src/jalview/schemes/ResidueProperties.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.schemes;\r
  20 \r
  21 import java.util.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 \r
  25 public class ResidueProperties\r
  26 {\r
  27   //Stores residue codes/names and colours and other things\r
  28   public static final Hashtable aaHash = new Hashtable(); // stores the number value of the aa\r
  29   public static final Hashtable aa3Hash = new Hashtable();\r
  30   public static final Hashtable aa2Triplet = new Hashtable();\r
  31   public static final Hashtable nucleotideHash = new Hashtable();\r
  32 \r
  33   static\r
  34   {\r
  35     aaHash.put("A", new Integer(0));\r
  36     aaHash.put("R", new Integer(1));\r
  37     aaHash.put("N", new Integer(2));\r
  38     aaHash.put("D", new Integer(3));\r
  39     aaHash.put("C", new Integer(4));\r
  40     aaHash.put("Q", new Integer(5));\r
  41     aaHash.put("E", new Integer(6));\r
  42     aaHash.put("G", new Integer(7));\r
  43     aaHash.put("H", new Integer(8));\r
  44     aaHash.put("I", new Integer(9));\r
  45     aaHash.put("L", new Integer(10));\r
  46     aaHash.put("K", new Integer(11));\r
  47     aaHash.put("M", new Integer(12));\r
  48     aaHash.put("F", new Integer(13));\r
  49     aaHash.put("P", new Integer(14));\r
  50     aaHash.put("S", new Integer(15));\r
  51     aaHash.put("T", new Integer(16));\r
  52     aaHash.put("W", new Integer(17));\r
  53     aaHash.put("Y", new Integer(18));\r
  54     aaHash.put("V", new Integer(19));\r
  55     aaHash.put("B", new Integer(20));\r
  56     aaHash.put("Z", new Integer(21));\r
  57     aaHash.put("X", new Integer(22));\r
  58     aaHash.put("a", new Integer(0));\r
  59     aaHash.put("r", new Integer(1));\r
  60     aaHash.put("n", new Integer(2));\r
  61     aaHash.put("d", new Integer(3));\r
  62     aaHash.put("c", new Integer(4));\r
  63     aaHash.put("q", new Integer(5));\r
  64     aaHash.put("e", new Integer(6));\r
  65     aaHash.put("g", new Integer(7));\r
  66     aaHash.put("h", new Integer(8));\r
  67     aaHash.put("i", new Integer(9));\r
  68     aaHash.put("l", new Integer(10));\r
  69     aaHash.put("k", new Integer(11));\r
  70     aaHash.put("m", new Integer(12));\r
  71     aaHash.put("f", new Integer(13));\r
  72     aaHash.put("p", new Integer(14));\r
  73     aaHash.put("s", new Integer(15));\r
  74     aaHash.put("t", new Integer(16));\r
  75     aaHash.put("w", new Integer(17));\r
  76     aaHash.put("y", new Integer(18));\r
  77     aaHash.put("v", new Integer(19));\r
  78     aaHash.put("b", new Integer(20));\r
  79     aaHash.put("z", new Integer(21));\r
  80     aaHash.put("x", new Integer(22));\r
  81     aaHash.put("-", new Integer(23));\r
  82     aaHash.put("*", new Integer(23));\r
  83     aaHash.put(".", new Integer(23));\r
  84     aaHash.put(" ", new Integer(23));\r
  85   }\r
  86 \r
  87   static\r
  88   {\r
  89     nucleotideHash.put("A", new Integer(0));\r
  90     nucleotideHash.put("C", new Integer(1));\r
  91     nucleotideHash.put("G", new Integer(2));\r
  92     nucleotideHash.put("T", new Integer(3));\r
  93     nucleotideHash.put("U", new Integer(4));\r
  94     nucleotideHash.put("a", new Integer(0));\r
  95     nucleotideHash.put("c", new Integer(1));\r
  96     nucleotideHash.put("g", new Integer(2));\r
  97     nucleotideHash.put("t", new Integer(3));\r
  98     nucleotideHash.put("u", new Integer(4));\r
  99   }\r
 100 \r
 101   // These numbers should correspond to the indices in the Color hashes\r
 102   public static final Hashtable aaSpecialsHash = new Hashtable();\r
 103 \r
 104   static\r
 105   {\r
 106     aaSpecialsHash.put("-", new Integer(23));\r
 107     aaSpecialsHash.put("*", new Integer(24));\r
 108     aaSpecialsHash.put(".", new Integer(25));\r
 109     aaSpecialsHash.put(" ", new Integer(26));\r
 110   }\r
 111 \r
 112   static\r
 113   {\r
 114     aa3Hash.put("ALA", new Integer(0));\r
 115     aa3Hash.put("ARG", new Integer(1));\r
 116     aa3Hash.put("ASN", new Integer(2));\r
 117     aa3Hash.put("ASP", new Integer(3)); //D\r
 118     aa3Hash.put("CYS", new Integer(4));\r
 119     aa3Hash.put("GLN", new Integer(5)); //Q\r
 120     aa3Hash.put("GLU", new Integer(6)); // E\r
 121     aa3Hash.put("GLY", new Integer(7));\r
 122     aa3Hash.put("HIS", new Integer(8));\r
 123     aa3Hash.put("ILE", new Integer(9));\r
 124     aa3Hash.put("LEU", new Integer(10));\r
 125     aa3Hash.put("LYS", new Integer(11));\r
 126     aa3Hash.put("MET", new Integer(12));\r
 127     aa3Hash.put("PHE", new Integer(13));\r
 128     aa3Hash.put("PRO", new Integer(14));\r
 129     aa3Hash.put("SER", new Integer(15));\r
 130     aa3Hash.put("THR", new Integer(16));\r
 131     aa3Hash.put("TRP", new Integer(17));\r
 132     aa3Hash.put("TYR", new Integer(18));\r
 133     aa3Hash.put("VAL", new Integer(19));\r
 134     aa3Hash.put("B", new Integer(20));\r
 135     aa3Hash.put("Z", new Integer(21));\r
 136     aa3Hash.put("X", new Integer(22));\r
 137     aa3Hash.put("-", new Integer(23));\r
 138     aa3Hash.put("*", new Integer(23));\r
 139     aa3Hash.put(".", new Integer(23));\r
 140     aa3Hash.put(" ", new Integer(23));\r
 141   }\r
 142 \r
 143   static\r
 144   {\r
 145     aa2Triplet.put("A", "ALA");\r
 146     aa2Triplet.put("a", "ALA");\r
 147     aa2Triplet.put("R", "ARG");\r
 148     aa2Triplet.put("r", "ARG");\r
 149     aa2Triplet.put("N", "ASN");\r
 150     aa2Triplet.put("n", "ASN");\r
