 341       1.05, 1.38, 0.55, 0.75, 1.19, 1.37, 1.47, 1.70, 0.72, 0.74, 1.0, 0.0
 342   };
 343   public static final double strandmin = 0.37;
 344   public static final double strandmax = 1.7;
 345   public static final double[] turn =
 346       {
 347       0.66, 0.95, 1.56, 1.46, 1.19, 0.98, 0.74, 1.56, 0.95, 0.47, 0.59, 1.01,
 348       0.60, 0.60, 1.52, 1.43, 0.96, 0.96, 1.14, 0.50, 1.51, 0.86, 1.00, 0, 0
 349   };
 350   public static final double turnmin = 0.47;
 351   public static final double turnmax = 1.56;
 352   public static final double[] buried =
 353       {
 354       1.7, 0.1, 0.4, 0.4, 4.6, 0.3, 0.3, 1.8, 0.8, 3.1, 2.4, 0.05, 1.9, 2.2,
 355       0.6, 0.8, 0.7, 1.6, 0.5, 2.9, 0.4, 0.3, 1.358, 0.00
 356   };
 357   public static final double buriedmin = 0.05;
 358   public static final double buriedmax = 4.6;
 359
 360   // This is hydropathy index
 361   // Kyte, J., and Doolittle, R.F., J. Mol. Biol.
 362   // 1157, 105-132, 1982
 363   public static final double[] hyd =
 364       {
 365       1.8, -4.5, -3.5, -3.5, 2.5, -3.5, -3.5, -0.4, -3.2, 4.5, 3.8, -3.9, 1.9,
 366       2.8, -1.6, -0.8, -0.7, -0.9, -1.3, 4.2, -3.5, -3.5, -0.49, 0.0
 367   };
 368   public static final double hydmax = 4.5;
 369   public static final double hydmin = -3.9;
 370
 371   //public static final double hydmax = 1.38;
 372   //public static final double hydmin = -2.53;
 373   static final int[][] BLOSUM62 =
 374       {
 375       {
 376       4, -1, -2, -2, 0, -1, -1, 0, -2, -1, -1, -1, -1, -2, -1, 1, 0, -3,
 377       -2, 0, -2, -1, 0, -4
 378   },
 379       {
 380       -1, 5, 0, -2, -3, 1, 0, -2, 0, -3, -2, 2, -1, -3, -2, -1, -1, -3, -2,
 381       -3, -1, 0, -1, -4
 382   },
 383       {
 384       -2, 0, 6, 1, -3, 0, 0, 0, 1, -3, -3, 0, -2, -3, -2, 1, 0, -4, -2, -3,
 385       3, 0, -1, -4
 386   },
 387       {
 388       -2, -2, 1, 6, -3, 0, 2, -1, -1, -3, -4, -1, -3, -3, -1, 0, -1, -4,
 389       -3, -3, 4, 1, -1, -4
 390   },
 391       {
 392       0, 3, -3, -3, 9, -3, -4, -3, -3, -1, -1, -3, -1, -2, -3, -1, -1, -2,
 393       -2, -1, -3, -3, -2, -4
 394   },
 395       {
 396       -1, 1, 0, 0, -3, 5, 2, -2, 0, -3, -2, 1, 0, -3, -1, 0, -1, -2, -1,
 397       -2, 0, 3, -1, -4
 398   },
 399       {
 400       -1, 0, 0, 2, -4, 2, 5, -2, 0, -3, -3, 1, -2, -3, -1, 0, -1, -3, -2,
 401       -2, 1, 4, -1, -4
 402   },
 403       {
 404       0, -2, 0, -1, -3, -2, -2, 6, -2, -4, -4, -2, -3, -3, -2, 0, -2, -2,
 405       -3, -3, -1, -2, -1, -4
 406   },
 407       {
 408       -2, 0, 1, -1, -3, 0, 0, -2, 8, -3, -3, -1, -2, -1, -2, -1, -2, -2, 2,
 409       -3, 0, 0, -1, -4
 410   },
 411       {
 412       -1, -3, -3, -3, -1, -3, -3, -4, -3, 4, 2, -3, 1, 0, -3, -2, -1, -3,
 413       -1, 3, -3, -3, -1, -4
 414   },
 415       {
 416       -1, -2, -3, -4, -1, -2, -3, -4, -3, 2, 4, -2, 2, 0, -3, -2, -1, -2,
 417       -1, 1, -4, -3, -1, -4
 418   },
 419       {
 420       -1, 2, 0, -1, -3, 1, 1, -2, -1, -3, -2, 5, -1, -3, -1, 0, -1, -3, -2,
 421       -2, 0, 1, -1, -4
 422   },
 423       {
 424       -1, -1, -2, -3, -1, 0, -2, -3, -2, 1, 2, -1, 5, 0, -2, -1, -1, -1,
 425       -1, 1, -3, -1, -1, -4
 426   },
 427       {
 428       -2, -3, -3, -3, -2, -3, -3, -3, -1, 0, 0, -3, 0, 6, -4, -2, -2, 1, 3,
 429       -1, -3, -3, -1, -4
 430   },
 431       {
 432       -1, -2, -2, -1, -3, -1, -1, -2, -2, -3, -3, -1, -2, -4, 7, -1, -1,
 433       -4, -3, -2, -2, -1, -2, -4
 434   },
 435       {
 436       1, -1, 1, 0, -1, 0, 0, 0, -1, -2, -2, 0, -1, -2, -1, 4, 1, -3, -2,
 437       -2, 0, 0, 0, -4
 438   },
 439       {
