src/jalview/schemes/ResidueProperties.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Development Version 2.4.1)
   3  * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.schemes;
  20
  21 import java.util.*;
  22
  23 import java.awt.*;
  24
  25 public class ResidueProperties
  26 {
  27   public static Hashtable scoreMatrices = new Hashtable();
  28
  29   // Stores residue codes/names and colours and other things
  30   public static final int[] aaIndex; // aaHash version 2.1.1 and below
  31
  32   public static final int[] nucleotideIndex;
  33
  34   public static final Hashtable aa3Hash = new Hashtable();
  35
  36   public static final Hashtable aa2Triplet = new Hashtable();
  37
  38   public static final Hashtable nucleotideName = new Hashtable();
  39
  40   static
  41   {
  42     aaIndex = new int[255];
  43     for (int i = 0; i < 255; i++)
  44     {
  45       aaIndex[i] = 23;
  46     }
  47
  48     aaIndex['A'] = 0;
  49     aaIndex['R'] = 1;
  50     aaIndex['N'] = 2;
  51     aaIndex['D'] = 3;
  52     aaIndex['C'] = 4;
  53     aaIndex['Q'] = 5;
  54     aaIndex['E'] = 6;
  55     aaIndex['G'] = 7;
  56     aaIndex['H'] = 8;
  57     aaIndex['I'] = 9;
  58     aaIndex['L'] = 10;
  59     aaIndex['K'] = 11;
  60     aaIndex['M'] = 12;
  61     aaIndex['F'] = 13;
  62     aaIndex['P'] = 14;
  63     aaIndex['S'] = 15;
  64     aaIndex['T'] = 16;
  65     aaIndex['W'] = 17;
  66     aaIndex['Y'] = 18;
  67     aaIndex['V'] = 19;
  68     aaIndex['B'] = 20;
  69     aaIndex['Z'] = 21;
  70     aaIndex['X'] = 22;
  71     aaIndex['U'] = 22;
  72     aaIndex['a'] = 0;
  73     aaIndex['r'] = 1;
  74     aaIndex['n'] = 2;
  75     aaIndex['d'] = 3;
  76     aaIndex['c'] = 4;
  77     aaIndex['q'] = 5;
  78     aaIndex['e'] = 6;
  79     aaIndex['g'] = 7;
  80     aaIndex['h'] = 8;
  81     aaIndex['i'] = 9;
  82     aaIndex['l'] = 10;
  83     aaIndex['k'] = 11;
  84     aaIndex['m'] = 12;
  85     aaIndex['f'] = 13;
  86     aaIndex['p'] = 14;
  87     aaIndex['s'] = 15;
  88     aaIndex['t'] = 16;
  89     aaIndex['w'] = 17;
  90     aaIndex['y'] = 18;
  91     aaIndex['v'] = 19;
  92     aaIndex['b'] = 20;
  93     aaIndex['z'] = 21;
  94     aaIndex['x'] = 22;
  95     aaIndex['u'] = 22; // TODO: selenocystine triplet and codons needed. also
  96                         // extend subt. matrices
  97   }
  98
  99   static
 100   {
 101     nucleotideIndex = new int[255];
 102     for (int i = 0; i < 255; i++)
 103     {
 104       nucleotideIndex[i] = -1;
 105     }
 106
 107     nucleotideIndex['A'] = 0;
 108     nucleotideIndex['a'] = 0;
 109     nucleotideIndex['C'] = 1;
 110     nucleotideIndex['c'] = 1;
 111     nucleotideIndex['G'] = 2;
 112     nucleotideIndex['g'] = 2;
 113     nucleotideIndex['T'] = 3;
 114     nucleotideIndex['t'] = 3;
 115     nucleotideIndex['U'] = 4;
 116     nucleotideIndex['u'] = 4;
 117     nucleotideIndex['I'] = 5;
 118     nucleotideIndex['i'] = 5;
 119     nucleotideIndex['X'] = 6;
 120     nucleotideIndex['x'] = 6;
 121     nucleotideIndex['R'] = 7;
 122     nucleotideIndex['r'] = 7;
 123     nucleotideIndex['Y'] = 8;
 124     nucleotideIndex['y'] = 8;
 125     nucleotideIndex['N'] = 9;
 126     nucleotideIndex['n'] = 9;
 127
 128     nucleotideName.put("A", "Adenine");
 129     nucleotideName.put("a", "Adenine");
 130     nucleotideName.put("G", "Guanine");
 131     nucleotideName.put("g", "Guanine");
 132     nucleotideName.put("C", "Cytosine");
 133     nucleotideName.put("c", "Cytosine");
 134     nucleotideName.put("T", "Thymine");
 135     nucleotideName.put("t", "Thymine");
 136     nucleotideName.put("U", "Uracil");
 137     nucleotideName.put("u", "Uracil");
 138     nucleotideName.put("I", "Inosine");
 139     nucleotideName.put("i", "Inosine");
 140     nucleotideName.put("X", "Xanthine");
 141     nucleotideName.put("x", "Xanthine");
 142     nucleotideName.put("R", "Unknown Purine");
 143     nucleotideName.put("r", "Unknown Purine");
 144     nucleotideName.put("Y", "Unknown Pyrimidine");
 145     nucleotideName.put("y", "Unknown Pyrimidine");
 146     nucleotideName.put("N", "Unknown");
 147     nucleotideName.put("n", "Unknown");
 148   }
 149
 150   static
 151   {
 152     aa3Hash.put("ALA", new Integer(0));
 153     aa3Hash.put("ARG", new Integer(1));
 154     aa3Hash.put("ASN", new Integer(2));
 155     aa3Hash.put("ASP", new Integer(3)); // D
 156     aa3Hash.put("CYS", new Integer(4));
 157     aa3Hash.put("GLN", new Integer(5)); // Q
 158     aa3Hash.put("GLU", new Integer(6)); // E
 159     aa3Hash.put("GLY", new Integer(7));
 160     aa3Hash.put("HIS", new Integer(8));
 161     aa3Hash.put("ILE", new Integer(9));
 162     aa3Hash.put("LEU", new Integer(10));
 163     aa3Hash.put("LYS", new Integer(11));
 164     aa3Hash.put("MET", new Integer(12));
 165     aa3Hash.put("PHE", new Integer(13));
