After merge
[jalview.git] / src / jalview / schemes / ResidueProperties.java
1 /*\r
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
4  *\r
5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
9  *\r
10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
13  * GNU General Public License for more details.\r
14  *\r
15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
18  */\r
19 package jalview.schemes;\r
20 \r
21 import java.util.*;\r
22 \r
23 import java.awt.*;\r
24 \r
25 public class ResidueProperties\r
26 {\r
27   //Stores residue codes/names and colours and other things\r
28   public static final Hashtable aaHash = new Hashtable(); // stores the number value of the aa\r
29   public static final Hashtable aa3Hash = new Hashtable();\r
30   public static final Hashtable aa2Triplet = new Hashtable();\r
31   public static final Hashtable nucleotideHash = new Hashtable();\r
32   public static final Hashtable nucleotideName = new Hashtable();\r
33 \r
34   static\r
35   {\r
36     aaHash.put("A", new Integer(0));\r
37     aaHash.put("R", new Integer(1));\r
38     aaHash.put("N", new Integer(2));\r
39     aaHash.put("D", new Integer(3));\r
40     aaHash.put("C", new Integer(4));\r
41     aaHash.put("Q", new Integer(5));\r
42     aaHash.put("E", new Integer(6));\r
43     aaHash.put("G", new Integer(7));\r
44     aaHash.put("H", new Integer(8));\r
45     aaHash.put("I", new Integer(9));\r
46     aaHash.put("L", new Integer(10));\r
47     aaHash.put("K", new Integer(11));\r
48     aaHash.put("M", new Integer(12));\r
49     aaHash.put("F", new Integer(13));\r
50     aaHash.put("P", new Integer(14));\r
51     aaHash.put("S", new Integer(15));\r
52     aaHash.put("T", new Integer(16));\r
53     aaHash.put("W", new Integer(17));\r
54     aaHash.put("Y", new Integer(18));\r
55     aaHash.put("V", new Integer(19));\r
56     aaHash.put("B", new Integer(20));\r
57     aaHash.put("Z", new Integer(21));\r
58     aaHash.put("X", new Integer(22));\r
59     aaHash.put("U", new Integer(22));\r
60     aaHash.put("a", new Integer(0));\r
61     aaHash.put("r", new Integer(1));\r
62     aaHash.put("n", new Integer(2));\r
63     aaHash.put("d", new Integer(3));\r
64     aaHash.put("c", new Integer(4));\r
65     aaHash.put("q", new Integer(5));\r
66     aaHash.put("e", new Integer(6));\r
67     aaHash.put("g", new Integer(7));\r
68     aaHash.put("h", new Integer(8));\r
69     aaHash.put("i", new Integer(9));\r
70     aaHash.put("l", new Integer(10));\r
71     aaHash.put("k", new Integer(11));\r
72     aaHash.put("m", new Integer(12));\r
73     aaHash.put("f", new Integer(13));\r
74     aaHash.put("p", new Integer(14));\r
75     aaHash.put("s", new Integer(15));\r
76     aaHash.put("t", new Integer(16));\r
77     aaHash.put("w", new Integer(17));\r
78     aaHash.put("y", new Integer(18));\r
79     aaHash.put("v", new Integer(19));\r
80     aaHash.put("b", new Integer(20));\r
81     aaHash.put("z", new Integer(21));\r
82     aaHash.put("x", new Integer(22));\r
83     aaHash.put("u", new Integer(22));\r
84     aaHash.put("-", new Integer(23));\r
85     aaHash.put("*", new Integer(23));\r
86     aaHash.put(".", new Integer(23));\r
87     aaHash.put(" ", new Integer(23));\r
88   }\r
89 \r
90   static\r
91   {\r
92     nucleotideHash.put("A", new Integer(0));\r
93     nucleotideHash.put("a", new Integer(0));\r
94     nucleotideHash.put("C", new Integer(1));\r
95     nucleotideHash.put("c", new Integer(1));\r
96     nucleotideHash.put("G", new Integer(2));\r
97     nucleotideHash.put("g", new Integer(2));\r
98     nucleotideHash.put("T", new Integer(3));\r
99     nucleotideHash.put("t", new Integer(3));\r
100     nucleotideHash.put("U", new Integer(4));\r
101     nucleotideHash.put("u", new Integer(4));\r
102     nucleotideHash.put("I", new Integer(5));\r
103     nucleotideHash.put("i", new Integer(5));\r
104     nucleotideHash.put("X", new Integer(6));\r
105     nucleotideHash.put("x", new Integer(6));\r
106     nucleotideHash.put("R", new Integer(7));\r
107     nucleotideHash.put("r", new Integer(7));\r
108     nucleotideHash.put("Y", new Integer(8));\r
109     nucleotideHash.put("y", new Integer(8));\r
110     nucleotideHash.put("N", new Integer(9));\r
111     nucleotideHash.put("n", new Integer(9));\r
112 \r
113 \r
114     nucleotideName.put("A", "Adenine");\r
115     nucleotideName.put("a", "Adenine");\r
116     nucleotideName.put("G", "Guanine");\r
117     nucleotideName.put("g", "Guanine");\r
118     nucleotideName.put("C", "Cytosine");\r
119     nucleotideName.put("c", "Cytosine");\r
120     nucleotideName.put("T", "Thymine");\r
121     nucleotideName.put("t", "Thymine");\r
122     nucleotideName.put("U", "Uracil");\r
123     nucleotideName.put("u", "Uracil");\r
124     nucleotideName.put("I", "Inosine");\r
125     nucleotideName.put("i", "Inosine");\r
126     nucleotideName.put("X", "Xanthine");\r
127     nucleotideName.put("x", "Xanthine");\r
128     nucleotideName.put("R", "Unknown Purine");\r
129     nucleotideName.put("r", "Unknown Purine");\r
130     nucleotideName.put("Y", "Unknown Pyrimidine");\r
131     nucleotideName.put("y", "Unknown Pyrimidine");\r
132     nucleotideName.put("N", "Unknown");\r
133     nucleotideName.put("n", "Unknown");\r
134   }\r
135 \r
136 \r
137   static\r
138   {\r
139     aa3Hash.put("ALA", new Integer(0));\r
140     aa3Hash.put("ARG", new Integer(1));\r
141     aa3Hash.put("ASN", new Integer(2));\r
142     aa3Hash.put("ASP", new Integer(3)); //D\r