 440       0, -1, 0, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -1, -1, -1, -1, -2, -1, 1, 5, -2,
 441       -2, 0, -1, -1, 0, -4
 442   },
 443       {
 444       -3, -3, -4, -4, -2, -2, -3, -2, -2, -3, -2, -3, -1, 1, -4, -3, -2,
 445       11, 2, -3, -4, -3, -2, -4
 446   },
 447       {
 448       -2, -2, -2, -3, -2, -1, -2, -3, 2, -1, -1, -2, -1, 3, -3, -2, -2, 2,
 449       7, -1, -3, -2, -1, -4
 450   },
 451       {
 452       0, -3, -3, -3, -1, -2, -2, -3, -3, 3, 1, -2, 1, -1, -2, -2, 0, -3,
 453       -1, 4, -3, -2, -1, -4
 454   },
 455       {
 456       -2, -1, 3, 4, -3, 0, 1, -1, 0, -3, -4, 0, -3, -3, -2, 0, -1, -4, -3,
 457       -3, 4, 1, -1, -4
 458   },
 459       {
 460       -1, 0, 0, 1, -3, 3, 4, -2, 0, -3, -3, 1, -1, -3, -1, 0, -1, -3, -2,
 461       -2, 1, 4, -1, -4
 462   },
 463       {
 464       0, -1, -1, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -2, 0, 0, -2,
 465       -1, -1, -1, -1, -1, -4
 466   },
 467       {
 468       -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4,
 469       -4, -4, -4, -4, -4, -4, 1
 470   },
 471   };
 472   static final int[][] PAM250 =
 473       {
 474       {
 475       2, -2, 0, 0, -2, 0, 0, 1, -1, -1, -2, -1, -1, -3, 1, 1, 1, -6, -3, 0,
 476       0, 0, 0, -8
 477   },
 478       {
 479       -2, 6, 0, -1, -4, 1, -1, -3, 2, -2, -3, 3, 0, -4, 0, 0, -1, 2, -4,
 480       -2, -1, 0, -1, -8
 481   },
 482       {
 483       0, 0, 2, 2, -4, 1, 1, 0, 2, -2, -3, 1, -2, -3, 0, 1, 0, -4, -2, -2,
 484       2, 1, 0, -8
 485   },
 486       {
 487       0, -1, 2, 4, -5, 2, 3, 1, 1, -2, -4, 0, -3, -6, -1, 0, 0, -7, -4, -2,
 488       3, 3, -1, -8
 489   },
 490       {
 491       -2, -4, -4, -5, 12, -5, -5, -3, -3, -2, -6, -5, -5, -4, -3, 0, -2,
 492       -8, 0, -2, -4, -5, -3, -8
 493   },
 494       {
 495       0, 1, 1, 2, -5, 4, 2, -1, 3, -2, -2, 1, -1, -5, 0, -1, -1, -5, -4,
 496       -2, 1, 3, -1, -8
 497   },
 498       {
 499       0, -1, 1, 3, -5, 2, 4, 0, 1, -2, -3, 0, -2, -5, -1, 0, 0, -7, -4, -2,
 500       3, 3, -1, -8
 501   },
 502       {
 503       1, -3, 0, 1, -3, -1, 0, 5, -2, -3, -4, -2, -3, -5, 0, 1, 0, -7, -5,
 504       -1, 0, 0, -1, -8
 505   },
 506       {
 507       -1, 2, 2, 1, -3, 3, 1, -2, 6, -2, -2, 0, -2, -2, 0, -1, -1, -3, 0,
 508       -2, 1, 2, -1, -8
 509   },
 510       {
 511       -1, -2, -2, -2, -2, -2, -2, -3, -2, 5, 2, -2, 2, 1, -2, -1, 0, -5,
 512       -1, 4, -2, -2, -1, -8
 513   },
 514       {
 515       -2, -3, -3, -4, -6, -2, -3, -4, -2, 2, 6, -3, 4, 2, -3, -3, -2, -2,
 516       -1, 2, -3, -3, -1, -8
 517   },
 518       {
 519       -1, 3, 1, 0, -5, 1, 0, -2, 0, -2, -3, 5, 0, -5, -1, 0, 0, -3, -4, -2,
 520       1, 0, -1, -8
 521   },
 522       {
 523       -1, 0, -2, -3, -5, -1, -2, -3, -2, 2, 4, 0, 6, 0, -2, -2, -1, -4, -2,
 524       2, -2, -2, -1, -8
 525   },
 526       {
 527       -3, -4, -3, -6, -4, -5, -5, -5, -2, 1, 2, -5, 0, 9, -5, -3, -3, 0, 7,
 528       -1, -4, -5, -2, -8
 529   },
 530       {
 531       1, 0, 0, -1, -3, 0, -1, 0, 0, -2, -3, -1, -2, -5, 6, 1, 0, -6, -5,
 532       -1, -1, 0, -1, -8
 533   },
 534       {
 535       1, 0, 1, 0, 0, -1, 0, 1, -1, -1, -3, 0, -2, -3, 1, 2, 1, -2, -3, -1,
 536       0, 0, 0, -8
 537   },
 538       {
 539       1, -1, 0, 0, -2, -1, 0, 0, -1, 0, -2, 0, -1, -3, 0, 1, 3, -5, -3, 0,
 540       0, -1, 0, -8
 541   },
 542       {
 543       -6, 2, -4, -7, -8, -5, -7, -7, -3, -5, -2, -3, -4, 0, -6, -2, -5, 17,
 544       0, -6, -5, -6, -4, -8
 545   },
 546       {
 547       -3, -4, -2, -4, 0, -4, -4, -5, 0, -1, -1, -4, -2, 7, -5, -3, -3, 0,
 548       10, -2, -3, -4, -2, -8