 166     aa3Hash.put("PRO", new Integer(14));
 167     aa3Hash.put("SER", new Integer(15));
 168     aa3Hash.put("THR", new Integer(16));
 169     aa3Hash.put("TRP", new Integer(17));
 170     aa3Hash.put("TYR", new Integer(18));
 171     aa3Hash.put("VAL", new Integer(19));
 172     // IUB Nomenclature for ambiguous peptides
 173     aa3Hash.put("ASX", new Integer(20)); // "B";
 174     aa3Hash.put("GLX", new Integer(21)); // X
 175     aa3Hash.put("XAA", new Integer(22)); // X unknown
 176     aa3Hash.put("-", new Integer(23));
 177     aa3Hash.put("*", new Integer(23));
 178     aa3Hash.put(".", new Integer(23));
 179     aa3Hash.put(" ", new Integer(23));
 180     aa3Hash.put("Gap", new Integer(23));
 181   }
 182
 183   static
 184   {
 185     aa2Triplet.put("A", "ALA");
 186     aa2Triplet.put("a", "ALA");
 187     aa2Triplet.put("R", "ARG");
 188     aa2Triplet.put("r", "ARG");
 189     aa2Triplet.put("N", "ASN");
 190     aa2Triplet.put("n", "ASN");
 191     aa2Triplet.put("D", "ASP");
 192     aa2Triplet.put("d", "ASP");
 193     aa2Triplet.put("C", "CYS");
 194     aa2Triplet.put("c", "CYS");
 195     aa2Triplet.put("Q", "GLN");
 196     aa2Triplet.put("q", "GLN");
 197     aa2Triplet.put("E", "GLU");
 198     aa2Triplet.put("e", "GLU");
 199     aa2Triplet.put("G", "GLY");
 200     aa2Triplet.put("g", "GLY");
 201     aa2Triplet.put("H", "HIS");
 202     aa2Triplet.put("h", "HIS");
 203     aa2Triplet.put("I", "ILE");
 204     aa2Triplet.put("i", "ILE");
 205     aa2Triplet.put("L", "LEU");
 206     aa2Triplet.put("l", "LEU");
 207     aa2Triplet.put("K", "LYS");
 208     aa2Triplet.put("k", "LYS");
 209     aa2Triplet.put("M", "MET");
 210     aa2Triplet.put("m", "MET");
 211     aa2Triplet.put("F", "PHE");
 212     aa2Triplet.put("f", "PHE");
 213     aa2Triplet.put("P", "PRO");
 214     aa2Triplet.put("p", "PRO");
 215     aa2Triplet.put("S", "SER");
 216     aa2Triplet.put("s", "SER");
 217     aa2Triplet.put("T", "THR");
 218     aa2Triplet.put("t", "THR");
 219     aa2Triplet.put("W", "TRP");
 220     aa2Triplet.put("w", "TRP");
 221     aa2Triplet.put("Y", "TYR");
 222     aa2Triplet.put("y", "TYR");
 223     aa2Triplet.put("V", "VAL");
 224     aa2Triplet.put("v", "VAL");
 225   }
 226
 227   public static final String[] aa =
 228   { "A", "R", "N", "D", "C", "Q", "E", "G", "H", "I", "L", "K", "M", "F",
 229       "P", "S", "T", "W", "Y", "V", "B", "Z", "X", "_", "*", ".", " " };
 230
 231   public static final Color midBlue = new Color(100, 100, 255);
 232
 233   public static final Vector scaleColours = new Vector();
 234
 235   static
 236   {
 237     scaleColours.addElement(new Color(114, 0, 147));
 238     scaleColours.addElement(new Color(156, 0, 98));
 239     scaleColours.addElement(new Color(190, 0, 0));
 240     scaleColours.addElement(Color.red);
 241     scaleColours.addElement(new Color(255, 125, 0));
 242     scaleColours.addElement(Color.orange);
 243     scaleColours.addElement(new Color(255, 194, 85));
 244     scaleColours.addElement(Color.yellow);
 245     scaleColours.addElement(new Color(255, 255, 181));
 246     scaleColours.addElement(Color.white);
 247   }
 248
 249   public static final Color[] taylor =
 250   { new Color(204, 255, 0), // A Greenish-yellowy-yellow
 251       new Color(0, 0, 255), // R Blueish-bluey-blue
 252       new Color(204, 0, 255), // N Blueish-reddy-blue
 253       new Color(255, 0, 0), // D Reddish-reddy-red
 254       new Color(255, 255, 0), // C Yellowish-yellowy-yellow
 255       new Color(255, 0, 204), // Q Reddish-bluey-red
 256       new Color(255, 0, 102), // E Blueish-reddy-red
 257       new Color(255, 153, 0), // G Yellowy-reddy-yellow
 258       new Color(0, 102, 255), // H Greenish-bluey-blue
 259       new Color(102, 255, 0), // I Greenish-yellowy-green
 260       new Color(51, 255, 0), // L Yellowish-greeny-green
 261       new Color(102, 0, 255), // K Reddish-bluey-blue
 262       new Color(0, 255, 0), // M Greenish-greeny-green
 263       new Color(0, 255, 102), // F Blueish-greeny-green
 264       new Color(255, 204, 0), // P Reddish-yellowy-yellow
 265       new Color(255, 51, 0), // S Yellowish-reddy-red
 266       new Color(255, 102, 0), // T Reddish-yellowy-red
 267       new Color(0, 204, 255), // W Blueish-greeny-green
 268       new Color(0, 255, 204), // Y Greenish-bluey-green
 269       new Color(153, 255, 0), // V Yellowish-greeny-yellow
 270       Color.white, // B
 271       Color.white, // Z
 272       Color.white, // X
 273       Color.white, // -
 274       Color.white, // *
 275       Color.white // .
 276   };
 277
 278   public static final Color[] nucleotide =
 279   { new Color(100, 247, 63), // A
 280       new Color(255, 179, 64), // C
 281       new Color(235, 65, 60), // G
 282       new Color(60, 136, 238), // T
 283       new Color(60, 136, 238) // U
 284   };
