src/jalview/schemes/ResidueProperties.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.schemes;
  22
  23 import jalview.analysis.GeneticCodes;
  24
  25 import java.awt.Color;
  26 import java.util.ArrayList;
  27 import java.util.Arrays;
  28 import java.util.Enumeration;
  29 import java.util.HashMap;
  30 import java.util.Hashtable;
  31 import java.util.List;
  32 import java.util.Map;
  33 import java.util.Vector;
  34
  35 public class ResidueProperties
  36 {
  37   // Stores residue codes/names and colours and other things
  38   public static final int[] aaIndex; // aaHash version 2.1.1 and below
  39
  40   public static final int[] nucleotideIndex;
  41
  42   public static final int[] purinepyrimidineIndex;
  43
  44   public static final Map<String, Integer> aa3Hash = new HashMap<>();
  45
  46   public static final Map<String, String> aa2Triplet = new HashMap<>();
  47
  48   public static final Map<String, String> nucleotideName = new HashMap<>();
  49
  50   // lookup from modified amino acid (e.g. MSE) to canonical form (e.g. MET)
  51   public static final Map<String, String> modifications = new HashMap<>();
  52
  53   static
  54   {
  55     aaIndex = new int[255];
  56     for (int i = 0; i < 255; i++)
  57     {
  58       aaIndex[i] = 23;
  59     }
  60
  61     aaIndex['A'] = 0;
  62     aaIndex['R'] = 1;
  63     aaIndex['N'] = 2;
  64     aaIndex['D'] = 3;
  65     aaIndex['C'] = 4;
  66     aaIndex['Q'] = 5;
  67     aaIndex['E'] = 6;
  68     aaIndex['G'] = 7;
  69     aaIndex['H'] = 8;
  70     aaIndex['I'] = 9;
  71     aaIndex['L'] = 10;
  72     aaIndex['K'] = 11;
  73     aaIndex['M'] = 12;
  74     aaIndex['F'] = 13;
  75     aaIndex['P'] = 14;
  76     aaIndex['S'] = 15;
  77     aaIndex['T'] = 16;
  78     aaIndex['W'] = 17;
  79     aaIndex['Y'] = 18;
  80     aaIndex['V'] = 19;
  81     aaIndex['B'] = 20;
  82     aaIndex['Z'] = 21;
  83     aaIndex['X'] = 22;
  84     aaIndex['U'] = 22;
  85     aaIndex['a'] = 0;
  86     aaIndex['r'] = 1;
  87     aaIndex['n'] = 2;
  88     aaIndex['d'] = 3;
  89     aaIndex['c'] = 4;
  90     aaIndex['q'] = 5;
  91     aaIndex['e'] = 6;
  92     aaIndex['g'] = 7;
  93     aaIndex['h'] = 8;
  94     aaIndex['i'] = 9;
  95     aaIndex['l'] = 10;
  96     aaIndex['k'] = 11;
  97     aaIndex['m'] = 12;
  98     aaIndex['f'] = 13;
  99     aaIndex['p'] = 14;
 100     aaIndex['s'] = 15;
 101     aaIndex['t'] = 16;
 102     aaIndex['w'] = 17;
 103     aaIndex['y'] = 18;
 104     aaIndex['v'] = 19;
 105     aaIndex['b'] = 20;
 106     aaIndex['z'] = 21;
 107     aaIndex['x'] = 22;
 108     aaIndex['u'] = 22; // TODO: selenocystine triplet and codons needed. also
 109     // extend subt. matrices
 110   }
 111
 112   /**
 113    * maximum (gap) index for matrices involving protein alphabet
 114    */
 115   public final static int maxProteinIndex = 23;
 116
 117   /**
 118    * maximum (gap) index for matrices involving nucleotide alphabet
 119    */
 120   public final static int maxNucleotideIndex = 10;
 121
 122   static
 123   {
 124     nucleotideIndex = new int[255];
 125     for (int i = 0; i < 255; i++)
 126     {
 127       nucleotideIndex[i] = 10; // non-nucleotide symbols are all non-gap gaps.
 128     }
 129
 130     nucleotideIndex['A'] = 0;
 131     nucleotideIndex['a'] = 0;
 132     nucleotideIndex['C'] = 1;
 133     nucleotideIndex['c'] = 1;
 134     nucleotideIndex['G'] = 2;
 135     nucleotideIndex['g'] = 2;
 136     nucleotideIndex['T'] = 3;
 137     nucleotideIndex['t'] = 3;
 138     nucleotideIndex['U'] = 4;
 139     nucleotideIndex['u'] = 4;
 140     nucleotideIndex['I'] = 5;
 141     nucleotideIndex['i'] = 5;
 142     nucleotideIndex['X'] = 6;
 143     nucleotideIndex['x'] = 6;
 144     nucleotideIndex['R'] = 7;
 145     nucleotideIndex['r'] = 7;
 146     nucleotideIndex['Y'] = 8;
 147     nucleotideIndex['y'] = 8;
 148     nucleotideIndex['N'] = 9;
 149     nucleotideIndex['n'] = 9;
 150
 151     nucleotideName.put("A", "Adenine");
 152     nucleotideName.put("a", "Adenine");
 153     nucleotideName.put("G", "Guanine");
 154     nucleotideName.put("g", "Guanine");
 155     nucleotideName.put("C", "Cytosine");
 156     nucleotideName.put("c", "Cytosine");
 157     nucleotideName.put("T", "Thymine");
 158     nucleotideName.put("t", "Thymine");
 159     nucleotideName.put("U", "Uracil");
 160     nucleotideName.put("u", "Uracil");
 161     nucleotideName.put("I", "Inosine");
 162     nucleotideName.put("i", "Inosine");
 163     nucleotideName.put("X", "Xanthine");
 164     nucleotideName.put("x", "Xanthine");
 165     nucleotideName.put("R", "Unknown Purine");
 166     nucleotideName.put("r", "Unknown Purine");
 167     nucleotideName.put("Y", "Unknown Pyrimidine");
 168     nucleotideName.put("y", "Unknown Pyrimidine");
 169     nucleotideName.put("N", "Unknown");
 170     nucleotideName.put("n", "Unknown");
 171     nucleotideName.put("W", "Weak nucleotide (A or T)");
 172     nucleotideName.put("w", "Weak nucleotide (A or T)");
 173     nucleotideName.put("S", "Strong nucleotide (G or C)");
 174     nucleotideName.put("s", "Strong nucleotide (G or C)");
 175     nucleotideName.put("M", "Amino (A or C)");
 176     nucleotideName.put("m", "Amino (A or C)");
 177     nucleotideName.put("K", "Keto (G or T)");
 178     nucleotideName.put("k", "Keto (G or T)");
 179     nucleotideName.put("B", "Not A (G or C or T)");
 180     nucleotideName.put("b", "Not A (G or C or T)");
 181     nucleotideName.put("H", "Not G (A or C or T)");
 182     nucleotideName.put("h", "Not G (A or C or T)");
 183     nucleotideName.put("D", "Not C (A or G or T)");
 184     nucleotideName.put("d", "Not C (A or G or T)");
 185     nucleotideName.put("V", "Not T (A or G or C");
 186     nucleotideName.put("v", "Not T (A or G or C");
 187
 188   }
 189
 190   static
 191   {
 192     purinepyrimidineIndex = new int[255];
 193     for (int i = 0; i < 255; i++)
 194     {
 195       purinepyrimidineIndex[i] = 3; // non-nucleotide symbols are all non-gap
 196       // gaps.