 549   },
 550       {
 551       0, -2, -2, -2, -2, -2, -2, -1, -2, 4, 2, -2, 2, -1, -1, -1, 0, -6,
 552       -2, 4, -2, -2, -1, -8
 553   },
 554       {
 555       0, -1, 2, 3, -4, 1, 3, 0, 1, -2, -3, 1, -2, -4, -1, 0, 0, -5, -3, -2,
 556       3, 2, -1, -8
 557   },
 558       {
 559       0, 0, 1, 3, -5, 3, 3, 0, 2, -2, -3, 0, -2, -5, 0, 0, -1, -6, -4, -2,
 560       2, 3, -1, -8
 561   },
 562       {
 563       0, -1, 0, -1, -3, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -2, -1, 0, 0, -4,
 564       -2, -1, -1, -1, -1, -8
 565   },
 566       {
 567       -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8,
 568       -8, -8, -8, -8, -8, -8, 1
 569   },
 570   };
 571   public static final Hashtable ssHash = new Hashtable(); // stores the number value of the aa
 572
 573   static
 574   {
 575     ssHash.put("H", Color.magenta);
 576     ssHash.put("E", Color.yellow);
 577     ssHash.put("-", Color.white);
 578     ssHash.put(".", Color.white);
 579     ssHash.put("S", Color.cyan);
 580     ssHash.put("T", Color.blue);
 581     ssHash.put("G", Color.pink);
 582     ssHash.put("I", Color.pink);
 583     ssHash.put("B", Color.yellow);
 584   }
 585
 586   static final int[][] DNA =
 587       {
 588       {
 589       5, -4, -4, -4, 1}, // C
 590       {
 591       -4, 5, -4, -4, 1}, // T
 592       {
 593       -4, -4, 5, -4, 1}, // A
 594       {
 595       -4, -4, -4, 5, 1}, // G
 596       {
 597       1, 1, 1, 1, 1}, // -
 598   };
 599   public static final Color[] pidColours =
 600       {
 601       midBlue, new Color(153, 153, 255),
 602       //    Color.lightGray,
 603       new Color(204, 204, 255),
 604   };
 605   public static final float[] pidThresholds =
 606       {
 607       80, 60, 40, };
 608   public static Hashtable codonHash = new Hashtable();
 609   public static Vector Lys = new Vector();
 610   public static Vector Asn = new Vector();
 611   public static Vector Gln = new Vector();
 612   public static Vector His = new Vector();
 613   public static Vector Glu = new Vector();
 614   public static Vector Asp = new Vector();
 615   public static Vector Tyr = new Vector();
 616   public static Vector Thr = new Vector();
 617   public static Vector Pro = new Vector();
 618   public static Vector Ala = new Vector();
 619   public static Vector Ser = new Vector();
 620   public static Vector Arg = new Vector();
 621   public static Vector Gly = new Vector();
 622   public static Vector Trp = new Vector();
 623   public static Vector Cys = new Vector();
 624   public static Vector Ile = new Vector();
 625   public static Vector Met = new Vector();
 626   public static Vector Leu = new Vector();
 627   public static Vector Val = new Vector();
 628   public static Vector Phe = new Vector();
 629   public static Vector STOP = new Vector();
 630
 631   static
 632   {
 633     codonHash.put("K", Lys);
 634     codonHash.put("N", Asn);
 635     codonHash.put("Q", Gln);
 636     codonHash.put("H", His);
 637     codonHash.put("E", Glu);
 638     codonHash.put("D", Asp);
 639     codonHash.put("Y", Tyr);
 640     codonHash.put("T", Thr);
 641     codonHash.put("P", Pro);
 642     codonHash.put("A", Ala);
 643     codonHash.put("S", Ser);
 644     codonHash.put("R", Arg);
 645     codonHash.put("G", Gly);
 646     codonHash.put("W", Trp);
 647     codonHash.put("C", Cys);
 648     codonHash.put("I", Ile);
 649     codonHash.put("M", Met);
 650     codonHash.put("L", Leu);
 651     codonHash.put("V", Val);
 652     codonHash.put("F", Phe);
 653     codonHash.put("STOP", STOP);
 654   }