 285
 286   // Zappo
 287   public static final Color[] zappo =
 288   { Color.pink, // A
 289       midBlue, // R
 290       Color.green, // N
 291       Color.red, // D
 292       Color.yellow, // C
 293       Color.green, // Q
 294       Color.red, // E
 295       Color.magenta, // G
 296       midBlue,// Color.red, // H
 297       Color.pink, // I
 298       Color.pink, // L
 299       midBlue, // K
 300       Color.pink, // M
 301       Color.orange, // F
 302       Color.magenta, // P
 303       Color.green, // S
 304       Color.green, // T
 305       Color.orange, // W
 306       Color.orange, // Y
 307       Color.pink, // V
 308       Color.white, // B
 309       Color.white, // Z
 310       Color.white, // X
 311       Color.white, // -
 312       Color.white, // *
 313       Color.white, // .
 314       Color.white // ' '
 315   };
 316
 317   // Dunno where I got these numbers from
 318   public static final double[] hyd2 =
 319   { 0.62, // A
 320       0.29, // R
 321       -0.90, // N
 322       -0.74, // D
 323       1.19, // C
 324       0.48, // Q
 325       -0.40, // E
 326       1.38, // G
 327       -1.50, // H
 328       1.06, // I
 329       0.64, // L
 330       -0.78, // K
 331       0.12, // M
 332       -0.85, // F
 333       -2.53, // P
 334       -0.18, // S
 335       -0.05, // T
 336       1.08, // W
 337       0.81, // Y
 338       0.0, // V
 339       0.26, // B
 340       0.0, // Z
 341       0.0 // X
 342   };
 343
 344   public static final double[] helix =
 345   { 1.42, 0.98, 0.67, 1.01, 0.70, 1.11, 1.51, 0.57, 1.00, 1.08, 1.21, 1.16,
 346       1.45, 1.13, 0.57, 0.77, 0.83, 1.08, 0.69, 1.06, 0.84, 1.31, 1.00, 0.0 };
 347
 348   public static final double helixmin = 0.57;
 349
 350   public static final double helixmax = 1.51;
 351
 352   public static final double[] strand =
 353   { 0.83, 0.93, 0.89, 0.54, 1.19, 1.10, 0.37, 0.75, 0.87, 1.60, 1.30, 0.74,
 354       1.05, 1.38, 0.55, 0.75, 1.19, 1.37, 1.47, 1.70, 0.72, 0.74, 1.0, 0.0 };
 355
 356   public static final double strandmin = 0.37;
 357
 358   public static final double strandmax = 1.7;
 359
 360   public static final double[] turn =
 361   { 0.66, 0.95, 1.56, 1.46, 1.19, 0.98, 0.74, 1.56, 0.95, 0.47, 0.59, 1.01,
 362       0.60, 0.60, 1.52, 1.43, 0.96, 0.96, 1.14, 0.50, 1.51, 0.86, 1.00, 0,
 363       0 };
 364
 365   public static final double turnmin = 0.47;
 366
 367   public static final double turnmax = 1.56;
 368
 369   public static final double[] buried =
 370   { 1.7, 0.1, 0.4, 0.4, 4.6, 0.3, 0.3, 1.8, 0.8, 3.1, 2.4, 0.05, 1.9, 2.2,
 371       0.6, 0.8, 0.7, 1.6, 0.5, 2.9, 0.4, 0.3, 1.358, 0.00 };
 372
 373   public static final double buriedmin = 0.05;
 374
 375   public static final double buriedmax = 4.6;
 376
 377   // This is hydropathy index
 378   // Kyte, J., and Doolittle, R.F., J. Mol. Biol.
 379   // 1157, 105-132, 1982
 380   public static final double[] hyd =
 381   { 1.8, -4.5, -3.5, -3.5, 2.5, -3.5, -3.5, -0.4, -3.2, 4.5, 3.8, -3.9,
 382       1.9, 2.8, -1.6, -0.8, -0.7, -0.9, -1.3, 4.2, -3.5, -3.5, -0.49, 0.0 };
 383
 384   public static final double hydmax = 4.5;
 385
 386   public static final double hydmin = -3.9;
 387
 388   // public static final double hydmax = 1.38;
 389   // public static final double hydmin = -2.53;
 390   private static final int[][] BLOSUM62 =
 391   {
 392       { 4, -1, -2, -2, 0, -1, -1, 0, -2, -1, -1, -1, -1, -2, -1, 1, 0, -3,
 393           -2, 0, -2, -1, 0, -4 },
 394       { -1, 5, 0, -2, -3, 1, 0, -2, 0, -3, -2, 2, -1, -3, -2, -1, -1, -3,
 395           -2, -3, -1, 0, -1, -4 },
 396       { -2, 0, 6, 1, -3, 0, 0, 0, 1, -3, -3, 0, -2, -3, -2, 1, 0, -4, -2,
 397           -3, 3, 0, -1, -4 },
 398       { -2, -2, 1, 6, -3, 0, 2, -1, -1, -3, -4, -1, -3, -3, -1, 0, -1, -4,
 399           -3, -3, 4, 1, -1, -4 },
 400       { 0, 3, -3, -3, 9, -3, -4, -3, -3, -1, -1, -3, -1, -2, -3, -1, -1,
 401           -2, -2, -1, -3, -3, -2, -4 },
 402       { -1, 1, 0, 0, -3, 5, 2, -2, 0, -3, -2, 1, 0, -3, -1, 0, -1, -2, -1,
 403           -2, 0, 3, -1, -4 },
 404       { -1, 0, 0, 2, -4, 2, 5, -2, 0, -3, -3, 1, -2, -3, -1, 0, -1, -3, -2,
 405           -2, 1, 4, -1, -4 },
 406       { 0, -2, 0, -1, -3, -2, -2, 6, -2, -4, -4, -2, -3, -3, -2, 0, -2, -2,
 407           -3, -3, -1, -2, -1, -4 },
 408       { -2, 0, 1, -1, -3, 0, 0, -2, 8, -3, -3, -1, -2, -1, -2, -1, -2, -2,
 409           2, -3, 0, 0, -1, -4 },
 410       { -1, -3, -3, -3, -1, -3, -3, -4, -3, 4, 2, -3, 1, 0, -3, -2, -1, -3,
 411           -1, 3, -3, -3, -1, -4 },
 412       { -1, -2, -3, -4, -1, -2, -3, -4, -3, 2, 4, -2, 2, 0, -3, -2, -1, -2,
 413           -1, 1, -4, -3, -1, -4 },
 414       { -1, 2, 0, -1, -3, 1, 1, -2, -1, -3, -2, 5, -1, -3, -1, 0, -1, -3,
 415           -2, -2, 0, 1, -1, -4 },
 416       { -1, -1, -2, -3, -1, 0, -2, -3, -2, 1, 2, -1, 5, 0, -2, -1, -1, -1,
 417           -1, 1, -3, -1, -1, -4 },
 418       { -2, -3, -3, -3, -2, -3, -3, -3, -1, 0, 0, -3, 0, 6, -4, -2, -2, 1,
 419           3, -1, -3, -3, -1, -4 },
 420       { -1, -2, -2, -1, -3, -1, -1, -2, -2, -3, -3, -1, -2, -4, 7, -1, -1,
 421           -4, -3, -2, -2, -1, -2, -4 },
 422       { 1, -1, 1, 0, -1, 0, 0, 0, -1, -2, -2, 0, -1, -2, -1, 4, 1, -3, -2,
 423           -2, 0, 0, 0, -4 },
 424       { 0, -1, 0, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -1, -1, -1, -1, -2, -1, 1, 5, -2,
 425           -2, 0, -1, -1, 0, -4 },
 426       { -3, -3, -4, -4, -2, -2, -3, -2, -2, -3, -2, -3, -1, 1, -4, -3, -2,
 427           11, 2, -3, -4, -3, -2, -4 },
 428       { -2, -2, -2, -3, -2, -1, -2, -3, 2, -1, -1, -2, -1, 3, -3, -2, -2,
 429           2, 7, -1, -3, -2, -1, -4 },
 430       { 0, -3, -3, -3, -1, -2, -2, -3, -3, 3, 1, -2, 1, -1, -2, -2, 0, -3,