143     aa3Hash.put("CYS", new Integer(4));\r
144     aa3Hash.put("GLN", new Integer(5)); //Q\r
145     aa3Hash.put("GLU", new Integer(6)); // E\r
146     aa3Hash.put("GLY", new Integer(7));\r
147     aa3Hash.put("HIS", new Integer(8));\r
148     aa3Hash.put("ILE", new Integer(9));\r
149     aa3Hash.put("LEU", new Integer(10));\r
150     aa3Hash.put("LYS", new Integer(11));\r
151     aa3Hash.put("MET", new Integer(12));\r
152     aa3Hash.put("PHE", new Integer(13));\r
153     aa3Hash.put("PRO", new Integer(14));\r
154     aa3Hash.put("SER", new Integer(15));\r
155     aa3Hash.put("THR", new Integer(16));\r
156     aa3Hash.put("TRP", new Integer(17));\r
157     aa3Hash.put("TYR", new Integer(18));\r
158     aa3Hash.put("VAL", new Integer(19));\r
159     // IUB Nomenclature for ambiguous peptides\r
160     aa3Hash.put("ASX", new Integer(20)); // "B";\r
161     aa3Hash.put("GLX", new Integer(21)); // X\r
162     aa3Hash.put("XAA", new Integer(22));// X unknown\r
163     aa3Hash.put("-", new Integer(23));\r
164     aa3Hash.put("*", new Integer(23));\r
165     aa3Hash.put(".", new Integer(23));\r
166     aa3Hash.put(" ", new Integer(23));\r
167   }\r
168 \r
169   static\r
170   {\r
171     aa2Triplet.put("A", "ALA");\r
172     aa2Triplet.put("a", "ALA");\r
173     aa2Triplet.put("R", "ARG");\r
174     aa2Triplet.put("r", "ARG");\r
175     aa2Triplet.put("N", "ASN");\r
176     aa2Triplet.put("n", "ASN");\r
177     aa2Triplet.put("D", "ASP");\r
178     aa2Triplet.put("d", "ASP");\r
179     aa2Triplet.put("C", "CYS");\r
180     aa2Triplet.put("c", "CYS");\r
181     aa2Triplet.put("Q", "GLN");\r
182     aa2Triplet.put("q", "GLN");\r
183     aa2Triplet.put("E", "GLU");\r
184     aa2Triplet.put("e", "GLU");\r
185     aa2Triplet.put("G", "GLY");\r
186     aa2Triplet.put("g", "GLY");\r
187     aa2Triplet.put("H", "HIS");\r
188     aa2Triplet.put("h", "HIS");\r
189     aa2Triplet.put("I", "ILE");\r
190     aa2Triplet.put("i", "ILE");\r
191     aa2Triplet.put("L", "LEU");\r
192     aa2Triplet.put("l", "LEU");\r
193     aa2Triplet.put("K", "LYS");\r
194     aa2Triplet.put("k", "LYS");\r
195     aa2Triplet.put("M", "MET");\r
196     aa2Triplet.put("m", "MET");\r
197     aa2Triplet.put("F", "PHE");\r
198     aa2Triplet.put("f", "PHE");\r
199     aa2Triplet.put("P", "PRO");\r
200     aa2Triplet.put("p", "PRO");\r
201     aa2Triplet.put("S", "SER");\r
202     aa2Triplet.put("s", "SER");\r
203     aa2Triplet.put("T", "THR");\r
204     aa2Triplet.put("t", "THR");\r
205     aa2Triplet.put("W", "TRP");\r
206     aa2Triplet.put("w", "TRP");\r
207     aa2Triplet.put("Y", "TYR");\r
208     aa2Triplet.put("y", "TYR");\r
209     aa2Triplet.put("V", "VAL");\r
210     aa2Triplet.put("v", "VAL");\r
211   }\r
212 \r
213   public static final String[] aa =\r
214       {\r
215       "A", "R", "N", "D", "C", "Q", "E", "G", "H", "I", "L", "K", "M", "F",\r
216       "P", "S", "T", "W", "Y", "V", "B", "Z", "X", "_", "*", ".", " "\r
217   };\r
218   public static final Color midBlue = new Color(100, 100, 255);\r
219   public static final Vector scaleColours = new Vector();\r
220 \r
221   static\r
222   {\r
223     scaleColours.addElement(new Color(114, 0, 147));\r
224     scaleColours.addElement(new Color(156, 0, 98));\r
225     scaleColours.addElement(new Color(190, 0, 0));\r
226     scaleColours.addElement(Color.red);\r
227     scaleColours.addElement(new Color(255, 125, 0));\r
228     scaleColours.addElement(Color.orange);\r
229     scaleColours.addElement(new Color(255, 194, 85));\r
230     scaleColours.addElement(Color.yellow);\r
231     scaleColours.addElement(new Color(255, 255, 181));\r
232     scaleColours.addElement(Color.white);\r
233   }\r
234 \r
235   public static final Color[] taylor =\r
236       {\r
237       new Color(204, 255, 0), // A  Greenish-yellowy-yellow\r
238       new Color(0, 0, 255), // R  Blueish-bluey-blue\r
239       new Color(204, 0, 255), // N  Blueish-reddy-blue\r
240       new Color(255, 0, 0), // D  Reddish-reddy-red\r
241       new Color(255, 255, 0), // C  Yellowish-yellowy-yellow\r
242       new Color(255, 0, 204), // Q  Reddish-bluey-red\r
243       new Color(255, 0, 102), // E  Blueish-reddy-red\r
244       new Color(255, 153, 0), // G  Yellowy-reddy-yellow\r
245       new Color(0, 102, 255), // H  Greenish-bluey-blue\r
246       new Color(102, 255, 0), // I  Greenish-yellowy-green\r
247       new Color(51, 255, 0), // L  Yellowish-greeny-green\r
248       new Color(102, 0, 255), // K  Reddish-bluey-blue\r
249       new Color(0, 255, 0), // M  Greenish-greeny-green\r
250       new Color(0, 255, 102), // F  Blueish-greeny-green\r
251       new Color(255, 204, 0), // P  Reddish-yellowy-yellow\r
252       new Color(255, 51, 0), // S  Yellowish-reddy-red\r
253       new Color(255, 102, 0), // T  Reddish-yellowy-red\r
254       new Color(0, 204, 255), // W  Blueish-greeny-green\r
255       new Color(0, 255, 204), // Y  Greenish-bluey-green\r
256       new Color(153, 255, 0), // V  Yellowish-greeny-yellow\r
257       Color.white, // B\r
258       Color.white, // Z\r
259       Color.white, // X\r
260       Color.white, // -\r
261       Color.white, // *\r
262       Color.white // .\r
263   };\r
264   public static final Color[] nucleotide =\r
265       {\r
266       new Color(100, 247, 63), // A\r
267       new Color(255, 179, 64), // C\r
268       new Color(235, 65, 60), // G\r
269       new Color(60, 136, 238), // T\r
270       new Color(60, 136, 238) // U\r