 151     aa2Triplet.put("D", "ASP");\r
 152     aa2Triplet.put("d", "ASP");\r
 153     aa2Triplet.put("C", "CYS");\r
 154     aa2Triplet.put("c", "CYS");\r
 155     aa2Triplet.put("Q", "GLN");\r
 156     aa2Triplet.put("q", "GLN");\r
 157     aa2Triplet.put("E", "GLU");\r
 158     aa2Triplet.put("e", "GLU");\r
 159     aa2Triplet.put("G", "GLY");\r
 160     aa2Triplet.put("g", "GLY");\r
 161     aa2Triplet.put("H", "HIS");\r
 162     aa2Triplet.put("h", "HIS");\r
 163     aa2Triplet.put("I", "ILE");\r
 164     aa2Triplet.put("i", "ILE");\r
 165     aa2Triplet.put("L", "LEU");\r
 166     aa2Triplet.put("l", "LEU");\r
 167     aa2Triplet.put("K", "LYS");\r
 168     aa2Triplet.put("k", "LYS");\r
 169     aa2Triplet.put("M", "MET");\r
 170     aa2Triplet.put("m", "MET");\r
 171     aa2Triplet.put("F", "PHE");\r
 172     aa2Triplet.put("f", "PHE");\r
 173     aa2Triplet.put("P", "PRO");\r
 174     aa2Triplet.put("p", "PRO");\r
 175     aa2Triplet.put("S", "SER");\r
 176     aa2Triplet.put("s", "SER");\r
 177     aa2Triplet.put("T", "THR");\r
 178     aa2Triplet.put("t", "THR");\r
 179     aa2Triplet.put("W", "TRP");\r
 180     aa2Triplet.put("w", "TRP");\r
 181     aa2Triplet.put("Y", "TYR");\r
 182     aa2Triplet.put("y", "TYR");\r
 183     aa2Triplet.put("V", "VAL");\r
 184     aa2Triplet.put("v", "VAL");\r
 185   }\r
 186 \r
 187   public static final String[] aa =\r
 188       {\r
 189       "A", "R", "N", "D", "C", "Q", "E", "G", "H", "I", "L", "K", "M", "F",\r
 190       "P", "S", "T", "W", "Y", "V", "B", "Z", "X", "_", "*", ".", " "\r
 191   };\r
 192   public static final Color midBlue = new Color(100, 100, 255);\r
 193   public static final Vector scaleColours = new Vector();\r
 194 \r
 195   static\r
 196   {\r
 197     scaleColours.addElement(new Color(114, 0, 147));\r
 198     scaleColours.addElement(new Color(156, 0, 98));\r
 199     scaleColours.addElement(new Color(190, 0, 0));\r
 200     scaleColours.addElement(Color.red);\r
 201     scaleColours.addElement(new Color(255, 125, 0));\r
 202     scaleColours.addElement(Color.orange);\r
 203     scaleColours.addElement(new Color(255, 194, 85));\r
 204     scaleColours.addElement(Color.yellow);\r
 205     scaleColours.addElement(new Color(255, 255, 181));\r
 206     scaleColours.addElement(Color.white);\r
 207   }\r
 208 \r
 209   public static final Color[] taylor =\r
 210       {\r
 211       new Color(204, 255, 0), // A  Greenish-yellowy-yellow\r
 212       new Color(0, 0, 255), // R  Blueish-bluey-blue\r
 213       new Color(204, 0, 255), // N  Blueish-reddy-blue\r
 214       new Color(255, 0, 0), // D  Reddish-reddy-red\r
 215       new Color(255, 255, 0), // C  Yellowish-yellowy-yellow\r
 216       new Color(255, 0, 204), // Q  Reddish-bluey-red\r
 217       new Color(255, 0, 102), // E  Blueish-reddy-red\r
 218       new Color(255, 153, 0), // G  Yellowy-reddy-yellow\r
 219       new Color(0, 102, 255), // H  Greenish-bluey-blue\r
 220       new Color(102, 255, 0), // I  Greenish-yellowy-green\r
 221       new Color(51, 255, 0), // L  Yellowish-greeny-green\r
 222       new Color(102, 0, 255), // K  Reddish-bluey-blue\r
 223       new Color(0, 255, 0), // M  Greenish-greeny-green\r
 224       new Color(0, 255, 102), // F  Blueish-greeny-green\r
 225       new Color(255, 204, 0), // P  Reddish-yellowy-yellow\r
 226       new Color(255, 51, 0), // S  Yellowish-reddy-red\r
 227       new Color(255, 102, 0), // T  Reddish-yellowy-red\r
 228       new Color(0, 204, 255), // W  Blueish-greeny-green\r
 229       new Color(0, 255, 204), // Y  Greenish-bluey-green\r
 230       new Color(153, 255, 0), // V  Yellowish-greeny-yellow\r
 231       Color.white, // B\r
 232       Color.white, // Z\r
 233       Color.white, // X\r
 234       Color.white, // -\r
 235       Color.white, // *\r
 236       Color.white // .\r
 237   };\r
 238   public static final Color[] nucleotide =\r
 239       {\r
 240       new Color(100, 247, 63), // A\r
 241       new Color(255, 179, 64), // C\r
 242       new Color(235, 65, 60), // G\r
 243       new Color(60, 136, 238), // T\r
 244       new Color(60, 136, 238) // U\r
 245   };\r
 246   public static final Color[] color =\r
 247       {\r
 248       Color.pink, // A\r
 249       midBlue, // R\r
 250       Color.green, // N\r
 251       Color.red, // D\r
 252       Color.yellow, // C\r
 253       Color.green, // Q\r
 254       Color.red, // E\r
 255       Color.magenta, // G\r
 256       Color.red, // H\r
 257       Color.pink, // I\r
 258       Color.pink, // L\r
 259       midBlue, // K\r
 260       Color.pink, // M\r
 261       Color.orange, // F\r
 262       Color.magenta, // P\r
 263       Color.green, // S\r
 264       Color.green, // T\r
 265       Color.orange, // W\r
 266       Color.orange, // Y\r
 267       Color.pink, // V\r
 268       Color.white, // B\r
 269       Color.white, // Z\r
 270       Color.white, // X\r
 271       Color.white, // -\r
 272       Color.white, // *\r
 273       Color.white, // .\r
 274       Color.white // ' '\r
 275   };\r
 276 \r
 277   // Dunno where I got these numbers from\r
 278   public static final double[] hyd2 =\r
 279       {\r
 280       0.62, //A\r
 281       0.29, //R\r
 282       -0.90, //N\r
 283       -0.74, //D\r
 284       1.19, //C\r
 285       0.48, //Q\r
 286       -0.40, //E\r
 287       1.38, //G\r
 288       -1.50, //H\r
 289       1.06, //I\r
 290       0.64, //L\r
 291       -0.78, //K\r