 431           -1, 4, -3, -2, -1, -4 },
 432       { -2, -1, 3, 4, -3, 0, 1, -1, 0, -3, -4, 0, -3, -3, -2, 0, -1, -4,
 433           -3, -3, 4, 1, -1, -4 },
 434       { -1, 0, 0, 1, -3, 3, 4, -2, 0, -3, -3, 1, -1, -3, -1, 0, -1, -3, -2,
 435           -2, 1, 4, -1, -4 },
 436       { 0, -1, -1, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -2, 0, 0,
 437           -2, -1, -1, -1, -1, -1, -4 },
 438       { -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4,
 439           -4, -4, -4, -4, -4, -4, 1 }, };
 440
 441   static final int[][] PAM250 =
 442   {
 443       { 2, -2, 0, 0, -2, 0, 0, 1, -1, -1, -2, -1, -1, -3, 1, 1, 1, -6, -3,
 444           0, 0, 0, 0, -8 },
 445       { -2, 6, 0, -1, -4, 1, -1, -3, 2, -2, -3, 3, 0, -4, 0, 0, -1, 2, -4,
 446           -2, -1, 0, -1, -8 },
 447       { 0, 0, 2, 2, -4, 1, 1, 0, 2, -2, -3, 1, -2, -3, 0, 1, 0, -4, -2, -2,
 448           2, 1, 0, -8 },
 449       { 0, -1, 2, 4, -5, 2, 3, 1, 1, -2, -4, 0, -3, -6, -1, 0, 0, -7, -4,
 450           -2, 3, 3, -1, -8 },
 451       { -2, -4, -4, -5, 12, -5, -5, -3, -3, -2, -6, -5, -5, -4, -3, 0, -2,
 452           -8, 0, -2, -4, -5, -3, -8 },
 453       { 0, 1, 1, 2, -5, 4, 2, -1, 3, -2, -2, 1, -1, -5, 0, -1, -1, -5, -4,
 454           -2, 1, 3, -1, -8 },
 455       { 0, -1, 1, 3, -5, 2, 4, 0, 1, -2, -3, 0, -2, -5, -1, 0, 0, -7, -4,
 456           -2, 3, 3, -1, -8 },
 457       { 1, -3, 0, 1, -3, -1, 0, 5, -2, -3, -4, -2, -3, -5, 0, 1, 0, -7, -5,
 458           -1, 0, 0, -1, -8 },
 459       { -1, 2, 2, 1, -3, 3, 1, -2, 6, -2, -2, 0, -2, -2, 0, -1, -1, -3, 0,
 460           -2, 1, 2, -1, -8 },
 461       { -1, -2, -2, -2, -2, -2, -2, -3, -2, 5, 2, -2, 2, 1, -2, -1, 0, -5,
 462           -1, 4, -2, -2, -1, -8 },
 463       { -2, -3, -3, -4, -6, -2, -3, -4, -2, 2, 6, -3, 4, 2, -3, -3, -2, -2,
 464           -1, 2, -3, -3, -1, -8 },
 465       { -1, 3, 1, 0, -5, 1, 0, -2, 0, -2, -3, 5, 0, -5, -1, 0, 0, -3, -4,
 466           -2, 1, 0, -1, -8 },
 467       { -1, 0, -2, -3, -5, -1, -2, -3, -2, 2, 4, 0, 6, 0, -2, -2, -1, -4,
 468           -2, 2, -2, -2, -1, -8 },
 469       { -3, -4, -3, -6, -4, -5, -5, -5, -2, 1, 2, -5, 0, 9, -5, -3, -3, 0,
 470           7, -1, -4, -5, -2, -8 },
 471       { 1, 0, 0, -1, -3, 0, -1, 0, 0, -2, -3, -1, -2, -5, 6, 1, 0, -6, -5,
 472           -1, -1, 0, -1, -8 },
 473       { 1, 0, 1, 0, 0, -1, 0, 1, -1, -1, -3, 0, -2, -3, 1, 2, 1, -2, -3,
 474           -1, 0, 0, 0, -8 },
 475       { 1, -1, 0, 0, -2, -1, 0, 0, -1, 0, -2, 0, -1, -3, 0, 1, 3, -5, -3,
 476           0, 0, -1, 0, -8 },
 477       { -6, 2, -4, -7, -8, -5, -7, -7, -3, -5, -2, -3, -4, 0, -6, -2, -5,
 478           17, 0, -6, -5, -6, -4, -8 },
 479       { -3, -4, -2, -4, 0, -4, -4, -5, 0, -1, -1, -4, -2, 7, -5, -3, -3, 0,
 480           10, -2, -3, -4, -2, -8 },
 481       { 0, -2, -2, -2, -2, -2, -2, -1, -2, 4, 2, -2, 2, -1, -1, -1, 0, -6,
 482           -2, 4, -2, -2, -1, -8 },
 483       { 0, -1, 2, 3, -4, 1, 3, 0, 1, -2, -3, 1, -2, -4, -1, 0, 0, -5, -3,
 484           -2, 3, 2, -1, -8 },
 485       { 0, 0, 1, 3, -5, 3, 3, 0, 2, -2, -3, 0, -2, -5, 0, 0, -1, -6, -4,
 486           -2, 2, 3, -1, -8 },
 487       { 0, -1, 0, -1, -3, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -2, -1, 0, 0, -4,
 488           -2, -1, -1, -1, -1, -8 },
 489       { -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8,
 490           -8, -8, -8, -8, -8, -8, 1 }, };
 491
 492   public static final Hashtable ssHash = new Hashtable(); // stores the number
 493                                                           // value of the aa
 494
 495   static
 496   {
 497     ssHash.put("H", Color.magenta);
 498     ssHash.put("E", Color.yellow);
 499     ssHash.put("-", Color.white);
 500     ssHash.put(".", Color.white);
 501     ssHash.put("S", Color.cyan);
 502     ssHash.put("T", Color.blue);
 503     ssHash.put("G", Color.pink);
 504     ssHash.put("I", Color.pink);
 505     ssHash.put("B", Color.yellow);
 506   }
 507
 508   static final int[][] DNA =
 509   {
 510   { 5, -4, -4, -4, 1 }, // C
 511       { -4, 5, -4, -4, 1 }, // T
 512       { -4, -4, 5, -4, 1 }, // A
 513       { -4, -4, -4, 5, 1 }, // G
 514       { 1, 1, 1, 1, 1 }, // -
 515   };
 516   /**
 517    * register matrices in list
 518    */
 519   static
 520   {
 521     scoreMatrices.put("BLOSUM62", new ScoreMatrix("BLOSUM62", BLOSUM62, 0));
 522     scoreMatrices.put("PAM250", new ScoreMatrix("PAM250", PAM250, 0));
 523     scoreMatrices.put("DNA", new ScoreMatrix("DNA", DNA, 1));
 524   }
 525
 526   public static final Color[] pidColours =
 527   { midBlue, new Color(153, 153, 255),
 528   // Color.lightGray,
 529       new Color(204, 204, 255), };
 530
 531   public static final float[] pidThresholds =
 532   { 80, 60, 40, };
 533
 534   public static Hashtable codonHash = new Hashtable();
 535
 536   public static Vector Lys = new Vector();
 537
 538   public static Vector Asn = new Vector();
 539
 540   public static Vector Gln = new Vector();
 541
 542   public static Vector His = new Vector();
 543
 544   public static Vector Glu = new Vector();
 545
 546   public static Vector Asp = new Vector();
 547
 548   public static Vector Tyr = new Vector();
 549
 550   public static Vector Thr = new Vector();
 551
 552   public static Vector Pro = new Vector();
 553
 554   public static Vector Ala = new Vector();
 555
 556   public static Vector Ser = new Vector();
 557
 558   public static Vector Arg = new Vector();
 559
 560   public static Vector Gly = new Vector();
 561
 562   public static Vector Trp = new Vector();
 563
 564   public static Vector Cys = new Vector();
 565
 566   public static Vector Ile = new Vector();
 567