271   };\r
272   public static final Color[] color =\r
273       {\r
274       Color.pink, // A\r
275       midBlue, // R\r
276       Color.green, // N\r
277       Color.red, // D\r
278       Color.yellow, // C\r
279       Color.green, // Q\r
280       Color.red, // E\r
281       Color.magenta, // G\r
282       Color.red, // H\r
283       Color.pink, // I\r
284       Color.pink, // L\r
285       midBlue, // K\r
286       Color.pink, // M\r
287       Color.orange, // F\r
288       Color.magenta, // P\r
289       Color.green, // S\r
290       Color.green, // T\r
291       Color.orange, // W\r
292       Color.orange, // Y\r
293       Color.pink, // V\r
294       Color.white, // B\r
295       Color.white, // Z\r
296       Color.white, // X\r
297       Color.white, // -\r
298       Color.white, // *\r
299       Color.white, // .\r
300       Color.white // ' '\r
301   };\r
302 \r
303   // Dunno where I got these numbers from\r
304   public static final double[] hyd2 =\r
305       {\r
306       0.62, //A\r
307       0.29, //R\r
308       -0.90, //N\r
309       -0.74, //D\r
310       1.19, //C\r
311       0.48, //Q\r
312       -0.40, //E\r
313       1.38, //G\r
314       -1.50, //H\r
315       1.06, //I\r
316       0.64, //L\r
317       -0.78, //K\r
318       0.12, //M\r
319       -0.85, //F\r
320       -2.53, //P\r
321       -0.18, //S\r
322       -0.05, //T\r
323       1.08, //W\r
324       0.81, //Y\r
325       0.0, //V\r
326       0.26, //B\r
327       0.0, //Z\r
328       0.0 //X\r
329   };\r
330   public static final double[] helix =\r
331       {\r
332       1.42, 0.98, 0.67, 1.01, 0.70, 1.11, 1.51, 0.57, 1.00, 1.08, 1.21, 1.16,\r
333       1.45, 1.13, 0.57, 0.77, 0.83, 1.08, 0.69, 1.06, 0.84, 1.31, 1.00, 0.0\r
334   };\r
335   public static final double helixmin = 0.57;\r
336   public static final double helixmax = 1.51;\r
337   public static final double[] strand =\r
338       {\r
339       0.83, 0.93, 0.89, 0.54, 1.19, 1.10, 0.37, 0.75, 0.87, 1.60, 1.30, 0.74,\r
340       1.05, 1.38, 0.55, 0.75, 1.19, 1.37, 1.47, 1.70, 0.72, 0.74, 1.0, 0.0\r
341   };\r
342   public static final double strandmin = 0.37;\r
343   public static final double strandmax = 1.7;\r
344   public static final double[] turn =\r
345       {\r
346       0.66, 0.95, 1.56, 1.46, 1.19, 0.98, 0.74, 1.56, 0.95, 0.47, 0.59, 1.01,\r
347       0.60, 0.60, 1.52, 1.43, 0.96, 0.96, 1.14, 0.50, 1.51, 0.86, 1.00, 0, 0\r
348   };\r
349   public static final double turnmin = 0.47;\r
350   public static final double turnmax = 1.56;\r
351   public static final double[] buried =\r
352       {\r
353       1.7, 0.1, 0.4, 0.4, 4.6, 0.3, 0.3, 1.8, 0.8, 3.1, 2.4, 0.05, 1.9, 2.2,\r
354       0.6, 0.8, 0.7, 1.6, 0.5, 2.9, 0.4, 0.3, 1.358, 0.00\r
355   };\r
356   public static final double buriedmin = 0.05;\r
357   public static final double buriedmax = 4.6;\r
358 \r
359   // This is hydropathy index\r
360   // Kyte, J., and Doolittle, R.F., J. Mol. Biol.\r
361   // 1157, 105-132, 1982\r
362   public static final double[] hyd =\r
363       {\r
364       1.8, -4.5, -3.5, -3.5, 2.5, -3.5, -3.5, -0.4, -3.2, 4.5, 3.8, -3.9, 1.9,\r
365       2.8, -1.6, -0.8, -0.7, -0.9, -1.3, 4.2, -3.5, -3.5, -0.49, 0.0\r
366   };\r
367   public static final double hydmax = 4.5;\r
368   public static final double hydmin = -3.9;\r
369 \r
370   //public static final double hydmax = 1.38;\r
371   //public static final double hydmin = -2.53;\r
372   static final int[][] BLOSUM62 =\r
373       {\r
374       {\r
375       4, -1, -2, -2, 0, -1, -1, 0, -2, -1, -1, -1, -1, -2, -1, 1, 0, -3,\r
376       -2, 0, -2, -1, 0, -4\r
377   },\r
378       {\r
379       -1, 5, 0, -2, -3, 1, 0, -2, 0, -3, -2, 2, -1, -3, -2, -1, -1, -3, -2,\r
380       -3, -1, 0, -1, -4\r
381   },\r
382       {\r
383       -2, 0, 6, 1, -3, 0, 0, 0, 1, -3, -3, 0, -2, -3, -2, 1, 0, -4, -2, -3,\r
384       3, 0, -1, -4\r
385   },\r
386       {\r
387       -2, -2, 1, 6, -3, 0, 2, -1, -1, -3, -4, -1, -3, -3, -1, 0, -1, -4,\r
388       -3, -3, 4, 1, -1, -4\r
389   },\r
390       {\r
391       0, 3, -3, -3, 9, -3, -4, -3, -3, -1, -1, -3, -1, -2, -3, -1, -1, -2,\r
392       -2, -1, -3, -3, -2, -4\r
393   },\r
394       {\r
395       -1, 1, 0, 0, -3, 5, 2, -2, 0, -3, -2, 1, 0, -3, -1, 0, -1, -2, -1,\r
396       -2, 0, 3, -1, -4\r
397   },\r
398       {\r
399       -1, 0, 0, 2, -4, 2, 5, -2, 0, -3, -3, 1, -2, -3, -1, 0, -1, -3, -2,\r
400       -2, 1, 4, -1, -4\r
401   },\r
402       {\r
403       0, -2, 0, -1, -3, -2, -2, 6, -2, -4, -4, -2, -3, -3, -2, 0, -2, -2,\r
404       -3, -3, -1, -2, -1, -4\r
405   },\r
406       {\r
407       -2, 0, 1, -1, -3, 0, 0, -2, 8, -3, -3, -1, -2, -1, -2, -1, -2, -2, 2,\r
408       -3, 0, 0, -1, -4\r
409   },\r
410       {\r
411       -1, -3, -3, -3, -1, -3, -3, -4, -3, 4, 2, -3, 1, 0, -3, -2, -1, -3,\r
412       -1, 3, -3, -3, -1, -4\r
413   },\r
414       {\r
415       -1, -2, -3, -4, -1, -2, -3, -4, -3, 2, 4, -2, 2, 0, -3, -2, -1, -2,\r
416       -1, 1, -4, -3, -1, -4\r
417   },\r
418       {\r
419       -1, 2, 0, -1, -3, 1, 1, -2, -1, -3, -2, 5, -1, -3, -1, 0, -1, -3, -2,\r
420       -2, 0, 1, -1, -4\r
421   },\r
422       {\r
423       -1, -1, -2, -3, -1, 0, -2, -3, -2, 1, 2, -1, 5, 0, -2, -1, -1, -1,\r
424       -1, 1, -3, -1, -1, -4\r
425   },\r
426       {\r
427       -2, -3, -3, -3, -2, -3, -3, -3, -1, 0, 0, -3, 0, 6, -4, -2, -2, 1, 3,\r
428       -1, -3, -3, -1, -4\r
429   },\r
430       {\r
431       -1, -2, -2, -1, -3, -1, -1, -2, -2, -3, -3, -1, -2, -4, 7, -1, -1,\r