 655
 656   public static Hashtable codonHash2 = new Hashtable();
 657
 658   static
 659   {
 660     codonHash2.put("AAA", "K");
 661     codonHash2.put("AAG", "K");
 662     codonHash2.put("AAC", "N");
 663     codonHash2.put("AAT", "N");
 664
 665     codonHash2.put("CAA", "E");
 666     codonHash2.put("CAG", "E");
 667     codonHash2.put("CAC", "H");
 668     codonHash2.put("CAT", "H");
 669
 670     codonHash2.put("GAA", "Q");
 671     codonHash2.put("GAG", "Q");
 672     codonHash2.put("GAC", "D");
 673     codonHash2.put("GAT", "D");
 674
 675     codonHash2.put("TAC", "Y");
 676     codonHash2.put("TAT", "Y");
 677
 678     codonHash2.put("ACA", "T");
 679     codonHash2.put("AAG", "T");
 680     codonHash2.put("ACC", "T");
 681     codonHash2.put("ACT", "T");
 682
 683     codonHash2.put("CCA", "P");
 684     codonHash2.put("CCG", "P");
 685     codonHash2.put("CCC", "P");
 686     codonHash2.put("CCT", "P");
 687
 688     codonHash2.put("GCA", "A");
 689     codonHash2.put("GCG", "A");
 690     codonHash2.put("GCC", "A");
 691     codonHash2.put("GCT", "A");
 692
 693     codonHash2.put("TCA", "S");
 694     codonHash2.put("TCG", "S");
 695     codonHash2.put("TCC", "S");
 696     codonHash2.put("TCT", "S");
 697     codonHash2.put("AGC", "S");
 698     codonHash2.put("AGT", "S");
 699
 700     codonHash2.put("AGA", "R");
 701     codonHash2.put("AGG", "R");
 702     codonHash2.put("CGA", "R");
 703     codonHash2.put("CGG", "R");
 704     codonHash2.put("CGC", "R");
 705     codonHash2.put("CGT", "R");
 706
 707     codonHash2.put("GGA", "G");
 708     codonHash2.put("GGG", "G");
 709     codonHash2.put("GGC", "G");
 710     codonHash2.put("GGT", "G");
 711
 712     codonHash2.put("TGA", "*");
 713     codonHash2.put("TAA", "*");
 714     codonHash2.put("TAG", "*");
 715
 716     codonHash2.put("TGG", "W");
 717
 718     codonHash2.put("TGC", "C");
 719     codonHash2.put("TGT", "C");
 720
 721     codonHash2.put("ATA", "I");
 722     codonHash2.put("ATC", "I");
 723     codonHash2.put("ATT", "I");
 724
 725     codonHash2.put("ATG", "M");
 726
 727     codonHash2.put("CTA", "L");
 728     codonHash2.put("CTG", "L");
 729     codonHash2.put("CTC", "L");
 730     codonHash2.put("CTT", "L");
 731     codonHash2.put("TTA", "L");
 732     codonHash2.put("TTG", "L");
 733
 734     codonHash2.put("GTA", "V");
 735     codonHash2.put("GTG", "V");
 736     codonHash2.put("GTC", "V");
 737     codonHash2.put("GTT", "V");
 738
 739     codonHash2.put("TTC", "F");
 740     codonHash2.put("TTT", "F");
 741   }
 742
 743   static
 744   {
 745     Lys.addElement("AAA");
 746     Lys.addElement("AAG");
 747     Asn.addElement("AAC");
 748     Asn.addElement("AAT");
 749
 750     Gln.addElement("CAA");
 751     Gln.addElement("CAG");
 752     His.addElement("CAC");
 753     His.addElement("CAT");
 754
 755     Glu.addElement("GAA");
 756     Glu.addElement("GAG");
 757     Asp.addElement("GAC");
 758     Asp.addElement("GAT");
 759
 760     Tyr.addElement("TAC");
 761     Tyr.addElement("TAT");
 762
 763     Thr.addElement("ACA");
 764     Thr.addElement("ACG");
 765     Thr.addElement("ACC");
 766     Thr.addElement("ACT");
 767
 768     Pro.addElement("CCA");
 769     Pro.addElement("CCG");
 770     Pro.addElement("CCC");
 771     Pro.addElement("CCT");
 772
 773     Ala.addElement("GCA");
 774     Ala.addElement("GCG");
 775     Ala.addElement("GCC");
 776     Ala.addElement("GCT");
 777
 778     Ser.addElement("TCA");
 779     Ser.addElement("TCG");
 780     Ser.addElement("TCC");
 781     Ser.addElement("TCT");
 782     Ser.addElement("AGC");