 568   public static Vector Met = new Vector();
 569
 570   public static Vector Leu = new Vector();
 571
 572   public static Vector Val = new Vector();
 573
 574   public static Vector Phe = new Vector();
 575
 576   public static Vector STOP = new Vector();
 577
 578   static
 579   {
 580     codonHash.put("K", Lys);
 581     codonHash.put("N", Asn);
 582     codonHash.put("Q", Gln);
 583     codonHash.put("H", His);
 584     codonHash.put("E", Glu);
 585     codonHash.put("D", Asp);
 586     codonHash.put("Y", Tyr);
 587     codonHash.put("T", Thr);
 588     codonHash.put("P", Pro);
 589     codonHash.put("A", Ala);
 590     codonHash.put("S", Ser);
 591     codonHash.put("R", Arg);
 592     codonHash.put("G", Gly);
 593     codonHash.put("W", Trp);
 594     codonHash.put("C", Cys);
 595     codonHash.put("I", Ile);
 596     codonHash.put("M", Met);
 597     codonHash.put("L", Leu);
 598     codonHash.put("V", Val);
 599     codonHash.put("F", Phe);
 600     codonHash.put("STOP", STOP);
 601   }
 602
 603   public static Hashtable codonHash2 = new Hashtable();
 604
 605   static
 606   {
 607     codonHash2.put("AAA", "K");
 608     codonHash2.put("AAG", "K");
 609     codonHash2.put("AAC", "N");
 610     codonHash2.put("AAT", "N");
 611
 612     codonHash2.put("CAA", "E");
 613     codonHash2.put("CAG", "E");
 614     codonHash2.put("CAC", "H");
 615     codonHash2.put("CAT", "H");
 616
 617     codonHash2.put("GAA", "Q");
 618     codonHash2.put("GAG", "Q");
 619     codonHash2.put("GAC", "D");
 620     codonHash2.put("GAT", "D");
 621
 622     codonHash2.put("TAC", "Y");
 623     codonHash2.put("TAT", "Y");
 624
 625     codonHash2.put("ACA", "T");
 626     codonHash2.put("AAG", "T");
 627     codonHash2.put("ACC", "T");
 628     codonHash2.put("ACT", "T");
 629
 630     codonHash2.put("CCA", "P");
 631     codonHash2.put("CCG", "P");
 632     codonHash2.put("CCC", "P");
 633     codonHash2.put("CCT", "P");
 634
 635     codonHash2.put("GCA", "A");
 636     codonHash2.put("GCG", "A");
 637     codonHash2.put("GCC", "A");
 638     codonHash2.put("GCT", "A");
 639
 640     codonHash2.put("TCA", "S");
 641     codonHash2.put("TCG", "S");
 642     codonHash2.put("TCC", "S");
 643     codonHash2.put("TCT", "S");
 644     codonHash2.put("AGC", "S");
 645     codonHash2.put("AGT", "S");
 646
 647     codonHash2.put("AGA", "R");
 648     codonHash2.put("AGG", "R");
 649     codonHash2.put("CGA", "R");
 650     codonHash2.put("CGG", "R");
 651     codonHash2.put("CGC", "R");
 652     codonHash2.put("CGT", "R");
 653
 654     codonHash2.put("GGA", "G");
 655     codonHash2.put("GGG", "G");
 656     codonHash2.put("GGC", "G");
 657     codonHash2.put("GGT", "G");
 658
 659     codonHash2.put("TGA", "*");
 660     codonHash2.put("TAA", "*");
 661     codonHash2.put("TAG", "*");
 662
 663     codonHash2.put("TGG", "W");
 664
 665     codonHash2.put("TGC", "C");
 666     codonHash2.put("TGT", "C");
 667
 668     codonHash2.put("ATA", "I");
 669     codonHash2.put("ATC", "I");
 670     codonHash2.put("ATT", "I");
 671
 672     codonHash2.put("ATG", "M");
 673
 674     codonHash2.put("CTA", "L");
 675     codonHash2.put("CTG", "L");
 676     codonHash2.put("CTC", "L");
 677     codonHash2.put("CTT", "L");
 678     codonHash2.put("TTA", "L");
 679     codonHash2.put("TTG", "L");
 680
 681     codonHash2.put("GTA", "V");
 682     codonHash2.put("GTG", "V");
 683     codonHash2.put("GTC", "V");
 684     codonHash2.put("GTT", "V");
 685
 686     codonHash2.put("TTC", "F");
 687     codonHash2.put("TTT", "F");
 688   }
 689
 690   static
 691   {
 692     Lys.addElement("AAA");
 693     Lys.addElement("AAG");
 694     Asn.addElement("AAC");
 695     Asn.addElement("AAT");
 696
 697     Gln.addElement("CAA");
 698     Gln.addElement("CAG");
 699     His.addElement("CAC");
 700     His.addElement("CAT");
 701
 702     Glu.addElement("GAA");
 703     Glu.addElement("GAG");
 704     Asp.addElement("GAC");
 705     Asp.addElement("GAT");
 706
 707     Tyr.addElement("TAC");
 708     Tyr.addElement("TAT");
 709
 710     Thr.addElement("ACA");
 711     Thr.addElement("ACG");
 712     Thr.addElement("ACC");
 713     Thr.addElement("ACT");
 714
 715     Pro.addElement("CCA");
 716     Pro.addElement("CCG");
 717     Pro.addElement("CCC");
 718     Pro.addElement("CCT");
 719
 720     Ala.addElement("GCA");
 721     Ala.addElement("GCG");
 722     Ala.addElement("GCC");
 723     Ala.addElement("GCT");
 724
 725     Ser.addElement("TCA");
 726     Ser.addElement("TCG");
 727     Ser.addElement("TCC");
 728     Ser.addElement("TCT");
 729     Ser.addElement("AGC");
 730     Ser.addElement("AGT");
 731
 732     Arg.addElement("AGA");
 733     Arg.addElement("AGG");
 734     Arg.addElement("CGA");
 735     Arg.addElement("CGG");
 736     Arg.addElement("CGC");
 737     Arg.addElement("CGT");
 738
 739     Gly.addElement("GGA");
 740     Gly.addElement("GGG");
 741     Gly.addElement("GGC");
 742     Gly.addElement("GGT");
 743
 744     STOP.addElement("TGA");
 745     STOP.addElement("TAA");
 746     STOP.addElement("TAG");
 747
 748     Trp.addElement("TGG");
 749
 750     Cys.addElement("TGC");
 751     Cys.addElement("TGT");
 752
 753     Ile.addElement("ATA");
 754     Ile.addElement("ATC");
 755     Ile.addElement("ATT");
 756
 757     Met.addElement("ATG");
 758
 759     Leu.addElement("CTA");
 760     Leu.addElement("CTG");
 761     Leu.addElement("CTC");
 762     Leu.addElement("CTT");
 763     Leu.addElement("TTA");
 764     Leu.addElement("TTG");
 765
 766     Val.addElement("GTA");
 767     Val.addElement("GTG");
 768     Val.addElement("GTC");
 769     Val.addElement("GTT");
 770
 771     Phe.addElement("TTC");