432       -4, -3, -2, -2, -1, -2, -4\r
433   },\r
434       {\r
435       1, -1, 1, 0, -1, 0, 0, 0, -1, -2, -2, 0, -1, -2, -1, 4, 1, -3, -2,\r
436       -2, 0, 0, 0, -4\r
437   },\r
438       {\r
439       0, -1, 0, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -1, -1, -1, -1, -2, -1, 1, 5, -2,\r
440       -2, 0, -1, -1, 0, -4\r
441   },\r
442       {\r
443       -3, -3, -4, -4, -2, -2, -3, -2, -2, -3, -2, -3, -1, 1, -4, -3, -2,\r
444       11, 2, -3, -4, -3, -2, -4\r
445   },\r
446       {\r
447       -2, -2, -2, -3, -2, -1, -2, -3, 2, -1, -1, -2, -1, 3, -3, -2, -2, 2,\r
448       7, -1, -3, -2, -1, -4\r
449   },\r
450       {\r
451       0, -3, -3, -3, -1, -2, -2, -3, -3, 3, 1, -2, 1, -1, -2, -2, 0, -3,\r
452       -1, 4, -3, -2, -1, -4\r
453   },\r
454       {\r
455       -2, -1, 3, 4, -3, 0, 1, -1, 0, -3, -4, 0, -3, -3, -2, 0, -1, -4, -3,\r
456       -3, 4, 1, -1, -4\r
457   },\r
458       {\r
459       -1, 0, 0, 1, -3, 3, 4, -2, 0, -3, -3, 1, -1, -3, -1, 0, -1, -3, -2,\r
460       -2, 1, 4, -1, -4\r
461   },\r
462       {\r
463       0, -1, -1, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -2, 0, 0, -2,\r
464       -1, -1, -1, -1, -1, -4\r
465   },\r
466       {\r
467       -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4,\r
468       -4, -4, -4, -4, -4, -4, 1\r
469   },\r
470   };\r
471   static final int[][] PAM250 =\r
472       {\r
473       {\r
474       2, -2, 0, 0, -2, 0, 0, 1, -1, -1, -2, -1, -1, -3, 1, 1, 1, -6, -3, 0,\r
475       0, 0, 0, -8\r
476   },\r
477       {\r
478       -2, 6, 0, -1, -4, 1, -1, -3, 2, -2, -3, 3, 0, -4, 0, 0, -1, 2, -4,\r
479       -2, -1, 0, -1, -8\r
480   },\r
481       {\r
482       0, 0, 2, 2, -4, 1, 1, 0, 2, -2, -3, 1, -2, -3, 0, 1, 0, -4, -2, -2,\r
483       2, 1, 0, -8\r
484   },\r
485       {\r
486       0, -1, 2, 4, -5, 2, 3, 1, 1, -2, -4, 0, -3, -6, -1, 0, 0, -7, -4, -2,\r
487       3, 3, -1, -8\r
488   },\r
489       {\r
490       -2, -4, -4, -5, 12, -5, -5, -3, -3, -2, -6, -5, -5, -4, -3, 0, -2,\r
491       -8, 0, -2, -4, -5, -3, -8\r
492   },\r
493       {\r
494       0, 1, 1, 2, -5, 4, 2, -1, 3, -2, -2, 1, -1, -5, 0, -1, -1, -5, -4,\r
495       -2, 1, 3, -1, -8\r
496   },\r
497       {\r
498       0, -1, 1, 3, -5, 2, 4, 0, 1, -2, -3, 0, -2, -5, -1, 0, 0, -7, -4, -2,\r
499       3, 3, -1, -8\r
500   },\r
501       {\r
502       1, -3, 0, 1, -3, -1, 0, 5, -2, -3, -4, -2, -3, -5, 0, 1, 0, -7, -5,\r
503       -1, 0, 0, -1, -8\r
504   },\r
505       {\r
506       -1, 2, 2, 1, -3, 3, 1, -2, 6, -2, -2, 0, -2, -2, 0, -1, -1, -3, 0,\r
507       -2, 1, 2, -1, -8\r
508   },\r
509       {\r
510       -1, -2, -2, -2, -2, -2, -2, -3, -2, 5, 2, -2, 2, 1, -2, -1, 0, -5,\r
511       -1, 4, -2, -2, -1, -8\r
512   },\r
513       {\r
514       -2, -3, -3, -4, -6, -2, -3, -4, -2, 2, 6, -3, 4, 2, -3, -3, -2, -2,\r
515       -1, 2, -3, -3, -1, -8\r
516   },\r
517       {\r
518       -1, 3, 1, 0, -5, 1, 0, -2, 0, -2, -3, 5, 0, -5, -1, 0, 0, -3, -4, -2,\r
519       1, 0, -1, -8\r
520   },\r
521       {\r
522       -1, 0, -2, -3, -5, -1, -2, -3, -2, 2, 4, 0, 6, 0, -2, -2, -1, -4, -2,\r
523       2, -2, -2, -1, -8\r
524   },\r
525       {\r
526       -3, -4, -3, -6, -4, -5, -5, -5, -2, 1, 2, -5, 0, 9, -5, -3, -3, 0, 7,\r
527       -1, -4, -5, -2, -8\r
528   },\r
529       {\r
530       1, 0, 0, -1, -3, 0, -1, 0, 0, -2, -3, -1, -2, -5, 6, 1, 0, -6, -5,\r
531       -1, -1, 0, -1, -8\r
532   },\r
533       {\r
534       1, 0, 1, 0, 0, -1, 0, 1, -1, -1, -3, 0, -2, -3, 1, 2, 1, -2, -3, -1,\r
535       0, 0, 0, -8\r
536   },\r
537       {\r
538       1, -1, 0, 0, -2, -1, 0, 0, -1, 0, -2, 0, -1, -3, 0, 1, 3, -5, -3, 0,\r
539       0, -1, 0, -8\r
540   },\r
541       {\r
542       -6, 2, -4, -7, -8, -5, -7, -7, -3, -5, -2, -3, -4, 0, -6, -2, -5, 17,\r
543       0, -6, -5, -6, -4, -8\r
544   },\r
545       {\r
546       -3, -4, -2, -4, 0, -4, -4, -5, 0, -1, -1, -4, -2, 7, -5, -3, -3, 0,\r
547       10, -2, -3, -4, -2, -8\r
548   },\r
549       {\r
550       0, -2, -2, -2, -2, -2, -2, -1, -2, 4, 2, -2, 2, -1, -1, -1, 0, -6,\r
551       -2, 4, -2, -2, -1, -8\r
552   },\r
553       {\r
554       0, -1, 2, 3, -4, 1, 3, 0, 1, -2, -3, 1, -2, -4, -1, 0, 0, -5, -3, -2,\r
555       3, 2, -1, -8\r
556   },\r
557       {\r
558       0, 0, 1, 3, -5, 3, 3, 0, 2, -2, -3, 0, -2, -5, 0, 0, -1, -6, -4, -2,\r
559       2, 3, -1, -8\r
560   },\r
561       {\r
562       0, -1, 0, -1, -3, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -2, -1, 0, 0, -4,\r
563       -2, -1, -1, -1, -1, -8\r
564   },\r
565       {\r
566       -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8,\r
567       -8, -8, -8, -8, -8, -8, 1\r
568   },\r
569   };\r
570   public static final Hashtable ssHash = new Hashtable(); // stores the number value of the aa\r
571 \r
572   static\r
573   {\r
574     ssHash.put("H", Color.magenta);\r
575     ssHash.put("E", Color.yellow);\r
576     ssHash.put("-", Color.white);\r
577     ssHash.put(".", Color.white);\r
578     ssHash.put("S", Color.cyan);\r
579     ssHash.put("T", Color.blue);\r
580     ssHash.put("G", Color.pink);\r
581     ssHash.put("I", Color.pink);\r
582     ssHash.put("B", Color.yellow);\r
583   }\r
584 \r
585   static final int[][] DNA =\r
586       {\r
587       {\r
588       5, -4, -4, -4, 1}, // C\r
589       {\r
590       -4, 5, -4, -4, 1}, // T\r
591       {\r
592       -4, -4, 5, -4, 1}, // A\r
593       {\r
594       -4, -4, -4, 5, 1}, // G\r
595       {\r