 197     }
 198
 199     purinepyrimidineIndex['A'] = 0;
 200     purinepyrimidineIndex['a'] = 0;
 201     purinepyrimidineIndex['C'] = 1;
 202     purinepyrimidineIndex['c'] = 1;
 203     purinepyrimidineIndex['G'] = 0;
 204     purinepyrimidineIndex['g'] = 0;
 205     purinepyrimidineIndex['T'] = 1;
 206     purinepyrimidineIndex['t'] = 1;
 207     purinepyrimidineIndex['U'] = 1;
 208     purinepyrimidineIndex['u'] = 1;
 209     purinepyrimidineIndex['I'] = 2;
 210     purinepyrimidineIndex['i'] = 2;
 211     purinepyrimidineIndex['X'] = 2;
 212     purinepyrimidineIndex['x'] = 2;
 213     purinepyrimidineIndex['R'] = 0;
 214     purinepyrimidineIndex['r'] = 0;
 215     purinepyrimidineIndex['Y'] = 1;
 216     purinepyrimidineIndex['y'] = 1;
 217     purinepyrimidineIndex['N'] = 2;
 218     purinepyrimidineIndex['n'] = 2;
 219   }
 220
 221   private static final Integer ONE = Integer.valueOf(1);
 222
 223   private static final Integer ZERO = Integer.valueOf(0);
 224
 225   static
 226   {
 227     aa3Hash.put("ALA", ZERO);
 228     aa3Hash.put("ARG", ONE);
 229     aa3Hash.put("ASN", Integer.valueOf(2));
 230     aa3Hash.put("ASP", Integer.valueOf(3)); // D
 231     aa3Hash.put("CYS", Integer.valueOf(4));
 232     aa3Hash.put("GLN", Integer.valueOf(5)); // Q
 233     aa3Hash.put("GLU", Integer.valueOf(6)); // E
 234     aa3Hash.put("GLY", Integer.valueOf(7));
 235     aa3Hash.put("HIS", Integer.valueOf(8));
 236     aa3Hash.put("ILE", Integer.valueOf(9));
 237     aa3Hash.put("LEU", Integer.valueOf(10));
 238     aa3Hash.put("LYS", Integer.valueOf(11));
 239     aa3Hash.put("MET", Integer.valueOf(12));
 240     aa3Hash.put("PHE", Integer.valueOf(13));
 241     aa3Hash.put("PRO", Integer.valueOf(14));
 242     aa3Hash.put("SER", Integer.valueOf(15));
 243     aa3Hash.put("THR", Integer.valueOf(16));
 244     aa3Hash.put("TRP", Integer.valueOf(17));
 245     aa3Hash.put("TYR", Integer.valueOf(18));
 246     aa3Hash.put("VAL", Integer.valueOf(19));
 247     // IUB Nomenclature for ambiguous peptides
 248     aa3Hash.put("ASX", Integer.valueOf(20)); // "B";
 249     aa3Hash.put("GLX", Integer.valueOf(21)); // Z
 250     aa3Hash.put("XAA", Integer.valueOf(22)); // X unknown
 251     aa3Hash.put("-", Integer.valueOf(23));
 252     aa3Hash.put("*", Integer.valueOf(23));
 253     aa3Hash.put(".", Integer.valueOf(23));
 254     aa3Hash.put(" ", Integer.valueOf(23));
 255     aa3Hash.put("Gap", Integer.valueOf(23));
 256     aa3Hash.put("UR3", Integer.valueOf(24));
 257   }
 258
 259   static
 260   {
 261     aa2Triplet.put("A", "ALA");
 262     aa2Triplet.put("a", "ALA");
 263     aa2Triplet.put("R", "ARG");
 264     aa2Triplet.put("r", "ARG");
 265     aa2Triplet.put("N", "ASN");
 266     aa2Triplet.put("n", "ASN");
 267     aa2Triplet.put("D", "ASP");
 268     aa2Triplet.put("d", "ASP");
 269     aa2Triplet.put("C", "CYS");
 270     aa2Triplet.put("c", "CYS");
 271     aa2Triplet.put("Q", "GLN");
 272     aa2Triplet.put("q", "GLN");
 273     aa2Triplet.put("E", "GLU");
 274     aa2Triplet.put("e", "GLU");
 275     aa2Triplet.put("G", "GLY");
 276     aa2Triplet.put("g", "GLY");
 277     aa2Triplet.put("H", "HIS");
 278     aa2Triplet.put("h", "HIS");
 279     aa2Triplet.put("I", "ILE");
 280     aa2Triplet.put("i", "ILE");
 281     aa2Triplet.put("L", "LEU");
 282     aa2Triplet.put("l", "LEU");
 283     aa2Triplet.put("K", "LYS");
 284     aa2Triplet.put("k", "LYS");
 285     aa2Triplet.put("M", "MET");
 286     aa2Triplet.put("m", "MET");
 287     aa2Triplet.put("F", "PHE");
 288     aa2Triplet.put("f", "PHE");
 289     aa2Triplet.put("P", "PRO");
 290     aa2Triplet.put("p", "PRO");
 291     aa2Triplet.put("S", "SER");
 292     aa2Triplet.put("s", "SER");
 293     aa2Triplet.put("T", "THR");
 294     aa2Triplet.put("t", "THR");
 295     aa2Triplet.put("W", "TRP");
 296     aa2Triplet.put("w", "TRP");
 297     aa2Triplet.put("Y", "TYR");
 298     aa2Triplet.put("y", "TYR");
 299     aa2Triplet.put("V", "VAL");
 300     aa2Triplet.put("v", "VAL");
 301   }
 302
 303   public static final String[] aa = { "A", "R", "N", "D", "C", "Q", "E",
 304       "G", "H", "I", "L", "K", "M", "F", "P", "S", "T", "W", "Y", "V", "B",
 305       "Z", "X", "_", "*", ".", " ", "U" };
 306
 307   public static final Color midBlue = new Color(100, 100, 255);
 308
 309   // not currently in use
 310   // public static final Vector<Color> scaleColours = new Vector<Color>();
 311   // static
 312   // {
 313   // scaleColours.addElement(new Color(114, 0, 147));
 314   // scaleColours.addElement(new Color(156, 0, 98));
 315   // scaleColours.addElement(new Color(190, 0, 0));
 316   // scaleColours.addElement(Color.red);
 317   // scaleColours.addElement(new Color(255, 125, 0));
 318   // scaleColours.addElement(Color.orange);
 319   // scaleColours.addElement(new Color(255, 194, 85));
 320   // scaleColours.addElement(Color.yellow);
 321   // scaleColours.addElement(new Color(255, 255, 181));
 322   // scaleColours.addElement(Color.white);