 772     Phe.addElement("TTT");
 773   }
 774
 775   // Stores residue codes/names and colours and other things
 776   public static Hashtable propHash = new Hashtable();
 777
 778   public static Hashtable hydrophobic = new Hashtable();
 779
 780   public static Hashtable polar = new Hashtable();
 781
 782   public static Hashtable small = new Hashtable();
 783
 784   public static Hashtable positive = new Hashtable();
 785
 786   public static Hashtable negative = new Hashtable();
 787
 788   public static Hashtable charged = new Hashtable();
 789
 790   public static Hashtable aromatic = new Hashtable();
 791
 792   public static Hashtable aliphatic = new Hashtable();
 793
 794   public static Hashtable tiny = new Hashtable();
 795
 796   public static Hashtable proline = new Hashtable();
 797
 798   static
 799   {
 800     hydrophobic.put("I", new Integer(1));
 801     hydrophobic.put("L", new Integer(1));
 802     hydrophobic.put("V", new Integer(1));
 803     hydrophobic.put("C", new Integer(1));
 804     hydrophobic.put("A", new Integer(1));
 805     hydrophobic.put("G", new Integer(1));
 806     hydrophobic.put("M", new Integer(1));
 807     hydrophobic.put("F", new Integer(1));
 808     hydrophobic.put("Y", new Integer(1));
 809     hydrophobic.put("W", new Integer(1));
 810     hydrophobic.put("H", new Integer(1));
 811     hydrophobic.put("K", new Integer(1));
 812     hydrophobic.put("X", new Integer(1));
 813     hydrophobic.put("-", new Integer(1));
 814     hydrophobic.put("*", new Integer(1));
 815     hydrophobic.put("R", new Integer(0));
 816     hydrophobic.put("E", new Integer(0));
 817     hydrophobic.put("Q", new Integer(0));
 818     hydrophobic.put("D", new Integer(0));
 819     hydrophobic.put("N", new Integer(0));
 820     hydrophobic.put("S", new Integer(0));
 821     hydrophobic.put("T", new Integer(0));
 822     hydrophobic.put("P", new Integer(0));
 823   }
 824
 825   static
 826   {
 827     polar.put("Y", new Integer(1));
 828     polar.put("W", new Integer(1));
 829     polar.put("H", new Integer(1));
 830     polar.put("K", new Integer(1));
 831     polar.put("R", new Integer(1));
 832     polar.put("E", new Integer(1));
 833     polar.put("Q", new Integer(1));
 834     polar.put("D", new Integer(1));
 835     polar.put("N", new Integer(1));
 836     polar.put("S", new Integer(1));
 837     polar.put("T", new Integer(1));
 838     polar.put("X", new Integer(1));
 839     polar.put("-", new Integer(1));
 840     polar.put("*", new Integer(1));
 841     polar.put("I", new Integer(0));
 842     polar.put("L", new Integer(0));
 843     polar.put("V", new Integer(0));
 844     polar.put("C", new Integer(0));
 845     polar.put("A", new Integer(0));
 846     polar.put("G", new Integer(0));
 847     polar.put("M", new Integer(0));
 848     polar.put("F", new Integer(0));
 849     polar.put("P", new Integer(0));
 850   }
 851
 852   static
 853   {
 854     small.put("I", new Integer(0));
 855     small.put("L", new Integer(0));
 856     small.put("V", new Integer(1));
 857     small.put("C", new Integer(1));
 858     small.put("A", new Integer(1));
 859     small.put("G", new Integer(1));
 860     small.put("M", new Integer(0));
 861     small.put("F", new Integer(0));
 862     small.put("Y", new Integer(0));
 863     small.put("W", new Integer(0));
 864     small.put("H", new Integer(0));
 865     small.put("K", new Integer(0));
 866     small.put("R", new Integer(0));
 867     small.put("E", new Integer(0));
 868     small.put("Q", new Integer(0));
 869     small.put("D", new Integer(1));
 870     small.put("N", new Integer(1));
 871     small.put("S", new Integer(1));
 872     small.put("T", new Integer(1));
 873     small.put("P", new Integer(1));
 874     small.put("-", new Integer(1));
 875     small.put("*", new Integer(1));
 876   }
 877
 878   static
 879   {
 880     positive.put("I", new Integer(0));
 881     positive.put("L", new Integer(0));
 882     positive.put("V", new Integer(0));
 883     positive.put("C", new Integer(0));
 884     positive.put("A", new Integer(0));
 885     positive.put("G", new Integer(0));
 886     positive.put("M", new Integer(0));
 887     positive.put("F", new Integer(0));
 888     positive.put("Y", new Integer(0));
 889     positive.put("W", new Integer(0));
 890     positive.put("H", new Integer(1));
 891     positive.put("K", new Integer(1));
 892     positive.put("R", new Integer(1));
 893     positive.put("E", new Integer(0));
 894     positive.put("Q", new Integer(0));
 895     positive.put("D", new Integer(0));
 896     positive.put("N", new Integer(0));
 897     positive.put("S", new Integer(0));
 898     positive.put("T", new Integer(0));
 899     positive.put("P", new Integer(0));
 900     positive.put("-", new Integer(1));
 901     positive.put("*", new Integer(1));
 902   }
 903
 904   static
 905   {
 906     negative.put("I", new Integer(0));
 907     negative.put("L", new Integer(0));
 908     negative.put("V", new Integer(0));
 909     negative.put("C", new Integer(0));
 910     negative.put("A", new Integer(0));
 911     negative.put("G", new Integer(0));
 912     negative.put("M", new Integer(0));
 913     negative.put("F", new Integer(0));
 914     negative.put("Y", new Integer(0));
 915     negative.put("W", new Integer(0));
 916     negative.put("H", new Integer(0));
 917     negative.put("K", new Integer(0));
 918     negative.put("R", new Integer(0));
 919     negative.put("E", new Integer(1));
 920     negative.put("Q", new Integer(0));
 921     negative.put("D", new Integer(1));
 922     negative.put("N", new Integer(0));
 923     negative.put("S", new Integer(0));
 924     negative.put("T", new Integer(0));