 783     Ser.addElement("AGT");
 784
 785     Arg.addElement("AGA");
 786     Arg.addElement("AGG");
 787     Arg.addElement("CGA");
 788     Arg.addElement("CGG");
 789     Arg.addElement("CGC");
 790     Arg.addElement("CGT");
 791
 792     Gly.addElement("GGA");
 793     Gly.addElement("GGG");
 794     Gly.addElement("GGC");
 795     Gly.addElement("GGT");
 796
 797     STOP.addElement("TGA");
 798     STOP.addElement("TAA");
 799     STOP.addElement("TAG");
 800
 801     Trp.addElement("TGG");
 802
 803     Cys.addElement("TGC");
 804     Cys.addElement("TGT");
 805
 806     Ile.addElement("ATA");
 807     Ile.addElement("ATC");
 808     Ile.addElement("ATT");
 809
 810     Met.addElement("ATG");
 811
 812     Leu.addElement("CTA");
 813     Leu.addElement("CTG");
 814     Leu.addElement("CTC");
 815     Leu.addElement("CTT");
 816     Leu.addElement("TTA");
 817     Leu.addElement("TTG");
 818
 819     Val.addElement("GTA");
 820     Val.addElement("GTG");
 821     Val.addElement("GTC");
 822     Val.addElement("GTT");
 823
 824     Phe.addElement("TTC");
 825     Phe.addElement("TTT");
 826   }
 827
 828
 829   //Stores residue codes/names and colours and other things
 830   public static Hashtable propHash = new Hashtable();
 831   public static Hashtable hydrophobic = new Hashtable();
 832   public static Hashtable polar = new Hashtable();
 833   public static Hashtable small = new Hashtable();
 834   public static Hashtable positive = new Hashtable();
 835   public static Hashtable negative = new Hashtable();
 836   public static Hashtable charged = new Hashtable();
 837   public static Hashtable aromatic = new Hashtable();
 838   public static Hashtable aliphatic = new Hashtable();
 839   public static Hashtable tiny = new Hashtable();
 840   public static Hashtable proline = new Hashtable();
 841
 842   static
 843   {
 844     hydrophobic.put("I", new Integer(1));
 845     hydrophobic.put("L", new Integer(1));
 846     hydrophobic.put("V", new Integer(1));
 847     hydrophobic.put("C", new Integer(1));
 848     hydrophobic.put("A", new Integer(1));
 849     hydrophobic.put("G", new Integer(1));
 850     hydrophobic.put("M", new Integer(1));
 851     hydrophobic.put("F", new Integer(1));
 852     hydrophobic.put("Y", new Integer(1));
 853     hydrophobic.put("W", new Integer(1));
 854     hydrophobic.put("H", new Integer(1));
 855     hydrophobic.put("K", new Integer(1));
 856     hydrophobic.put("X", new Integer(1));
 857     hydrophobic.put("-", new Integer(1));
 858     hydrophobic.put("*", new Integer(1));
 859     hydrophobic.put("R", new Integer(0));
 860     hydrophobic.put("E", new Integer(0));
 861     hydrophobic.put("Q", new Integer(0));
 862     hydrophobic.put("D", new Integer(0));
 863     hydrophobic.put("N", new Integer(0));
 864     hydrophobic.put("S", new Integer(0));
 865     hydrophobic.put("T", new Integer(0));
 866     hydrophobic.put("P", new Integer(0));
 867   }
 868
 869   static
 870   {
 871     polar.put("Y", new Integer(1));
 872     polar.put("W", new Integer(1));
 873     polar.put("H", new Integer(1));
 874     polar.put("K", new Integer(1));
 875     polar.put("R", new Integer(1));
 876     polar.put("E", new Integer(1));
 877     polar.put("Q", new Integer(1));
 878     polar.put("D", new Integer(1));
 879     polar.put("N", new Integer(1));
 880     polar.put("S", new Integer(1));
 881     polar.put("T", new Integer(1));
 882     polar.put("X", new Integer(1));
 883     polar.put("-", new Integer(1));
 884     polar.put("*", new Integer(1));
 885     polar.put("I", new Integer(0));