 323   // }
 324
 325   public static final Color[] taylor = { new Color(204, 255, 0),
 326       // A Greenish-yellowy-yellow
 327       new Color(0, 0, 255), // R Blueish-bluey-blue
 328       new Color(204, 0, 255), // N Blueish-reddy-blue
 329       new Color(255, 0, 0), // D Reddish-reddy-red
 330       new Color(255, 255, 0), // C Yellowish-yellowy-yellow
 331       new Color(255, 0, 204), // Q Reddish-bluey-red
 332       new Color(255, 0, 102), // E Blueish-reddy-red
 333       new Color(255, 153, 0), // G Yellowy-reddy-yellow
 334       new Color(0, 102, 255), // H Greenish-bluey-blue
 335       new Color(102, 255, 0), // I Greenish-yellowy-green
 336       new Color(51, 255, 0), // L Yellowish-greeny-green
 337       new Color(102, 0, 255), // K Reddish-bluey-blue
 338       new Color(0, 255, 0), // M Greenish-greeny-green
 339       new Color(0, 255, 102), // F Blueish-greeny-green
 340       new Color(255, 204, 0), // P Reddish-yellowy-yellow
 341       new Color(255, 51, 0), // S Yellowish-reddy-red
 342       new Color(255, 102, 0), // T Reddish-yellowy-red
 343       new Color(0, 204, 255), // W Blueish-greeny-green
 344       new Color(0, 255, 204), // Y Greenish-bluey-green
 345       new Color(153, 255, 0), // V Yellowish-greeny-yellow
 346       Color.white, // B
 347       Color.white, // Z
 348       Color.white, // X
 349       Color.white, // -
 350       Color.white, // *
 351       Color.white // .
 352   };
 353
 354   public static final Color[] nucleotide = { new Color(100, 247, 63), // A
 355       new Color(255, 179, 64), // C
 356       new Color(235, 65, 60), // G
 357       new Color(60, 136, 238), // T
 358       new Color(60, 136, 238), // U
 359       Color.white, // I (inosine)
 360       Color.white, // X (xanthine)
 361       Color.white, // R
 362       Color.white, // Y
 363       Color.white, // N
 364       Color.white, // Gap
 365   };
 366
 367   // Added for PurinePyrimidineColourScheme
 368   public static final Color[] purinepyrimidine = { new Color(255, 131, 250), // A,
 369                                                                              // G,
 370                                                                              // R
 371                                                                              // purines
 372                                                                              // purplish/orchid
 373       new Color(64, 224, 208), // C,U, T, Y pyrimidines turquoise
 374       Color.white, // all other nucleotides
 375       Color.white // Gap
 376   };
 377
 378   // Zappo
 379   public static final Color[] zappo = { Color.pink, // A
 380       midBlue, // R
 381       Color.green, // N
 382       Color.red, // D
 383       Color.yellow, // C
 384       Color.green, // Q
 385       Color.red, // E
 386       Color.magenta, // G
 387       midBlue, // Color.red, // H
 388       Color.pink, // I
 389       Color.pink, // L
 390       midBlue, // K
 391       Color.pink, // M
 392       Color.orange, // F
 393       Color.magenta, // P
 394       Color.green, // S
 395       Color.green, // T
 396       Color.orange, // W
 397       Color.orange, // Y
 398       Color.pink, // V
 399       Color.white, // B
 400       Color.white, // Z
 401       Color.white, // X
 402       Color.white, // -
 403       Color.white, // *
 404       Color.white, // .
 405       Color.white // ' '
 406   };
 407
 408   // Dunno where I got these numbers from
 409   public static final double[] hyd2 = { 0.62, // A
 410       0.29, // R
 411       -0.90, // N
 412       -0.74, // D
 413       1.19, // C
 414       0.48, // Q
 415       -0.40, // E
 416       1.38, // G
 417       -1.50, // H
 418       1.06, // I
 419       0.64, // L
 420       -0.78, // K
 421       0.12, // M
 422       -0.85, // F
 423       -2.53, // P
 424       -0.18, // S
 425       -0.05, // T
 426       1.08, // W
 427       0.81, // Y
 428       0.0, // V
 429       0.26, // B
 430       0.0, // Z
 431       0.0 // X
 432   };
 433
 434   public static final double[] helix = { 1.42, 0.98, 0.67, 1.01, 0.70, 1.11,
 435       1.51, 0.57, 1.00, 1.08, 1.21, 1.16, 1.45, 1.13, 0.57, 0.77, 0.83,
 436       1.08, 0.69, 1.06, 0.84, 1.31, 1.00, 0.57 };
 437
 438   public static final double[] strand = { 0.83, 0.93, 0.89, 0.54, 1.19,
 439       1.10, 0.37, 0.75, 0.87, 1.60, 1.30, 0.74, 1.05, 1.38, 0.55, 0.75,
 440       1.19, 1.37, 1.47, 1.70, 0.72, 0.74, 1.0, 0.37 };
 441
 442   public static final double[] turn = { 0.66, 0.95, 1.56, 1.46, 1.19, 0.98,
 443       0.74, 1.56, 0.95, 0.47, 0.59, 1.01, 0.60, 0.60, 1.52, 1.43, 0.96,
 444       0.96, 1.14, 0.50, 1.51, 0.86, 1.00, 0.47, 0.47 };
 445
 446   public static final double[] buried = { 1.7, 0.1, 0.4, 0.4, 4.6, 0.3, 0.3,
 447       1.8, 0.8, 3.1, 2.4, 0.05, 1.9, 2.2, 0.6, 0.8, 0.7, 1.6, 0.5, 2.9, 0.4,
 448       0.3, 1.358, 0.05 };
 449
 450   // This is hydropathy index
 451   // Kyte, J., and Doolittle, R.F., J. Mol. Biol.