 925     negative.put("P", new Integer(0));
 926     negative.put("-", new Integer(1));
 927     negative.put("*", new Integer(1));
 928   }
 929
 930   static
 931   {
 932     charged.put("I", new Integer(0));
 933     charged.put("L", new Integer(0));
 934     charged.put("V", new Integer(0));
 935     charged.put("C", new Integer(0));
 936     charged.put("A", new Integer(0));
 937     charged.put("G", new Integer(0));
 938     charged.put("M", new Integer(0));
 939     charged.put("F", new Integer(0));
 940     charged.put("Y", new Integer(0));
 941     charged.put("W", new Integer(0));
 942     charged.put("H", new Integer(1));
 943     charged.put("K", new Integer(1));
 944     charged.put("R", new Integer(1));
 945     charged.put("E", new Integer(1));
 946     charged.put("Q", new Integer(0));
 947     charged.put("D", new Integer(1));
 948     charged.put("N", new Integer(0)); // Asparagine is polar but not charged. Alternative would be charged and negative (in basic form)?
 949     charged.put("S", new Integer(0));
 950     charged.put("T", new Integer(0));
 951     charged.put("P", new Integer(0));
 952     charged.put("-", new Integer(1));
 953     charged.put("*", new Integer(1));
 954   }
 955
 956   static
 957   {
 958     aromatic.put("I", new Integer(0));
 959     aromatic.put("L", new Integer(0));
 960     aromatic.put("V", new Integer(0));
 961     aromatic.put("C", new Integer(0));
 962     aromatic.put("A", new Integer(0));
 963     aromatic.put("G", new Integer(0));
 964     aromatic.put("M", new Integer(0));
 965     aromatic.put("F", new Integer(1));
 966     aromatic.put("Y", new Integer(1));
 967     aromatic.put("W", new Integer(1));
 968     aromatic.put("H", new Integer(1));
 969     aromatic.put("K", new Integer(0));
 970     aromatic.put("R", new Integer(0));
 971     aromatic.put("E", new Integer(0));
 972     aromatic.put("Q", new Integer(0));
 973     aromatic.put("D", new Integer(0));
 974     aromatic.put("N", new Integer(0));
 975     aromatic.put("S", new Integer(0));
 976     aromatic.put("T", new Integer(0));
 977     aromatic.put("P", new Integer(0));
 978     aromatic.put("-", new Integer(1));
 979     aromatic.put("*", new Integer(1));
 980   }
 981
 982   static
 983   {
 984     aliphatic.put("I", new Integer(1));
 985     aliphatic.put("L", new Integer(1));
 986     aliphatic.put("V", new Integer(1));
 987     aliphatic.put("C", new Integer(0));
 988     aliphatic.put("A", new Integer(0));
 989     aliphatic.put("G", new Integer(0));
 990     aliphatic.put("M", new Integer(0));
 991     aliphatic.put("F", new Integer(0));
 992     aliphatic.put("Y", new Integer(0));
 993     aliphatic.put("W", new Integer(0));
 994     aliphatic.put("H", new Integer(0));
 995     aliphatic.put("K", new Integer(0));
 996     aliphatic.put("R", new Integer(0));
 997     aliphatic.put("E", new Integer(0));
 998     aliphatic.put("Q", new Integer(0));
 999     aliphatic.put("D", new Integer(0));
1000     aliphatic.put("N", new Integer(0));
1001     aliphatic.put("S", new Integer(0));
1002     aliphatic.put("T", new Integer(0));
1003     aliphatic.put("P", new Integer(0));
1004     aliphatic.put("-", new Integer(1));
1005     aliphatic.put("*", new Integer(1));
1006   }
1007
1008   static
1009   {
1010     tiny.put("I", new Integer(0));
1011     tiny.put("L", new Integer(0));
1012     tiny.put("V", new Integer(0));
1013     tiny.put("C", new Integer(0));
1014     tiny.put("A", new Integer(1));
1015     tiny.put("G", new Integer(1));
1016     tiny.put("M", new Integer(0));
1017     tiny.put("F", new Integer(0));
1018     tiny.put("Y", new Integer(0));
1019     tiny.put("W", new Integer(0));
1020     tiny.put("H", new Integer(0));
1021     tiny.put("K", new Integer(0));
1022     tiny.put("R", new Integer(0));
1023     tiny.put("E", new Integer(0));
1024     tiny.put("Q", new Integer(0));
1025     tiny.put("D", new Integer(0));
1026     tiny.put("N", new Integer(0));
1027     tiny.put("S", new Integer(1));
1028     tiny.put("T", new Integer(0));
1029     tiny.put("P", new Integer(0));
1030     tiny.put("-", new Integer(1));
1031     tiny.put("*", new Integer(1));
1032   }
1033
1034   static
1035   {
1036     proline.put("I", new Integer(0));
1037     proline.put("L", new Integer(0));
1038     proline.put("V", new Integer(0));
1039     proline.put("C", new Integer(0));
1040     proline.put("A", new Integer(0));
1041     proline.put("G", new Integer(0));
1042     proline.put("M", new Integer(0));
1043     proline.put("F", new Integer(0));
1044     proline.put("Y", new Integer(0));
1045     proline.put("W", new Integer(0));
1046     proline.put("H", new Integer(0));
1047     proline.put("K", new Integer(0));
1048     proline.put("R", new Integer(0));
1049     proline.put("E", new Integer(0));
1050     proline.put("Q", new Integer(0));
1051     proline.put("D", new Integer(0));
1052     proline.put("N", new Integer(0));
1053     proline.put("S", new Integer(0));
1054     proline.put("T", new Integer(0));
1055     proline.put("P", new Integer(1));
1056     proline.put("-", new Integer(1));
1057     proline.put("*", new Integer(1));
1058   }
1059
1060   static
1061   {
1062     propHash.put("hydrophobic", hydrophobic);
1063     propHash.put("small", small);
1064     propHash.put("positive", positive);
1065     propHash.put("negative", negative);
1066     propHash.put("charged", charged);
1067     propHash.put("aromatic", aromatic);
1068     propHash.put("aliphatic", aliphatic);
1069     propHash.put("tiny", tiny);
1070     propHash.put("proline", proline);
1071     propHash.put("polar", polar);
1072   }
1073
1074   private ResidueProperties()
1075   {
1076   }
1077
1078   public static double getHydmax()