 886     polar.put("L", new Integer(0));
 887     polar.put("V", new Integer(0));
 888     polar.put("C", new Integer(0));
 889     polar.put("A", new Integer(0));
 890     polar.put("G", new Integer(0));
 891     polar.put("M", new Integer(0));
 892     polar.put("F", new Integer(0));
 893     polar.put("P", new Integer(0));
 894   }
 895
 896   static
 897   {
 898     small.put("I", new Integer(0));
 899     small.put("L", new Integer(0));
 900     small.put("V", new Integer(1));
 901     small.put("C", new Integer(1));
 902     small.put("A", new Integer(1));
 903     small.put("G", new Integer(1));
 904     small.put("M", new Integer(0));
 905     small.put("F", new Integer(0));
 906     small.put("Y", new Integer(0));
 907     small.put("W", new Integer(0));
 908     small.put("H", new Integer(0));
 909     small.put("K", new Integer(0));
 910     small.put("R", new Integer(0));
 911     small.put("E", new Integer(0));
 912     small.put("Q", new Integer(0));
 913     small.put("D", new Integer(1));
 914     small.put("N", new Integer(1));
 915     small.put("S", new Integer(1));
 916     small.put("T", new Integer(1));
 917     small.put("P", new Integer(1));
 918     small.put("-", new Integer(1));
 919     small.put("*", new Integer(1));
 920   }
 921
 922   static
 923   {
 924     positive.put("I", new Integer(0));
 925     positive.put("L", new Integer(0));
 926     positive.put("V", new Integer(0));
 927     positive.put("C", new Integer(0));
 928     positive.put("A", new Integer(0));
 929     positive.put("G", new Integer(0));
 930     positive.put("M", new Integer(0));
 931     positive.put("F", new Integer(0));
 932     positive.put("Y", new Integer(0));
 933     positive.put("W", new Integer(0));
 934     positive.put("H", new Integer(1));
 935     positive.put("K", new Integer(1));
 936     positive.put("R", new Integer(1));
 937     positive.put("E", new Integer(0));
 938     positive.put("Q", new Integer(0));
 939     positive.put("D", new Integer(0));
 940     positive.put("N", new Integer(0));
 941     positive.put("S", new Integer(0));
 942     positive.put("T", new Integer(0));
 943     positive.put("P", new Integer(0));
 944     positive.put("-", new Integer(1));
 945     positive.put("*", new Integer(1));
 946   }
 947
 948   static
 949   {
 950     negative.put("I", new Integer(0));
 951     negative.put("L", new Integer(0));
 952     negative.put("V", new Integer(0));
 953     negative.put("C", new Integer(0));
 954     negative.put("A", new Integer(0));
 955     negative.put("G", new Integer(0));
 956     negative.put("M", new Integer(0));
 957     negative.put("F", new Integer(0));
 958     negative.put("Y", new Integer(0));
 959     negative.put("W", new Integer(0));
 960     negative.put("H", new Integer(0));
 961     negative.put("K", new Integer(0));
 962     negative.put("R", new Integer(0));
 963     negative.put("E", new Integer(1));
 964     negative.put("Q", new Integer(0));
 965     negative.put("D", new Integer(1));
 966     negative.put("N", new Integer(0));
 967     negative.put("S", new Integer(0));
 968     negative.put("T", new Integer(0));
 969     negative.put("P", new Integer(0));
 970     negative.put("-", new Integer(1));
 971     negative.put("*", new Integer(1));
 972   }
 973
 974   static
 975   {
 976     charged.put("I", new Integer(0));
 977     charged.put("L", new Integer(0));
 978     charged.put("V", new Integer(0));
 979     charged.put("C", new Integer(0));
 980     charged.put("A", new Integer(0));
 981     charged.put("G", new Integer(0));