 452   // 1157, 105-132, 1982
 453   public static final double[] hyd = { 1.8, -4.5, -3.5, -3.5, 2.5, -3.5,
 454       -3.5, -0.4, -3.2, 4.5, 3.8, -3.9, 1.9, 2.8, -1.6, -0.8, -0.7, -0.9,
 455       -1.3, 4.2, -3.5, -3.5, -0.49, 0.0 };
 456
 457   // not currently used
 458   // public static final Map<String, Color> ssHash = new Hashtable<String,
 459   // Color>();
 460   // static
 461   // {
 462   // ssHash.put("H", Color.magenta);
 463   // ssHash.put("E", Color.yellow);
 464   // ssHash.put("-", Color.white);
 465   // ssHash.put(".", Color.white);
 466   // ssHash.put("S", Color.cyan);
 467   // ssHash.put("T", Color.blue);
 468   // ssHash.put("G", Color.pink);
 469   // ssHash.put("I", Color.pink);
 470   // ssHash.put("B", Color.yellow);
 471   // }
 472
 473   /*
 474    * new Color(60, 136, 238), // U Color.white, // I Color.white, // X
 475    * Color.white, // R Color.white, // Y Color.white, // N Color.white, // Gap
 476    */
 477
 478   public static String STOP = "STOP";
 479
 480   public static List<String> STOP_CODONS = Arrays.asList("TGA", "TAA", "TAG");
 481
 482   public static String START = "ATG";
 483
 484   // Stores residue codes/names and colours and other things
 485   public static Map<String, Map<String, Integer>> propHash = new Hashtable<>();
 486
 487   public static Map<String, Integer> hydrophobic = new Hashtable<>();
 488
 489   public static Map<String, Integer> polar = new Hashtable<>();
 490
 491   public static Map<String, Integer> small = new Hashtable<>();
 492
 493   public static Map<String, Integer> positive = new Hashtable<>();
 494
 495   public static Map<String, Integer> negative = new Hashtable<>();
 496
 497   public static Map<String, Integer> charged = new Hashtable<>();
 498
 499   public static Map<String, Integer> aromatic = new Hashtable<>();
 500
 501   public static Map<String, Integer> aliphatic = new Hashtable<>();
 502
 503   public static Map<String, Integer> tiny = new Hashtable<>();
 504
 505   public static Map<String, Integer> proline = new Hashtable<>();
 506
 507   static
 508   {
 509     hydrophobic.put("I", ONE);
 510     hydrophobic.put("L", ONE);
 511     hydrophobic.put("V", ONE);
 512     hydrophobic.put("C", ONE);
 513     hydrophobic.put("A", ONE);
 514     hydrophobic.put("G", ONE);
 515     hydrophobic.put("M", ONE);
 516     hydrophobic.put("F", ONE);
 517     hydrophobic.put("Y", ONE);
 518     hydrophobic.put("W", ONE);
 519     hydrophobic.put("H", ONE);
 520     hydrophobic.put("K", ONE);
 521     hydrophobic.put("X", ONE);
 522     hydrophobic.put("-", ONE);
 523     hydrophobic.put("*", ONE);
 524     hydrophobic.put("R", ZERO);
 525     hydrophobic.put("E", ZERO);
 526     hydrophobic.put("Q", ZERO);
 527     hydrophobic.put("D", ZERO);
 528     hydrophobic.put("N", ZERO);
 529     hydrophobic.put("S", ZERO);
 530     hydrophobic.put("T", ONE);
 531     hydrophobic.put("P", ZERO);
 532   }
 533
 534   static
 535   {
 536     polar.put("Y", ONE);
 537     polar.put("W", ONE);
 538     polar.put("H", ONE);
 539     polar.put("K", ONE);
 540     polar.put("R", ONE);
 541     polar.put("E", ONE);
 542     polar.put("Q", ONE);
 543     polar.put("D", ONE);
 544     polar.put("N", ONE);
 545     polar.put("S", ONE);
 546     polar.put("T", ONE);
 547     polar.put("X", ONE);
 548     polar.put("-", ONE);
 549     polar.put("*", ONE);
 550     polar.put("I", ZERO);
 551     polar.put("L", ZERO);
 552     polar.put("V", ZERO);
 553     polar.put("C", ZERO);
 554     polar.put("A", ZERO);
 555     polar.put("G", ZERO);
 556     polar.put("M", ZERO);
 557     polar.put("F", ZERO);
 558     polar.put("P", ZERO);
 559   }
 560
 561   static
 562   {
 563     small.put("I", ZERO);
 564     small.put("L", ZERO);
 565     small.put("V", ONE);
 566     small.put("C", ONE);
 567     small.put("A", ONE);
 568     small.put("G", ONE);
 569     small.put("M", ZERO);
 570     small.put("F", ZERO);
 571     small.put("Y", ZERO);
 572     small.put("W", ZERO);
 573     small.put("H", ZERO);
 574     small.put("K", ZERO);
 575     small.put("R", ZERO);
 576     small.put("E", ZERO);
 577     small.put("Q", ZERO);
 578     small.put("D", ONE);
 579     small.put("N", ONE);
 580     small.put("S", ONE);
 581     small.put("T", ONE);
 582     small.put("P", ONE);
 583     small.put("-", ONE);
 584     small.put("*", ONE);
 585   }
 586
 587   static
 588   {
 589     positive.put("I", ZERO);
 590     positive.put("L", ZERO);
 591     positive.put("V", ZERO);
 592     positive.put("C", ZERO);
 593     positive.put("A", ZERO);
 594     positive.put("G", ZERO);
 595     positive.put("M", ZERO);
 596     positive.put("F", ZERO);
 597     positive.put("Y", ZERO);
 598     positive.put("W", ZERO);
 599     positive.put("H", ONE);
 600     positive.put("K", ONE);
 601     positive.put("R", ONE);
 602     positive.put("E", ZERO);
 603     positive.put("Q", ZERO);
 604     positive.put("D", ZERO);
 605     positive.put("N", ZERO);
 606     positive.put("S", ZERO);
 607     positive.put("T", ZERO);
 608     positive.put("P", ZERO);
 609     positive.put("-", ONE);
 610     positive.put("*", ONE);
 611   }
 612
 613   static
 614   {
 615     negative.put("I", ZERO);
 616     negative.put("L", ZERO);
 617     negative.put("V", ZERO);
 618     negative.put("C", ZERO);
 619     negative.put("A", ZERO);
 620     negative.put("G", ZERO);
 621     negative.put("M", ZERO);
 622     negative.put("F", ZERO);
 623     negative.put("Y", ZERO);
 624     negative.put("W", ZERO);
 625     negative.put("H", ZERO);
 626     negative.put("K", ZERO);
 627     negative.put("R", ZERO);
 628     negative.put("E", ONE);
 629     negative.put("Q", ZERO);
 630     negative.put("D", ONE);
 631     negative.put("N", ZERO);
 632     negative.put("S", ZERO);
 633     negative.put("T", ZERO);
 634     negative.put("P", ZERO);
 635     negative.put("-", ONE);
 636     negative.put("*", ONE);
 637   }
 638
 639   static
 640   {
 641     charged.put("I", ZERO);
 642     charged.put("L", ZERO);
 643     charged.put("V", ZERO);
 644     charged.put("C", ZERO);
 645     charged.put("A", ZERO);
 646     charged.put("G", ZERO);
 647     charged.put("M", ZERO);
 648     charged.put("F", ZERO);
 649     charged.put("Y", ZERO);
 650     charged.put("W", ZERO);
 651     charged.put("H", ONE);
 652     charged.put("K", ONE);
 653     charged.put("R", ONE);
 654     charged.put("E", ONE);
 655     charged.put("Q", ZERO);
 656     charged.put("D", ONE);
 657     charged.put("N", ZERO); // Asparagine is polar but not
 658                             // charged.