 292       0.12, //M\r
 293       -0.85, //F\r
 294       -2.53, //P\r
 295       -0.18, //S\r
 296       -0.05, //T\r
 297       1.08, //W\r
 298       0.81, //Y\r
 299       0.0, //V\r
 300       0.26, //B\r
 301       0.0, //Z\r
 302       0.0 //X\r
 303   };\r
 304   public static final double[] helix =\r
 305       {\r
 306       1.42, 0.98, 0.67, 1.01, 0.70, 1.11, 1.51, 0.57, 1.00, 1.08, 1.21, 1.16,\r
 307       1.45, 1.13, 0.57, 0.77, 0.83, 1.08, 0.69, 1.06, 0.84, 1.31, 1.00, 0.0\r
 308   };\r
 309   public static final double helixmin = 0.57;\r
 310   public static final double helixmax = 1.51;\r
 311   public static final double[] strand =\r
 312       {\r
 313       0.83, 0.93, 0.89, 0.54, 1.19, 1.10, 0.37, 0.75, 0.87, 1.60, 1.30, 0.74,\r
 314       1.05, 1.38, 0.55, 0.75, 1.19, 1.37, 1.47, 1.70, 0.72, 0.74, 1.0, 0.0\r
 315   };\r
 316   public static final double strandmin = 0.37;\r
 317   public static final double strandmax = 1.7;\r
 318   public static final double[] turn =\r
 319       {\r
 320       0.66, 0.95, 1.56, 1.46, 1.19, 0.98, 0.74, 1.56, 0.95, 0.47, 0.59, 1.01,\r
 321       0.60, 0.60, 1.52, 1.43, 0.96, 0.96, 1.14, 0.50, 1.51, 0.86, 1.00, 0, 0\r
 322   };\r
 323   public static final double turnmin = 0.47;\r
 324   public static final double turnmax = 1.56;\r
 325   public static final double[] buried =\r
 326       {\r
 327       1.7, 0.1, 0.4, 0.4, 4.6, 0.3, 0.3, 1.8, 0.8, 3.1, 2.4, 0.05, 1.9, 2.2,\r
 328       0.6, 0.8, 0.7, 1.6, 0.5, 2.9, 0.4, 0.3, 1.358, 0.00\r
 329   };\r
 330   public static final double buriedmin = 0.05;\r
 331   public static final double buriedmax = 4.6;\r
 332 \r
 333   // This is hydropathy index\r
 334   // Kyte, J., and Doolittle, R.F., J. Mol. Biol.\r
 335   // 1157, 105-132, 1982\r
 336   public static final double[] hyd =\r
 337       {\r
 338       1.8, -4.5, -3.5, -3.5, 2.5, -3.5, -3.5, -0.4, -3.2, 4.5, 3.8, -3.9, 1.9,\r
 339       2.8, -1.6, -0.8, -0.7, -0.9, -1.3, 4.2, -3.5, -3.5, -0.49, 0.0\r
 340   };\r
 341   public static final double hydmax = 4.5;\r
 342   public static final double hydmin = -3.9;\r
 343 \r
 344   //public static final double hydmax = 1.38;\r
 345   //public static final double hydmin = -2.53;\r
 346   static final int[][] BLOSUM62 =\r
 347       {\r
 348       {\r
 349       4, -1, -2, -2, 0, -1, -1, 0, -2, -1, -1, -1, -1, -2, -1, 1, 0, -3,\r
 350       -2, 0, -2, -1, 0, -4\r
 351   },\r
 352       {\r
 353       -1, 5, 0, -2, -3, 1, 0, -2, 0, -3, -2, 2, -1, -3, -2, -1, -1, -3, -2,\r
 354       -3, -1, 0, -1, -4\r
 355   },\r
 356       {\r
 357       -2, 0, 6, 1, -3, 0, 0, 0, 1, -3, -3, 0, -2, -3, -2, 1, 0, -4, -2, -3,\r
 358       3, 0, -1, -4\r
 359   },\r
 360       {\r
 361       -2, -2, 1, 6, -3, 0, 2, -1, -1, -3, -4, -1, -3, -3, -1, 0, -1, -4,\r
 362       -3, -3, 4, 1, -1, -4\r
 363   },\r
 364       {\r
 365       0, 3, -3, -3, 9, -3, -4, -3, -3, -1, -1, -3, -1, -2, -3, -1, -1, -2,\r
 366       -2, -1, -3, -3, -2, -4\r
 367   },\r
 368       {\r
 369       -1, 1, 0, 0, -3, 5, 2, -2, 0, -3, -2, 1, 0, -3, -1, 0, -1, -2, -1,\r
 370       -2, 0, 3, -1, -4\r
 371   },\r
 372       {\r
 373       -1, 0, 0, 2, -4, 2, 5, -2, 0, -3, -3, 1, -2, -3, -1, 0, -1, -3, -2,\r
 374       -2, 1, 4, -1, -4\r
 375   },\r
 376       {\r
 377       0, -2, 0, -1, -3, -2, -2, 6, -2, -4, -4, -2, -3, -3, -2, 0, -2, -2,\r
 378       -3, -3, -1, -2, -1, -4\r
 379   },\r
 380       {\r
 381       -2, 0, 1, -1, -3, 0, 0, -2, 8, -3, -3, -1, -2, -1, -2, -1, -2, -2, 2,\r
 382       -3, 0, 0, -1, -4\r
 383   },\r
 384       {\r
 385       -1, -3, -3, -3, -1, -3, -3, -4, -3, 4, 2, -3, 1, 0, -3, -2, -1, -3,\r
 386       -1, 3, -3, -3, -1, -4\r
 387   },\r
 388       {\r
 389       -1, -2, -3, -4, -1, -2, -3, -4, -3, 2, 4, -2, 2, 0, -3, -2, -1, -2,\r
 390       -1, 1, -4, -3, -1, -4\r
 391   },\r
 392       {\r
 393       -1, 2, 0, -1, -3, 1, 1, -2, -1, -3, -2, 5, -1, -3, -1, 0, -1, -3, -2,\r
 394       -2, 0, 1, -1, -4\r
 395   },\r
 396       {\r
 397       -1, -1, -2, -3, -1, 0, -2, -3, -2, 1, 2, -1, 5, 0, -2, -1, -1, -1,\r
 398       -1, 1, -3, -1, -1, -4\r
 399   },\r
 400       {\r
 401       -2, -3, -3, -3, -2, -3, -3, -3, -1, 0, 0, -3, 0, 6, -4, -2, -2, 1, 3,\r
 402       -1, -3, -3, -1, -4\r
 403   },\r
 404       {\r
 405       -1, -2, -2, -1, -3, -1, -1, -2, -2, -3, -3, -1, -2, -4, 7, -1, -1,\r
 406       -4, -3, -2, -2, -1, -2, -4\r
 407   },\r
 408       {\r
 409       1, -1, 1, 0, -1, 0, 0, 0, -1, -2, -2, 0, -1, -2, -1, 4, 1, -3, -2,\r
 410       -2, 0, 0, 0, -4\r
 411   },\r
 412       {\r
 413       0, -1, 0, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -1, -1, -1, -1, -2, -1, 1, 5, -2,\r
 414       -2, 0, -1, -1, 0, -4\r
 415   },\r
 416       {\r
 417       -3, -3, -4, -4, -2, -2, -3, -2, -2, -3, -2, -3, -1, 1, -4, -3, -2,\r
 418       11, 2, -3, -4, -3, -2, -4\r
 419   },\r
 420       {\r
 421       -2, -2, -2, -3, -2, -1, -2, -3, 2, -1, -1, -2, -1, 3, -3, -2, -2, 2,\r
 422       7, -1, -3, -2, -1, -4\r
 423   },\r
 424       {\r
 425       0, -3, -3, -3, -1, -2, -2, -3, -3, 3, 1, -2, 1, -1, -2, -2, 0, -3,\r
 426       -1, 4, -3, -2, -1, -4\r
 427   },\r
 428       {\r
 429       -2, -1, 3, 4, -3, 0, 1, -1, 0, -3, -4, 0, -3, -3, -2, 0, -1, -4, -3,\r
 430       -3, 4, 1, -1, -4\r
 431   },\r
 432       {\r
 433       -1, 0, 0, 1, -3, 3, 4, -2, 0, -3, -3, 1, -1, -3, -1, 0, -1, -3, -2,\r
 434       -2, 1, 4, -1, -4\r
 435   },\r
 436       {\r