596       1, 1, 1, 1, 1}, // -\r
597   };\r
598   public static final Color[] pidColours =\r
599       {\r
600       midBlue, new Color(153, 153, 255),\r
601       //    Color.lightGray,\r
602       new Color(204, 204, 255),\r
603   };\r
604   public static final float[] pidThresholds =\r
605       {\r
606       80, 60, 40, };\r
607   public static Hashtable codonHash = new Hashtable();\r
608   public static Vector Lys = new Vector();\r
609   public static Vector Asn = new Vector();\r
610   public static Vector Gln = new Vector();\r
611   public static Vector His = new Vector();\r
612   public static Vector Glu = new Vector();\r
613   public static Vector Asp = new Vector();\r
614   public static Vector Tyr = new Vector();\r
615   public static Vector Thr = new Vector();\r
616   public static Vector Pro = new Vector();\r
617   public static Vector Ala = new Vector();\r
618   public static Vector Ser = new Vector();\r
619   public static Vector Arg = new Vector();\r
620   public static Vector Gly = new Vector();\r
621   public static Vector Trp = new Vector();\r
622   public static Vector Cys = new Vector();\r
623   public static Vector Ile = new Vector();\r
624   public static Vector Met = new Vector();\r
625   public static Vector Leu = new Vector();\r
626   public static Vector Val = new Vector();\r
627   public static Vector Phe = new Vector();\r
628   public static Vector STOP = new Vector();\r
629 \r
630   static\r
631   {\r
632     codonHash.put("K", Lys);\r
633     codonHash.put("N", Asn);\r
634     codonHash.put("Q", Gln);\r
635     codonHash.put("H", His);\r
636     codonHash.put("E", Glu);\r
637     codonHash.put("D", Asp);\r
638     codonHash.put("Y", Tyr);\r
639     codonHash.put("T", Thr);\r
640     codonHash.put("P", Pro);\r
641     codonHash.put("A", Ala);\r
642     codonHash.put("S", Ser);\r
643     codonHash.put("R", Arg);\r
644     codonHash.put("G", Gly);\r
645     codonHash.put("W", Trp);\r
646     codonHash.put("C", Cys);\r
647     codonHash.put("I", Ile);\r
648     codonHash.put("M", Met);\r
649     codonHash.put("L", Leu);\r
650     codonHash.put("V", Val);\r
651     codonHash.put("F", Phe);\r
652     codonHash.put("STOP", STOP);\r
653   }\r
654 \r
655   public static Hashtable codonHash2 = new Hashtable();\r
656 \r
657   static\r
658   {\r
659     codonHash2.put("AAA", "K");\r
660     codonHash2.put("AAG", "K");\r
661     codonHash2.put("AAC", "N");\r
662     codonHash2.put("AAT", "N");\r
663 \r
664     codonHash2.put("CAA", "E");\r
665     codonHash2.put("CAG", "E");\r
666     codonHash2.put("CAC", "H");\r
667     codonHash2.put("CAT", "H");\r
668 \r
669     codonHash2.put("GAA", "Q");\r
670     codonHash2.put("GAG", "Q");\r
671     codonHash2.put("GAC", "D");\r
672     codonHash2.put("GAT", "D");\r
673 \r
674     codonHash2.put("TAC", "Y");\r
675     codonHash2.put("TAT", "Y");\r
676 \r
677     codonHash2.put("ACA", "T");\r
678     codonHash2.put("AAG", "T");\r
679     codonHash2.put("ACC", "T");\r
680     codonHash2.put("ACT", "T");\r
681 \r
682     codonHash2.put("CCA", "P");\r
683     codonHash2.put("CCG", "P");\r
684     codonHash2.put("CCC", "P");\r
685     codonHash2.put("CCT", "P");\r
686 \r
687     codonHash2.put("GCA", "A");\r
688     codonHash2.put("GCG", "A");\r
689     codonHash2.put("GCC", "A");\r
690     codonHash2.put("GCT", "A");\r
691 \r
692     codonHash2.put("TCA", "S");\r
693     codonHash2.put("TCG", "S");\r
694     codonHash2.put("TCC", "S");\r
695     codonHash2.put("TCT", "S");\r
696     codonHash2.put("AGC", "S");\r
697     codonHash2.put("AGT", "S");\r
698 \r
699     codonHash2.put("AGA", "R");\r
700     codonHash2.put("AGG", "R");\r
701     codonHash2.put("CGA", "R");\r
702     codonHash2.put("CGG", "R");\r
703     codonHash2.put("CGC", "R");\r
704     codonHash2.put("CGT", "R");\r
705 \r
706     codonHash2.put("GGA", "G");\r
707     codonHash2.put("GGG", "G");\r
708     codonHash2.put("GGC", "G");\r
709     codonHash2.put("GGT", "G");\r
710 \r
711     codonHash2.put("TGA", "*");\r
712     codonHash2.put("TAA", "*");\r
713     codonHash2.put("TAG", "*");\r
714 \r
715     codonHash2.put("TGG", "W");\r
716 \r
717     codonHash2.put("TGC", "C");\r
718     codonHash2.put("TGT", "C");\r
719 \r
720     codonHash2.put("ATA", "I");\r
721     codonHash2.put("ATC", "I");\r
722     codonHash2.put("ATT", "I");\r
723 \r
724     codonHash2.put("ATG", "M");\r
725 \r
726     codonHash2.put("CTA", "L");\r
727     codonHash2.put("CTG", "L");\r
728     codonHash2.put("CTC", "L");\r
729     codonHash2.put("CTT", "L");\r
730     codonHash2.put("TTA", "L");\r
731     codonHash2.put("TTG", "L");\r
732 \r
733     codonHash2.put("GTA", "V");\r
734     codonHash2.put("GTG", "V");\r
735     codonHash2.put("GTC", "V");\r
736     codonHash2.put("GTT", "V");\r
737 \r
738     codonHash2.put("TTC", "F");\r
739     codonHash2.put("TTT", "F");\r
740   }\r
741 \r
742   static\r
743   {\r
744     Lys.addElement("AAA");\r
745     Lys.addElement("AAG");\r
746     Asn.addElement("AAC");\r
747     Asn.addElement("AAT");\r
748 \r
749     Gln.addElement("CAA");\r
750     Gln.addElement("CAG");\r
751     His.addElement("CAC");\r
752     His.addElement("CAT");\r
753 \r
754     Glu.addElement("GAA");\r
755     Glu.addElement("GAG");\r
756     Asp.addElement("GAC");\r
757     Asp.addElement("GAT");\r
758 \r
759     Tyr.addElement("TAC");\r
760     Tyr.addElement("TAT");\r
761 \r
762     Thr.addElement("ACA");\r
763     Thr.addElement("ACG");\r