 659     // Alternative would be charged and
 660     // negative (in basic form)?
 661     charged.put("S", ZERO);
 662     charged.put("T", ZERO);
 663     charged.put("P", ZERO);
 664     charged.put("-", ONE);
 665     charged.put("*", ONE);
 666   }
 667
 668   static
 669   {
 670     aromatic.put("I", ZERO);
 671     aromatic.put("L", ZERO);
 672     aromatic.put("V", ZERO);
 673     aromatic.put("C", ZERO);
 674     aromatic.put("A", ZERO);
 675     aromatic.put("G", ZERO);
 676     aromatic.put("M", ZERO);
 677     aromatic.put("F", ONE);
 678     aromatic.put("Y", ONE);
 679     aromatic.put("W", ONE);
 680     aromatic.put("H", ONE);
 681     aromatic.put("K", ZERO);
 682     aromatic.put("R", ZERO);
 683     aromatic.put("E", ZERO);
 684     aromatic.put("Q", ZERO);
 685     aromatic.put("D", ZERO);
 686     aromatic.put("N", ZERO);
 687     aromatic.put("S", ZERO);
 688     aromatic.put("T", ZERO);
 689     aromatic.put("P", ZERO);
 690     aromatic.put("-", ONE);
 691     aromatic.put("*", ONE);
 692   }
 693
 694   static
 695   {
 696     aliphatic.put("I", ONE);
 697     aliphatic.put("L", ONE);
 698     aliphatic.put("V", ONE);
 699     aliphatic.put("C", ZERO);
 700     aliphatic.put("A", ZERO);
 701     aliphatic.put("G", ZERO);
 702     aliphatic.put("M", ZERO);
 703     aliphatic.put("F", ZERO);
 704     aliphatic.put("Y", ZERO);
 705     aliphatic.put("W", ZERO);
 706     aliphatic.put("H", ZERO);
 707     aliphatic.put("K", ZERO);
 708     aliphatic.put("R", ZERO);
 709     aliphatic.put("E", ZERO);
 710     aliphatic.put("Q", ZERO);
 711     aliphatic.put("D", ZERO);
 712     aliphatic.put("N", ZERO);
 713     aliphatic.put("S", ZERO);
 714     aliphatic.put("T", ZERO);
 715     aliphatic.put("P", ZERO);
 716     aliphatic.put("-", ONE);
 717     aliphatic.put("*", ONE);
 718   }
 719
 720   static
 721   {
 722     tiny.put("I", ZERO);
 723     tiny.put("L", ZERO);
 724     tiny.put("V", ZERO);
 725     tiny.put("C", ZERO);
 726     tiny.put("A", ONE);
 727     tiny.put("G", ONE);
 728     tiny.put("M", ZERO);
 729     tiny.put("F", ZERO);
 730     tiny.put("Y", ZERO);
 731     tiny.put("W", ZERO);
 732     tiny.put("H", ZERO);
 733     tiny.put("K", ZERO);
 734     tiny.put("R", ZERO);
 735     tiny.put("E", ZERO);
 736     tiny.put("Q", ZERO);
 737     tiny.put("D", ZERO);
 738     tiny.put("N", ZERO);
 739     tiny.put("S", ONE);
 740     tiny.put("T", ZERO);
 741     tiny.put("P", ZERO);
 742     tiny.put("-", ONE);
 743     tiny.put("*", ONE);
 744   }
 745
 746   static
 747   {
 748     proline.put("I", ZERO);
 749     proline.put("L", ZERO);
 750     proline.put("V", ZERO);
 751     proline.put("C", ZERO);
 752     proline.put("A", ZERO);
 753     proline.put("G", ZERO);
 754     proline.put("M", ZERO);
 755     proline.put("F", ZERO);
 756     proline.put("Y", ZERO);
 757     proline.put("W", ZERO);
 758     proline.put("H", ZERO);
 759     proline.put("K", ZERO);
 760     proline.put("R", ZERO);
 761     proline.put("E", ZERO);
 762     proline.put("Q", ZERO);
 763     proline.put("D", ZERO);
 764     proline.put("N", ZERO);
 765     proline.put("S", ZERO);
 766     proline.put("T", ZERO);
 767     proline.put("P", ONE);
 768     proline.put("-", ONE);
 769     proline.put("*", ONE);
 770   }
 771
 772   static
 773   {
 774     propHash.put("hydrophobic", hydrophobic);
 775     propHash.put("small", small);
 776     propHash.put("positive", positive);
 777     propHash.put("negative", negative);
 778     propHash.put("charged", charged);
 779     propHash.put("aromatic", aromatic);
 780     propHash.put("aliphatic", aliphatic);
 781     propHash.put("tiny", tiny);
 782     propHash.put("proline", proline);
 783     propHash.put("polar", polar);
 784   }
 785   static
 786   {
 787     int[][] propMatrixF = new int[maxProteinIndex][maxProteinIndex],
 788             propMatrixPos = new int[maxProteinIndex][maxProteinIndex],
 789             propMatrixEpos = new int[maxProteinIndex][maxProteinIndex];
 790     for (int i = 0; i < maxProteinIndex; i++)
 791     {
 792       int maxF = 0, maxP = 0, maxEP = 0;
 793       String ic = "";
 794       if (aa.length > i)
 795       {
 796         ic += aa[i];
 797       }
 798       else
 799       {
 800         ic = "-";
 801       }
 802       for (int j = i + 1; j < maxProteinIndex; j++)
 803       {
 804         String jc = "";
 805         if (aa.length > j)
 806         {
 807           jc += aa[j];
 808         }
 809         else
 810         {
 811           jc = "-";
 812         }
 813         propMatrixF[i][j] = 0;
 814         propMatrixPos[i][j] = 0;
 815         propMatrixEpos[i][j] = 0;
 816         for (String ph : propHash.keySet())
 817         {
 818           Map<String, Integer> pph = propHash.get(ph);
 819           if (pph.get(ic) != null && pph.get(jc) != null)
 820           {
 821             int icp = pph.get(ic).intValue(), jcp = pph.get(jc).intValue();
 822             // Still working on these definitions.