 437       0, -1, -1, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -2, 0, 0, -2,\r
 438       -1, -1, -1, -1, -1, -4\r
 439   },\r
 440       {\r
 441       -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4,\r
 442       -4, -4, -4, -4, -4, -4, 1\r
 443   },\r
 444   };\r
 445   static final int[][] PAM250 =\r
 446       {\r
 447       {\r
 448       2, -2, 0, 0, -2, 0, 0, 1, -1, -1, -2, -1, -1, -3, 1, 1, 1, -6, -3, 0,\r
 449       0, 0, 0, -8\r
 450   },\r
 451       {\r
 452       -2, 6, 0, -1, -4, 1, -1, -3, 2, -2, -3, 3, 0, -4, 0, 0, -1, 2, -4,\r
 453       -2, -1, 0, -1, -8\r
 454   },\r
 455       {\r
 456       0, 0, 2, 2, -4, 1, 1, 0, 2, -2, -3, 1, -2, -3, 0, 1, 0, -4, -2, -2,\r
 457       2, 1, 0, -8\r
 458   },\r
 459       {\r
 460       0, -1, 2, 4, -5, 2, 3, 1, 1, -2, -4, 0, -3, -6, -1, 0, 0, -7, -4, -2,\r
 461       3, 3, -1, -8\r
 462   },\r
 463       {\r
 464       -2, -4, -4, -5, 12, -5, -5, -3, -3, -2, -6, -5, -5, -4, -3, 0, -2,\r
 465       -8, 0, -2, -4, -5, -3, -8\r
 466   },\r
 467       {\r
 468       0, 1, 1, 2, -5, 4, 2, -1, 3, -2, -2, 1, -1, -5, 0, -1, -1, -5, -4,\r
 469       -2, 1, 3, -1, -8\r
 470   },\r
 471       {\r
 472       0, -1, 1, 3, -5, 2, 4, 0, 1, -2, -3, 0, -2, -5, -1, 0, 0, -7, -4, -2,\r
 473       3, 3, -1, -8\r
 474   },\r
 475       {\r
 476       1, -3, 0, 1, -3, -1, 0, 5, -2, -3, -4, -2, -3, -5, 0, 1, 0, -7, -5,\r
 477       -1, 0, 0, -1, -8\r
 478   },\r
 479       {\r
 480       -1, 2, 2, 1, -3, 3, 1, -2, 6, -2, -2, 0, -2, -2, 0, -1, -1, -3, 0,\r
 481       -2, 1, 2, -1, -8\r
 482   },\r
 483       {\r
 484       -1, -2, -2, -2, -2, -2, -2, -3, -2, 5, 2, -2, 2, 1, -2, -1, 0, -5,\r
 485       -1, 4, -2, -2, -1, -8\r
 486   },\r
 487       {\r
 488       -2, -3, -3, -4, -6, -2, -3, -4, -2, 2, 6, -3, 4, 2, -3, -3, -2, -2,\r
 489       -1, 2, -3, -3, -1, -8\r
 490   },\r
 491       {\r
 492       -1, 3, 1, 0, -5, 1, 0, -2, 0, -2, -3, 5, 0, -5, -1, 0, 0, -3, -4, -2,\r
 493       1, 0, -1, -8\r
 494   },\r
 495       {\r
 496       -1, 0, -2, -3, -5, -1, -2, -3, -2, 2, 4, 0, 6, 0, -2, -2, -1, -4, -2,\r
 497       2, -2, -2, -1, -8\r
 498   },\r
 499       {\r
 500       -3, -4, -3, -6, -4, -5, -5, -5, -2, 1, 2, -5, 0, 9, -5, -3, -3, 0, 7,\r
 501       -1, -4, -5, -2, -8\r
 502   },\r
 503       {\r
 504       1, 0, 0, -1, -3, 0, -1, 0, 0, -2, -3, -1, -2, -5, 6, 1, 0, -6, -5,\r
 505       -1, -1, 0, -1, -8\r
 506   },\r
 507       {\r
 508       1, 0, 1, 0, 0, -1, 0, 1, -1, -1, -3, 0, -2, -3, 1, 2, 1, -2, -3, -1,\r
 509       0, 0, 0, -8\r
 510   },\r
 511       {\r
 512       1, -1, 0, 0, -2, -1, 0, 0, -1, 0, -2, 0, -1, -3, 0, 1, 3, -5, -3, 0,\r
 513       0, -1, 0, -8\r
 514   },\r
 515       {\r
 516       -6, 2, -4, -7, -8, -5, -7, -7, -3, -5, -2, -3, -4, 0, -6, -2, -5, 17,\r
 517       0, -6, -5, -6, -4, -8\r
 518   },\r
 519       {\r
 520       -3, -4, -2, -4, 0, -4, -4, -5, 0, -1, -1, -4, -2, 7, -5, -3, -3, 0,\r
 521       10, -2, -3, -4, -2, -8\r
 522   },\r
 523       {\r
 524       0, -2, -2, -2, -2, -2, -2, -1, -2, 4, 2, -2, 2, -1, -1, -1, 0, -6,\r
 525       -2, 4, -2, -2, -1, -8\r
 526   },\r
 527       {\r
 528       0, -1, 2, 3, -4, 1, 3, 0, 1, -2, -3, 1, -2, -4, -1, 0, 0, -5, -3, -2,\r
 529       3, 2, -1, -8\r
 530   },\r
 531       {\r
 532       0, 0, 1, 3, -5, 3, 3, 0, 2, -2, -3, 0, -2, -5, 0, 0, -1, -6, -4, -2,\r
 533       2, 3, -1, -8\r
 534   },\r
 535       {\r
 536       0, -1, 0, -1, -3, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -2, -1, 0, 0, -4,\r
 537       -2, -1, -1, -1, -1, -8\r
 538   },\r
 539       {\r
 540       -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8,\r
 541       -8, -8, -8, -8, -8, -8, 1\r
 542   },\r
 543   };\r
 544   public static final Hashtable ssHash = new Hashtable(); // stores the number value of the aa\r
 545 \r
 546   static\r
 547   {\r
 548     ssHash.put("H", Color.magenta);\r
 549     ssHash.put("E", Color.yellow);\r
 550     ssHash.put("-", Color.white);\r
 551     ssHash.put(".", Color.white);\r
 552     ssHash.put("S", Color.cyan);\r
 553     ssHash.put("T", Color.blue);\r
 554     ssHash.put("G", Color.pink);\r
 555     ssHash.put("I", Color.pink);\r
 556     ssHash.put("B", Color.yellow);\r
 557   }\r
 558 \r
 559   static final int[][] DNA =\r
 560       {\r
 561       {\r
 562       5, -4, -4, -4, 1}, // C\r
 563       {\r
 564       -4, 5, -4, -4, 1}, // T\r
 565       {\r
 566       -4, -4, 5, -4, 1}, // A\r
 567       {\r
 568       -4, -4, -4, 5, 1}, // G\r
 569       {\r
 570       1, 1, 1, 1, 1}, // -\r
 571   };\r
 572   public static final Color[] pidColours =\r
 573       {\r
 574       midBlue, new Color(153, 153, 255),\r
 575       //    Color.lightGray,\r
 576       new Color(204, 204, 255),\r
 577   };\r
 578   public static final float[] pidThresholds =\r
 579       {\r
 580       80, 60, 40, };\r
 581   public static Hashtable codonHash = new Hashtable();\r
 582   public static Vector Lys = new Vector();\r
 583   public static Vector Asn = new Vector();\r
 584   public static Vector Gln = new Vector();\r
 585   public static Vector His = new Vector();\r
 586   public static Vector Glu = new Vector();\r
 587   public static Vector Asp = new Vector();\r
 588   public static Vector Tyr = new Vector();\r
 589   public static Vector Thr = new Vector();\r
 590   public static Vector Pro = new Vector();\r
 591   public static Vector Ala = new Vector();\r
 592   public static Vector Ser = new Vector();\r
 593   public static Vector Arg = new Vector();\r