764     Thr.addElement("ACC");\r
765     Thr.addElement("ACT");\r
766 \r
767     Pro.addElement("CCA");\r
768     Pro.addElement("CCG");\r
769     Pro.addElement("CCC");\r
770     Pro.addElement("CCT");\r
771 \r
772     Ala.addElement("GCA");\r
773     Ala.addElement("GCG");\r
774     Ala.addElement("GCC");\r
775     Ala.addElement("GCT");\r
776 \r
777     Ser.addElement("TCA");\r
778     Ser.addElement("TCG");\r
779     Ser.addElement("TCC");\r
780     Ser.addElement("TCT");\r
781     Ser.addElement("AGC");\r
782     Ser.addElement("AGT");\r
783 \r
784     Arg.addElement("AGA");\r
785     Arg.addElement("AGG");\r
786     Arg.addElement("CGA");\r
787     Arg.addElement("CGG");\r
788     Arg.addElement("CGC");\r
789     Arg.addElement("CGT");\r
790 \r
791     Gly.addElement("GGA");\r
792     Gly.addElement("GGG");\r
793     Gly.addElement("GGC");\r
794     Gly.addElement("GGT");\r
795 \r
796     STOP.addElement("TGA");\r
797     STOP.addElement("TAA");\r
798     STOP.addElement("TAG");\r
799 \r
800     Trp.addElement("TGG");\r
801 \r
802     Cys.addElement("TGC");\r
803     Cys.addElement("TGT");\r
804 \r
805     Ile.addElement("ATA");\r
806     Ile.addElement("ATC");\r
807     Ile.addElement("ATT");\r
808 \r
809     Met.addElement("ATG");\r
810 \r
811     Leu.addElement("CTA");\r
812     Leu.addElement("CTG");\r
813     Leu.addElement("CTC");\r
814     Leu.addElement("CTT");\r
815     Leu.addElement("TTA");\r
816     Leu.addElement("TTG");\r
817 \r
818     Val.addElement("GTA");\r
819     Val.addElement("GTG");\r
820     Val.addElement("GTC");\r
821     Val.addElement("GTT");\r
822 \r
823     Phe.addElement("TTC");\r
824     Phe.addElement("TTT");\r
825   }\r
826 \r
827   public static Color[][] groupColors =\r
828       {\r
829       {\r
830       Color.red, Color.red.brighter(), Color.red.brighter().brighter()},\r
831       {\r
832       Color.orange, Color.orange.brighter(),\r
833       Color.orange.brighter().brighter()\r
834   },\r
835       {\r
836       Color.green, Color.green.brighter(), Color.green.brighter().brighter()},\r
837       {\r
838       Color.blue, Color.blue.brighter(), Color.blue.brighter().brighter()},\r
839       {\r
840       Color.magenta, Color.magenta.brighter(),\r
841       Color.magenta.brighter().brighter()\r
842   },\r
843       {\r
844       Color.cyan, Color.cyan.brighter(), Color.cyan.brighter().brighter()},\r
845       {\r
846       Color.pink, Color.pink.brighter(), Color.pink.brighter().brighter()},\r
847   };\r
848 \r
849   //Stores residue codes/names and colours and other things\r
850   public static Hashtable propHash = new Hashtable();\r
851   public static Hashtable hydrophobic = new Hashtable();\r
852   public static Hashtable polar = new Hashtable();\r
853   public static Hashtable small = new Hashtable();\r
854   public static Hashtable positive = new Hashtable();\r
855   public static Hashtable negative = new Hashtable();\r
856   public static Hashtable charged = new Hashtable();\r
857   public static Hashtable aromatic = new Hashtable();\r
858   public static Hashtable aliphatic = new Hashtable();\r
859   public static Hashtable tiny = new Hashtable();\r
860   public static Hashtable proline = new Hashtable();\r
861 \r
862   static\r
863   {\r
864     hydrophobic.put("I", new Integer(1));\r
865     hydrophobic.put("L", new Integer(1));\r
866     hydrophobic.put("V", new Integer(1));\r
867     hydrophobic.put("C", new Integer(1));\r
868     hydrophobic.put("A", new Integer(1));\r
869     hydrophobic.put("G", new Integer(1));\r
870     hydrophobic.put("M", new Integer(1));\r
871     hydrophobic.put("F", new Integer(1));\r
872     hydrophobic.put("Y", new Integer(1));\r
873     hydrophobic.put("W", new Integer(1));\r
874     hydrophobic.put("H", new Integer(1));\r
875     hydrophobic.put("K", new Integer(1));\r
876     hydrophobic.put("X", new Integer(1));\r
877     hydrophobic.put("-", new Integer(1));\r
878     hydrophobic.put("*", new Integer(1));\r
879     hydrophobic.put("R", new Integer(0));\r
880     hydrophobic.put("E", new Integer(0));\r
881     hydrophobic.put("Q", new Integer(0));\r
882     hydrophobic.put("D", new Integer(0));\r
883     hydrophobic.put("N", new Integer(0));\r
884     hydrophobic.put("S", new Integer(0));\r
885     hydrophobic.put("T", new Integer(0));\r
886     hydrophobic.put("P", new Integer(0));\r
887   }\r
888 \r
889   static\r
890   {\r
891     polar.put("Y", new Integer(1));\r
892     polar.put("W", new Integer(1));\r
893     polar.put("H", new Integer(1));\r
894     polar.put("K", new Integer(1));\r
895     polar.put("R", new Integer(1));\r
896     polar.put("E", new Integer(1));\r
897     polar.put("Q", new Integer(1));\r
898     polar.put("D", new Integer(1));\r
899     polar.put("N", new Integer(1));\r
900     polar.put("S", new Integer(1));\r
901     polar.put("T", new Integer(1));\r
902     polar.put("X", new Integer(1));\r
903     polar.put("-", new Integer(1));\r
904     polar.put("*", new Integer(1));\r
905     polar.put("I", new Integer(0));\r
906     polar.put("L", new Integer(0));\r
907     polar.put("V", new Integer(0));\r
908     polar.put("C", new Integer(0));\r
909     polar.put("A", new Integer(0));\r
910     polar.put("G", new Integer(0));\r
911     polar.put("M", new Integer(0));\r
912     polar.put("F", new Integer(0));\r
913     polar.put("P", new Integer(0));\r
914   }\r
915 \r
916   static\r
917   {\r
918     small.put("I", new Integer(0));\r
919     small.put("L", new Integer(0));\r