 823             propMatrixPos[i][j] += icp == jcp && icp > 0 ? 2 : 0;
 824             propMatrixPos[j][i] += icp == jcp && icp > 0 ? 2 : 0;
 825             propMatrixF[i][j] += icp == jcp ? 2 : 0;
 826             propMatrixF[j][i] += icp == jcp ? 2 : 0;
 827             propMatrixEpos[i][j] += icp == jcp ? (1 + icp * 2) : 0;
 828             propMatrixEpos[j][i] += icp == jcp ? (1 + icp * 2) : 0;
 829           }
 830         }
 831         if (maxF < propMatrixF[i][j])
 832         {
 833           maxF = propMatrixF[i][j];
 834         }
 835         if (maxP < propMatrixPos[i][j])
 836         {
 837           maxP = propMatrixPos[i][j];
 838         }
 839         if (maxEP < propMatrixEpos[i][j])
 840         {
 841           maxEP = propMatrixEpos[i][j];
 842         }
 843       }
 844       propMatrixF[i][i] = maxF;
 845       propMatrixPos[i][i] = maxP;
 846       propMatrixEpos[i][i] = maxEP;
 847     }
 848   }
 849
 850   private ResidueProperties()
 851   {
 852   }
 853
 854   public static Map<String, Integer> getAA3Hash()
 855   {
 856     return aa3Hash;
 857   }
 858
 859   public static String codonTranslate(String lccodon)
 860   {
 861     String peptide = GeneticCodes.getInstance().getStandardCodeTable()
 862             .translate(lccodon);
 863     if ("*".equals(peptide))
 864     {
 865       return "STOP";
 866     }
 867     return peptide;
 868   }
 869
 870   /*
 871    * lookup of (A-Z) alternative secondary structure symbols'
 872    * equivalents in DSSP3 notation
 873    */
 874   private static char[] toDssp3State;
 875   static
 876   {
 877     toDssp3State = new char[9]; // for 'A'-'I'; extend if needed
 878     Arrays.fill(toDssp3State, ' ');
 879     toDssp3State['B' - 'A'] = 'E';
 880     toDssp3State['E' - 'A'] = 'E';
 881     toDssp3State['G' - 'A'] = 'H';
 882     toDssp3State['H' - 'A'] = 'H';
 883     toDssp3State['I' - 'A'] = 'H';
 884   }
 885
 886   /**
 887    * translate from other dssp secondary structure alphabets to 3-state
 888    *
 889    * @param ssString
 890    * @return ssstring
 891    */
 892   public static String getDssp3state(String ssString)
 893   {
 894     if (ssString == null)
 895     {
 896       return null;
 897     }
 898     int lookupSize = toDssp3State.length;
 899     int len = ssString.length();
 900     char[] trans = new char[len];
 901     for (int i = 0; i < len; i++)
 902     {
 903       char c = ssString.charAt(i);
 904       int index = c - 'A';
 905       if (index < 0 || index >= lookupSize)
 906       {
 907         trans[i] = ' ';
 908       }
 909       else
 910       {
 911         trans[i] = toDssp3State[index];
 912       }
 913     }
 914     return new String(trans);
 915   }
 916
 917   static
 918   {
 919     modifications.put("MSE", "MET"); // Selenomethionine
 920     // the rest tbc; from
 921     // http://sourceforge.net/p/jmol/mailman/message/12833570/
 922     // modifications.put("CSE", "CYS"); // Selenocysteine
 923     // modifications.put("PTR", "TYR"); // Phosphotyrosine
 924     // modifications.put("SEP", "SER"); // Phosphoserine
 925     // modifications.put("HYP", "PRO"); // 4-hydroxyproline
 926     // modifications.put("5HP", "GLU"); // Pyroglutamic acid; 5-hydroxyproline
 927     // modifications.put("PCA", "GLU"); // Pyroglutamic acid
 928     // modifications.put("LYZ", "LYS"); // 5-hydroxylysine
 929
 930     // Additional protein alphabets used in the SCOP database and PDB files
 931     // source:
 932     // https://github.com/biopython/biopython/blob/master/Bio/Data/SCOPData.py
 933     modifications.put("00C", "CYS");
 934     modifications.put("01W", "XAA");
 935     modifications.put("02K", "ALA");
 936     modifications.put("03Y", "CYS");
 937     modifications.put("07O", "CYS");
 938     modifications.put("08P", "CYS");
 939     modifications.put("0A0", "ASP");
 940     modifications.put("0A1", "TYR");
 941     modifications.put("0A2", "LYS");
 942     modifications.put("0A8", "CYS");
 943     modifications.put("0AA", "VAL");
 944     modifications.put("0AB", "VAL");
 945     modifications.put("0AC", "GLY");
 946     modifications.put("0AD", "GLY");
 947     modifications.put("0AF", "TRP");
 948     modifications.put("0AG", "LEU");
 949     modifications.put("0AH", "SER");
 950     modifications.put("0AK", "ASP");
 951     modifications.put("0AM", "ALA");
 952     modifications.put("0AP", "CYS");
 953     modifications.put("0AU", "UR3");
 954     modifications.put("0AV", "ALA");
 955     modifications.put("0AZ", "PRO");
 956     modifications.put("0BN", "PHE");
 957     modifications.put("0C ", "CYS");
 958     modifications.put("0CS", "ALA");
 959     modifications.put("0DC", "CYS");
 960     modifications.put("0DG", "GLY");
 961     modifications.put("0DT", "THR");
 962     modifications.put("0FL", "ALA");
 963     modifications.put("0G ", "GLY");
 964     modifications.put("0NC", "ALA");
 965     modifications.put("0SP", "ALA");
 966     modifications.put("0U ", "UR3");
 967     modifications.put("0YG", "YG");
 968     modifications.put("10C", "CYS");
 969     modifications.put("125", "UR3");
 970     modifications.put("126", "UR3");
 971     modifications.put("127", "UR3");
 972     modifications.put("128", "ASN");
 973     modifications.put("12A", "ALA");
 974     modifications.put("143", "CYS");
 975     modifications.put("175", "ASG");
 976     modifications.put("193", "XAA");
 977     modifications.put("1AP", "ALA");
 978     modifications.put("1MA", "ALA");
 979     modifications.put("1MG", "GLY");
 980     modifications.put("1PA", "PHE");