 594   public static Vector Gly = new Vector();\r
 595   public static Vector Trp = new Vector();\r
 596   public static Vector Cys = new Vector();\r
 597   public static Vector Ile = new Vector();\r
 598   public static Vector Met = new Vector();\r
 599   public static Vector Leu = new Vector();\r
 600   public static Vector Val = new Vector();\r
 601   public static Vector Phe = new Vector();\r
 602   public static Vector STOP = new Vector();\r
 603 \r
 604   static\r
 605   {\r
 606     codonHash.put("K", Lys);\r
 607     codonHash.put("N", Asn);\r
 608     codonHash.put("Q", Gln);\r
 609     codonHash.put("H", His);\r
 610     codonHash.put("E", Glu);\r
 611     codonHash.put("D", Asp);\r
 612     codonHash.put("Y", Tyr);\r
 613     codonHash.put("T", Thr);\r
 614     codonHash.put("P", Pro);\r
 615     codonHash.put("A", Ala);\r
 616     codonHash.put("S", Ser);\r
 617     codonHash.put("R", Arg);\r
 618     codonHash.put("G", Gly);\r
 619     codonHash.put("W", Trp);\r
 620     codonHash.put("C", Cys);\r
 621     codonHash.put("I", Ile);\r
 622     codonHash.put("M", Met);\r
 623     codonHash.put("L", Leu);\r
 624     codonHash.put("V", Val);\r
 625     codonHash.put("F", Phe);\r
 626     codonHash.put("STOP", STOP);\r
 627   }\r
 628 \r
 629   public static Hashtable codonHash2 = new Hashtable();\r
 630 \r
 631   static\r
 632   {\r
 633     codonHash2.put("AAA", "K");\r
 634     codonHash2.put("AAG", "K");\r
 635     codonHash2.put("AAC", "N");\r
 636     codonHash2.put("AAT", "N");\r
 637 \r
 638     codonHash2.put("CAA", "E");\r
 639     codonHash2.put("CAG", "E");\r
 640     codonHash2.put("CAC", "H");\r
 641     codonHash2.put("CAT", "H");\r
 642 \r
 643     codonHash2.put("GAA", "Q");\r
 644     codonHash2.put("GAG", "Q");\r
 645     codonHash2.put("GAC", "D");\r
 646     codonHash2.put("GAT", "D");\r
 647 \r
 648     codonHash2.put("TAC", "Y");\r
 649     codonHash2.put("TAT", "Y");\r
 650 \r
 651     codonHash2.put("ACA", "T");\r
 652     codonHash2.put("AAG", "T");\r
 653     codonHash2.put("ACC", "T");\r
 654     codonHash2.put("ACT", "T");\r
 655 \r
 656     codonHash2.put("CCA", "P");\r
 657     codonHash2.put("CCG", "P");\r
 658     codonHash2.put("CCC", "P");\r
 659     codonHash2.put("CCT", "P");\r
 660 \r
 661     codonHash2.put("GCA", "A");\r
 662     codonHash2.put("GCG", "A");\r
 663     codonHash2.put("GCC", "A");\r
 664     codonHash2.put("GCT", "A");\r
 665 \r
 666     codonHash2.put("TCA", "S");\r
 667     codonHash2.put("TCG", "S");\r
 668     codonHash2.put("TCC", "S");\r
 669     codonHash2.put("TCT", "S");\r
 670     codonHash2.put("AGC", "S");\r
 671     codonHash2.put("AGT", "S");\r
 672 \r
 673     codonHash2.put("AGA", "R");\r
 674     codonHash2.put("AGG", "R");\r
 675     codonHash2.put("CGA", "R");\r
 676     codonHash2.put("CGG", "R");\r
 677     codonHash2.put("CGC", "R");\r
 678     codonHash2.put("CGT", "R");\r
 679 \r
 680     codonHash2.put("GGA", "G");\r
 681     codonHash2.put("GGG", "G");\r
 682     codonHash2.put("GGC", "G");\r
 683     codonHash2.put("GGT", "G");\r
 684 \r
 685     codonHash2.put("TGA", "*");\r
 686     codonHash2.put("TAA", "*");\r
 687     codonHash2.put("TAG", "*");\r
 688 \r
 689     codonHash2.put("TGG", "W");\r
 690 \r
 691     codonHash2.put("TGC", "C");\r
 692     codonHash2.put("TGT", "C");\r
 693 \r
 694     codonHash2.put("ATA", "I");\r
 695     codonHash2.put("ATC", "I");\r
 696     codonHash2.put("ATT", "I");\r
 697 \r
 698     codonHash2.put("ATG", "M");\r
 699 \r
 700     codonHash2.put("CTA", "L");\r
 701     codonHash2.put("CTG", "L");\r
 702     codonHash2.put("CTC", "L");\r
 703     codonHash2.put("CTT", "L");\r
 704     codonHash2.put("TTA", "L");\r
 705     codonHash2.put("TTG", "L");\r
 706 \r
 707     codonHash2.put("GTA", "V");\r
 708     codonHash2.put("GTG", "V");\r
 709     codonHash2.put("GTC", "V");\r
 710     codonHash2.put("GTT", "V");\r
 711 \r
 712     codonHash2.put("TTC", "F");\r
 713     codonHash2.put("TTT", "F");\r
 714   }\r
 715 \r
 716   static\r
 717   {\r
 718     Lys.addElement("AAA");\r
 719     Lys.addElement("AAG");\r
 720     Asn.addElement("AAC");\r
 721     Asn.addElement("AAT");\r
 722 \r
 723     Gln.addElement("CAA");\r
 724     Gln.addElement("CAG");\r
 725     His.addElement("CAC");\r
 726     His.addElement("CAT");\r
 727 \r
 728     Glu.addElement("GAA");\r
 729     Glu.addElement("GAG");\r
 730     Asp.addElement("GAC");\r
 731     Asp.addElement("GAT");\r
 732 \r
 733     Tyr.addElement("TAC");\r
 734     Tyr.addElement("TAT");\r
 735 \r
 736     Thr.addElement("ACA");\r
 737     Thr.addElement("ACG");\r
 738     Thr.addElement("ACC");\r
 739     Thr.addElement("ACT");\r
 740 \r
 741     Pro.addElement("CCA");\r
 742     Pro.addElement("CCG");\r
 743     Pro.addElement("CCC");\r
 744     Pro.addElement("CCT");\r
 745 \r
 746     Ala.addElement("GCA");\r
 747     Ala.addElement("GCG");\r
 748     Ala.addElement("GCC");\r
 749     Ala.addElement("GCT");\r
 750 \r
 751     Ser.addElement("TCA");\r
 752     Ser.addElement("TCG");\r
 753     Ser.addElement("TCC");\r
 754     Ser.addElement("TCT");\r
 755     Ser.addElement("AGC");\r
 756     Ser.addElement("AGT");\r
 757 \r
 758     Arg.addElement("AGA");\r
 759     Arg.addElement("AGG");\r
 760     Arg.addElement("CGA");\r
 761     Arg.addElement("CGG");\r
 762     Arg.addElement("CGC");\r
 763     Arg.addElement("CGT");\r
 764 \r
 765     Gly.addElement("GGA");\r
 766     Gly.addElement("GGG");\r