1079   {
1080     return hydmax;
1081   }
1082
1083   public static double getHydmin()
1084   {
1085     return hydmin;
1086   }
1087
1088   public static double[] getHyd()
1089   {
1090     return hyd;
1091   }
1092
1093   public static Hashtable getAA3Hash()
1094   {
1095     return aa3Hash;
1096   }
1097
1098   public static int[][] getDNA()
1099   {
1100     return ResidueProperties.DNA;
1101   }
1102
1103   public static int[][] getBLOSUM62()
1104   {
1105     return ResidueProperties.BLOSUM62;
1106   }
1107
1108   public static int getPAM250(String A1, String A2)
1109   {
1110     return getPAM250(A1.charAt(0), A2.charAt(0));
1111   }
1112
1113   public static int getBLOSUM62(char c1, char c2)
1114   {
1115     int pog = 0;
1116
1117     try
1118     {
1119       int a = aaIndex[c1];
1120       int b = aaIndex[c2];
1121
1122       pog = ResidueProperties.BLOSUM62[a][b];
1123     } catch (Exception e)
1124     {
1125       // System.out.println("Unknown residue in " + A1 + " " + A2);
1126     }
1127
1128     return pog;
1129   }
1130
1131   public static Vector getCodons(String res)
1132   {
1133     if (codonHash.containsKey(res))
1134     {
1135       return (Vector) codonHash.get(res);
1136     }
1137
1138     return null;
1139   }
1140
1141   public static String codonTranslate(String lccodon)
1142   {
1143     String codon=lccodon.toUpperCase();
1144     // all base ambiguity codes yield an 'X' amino acid residue
1145     if (codon.indexOf('X')>-1 || codon.indexOf('N')>-1)
1146     {
1147       return "X";
1148     }
1149     Enumeration e = codonHash.keys();
1150
1151     while (e.hasMoreElements())
1152     {
1153       String key = (String) e.nextElement();
1154       Vector tmp = (Vector) codonHash.get(key);
1155
1156       if (tmp.contains(codon))
1157       {
1158         return key;
1159       }
1160     }
1161
1162     return null;
1163   }
1164
1165   public static int[][] getDefaultPeptideMatrix()
1166   {
1167     return ResidueProperties.getBLOSUM62();
1168   }
1169
1170   public static int[][] getDefaultDnaMatrix()
1171   {
1172     return ResidueProperties.getDNA();
1173   }
1174
1175   /**
1176    * get a ScoreMatrix based on its string name
1177    *
1178    * @param pwtype
1179    * @return matrix in scoreMatrices with key pwtype or null
1180    */
1181   public static ScoreMatrix getScoreMatrix(String pwtype)
1182   {
1183     Object val = scoreMatrices.get(pwtype);
1184     if (val != null)
1185     {
1186       return (ScoreMatrix) val;
1187     }
1188     return null;
1189   }
1190
1191   public static int getPAM250(char c, char d)
1192   {
1193     int a = aaIndex[c];
1194     int b = aaIndex[d];
1195
1196     int pog = ResidueProperties.PAM250[a][b];
1197
1198     return pog;
1199   }
1200
1201   public static Hashtable toDssp3State;
1202   static
1203   {
1204     toDssp3State = new Hashtable();
1205     toDssp3State.put("H", "H");
1206     toDssp3State.put("E", "E");
1207     toDssp3State.put("C", " ");
1208     toDssp3State.put(" ", " ");
1209     toDssp3State.put("T", " ");
1210     toDssp3State.put("B", "E");
1211     toDssp3State.put("G", "H");
1212     toDssp3State.put("I", "H");
1213     toDssp3State.put("X", " ");
1214   }
1215
1216   /**
1217    * translate from other dssp secondary structure alphabets to 3-state
1218    *
1219    * @param ssstring
1220    * @return ssstring as a three-state secondary structure assignment.
1221    */
1222   public static String getDssp3state(String ssstring)
1223   {
1224     if (ssstring == null)
1225     {
1226       return null;
1227     }
1228     StringBuffer ss = new StringBuffer();
1229     for (int i = 0; i < ssstring.length(); i++)
1230     {
1231       String ssc = ssstring.substring(i, i + 1);
1232       if (toDssp3State.containsKey(ssc))
1233       {
1234         ss.append((String) toDssp3State.get(ssc));
1235       }
1236       else
1237       {
1238         ss.append(" ");
1239       }
1240     }
1241     return ss.toString();
1242   }
1243
1244   // main method generates perl representation of residue property hash
1245   // / cut here
1246   public static void main(String[] args)
1247   {
1248     Hashtable aa = new Hashtable();
1249     System.out.println("my %aa = {");
1250     // invert property hashes
1251     Enumeration prop = propHash.keys();
1252     while (prop.hasMoreElements())
1253     {
1254       String pname = (String) prop.nextElement();
1255       Hashtable phash = (Hashtable) propHash.get(pname);
1256       Enumeration res = phash.keys();
1257       while (res.hasMoreElements())
1258       {
1259         String rname = (String) res.nextElement();
1260         Vector aprops = (Vector) aa.get(rname);
1261         if (aprops == null)
1262         {
1263           aprops = new Vector();
1264           aa.put(rname, aprops);
1265         }
1266         Integer hasprop = (Integer) phash.get(rname);
1267         if (hasprop.intValue() == 1)
1268         {
1269           aprops.addElement(pname);
1270         }
1271       }
1272     }
1273     Enumeration res = aa.keys();
1274     while (res.hasMoreElements())
1275     {
1276       String rname = (String) res.nextElement();
1277
1278       System.out.print("'" + rname + "' => [");
1279       Enumeration props = ((Vector) aa.get(rname)).elements();
1280       while (props.hasMoreElements())
1281       {
1282         System.out.print("'" + (String) props.nextElement() + "'");
1283         if (props.hasMoreElements())
1284         {
1285           System.out.println(", ");
1286         }
1287       }
1288       System.out.println("]" + (res.hasMoreElements() ? "," : ""));
1289     }
1290     System.out.println("};");
1291   }
1292   // to here
1293 }