 981     modifications.put("1PI", "ALA");
 982     modifications.put("1PR", "ASN");
 983     modifications.put("1SC", "CYS");
 984     modifications.put("1TQ", "TRP");
 985     modifications.put("1TY", "TYR");
 986     modifications.put("1X6", "SER");
 987     modifications.put("200", "PHE");
 988     modifications.put("23F", "PHE");
 989     modifications.put("23S", "XAA");
 990     modifications.put("26B", "THR");
 991     modifications.put("2AD", "XAA");
 992     modifications.put("2AG", "ALA");
 993     modifications.put("2AO", "XAA");
 994     modifications.put("2AR", "ALA");
 995     modifications.put("2AS", "XAA");
 996     modifications.put("2AT", "THR");
 997     modifications.put("2AU", "UR3");
 998     modifications.put("2BD", "ILE");
 999     modifications.put("2BT", "THR");
1000     modifications.put("2BU", "ALA");
1001     modifications.put("2CO", "CYS");
1002     modifications.put("2DA", "ALA");
1003     modifications.put("2DF", "ASN");
1004     modifications.put("2DM", "ASN");
1005     modifications.put("2DO", "XAA");
1006     modifications.put("2DT", "THR");
1007     modifications.put("2EG", "GLY");
1008     modifications.put("2FE", "ASN");
1009     modifications.put("2FI", "ASN");
1010     modifications.put("2FM", "MET");
1011     modifications.put("2GT", "THR");
1012     modifications.put("2HF", "HIS");
1013     modifications.put("2LU", "LEU");
1014     modifications.put("2MA", "ALA");
1015     modifications.put("2MG", "GLY");
1016     modifications.put("2ML", "LEU");
1017     modifications.put("2MR", "ARG");
1018     modifications.put("2MT", "PRO");
1019     modifications.put("2MU", "UR3");
1020     modifications.put("2NT", "THR");
1021     modifications.put("2OM", "UR3");
1022     modifications.put("2OT", "THR");
1023     modifications.put("2PI", "XAA");
1024     modifications.put("2PR", "GLY");
1025     modifications.put("2SA", "ASN");
1026     modifications.put("2SI", "XAA");
1027     modifications.put("2ST", "THR");
1028     modifications.put("2TL", "THR");
1029     modifications.put("2TY", "TYR");
1030     modifications.put("2VA", "VAL");
1031     modifications.put("2XA", "CYS");
1032     modifications.put("32S", "XAA");
1033     modifications.put("32T", "XAA");
1034     modifications.put("3AH", "HIS");
1035     modifications.put("3AR", "XAA");
1036     modifications.put("3CF", "PHE");
1037     modifications.put("3DA", "ALA");
1038     modifications.put("3DR", "ASN");
1039     modifications.put("3GA", "ALA");
1040     modifications.put("3MD", "ASP");
1041     modifications.put("3ME", "UR3");
1042     modifications.put("3NF", "TYR");
1043     modifications.put("3QN", "LYS");
1044     modifications.put("3TY", "XAA");
1045     modifications.put("3XH", "GLY");
1046     modifications.put("4AC", "ASN");
1047     modifications.put("4BF", "TYR");
1048     modifications.put("4CF", "PHE");
1049     modifications.put("4CY", "MET");
1050     modifications.put("4DP", "TRP");
1051     modifications.put("4F3", "GYG");
1052     modifications.put("4FB", "PRO");
1053     modifications.put("4FW", "TRP");
1054     modifications.put("4HT", "TRP");
1055     modifications.put("4IN", "TRP");
1056     modifications.put("4MF", "ASN");
1057     modifications.put("4MM", "XAA");
1058     modifications.put("4OC", "CYS");
1059     modifications.put("4PC", "CYS");
1060     modifications.put("4PD", "CYS");
1061     modifications.put("4PE", "CYS");
1062     modifications.put("4PH", "PHE");
1063     modifications.put("4SC", "CYS");
1064     modifications.put("4SU", "UR3");
1065     modifications.put("4TA", "ASN");
1066     modifications.put("4U7", "ALA");
1067     modifications.put("56A", "HIS");
1068     modifications.put("5AA", "ALA");
1069     modifications.put("5AB", "ALA");
1070     modifications.put("5AT", "THR");
1071     modifications.put("5BU", "UR3");
1072     modifications.put("5CG", "GLY");
1073     modifications.put("5CM", "CYS");
1074     modifications.put("5CS", "CYS");
1075     modifications.put("5FA", "ALA");
1076     modifications.put("5FC", "CYS");
1077     modifications.put("5FU", "UR3");
1078     modifications.put("5HP", "GLU");
1079     modifications.put("5HT", "THR");
1080     modifications.put("5HU", "UR3");
1081     modifications.put("5IC", "CYS");
1082     modifications.put("5IT", "THR");
1083     modifications.put("5IU", "UR3");
1084     modifications.put("5MC", "CYS");
1085     modifications.put("5MD", "ASN");
1086     modifications.put("5MU", "UR3");
1087     modifications.put("5NC", "CYS");
1088     modifications.put("5PC", "CYS");
1089     modifications.put("5PY", "THR");
1090     modifications.put("5SE", "UR3");
1091     modifications.put("5ZA", "TWG");
1092     modifications.put("64T", "THR");
1093     modifications.put("6CL", "LYS");
1094     modifications.put("6CT", "THR");
1095     modifications.put("6CW", "TRP");
1096     modifications.put("6HA", "ALA");
1097     modifications.put("6HC", "CYS");
1098     modifications.put("6HG", "GLY");
1099     modifications.put("6HN", "LYS");
1100     modifications.put("6HT", "THR");
1101     modifications.put("6IA", "ALA");
1102     modifications.put("6MA", "ALA");
1103     modifications.put("6MC", "ALA");
1104     modifications.put("6MI", "ASN");
1105     modifications.put("6MT", "ALA");
1106     modifications.put("6MZ", "ASN");
1107     modifications.put("6OG", "GLY");
1108     modifications.put("70U", "UR3");
1109     modifications.put("7DA", "ALA");
1110     modifications.put("7GU", "GLY");
1111     modifications.put("7JA", "ILE");
1112     modifications.put("7MG", "GLY");
1113     modifications.put("8AN", "ALA");