 767     Gly.addElement("GGC");\r
 768     Gly.addElement("GGT");\r
 769 \r
 770     STOP.addElement("TGA");\r
 771     STOP.addElement("TAA");\r
 772     STOP.addElement("TAG");\r
 773 \r
 774     Trp.addElement("TGG");\r
 775 \r
 776     Cys.addElement("TGC");\r
 777     Cys.addElement("TGT");\r
 778 \r
 779     Ile.addElement("ATA");\r
 780     Ile.addElement("ATC");\r
 781     Ile.addElement("ATT");\r
 782 \r
 783     Met.addElement("ATG");\r
 784 \r
 785     Leu.addElement("CTA");\r
 786     Leu.addElement("CTG");\r
 787     Leu.addElement("CTC");\r
 788     Leu.addElement("CTT");\r
 789     Leu.addElement("TTA");\r
 790     Leu.addElement("TTG");\r
 791 \r
 792     Val.addElement("GTA");\r
 793     Val.addElement("GTG");\r
 794     Val.addElement("GTC");\r
 795     Val.addElement("GTT");\r
 796 \r
 797     Phe.addElement("TTC");\r
 798     Phe.addElement("TTT");\r
 799   }\r
 800 \r
 801   public static Color[][] groupColors =\r
 802       {\r
 803       {\r
 804       Color.red, Color.red.brighter(), Color.red.brighter().brighter()},\r
 805       {\r
 806       Color.orange, Color.orange.brighter(),\r
 807       Color.orange.brighter().brighter()\r
 808   },\r
 809       {\r
 810       Color.green, Color.green.brighter(), Color.green.brighter().brighter()},\r
 811       {\r
 812       Color.blue, Color.blue.brighter(), Color.blue.brighter().brighter()},\r
 813       {\r
 814       Color.magenta, Color.magenta.brighter(),\r
 815       Color.magenta.brighter().brighter()\r
 816   },\r
 817       {\r
 818       Color.cyan, Color.cyan.brighter(), Color.cyan.brighter().brighter()},\r
 819       {\r
 820       Color.pink, Color.pink.brighter(), Color.pink.brighter().brighter()},\r
 821   };\r
 822 \r
 823   //Stores residue codes/names and colours and other things\r
 824   public static Hashtable propHash = new Hashtable();\r
 825   public static Hashtable hydrophobic = new Hashtable();\r
 826   public static Hashtable polar = new Hashtable();\r
 827   public static Hashtable small = new Hashtable();\r
 828   public static Hashtable positive = new Hashtable();\r
 829   public static Hashtable negative = new Hashtable();\r
 830   public static Hashtable charged = new Hashtable();\r
 831   public static Hashtable aromatic = new Hashtable();\r
 832   public static Hashtable aliphatic = new Hashtable();\r
 833   public static Hashtable tiny = new Hashtable();\r
 834   public static Hashtable proline = new Hashtable();\r
 835 \r
 836   static\r
 837   {\r
 838     hydrophobic.put("I", new Integer(1));\r
 839     hydrophobic.put("L", new Integer(1));\r
 840     hydrophobic.put("V", new Integer(1));\r
 841     hydrophobic.put("C", new Integer(1));\r
 842     hydrophobic.put("A", new Integer(1));\r
 843     hydrophobic.put("G", new Integer(1));\r
 844     hydrophobic.put("M", new Integer(1));\r
 845     hydrophobic.put("F", new Integer(1));\r
 846     hydrophobic.put("Y", new Integer(1));\r
 847     hydrophobic.put("W", new Integer(1));\r
 848     hydrophobic.put("H", new Integer(1));\r
 849     hydrophobic.put("K", new Integer(1));\r
 850     hydrophobic.put("X", new Integer(1));\r
 851     hydrophobic.put("-", new Integer(1));\r
 852     hydrophobic.put("*", new Integer(1));\r
 853     hydrophobic.put("R", new Integer(0));\r
 854     hydrophobic.put("E", new Integer(0));\r
 855     hydrophobic.put("Q", new Integer(0));\r
 856     hydrophobic.put("D", new Integer(0));\r
 857     hydrophobic.put("N", new Integer(0));\r
 858     hydrophobic.put("S", new Integer(0));\r
 859     hydrophobic.put("T", new Integer(0));\r
 860     hydrophobic.put("P", new Integer(0));\r
 861   }\r
 862 \r
 863   static\r
 864   {\r
 865     polar.put("Y", new Integer(1));\r
 866     polar.put("W", new Integer(1));\r
 867     polar.put("H", new Integer(1));\r
 868     polar.put("K", new Integer(1));\r
 869     polar.put("R", new Integer(1));\r
 870     polar.put("E", new Integer(1));\r
 871     polar.put("Q", new Integer(1));\r
 872     polar.put("D", new Integer(1));\r
 873     polar.put("N", new Integer(1));\r
 874     polar.put("S", new Integer(1));\r
 875     polar.put("T", new Integer(1));\r
 876     polar.put("X", new Integer(1));\r
 877     polar.put("-", new Integer(1));\r
 878     polar.put("*", new Integer(1));\r
 879     polar.put("I", new Integer(0));\r
 880     polar.put("L", new Integer(0));\r
 881     polar.put("V", new Integer(0));\r
 882     polar.put("C", new Integer(0));\r
 883     polar.put("A", new Integer(0));\r
 884     polar.put("G", new Integer(0));\r
 885     polar.put("M", new Integer(0));\r
 886     polar.put("F", new Integer(0));\r
 887     polar.put("P", new Integer(0));\r
 888   }\r
 889 \r
 890   static\r
 891   {\r
 892     small.put("I", new Integer(0));\r
 893     small.put("L", new Integer(0));\r
 894     small.put("V", new Integer(1));\r
 895     small.put("C", new Integer(1));\r
 896     small.put("A", new Integer(1));\r
 897     small.put("G", new Integer(1));\r
 898     small.put("M", new Integer(0));\r
 899     small.put("F", new Integer(0));\r
 900     small.put("Y", new Integer(0));\r
 901     small.put("W", new Integer(0));\r
 902     small.put("H", new Integer(0));\r
 903     small.put("K", new Integer(0));\r
 904     small.put("R", new Integer(0));\r
 905     small.put("E", new Integer(0));\r
 906     small.put("Q", new Integer(0));\r
 907     small.put("D", new Integer(1));\r
 908     small.put("N", new Integer(1));\r