 982     charged.put("M", new Integer(0));
 983     charged.put("F", new Integer(0));
 984     charged.put("Y", new Integer(0));
 985     charged.put("W", new Integer(0));
 986     charged.put("H", new Integer(1));
 987     charged.put("K", new Integer(1));
 988     charged.put("R", new Integer(1));
 989     charged.put("E", new Integer(1));
 990     charged.put("Q", new Integer(0));
 991     charged.put("D", new Integer(1));
 992     charged.put("N", new Integer(1));
 993     charged.put("S", new Integer(0));
 994     charged.put("T", new Integer(0));
 995     charged.put("P", new Integer(0));
 996     charged.put("-", new Integer(1));
 997     charged.put("*", new Integer(1));
 998   }
 999
1000   static
1001   {
1002     aromatic.put("I", new Integer(0));
1003     aromatic.put("L", new Integer(0));
1004     aromatic.put("V", new Integer(0));
1005     aromatic.put("C", new Integer(0));
1006     aromatic.put("A", new Integer(0));
1007     aromatic.put("G", new Integer(0));
1008     aromatic.put("M", new Integer(0));
1009     aromatic.put("F", new Integer(1));
1010     aromatic.put("Y", new Integer(1));
1011     aromatic.put("W", new Integer(1));
1012     aromatic.put("H", new Integer(1));
1013     aromatic.put("K", new Integer(0));
1014     aromatic.put("R", new Integer(0));
1015     aromatic.put("E", new Integer(0));
1016     aromatic.put("Q", new Integer(0));
1017     aromatic.put("D", new Integer(0));
1018     aromatic.put("N", new Integer(0));
1019     aromatic.put("S", new Integer(0));
1020     aromatic.put("T", new Integer(0));
1021     aromatic.put("P", new Integer(0));
1022     aromatic.put("-", new Integer(1));
1023     aromatic.put("*", new Integer(1));
1024   }
1025
1026   static
1027   {
1028     aliphatic.put("I", new Integer(1));
1029     aliphatic.put("L", new Integer(1));
1030     aliphatic.put("V", new Integer(1));
1031     aliphatic.put("C", new Integer(0));
1032     aliphatic.put("A", new Integer(0));
1033     aliphatic.put("G", new Integer(0));
1034     aliphatic.put("M", new Integer(0));
1035     aliphatic.put("F", new Integer(0));
1036     aliphatic.put("Y", new Integer(0));
1037     aliphatic.put("W", new Integer(0));
1038     aliphatic.put("H", new Integer(0));
1039     aliphatic.put("K", new Integer(0));
1040     aliphatic.put("R", new Integer(0));
1041     aliphatic.put("E", new Integer(0));
1042     aliphatic.put("Q", new Integer(0));
1043     aliphatic.put("D", new Integer(0));
1044     aliphatic.put("N", new Integer(0));
1045     aliphatic.put("S", new Integer(0));
1046     aliphatic.put("T", new Integer(0));
1047     aliphatic.put("P", new Integer(0));
1048     aliphatic.put("-", new Integer(1));
1049     aliphatic.put("*", new Integer(1));
1050   }
1051
1052   static
1053   {
1054     tiny.put("I", new Integer(0));
1055     tiny.put("L", new Integer(0));
1056     tiny.put("V", new Integer(0));
1057     tiny.put("C", new Integer(0));
1058     tiny.put("A", new Integer(1));
1059     tiny.put("G", new Integer(1));
1060     tiny.put("M", new Integer(0));
1061     tiny.put("F", new Integer(0));
1062     tiny.put("Y", new Integer(0));
1063     tiny.put("W", new Integer(0));
1064     tiny.put("H", new Integer(0));
1065     tiny.put("K", new Integer(0));
1066     tiny.put("R", new Integer(0));
1067     tiny.put("E", new Integer(0));
1068     tiny.put("Q", new Integer(0));
1069     tiny.put("D", new Integer(0));
1070     tiny.put("N", new Integer(0));
1071     tiny.put("S", new Integer(1));
1072     tiny.put("T", new Integer(0));
1073     tiny.put("P", new Integer(0));
1074     tiny.put("-", new Integer(1));