920     small.put("V", new Integer(1));\r
921     small.put("C", new Integer(1));\r
922     small.put("A", new Integer(1));\r
923     small.put("G", new Integer(1));\r
924     small.put("M", new Integer(0));\r
925     small.put("F", new Integer(0));\r
926     small.put("Y", new Integer(0));\r
927     small.put("W", new Integer(0));\r
928     small.put("H", new Integer(0));\r
929     small.put("K", new Integer(0));\r
930     small.put("R", new Integer(0));\r
931     small.put("E", new Integer(0));\r
932     small.put("Q", new Integer(0));\r
933     small.put("D", new Integer(1));\r
934     small.put("N", new Integer(1));\r
935     small.put("S", new Integer(1));\r
936     small.put("T", new Integer(1));\r
937     small.put("P", new Integer(1));\r
938     small.put("-", new Integer(1));\r
939     small.put("*", new Integer(1));\r
940   }\r
941 \r
942   static\r
943   {\r
944     positive.put("I", new Integer(0));\r
945     positive.put("L", new Integer(0));\r
946     positive.put("V", new Integer(0));\r
947     positive.put("C", new Integer(0));\r
948     positive.put("A", new Integer(0));\r
949     positive.put("G", new Integer(0));\r
950     positive.put("M", new Integer(0));\r
951     positive.put("F", new Integer(0));\r
952     positive.put("Y", new Integer(0));\r
953     positive.put("W", new Integer(0));\r
954     positive.put("H", new Integer(1));\r
955     positive.put("K", new Integer(1));\r
956     positive.put("R", new Integer(1));\r
957     positive.put("E", new Integer(0));\r
958     positive.put("Q", new Integer(0));\r
959     positive.put("D", new Integer(0));\r
960     positive.put("N", new Integer(0));\r
961     positive.put("S", new Integer(0));\r
962     positive.put("T", new Integer(0));\r
963     positive.put("P", new Integer(0));\r
964     positive.put("-", new Integer(1));\r
965     positive.put("*", new Integer(1));\r
966   }\r
967 \r
968   static\r
969   {\r
970     negative.put("I", new Integer(0));\r
971     negative.put("L", new Integer(0));\r
972     negative.put("V", new Integer(0));\r
973     negative.put("C", new Integer(0));\r
974     negative.put("A", new Integer(0));\r
975     negative.put("G", new Integer(0));\r
976     negative.put("M", new Integer(0));\r
977     negative.put("F", new Integer(0));\r
978     negative.put("Y", new Integer(0));\r
979     negative.put("W", new Integer(0));\r
980     negative.put("H", new Integer(0));\r
981     negative.put("K", new Integer(0));\r
982     negative.put("R", new Integer(0));\r
983     negative.put("E", new Integer(1));\r
984     negative.put("Q", new Integer(0));\r
985     negative.put("D", new Integer(1));\r
986     negative.put("N", new Integer(0));\r
987     negative.put("S", new Integer(0));\r
988     negative.put("T", new Integer(0));\r
989     negative.put("P", new Integer(0));\r
990     negative.put("-", new Integer(1));\r
991     negative.put("*", new Integer(1));\r
992   }\r
993 \r
994   static\r
995   {\r
996     charged.put("I", new Integer(0));\r
997     charged.put("L", new Integer(0));\r
998     charged.put("V", new Integer(0));\r
999     charged.put("C", new Integer(0));\r
1000     charged.put("A", new Integer(0));\r
1001     charged.put("G", new Integer(0));\r
1002     charged.put("M", new Integer(0));\r
1003     charged.put("F", new Integer(0));\r
1004     charged.put("Y", new Integer(0));\r
1005     charged.put("W", new Integer(0));\r
1006     charged.put("H", new Integer(1));\r
1007     charged.put("K", new Integer(1));\r
1008     charged.put("R", new Integer(1));\r
1009     charged.put("E", new Integer(1));\r
1010     charged.put("Q", new Integer(0));\r
1011     charged.put("D", new Integer(1));\r
1012     charged.put("N", new Integer(1));\r
1013     charged.put("S", new Integer(0));\r
1014     charged.put("T", new Integer(0));\r
1015     charged.put("P", new Integer(0));\r
1016     charged.put("-", new Integer(1));\r
1017     charged.put("*", new Integer(1));\r
1018   }\r
1019 \r
1020   static\r
1021   {\r
1022     aromatic.put("I", new Integer(0));\r
1023     aromatic.put("L", new Integer(0));\r
1024     aromatic.put("V", new Integer(0));\r
1025     aromatic.put("C", new Integer(0));\r
1026     aromatic.put("A", new Integer(0));\r
1027     aromatic.put("G", new Integer(0));\r
1028     aromatic.put("M", new Integer(0));\r
1029     aromatic.put("F", new Integer(1));\r
1030     aromatic.put("Y", new Integer(1));\r
1031     aromatic.put("W", new Integer(1));\r
1032     aromatic.put("H", new Integer(1));\r
1033     aromatic.put("K", new Integer(0));\r
1034     aromatic.put("R", new Integer(0));\r
1035     aromatic.put("E", new Integer(0));\r
1036     aromatic.put("Q", new Integer(0));\r
1037     aromatic.put("D", new Integer(0));\r
1038     aromatic.put("N", new Integer(0));\r
1039     aromatic.put("S", new Integer(0));\r
1040     aromatic.put("T", new Integer(0));\r
1041     aromatic.put("P", new Integer(0));\r
1042     aromatic.put("-", new Integer(1));\r
1043     aromatic.put("*", new Integer(1));\r
1044   }\r
1045 \r
1046   static\r
1047   {\r
1048     aliphatic.put("I", new Integer(1));\r
1049     aliphatic.put("L", new Integer(1));\r
1050     aliphatic.put("V", new Integer(1));\r
1051     aliphatic.put("C", new Integer(0));\r
1052     aliphatic.put("A", new Integer(0));\r
1053     aliphatic.put("G", new Integer(0));\r
1054     aliphatic.put("M", new Integer(0));\r
1055     aliphatic.put("F", new Integer(0));\r
1056     aliphatic.put("Y", new Integer(0));\r