 909     small.put("S", new Integer(1));\r
 910     small.put("T", new Integer(1));\r
 911     small.put("P", new Integer(1));\r
 912     small.put("-", new Integer(1));\r
 913     small.put("*", new Integer(1));\r
 914   }\r
 915 \r
 916   static\r
 917   {\r
 918     positive.put("I", new Integer(0));\r
 919     positive.put("L", new Integer(0));\r
 920     positive.put("V", new Integer(0));\r
 921     positive.put("C", new Integer(0));\r
 922     positive.put("A", new Integer(0));\r
 923     positive.put("G", new Integer(0));\r
 924     positive.put("M", new Integer(0));\r
 925     positive.put("F", new Integer(0));\r
 926     positive.put("Y", new Integer(0));\r
 927     positive.put("W", new Integer(0));\r
 928     positive.put("H", new Integer(1));\r
 929     positive.put("K", new Integer(1));\r
 930     positive.put("R", new Integer(1));\r
 931     positive.put("E", new Integer(0));\r
 932     positive.put("Q", new Integer(0));\r
 933     positive.put("D", new Integer(0));\r
 934     positive.put("N", new Integer(0));\r
 935     positive.put("S", new Integer(0));\r
 936     positive.put("T", new Integer(0));\r
 937     positive.put("P", new Integer(0));\r
 938     positive.put("-", new Integer(1));\r
 939     positive.put("*", new Integer(1));\r
 940   }\r
 941 \r
 942   static\r
 943   {\r
 944     negative.put("I", new Integer(0));\r
 945     negative.put("L", new Integer(0));\r
 946     negative.put("V", new Integer(0));\r
 947     negative.put("C", new Integer(0));\r
 948     negative.put("A", new Integer(0));\r
 949     negative.put("G", new Integer(0));\r
 950     negative.put("M", new Integer(0));\r
 951     negative.put("F", new Integer(0));\r
 952     negative.put("Y", new Integer(0));\r
 953     negative.put("W", new Integer(0));\r
 954     negative.put("H", new Integer(0));\r
 955     negative.put("K", new Integer(0));\r
 956     negative.put("R", new Integer(0));\r
 957     negative.put("E", new Integer(1));\r
 958     negative.put("Q", new Integer(0));\r
 959     negative.put("D", new Integer(1));\r
 960     negative.put("N", new Integer(0));\r
 961     negative.put("S", new Integer(0));\r
 962     negative.put("T", new Integer(0));\r
 963     negative.put("P", new Integer(0));\r
 964     negative.put("-", new Integer(1));\r
 965     negative.put("*", new Integer(1));\r
 966   }\r
 967 \r
 968   static\r
 969   {\r
 970     charged.put("I", new Integer(0));\r
 971     charged.put("L", new Integer(0));\r
 972     charged.put("V", new Integer(0));\r
 973     charged.put("C", new Integer(0));\r
 974     charged.put("A", new Integer(0));\r
 975     charged.put("G", new Integer(0));\r
 976     charged.put("M", new Integer(0));\r
 977     charged.put("F", new Integer(0));\r
 978     charged.put("Y", new Integer(0));\r
 979     charged.put("W", new Integer(0));\r
 980     charged.put("H", new Integer(1));\r
 981     charged.put("K", new Integer(1));\r
 982     charged.put("R", new Integer(1));\r
 983     charged.put("E", new Integer(1));\r
 984     charged.put("Q", new Integer(0));\r
 985     charged.put("D", new Integer(1));\r
 986     charged.put("N", new Integer(1));\r
 987     charged.put("S", new Integer(0));\r
 988     charged.put("T", new Integer(0));\r
 989     charged.put("P", new Integer(0));\r
 990     charged.put("-", new Integer(1));\r
 991     charged.put("*", new Integer(1));\r
 992   }\r
 993 \r
 994   static\r
 995   {\r
 996     aromatic.put("I", new Integer(0));\r
 997     aromatic.put("L", new Integer(0));\r
 998     aromatic.put("V", new Integer(0));\r
 999     aromatic.put("C", new Integer(0));\r
1000     aromatic.put("A", new Integer(0));\r
1001     aromatic.put("G", new Integer(0));\r
1002     aromatic.put("M", new Integer(0));\r
1003     aromatic.put("F", new Integer(1));\r
1004     aromatic.put("Y", new Integer(1));\r
1005     aromatic.put("W", new Integer(1));\r
1006     aromatic.put("H", new Integer(1));\r
1007     aromatic.put("K", new Integer(0));\r
1008     aromatic.put("R", new Integer(0));\r
1009     aromatic.put("E", new Integer(0));\r
1010     aromatic.put("Q", new Integer(0));\r
1011     aromatic.put("D", new Integer(0));\r
1012     aromatic.put("N", new Integer(0));\r
1013     aromatic.put("S", new Integer(0));\r
1014     aromatic.put("T", new Integer(0));\r
1015     aromatic.put("P", new Integer(0));\r
1016     aromatic.put("-", new Integer(1));\r
1017     aromatic.put("*", new Integer(1));\r
1018   }\r
1019 \r
1020   static\r
1021   {\r
1022     aliphatic.put("I", new Integer(1));\r
1023     aliphatic.put("L", new Integer(1));\r
1024     aliphatic.put("V", new Integer(1));\r
1025     aliphatic.put("C", new Integer(0));\r
1026     aliphatic.put("A", new Integer(0));\r
1027     aliphatic.put("G", new Integer(0));\r
1028     aliphatic.put("M", new Integer(0));\r
1029     aliphatic.put("F", new Integer(0));\r
1030     aliphatic.put("Y", new Integer(0));\r
1031     aliphatic.put("W", new Integer(0));\r
1032     aliphatic.put("H", new Integer(0));\r
1033     aliphatic.put("K", new Integer(0));\r
1034     aliphatic.put("R", new Integer(0));\r
1035     aliphatic.put("E", new Integer(0));\r
1036     aliphatic.put("Q", new Integer(0));\r
1037     aliphatic.put("D", new Integer(0));\r
1038     aliphatic.put("N", new Integer(0));\r
1039     aliphatic.put("S", new Integer(0));\r
1040     aliphatic.put("T", new Integer(0));\r
1041     aliphatic.put("P", new Integer(0));\r
1042     aliphatic.put("-", new Integer(1));\r