1075     tiny.put("*", new Integer(1));
1076   }
1077
1078   static
1079   {
1080     proline.put("I", new Integer(0));
1081     proline.put("L", new Integer(0));
1082     proline.put("V", new Integer(0));
1083     proline.put("C", new Integer(0));
1084     proline.put("A", new Integer(0));
1085     proline.put("G", new Integer(0));
1086     proline.put("M", new Integer(0));
1087     proline.put("F", new Integer(0));
1088     proline.put("Y", new Integer(0));
1089     proline.put("W", new Integer(0));
1090     proline.put("H", new Integer(0));
1091     proline.put("K", new Integer(0));
1092     proline.put("R", new Integer(0));
1093     proline.put("E", new Integer(0));
1094     proline.put("Q", new Integer(0));
1095     proline.put("D", new Integer(0));
1096     proline.put("N", new Integer(0));
1097     proline.put("S", new Integer(0));
1098     proline.put("T", new Integer(0));
1099     proline.put("P", new Integer(1));
1100     proline.put("-", new Integer(1));
1101     proline.put("*", new Integer(1));
1102   }
1103
1104   static
1105   {
1106     propHash.put("hydrophobic", hydrophobic);
1107     propHash.put("small", small);
1108     propHash.put("positive", positive);
1109     propHash.put("negative", negative);
1110     propHash.put("charged", charged);
1111     propHash.put("aromatic", aromatic);
1112     propHash.put("aliphatic", aliphatic);
1113     propHash.put("tiny", tiny);
1114     propHash.put("proline", proline);
1115     propHash.put("polar", polar);
1116   }
1117
1118   private ResidueProperties()
1119   {
1120   }
1121
1122   public static double getHydmax()
1123   {
1124     return hydmax;
1125   }
1126
1127   public static double getHydmin()
1128   {
1129     return hydmin;
1130   }
1131
1132   public static double[] getHyd()
1133   {
1134     return hyd;
1135   }
1136
1137   public static Hashtable getAAHash()
1138   {
1139     return aaHash;
1140   }
1141
1142   public static Hashtable getAA3Hash()
1143   {
1144     return aa3Hash;
1145   }
1146
1147   public static int[][] getDNA()
1148   {
1149     return ResidueProperties.DNA;
1150   }
1151
1152   public static int[][] getBLOSUM62()
1153   {
1154     return ResidueProperties.BLOSUM62;
1155   }
1156
1157   public static int getPAM250(String A1, String A2)
1158   {
1159     Integer pog1 = (Integer) aaHash.get(A1);
1160     Integer pog2 = (Integer) aaHash.get(A2);
1161     int pog = ResidueProperties.PAM250[pog1.intValue()][pog2.intValue()];
1162
1163     return pog;
1164   }
1165
1166   public static int getBLOSUM62(String A1, String A2)
1167   {
1168     int pog = 0;
1169
1170     try
1171     {
1172       Integer pog1 = (Integer) aaHash.get(A1);
1173       Integer pog2 = (Integer) aaHash.get(A2);
1174       pog = ResidueProperties.BLOSUM62[pog1.intValue()][pog2.intValue()];
1175     }
1176     catch (Exception e)
1177     {
1178       //System.out.println("Unknown residue in " + A1 + " " + A2);
1179     }
1180
1181     return pog;
1182   }
1183
1184   public static Vector getCodons(String res)
1185   {
1186     if (codonHash.containsKey(res))
1187     {
1188       return (Vector) codonHash.get(res);
1189     }
1190
1191     return null;
1192   }
1193
1194   public static String codonTranslate(String codon)
1195   {
1196     Enumeration e = codonHash.keys();
1197
1198     while (e.hasMoreElements())
1199     {
1200       String key = (String) e.nextElement();
1201       Vector tmp = (Vector) codonHash.get(key);
1202
1203       if (tmp.contains(codon.toUpperCase()))
1204       {
1205         return key;
1206       }
1207     }
1208
1209     return null;
1210   }
1211 }