1057     aliphatic.put("W", new Integer(0));\r
1058     aliphatic.put("H", new Integer(0));\r
1059     aliphatic.put("K", new Integer(0));\r
1060     aliphatic.put("R", new Integer(0));\r
1061     aliphatic.put("E", new Integer(0));\r
1062     aliphatic.put("Q", new Integer(0));\r
1063     aliphatic.put("D", new Integer(0));\r
1064     aliphatic.put("N", new Integer(0));\r
1065     aliphatic.put("S", new Integer(0));\r
1066     aliphatic.put("T", new Integer(0));\r
1067     aliphatic.put("P", new Integer(0));\r
1068     aliphatic.put("-", new Integer(1));\r
1069     aliphatic.put("*", new Integer(1));\r
1070   }\r
1071 \r
1072   static\r
1073   {\r
1074     tiny.put("I", new Integer(0));\r
1075     tiny.put("L", new Integer(0));\r
1076     tiny.put("V", new Integer(0));\r
1077     tiny.put("C", new Integer(0));\r
1078     tiny.put("A", new Integer(1));\r
1079     tiny.put("G", new Integer(1));\r
1080     tiny.put("M", new Integer(0));\r
1081     tiny.put("F", new Integer(0));\r
1082     tiny.put("Y", new Integer(0));\r
1083     tiny.put("W", new Integer(0));\r
1084     tiny.put("H", new Integer(0));\r
1085     tiny.put("K", new Integer(0));\r
1086     tiny.put("R", new Integer(0));\r
1087     tiny.put("E", new Integer(0));\r
1088     tiny.put("Q", new Integer(0));\r
1089     tiny.put("D", new Integer(0));\r
1090     tiny.put("N", new Integer(0));\r
1091     tiny.put("S", new Integer(1));\r
1092     tiny.put("T", new Integer(0));\r
1093     tiny.put("P", new Integer(0));\r
1094     tiny.put("-", new Integer(1));\r
1095     tiny.put("*", new Integer(1));\r
1096   }\r
1097 \r
1098   static\r
1099   {\r
1100     proline.put("I", new Integer(0));\r
1101     proline.put("L", new Integer(0));\r
1102     proline.put("V", new Integer(0));\r
1103     proline.put("C", new Integer(0));\r
1104     proline.put("A", new Integer(0));\r
1105     proline.put("G", new Integer(0));\r
1106     proline.put("M", new Integer(0));\r
1107     proline.put("F", new Integer(0));\r
1108     proline.put("Y", new Integer(0));\r
1109     proline.put("W", new Integer(0));\r
1110     proline.put("H", new Integer(0));\r
1111     proline.put("K", new Integer(0));\r
1112     proline.put("R", new Integer(0));\r
1113     proline.put("E", new Integer(0));\r
1114     proline.put("Q", new Integer(0));\r
1115     proline.put("D", new Integer(0));\r
1116     proline.put("N", new Integer(0));\r
1117     proline.put("S", new Integer(0));\r
1118     proline.put("T", new Integer(0));\r
1119     proline.put("P", new Integer(1));\r
1120     proline.put("-", new Integer(1));\r
1121     proline.put("*", new Integer(1));\r
1122   }\r
1123 \r
1124   static\r
1125   {\r
1126     propHash.put("hydrophobic", hydrophobic);\r
1127     propHash.put("small", small);\r
1128     propHash.put("positive", positive);\r
1129     propHash.put("negative", negative);\r
1130     propHash.put("charged", charged);\r
1131     propHash.put("aromatic", aromatic);\r
1132     propHash.put("aliphatic", aliphatic);\r
1133     propHash.put("tiny", tiny);\r
1134     propHash.put("proline", proline);\r
1135     propHash.put("polar", polar);\r
1136   }\r
1137 \r
1138   private ResidueProperties()\r
1139   {\r
1140   }\r
1141 \r
1142   public static double getHydmax()\r
1143   {\r
1144     return hydmax;\r
1145   }\r
1146 \r
1147   public static double getHydmin()\r
1148   {\r
1149     return hydmin;\r
1150   }\r
1151 \r
1152   public static double[] getHyd()\r
1153   {\r
1154     return hyd;\r
1155   }\r
1156 \r
1157   public static Hashtable getAAHash()\r
1158   {\r
1159     return aaHash;\r
1160   }\r
1161 \r
1162   public static Hashtable getAA3Hash()\r
1163   {\r
1164     return aa3Hash;\r
1165   }\r
1166 \r
1167   public static int[][] getDNA()\r
1168   {\r
1169     return ResidueProperties.DNA;\r
1170   }\r
1171 \r
1172   public static int[][] getBLOSUM62()\r
1173   {\r
1174     return ResidueProperties.BLOSUM62;\r
1175   }\r
1176 \r
1177   public static int getPAM250(String A1, String A2)\r
1178   {\r
1179     Integer pog1 = (Integer) aaHash.get(A1);\r
1180     Integer pog2 = (Integer) aaHash.get(A2);\r
1181     int pog = ResidueProperties.PAM250[pog1.intValue()][pog2.intValue()];\r
1182 \r
1183     return pog;\r
1184   }\r
1185 \r
1186   public static int getBLOSUM62(String A1, String A2)\r
1187   {\r
1188     int pog = 0;\r
1189 \r
1190     try\r
1191     {\r
1192       Integer pog1 = (Integer) aaHash.get(A1);\r
1193       Integer pog2 = (Integer) aaHash.get(A2);\r
1194       pog = ResidueProperties.BLOSUM62[pog1.intValue()][pog2.intValue()];\r
1195     }\r
1196     catch (Exception e)\r
1197     {\r
1198       //System.out.println("Unknown residue in " + A1 + " " + A2);\r
1199     }\r
1200 \r
1201     return pog;\r
1202   }\r
1203 \r
1204   public static Vector getCodons(String res)\r
1205   {\r
1206     if (codonHash.containsKey(res))\r
1207     {\r
1208       return (Vector) codonHash.get(res);\r
1209     }\r
1210 \r
1211     return null;\r
1212   }\r
1213 \r
1214   public static String codonTranslate(String codon)\r
1215   {\r
1216     Enumeration e = codonHash.keys();\r
1217 \r
1218     while (e.hasMoreElements())\r
1219     {\r
1220       String key = (String) e.nextElement();\r
1221       Vector tmp = (Vector) codonHash.get(key);\r
1222 \r
1223       if (tmp.contains(codon.toUpperCase()))\r
1224       {\r
1225         return key;\r
1226       }\r
1227     }\r
1228 \r
1229     return null;\r
1230   }\r
1231 }\r