1043     aliphatic.put("*", new Integer(1));\r
1044   }\r
1045 \r
1046   static\r
1047   {\r
1048     tiny.put("I", new Integer(0));\r
1049     tiny.put("L", new Integer(0));\r
1050     tiny.put("V", new Integer(0));\r
1051     tiny.put("C", new Integer(0));\r
1052     tiny.put("A", new Integer(1));\r
1053     tiny.put("G", new Integer(1));\r
1054     tiny.put("M", new Integer(0));\r
1055     tiny.put("F", new Integer(0));\r
1056     tiny.put("Y", new Integer(0));\r
1057     tiny.put("W", new Integer(0));\r
1058     tiny.put("H", new Integer(0));\r
1059     tiny.put("K", new Integer(0));\r
1060     tiny.put("R", new Integer(0));\r
1061     tiny.put("E", new Integer(0));\r
1062     tiny.put("Q", new Integer(0));\r
1063     tiny.put("D", new Integer(0));\r
1064     tiny.put("N", new Integer(0));\r
1065     tiny.put("S", new Integer(1));\r
1066     tiny.put("T", new Integer(0));\r
1067     tiny.put("P", new Integer(0));\r
1068     tiny.put("-", new Integer(1));\r
1069     tiny.put("*", new Integer(1));\r
1070   }\r
1071 \r
1072   static\r
1073   {\r
1074     proline.put("I", new Integer(0));\r
1075     proline.put("L", new Integer(0));\r
1076     proline.put("V", new Integer(0));\r
1077     proline.put("C", new Integer(0));\r
1078     proline.put("A", new Integer(0));\r
1079     proline.put("G", new Integer(0));\r
1080     proline.put("M", new Integer(0));\r
1081     proline.put("F", new Integer(0));\r
1082     proline.put("Y", new Integer(0));\r
1083     proline.put("W", new Integer(0));\r
1084     proline.put("H", new Integer(0));\r
1085     proline.put("K", new Integer(0));\r
1086     proline.put("R", new Integer(0));\r
1087     proline.put("E", new Integer(0));\r
1088     proline.put("Q", new Integer(0));\r
1089     proline.put("D", new Integer(0));\r
1090     proline.put("N", new Integer(0));\r
1091     proline.put("S", new Integer(0));\r
1092     proline.put("T", new Integer(0));\r
1093     proline.put("P", new Integer(1));\r
1094     proline.put("-", new Integer(1));\r
1095     proline.put("*", new Integer(1));\r
1096   }\r
1097 \r
1098   static\r
1099   {\r
1100     propHash.put("hydrophobic", hydrophobic);\r
1101     propHash.put("small", small);\r
1102     propHash.put("positive", positive);\r
1103     propHash.put("negative", negative);\r
1104     propHash.put("charged", charged);\r
1105     propHash.put("aromatic", aromatic);\r
1106     propHash.put("aliphatic", aliphatic);\r
1107     propHash.put("tiny", tiny);\r
1108     propHash.put("proline", proline);\r
1109     propHash.put("polar", polar);\r
1110   }\r
1111 \r
1112   public static Hashtable chainColours = new Hashtable();\r
1113 \r
1114   static\r
1115   {\r
1116     chainColours.put("A", Color.red);\r
1117     chainColours.put("B", Color.orange);\r
1118     chainColours.put("C", Color.yellow);\r
1119     chainColours.put("D", Color.green);\r
1120     chainColours.put("E", Color.cyan);\r
1121     chainColours.put("F", Color.blue);\r
1122     chainColours.put("G", Color.magenta);\r
1123     chainColours.put("H", Color.pink);\r
1124   }\r
1125 \r
1126   private ResidueProperties()\r
1127   {\r
1128   }\r
1129 \r
1130   public static double getHydmax()\r
1131   {\r
1132     return hydmax;\r
1133   }\r
1134 \r
1135   public static double getHydmin()\r
1136   {\r
1137     return hydmin;\r
1138   }\r
1139 \r
1140   public static double[] getHyd()\r
1141   {\r
1142     return hyd;\r
1143   }\r
1144 \r
1145   public static Hashtable getAAHash()\r
1146   {\r
1147     return aaHash;\r
1148   }\r
1149 \r
1150   public static Hashtable getAA3Hash()\r
1151   {\r
1152     return aa3Hash;\r
1153   }\r
1154 \r
1155   public static int[][] getDNA()\r
1156   {\r
1157     return ResidueProperties.DNA;\r
1158   }\r
1159 \r
1160   public static int[][] getBLOSUM62()\r
1161   {\r
1162     return ResidueProperties.BLOSUM62;\r
1163   }\r
1164 \r
1165   public static int getPAM250(String A1, String A2)\r
1166   {\r
1167     Integer pog1 = (Integer) aaHash.get(A1);\r
1168     Integer pog2 = (Integer) aaHash.get(A2);\r
1169     int pog = ResidueProperties.PAM250[pog1.intValue()][pog2.intValue()];\r
1170 \r
1171     return pog;\r
1172   }\r
1173 \r
1174   public static int getBLOSUM62(String A1, String A2)\r
1175   {\r
1176     int pog = 0;\r
1177 \r
1178     try\r
1179     {\r
1180       Integer pog1 = (Integer) aaHash.get(A1);\r
1181       Integer pog2 = (Integer) aaHash.get(A2);\r
1182       pog = ResidueProperties.BLOSUM62[pog1.intValue()][pog2.intValue()];\r
1183     }\r
1184     catch (Exception e)\r
1185     {\r
1186       //System.out.println("Unknown residue in " + A1 + " " + A2);\r
1187     }\r
1188 \r
1189     return pog;\r
1190   }\r
1191 \r
1192   public static Vector getCodons(String res)\r
1193   {\r
1194     if (codonHash.containsKey(res))\r
1195     {\r
1196       return (Vector) codonHash.get(res);\r
1197     }\r
1198 \r
1199     return null;\r
1200   }\r
1201 \r
1202   public static String codonTranslate(String codon)\r
1203   {\r
1204     Enumeration e = codonHash.keys();\r
1205 \r
1206     while (e.hasMoreElements())\r
1207     {\r
1208       String key = (String) e.nextElement();\r
1209       Vector tmp = (Vector) codonHash.get(key);\r
1210 \r
1211       if (tmp.contains(codon))\r
1212       {\r
1213         return key;\r
1214       }\r
1215     }\r
1216 \r
1217     return null;\r
1218   }\r
1219 \r
1220   public static Hashtable getChainColours()\r
1221   {\r
1222     return chainColours;\r
1223   }\r
1224 }\r