1114     modifications.put("8FG", "GLY");
1115     modifications.put("8MG", "GLY");
1116     modifications.put("8OG", "GLY");
1117     modifications.put("9NE", "GLU");
1118     modifications.put("9NF", "PHE");
1119     modifications.put("9NR", "ARG");
1120     modifications.put("9NV", "VAL");
1121     modifications.put("A  ", "ALA");
1122     modifications.put("A1P", "ASN");
1123     modifications.put("A23", "ALA");
1124     modifications.put("A2L", "ALA");
1125     modifications.put("A2M", "ALA");
1126     modifications.put("A34", "ALA");
1127     modifications.put("A35", "ALA");
1128     modifications.put("A38", "ALA");
1129     modifications.put("A39", "ALA");
1130     modifications.put("A3A", "ALA");
1131     modifications.put("A3P", "ALA");
1132     modifications.put("A40", "ALA");
1133     modifications.put("A43", "ALA");
1134     modifications.put("A44", "ALA");
1135     modifications.put("A47", "ALA");
1136     modifications.put("A5L", "ALA");
1137     modifications.put("A5M", "CYS");
1138     modifications.put("A5N", "ASN");
1139     modifications.put("A5O", "ALA");
1140     modifications.put("A66", "XAA");
1141     modifications.put("AA3", "ALA");
1142     modifications.put("AA4", "ALA");
1143     modifications.put("AAR", "ARG");
1144     modifications.put("AB7", "XAA");
1145     modifications.put("ABA", "ALA");
1146     modifications.put("ABR", "ALA");
1147     modifications.put("ABS", "ALA");
1148     modifications.put("ABT", "ASN");
1149     modifications.put("ACB", "ASP");
1150     modifications.put("ACL", "ARG");
1151     modifications.put("AD2", "ALA");
1152     modifications.put("ADD", "XAA");
1153     modifications.put("ADX", "ASN");
1154     modifications.put("AEA", "XAA");
1155     modifications.put("AEI", "ASP");
1156     modifications.put("AET", "ALA");
1157     modifications.put("AFA", "ASN");
1158     modifications.put("AFF", "ASN");
1159     modifications.put("AFG", "GLY");
1160     modifications.put("AGM", "ARG");
1161     modifications.put("AGT", "CYS");
1162     modifications.put("AHB", "ASN");
1163     modifications.put("AHH", "XAA");
1164     modifications.put("AHO", "ALA");
1165     modifications.put("AHP", "ALA");
1166     modifications.put("AHS", "XAA");
1167     modifications.put("AHT", "XAA");
1168     modifications.put("AIB", "ALA");
1169     modifications.put("AKL", "ASP");
1170     modifications.put("AKZ", "ASP");
1171     modifications.put("ALA", "ALA");
1172     modifications.put("ALC", "ALA");
1173     modifications.put("ALM", "ALA");
1174     modifications.put("ALN", "ALA");
1175     modifications.put("ALO", "THR");
1176     modifications.put("ALQ", "XAA");
1177     modifications.put("ALS", "ALA");
1178     modifications.put("ALT", "ALA");
1179     modifications.put("ALV", "ALA");
1180     modifications.put("ALY", "LYS");
1181     modifications.put("AN8", "ALA");
1182     modifications.put("AP7", "ALA");
1183     modifications.put("APE", "XAA");
1184     modifications.put("APH", "ALA");
1185     modifications.put("API", "LYS");
1186     modifications.put("APK", "LYS");
1187     modifications.put("APM", "XAA");
1188     modifications.put("APP", "XAA");
1189     modifications.put("AR2", "ARG");
1190     modifications.put("AR4", "GLU");
1191     modifications.put("AR7", "ARG");
1192     modifications.put("ARG", "ARG");
1193     modifications.put("ARM", "ARG");
1194     modifications.put("ARO", "ARG");
1195     modifications.put("ARV", "XAA");
1196     modifications.put("AS ", "ALA");
1197     modifications.put("AS2", "ASP");
1198     modifications.put("AS9", "XAA");
1199     modifications.put("ASA", "ASP");
1200     modifications.put("ASB", "ASP");
1201     modifications.put("ASI", "ASP");
1202     modifications.put("ASK", "ASP");
1203     modifications.put("ASL", "ASP");
1204     modifications.put("ASM", "XAA");
1205     modifications.put("ASN", "ASN");
1206     modifications.put("ASP", "ASP");
1207     modifications.put("ASQ", "ASP");
1208     modifications.put("ASU", "ASN");
1209     modifications.put("ASX", "ASX");
1210     modifications.put("ATD", "THR");
1211     modifications.put("ATL", "THR");
1212     modifications.put("ATM", "THR");
1213     modifications.put("AVC", "ALA");
1214     modifications.put("AVN", "XAA");
1215     modifications.put("AYA", "ALA");
1216     modifications.put("AYG", "AYG");
1217     modifications.put("AZK", "LYS");
1218     modifications.put("AZS", "SER");
1219     modifications.put("AZY", "TYR");
1220     modifications.put("B1F", "PHE");
1221     modifications.put("B1P", "ASN");
1222     modifications.put("B2A", "ALA");
1223     modifications.put("B2F", "PHE");
1224     modifications.put("B2I", "ILE");
1225     modifications.put("B2V", "VAL");
1226     modifications.put("B3A", "ALA");
1227     modifications.put("B3D", "ASP");
1228     modifications.put("B3E", "GLU");
1229     modifications.put("B3K", "LYS");
1230     modifications.put("B3L", "XAA");
1231     modifications.put("B3M", "XAA");
1232     modifications.put("B3Q", "XAA");
1233     modifications.put("B3S", "SER");
1234     modifications.put("B3T", "XAA");
1235     modifications.put("B3U", "HIS");
1236     modifications.put("B3X", "ASN");
1237     modifications.put("B3Y", "TYR");
1238     modifications.put("BB6", "CYS");
1239     modifications.put("BB7", "CYS");
1240     modifications.put("BB8", "PHE");
1241     modifications.put("BB9", "CYS");
1242     modifications.put("BBC", "CYS");
1243     modifications.put("BCS", "CYS");
1244     modifications.put("BE2", "XAA");
1245     modifications.put("BFD", "ASP");
1246     modifications.put("BG1", "SER");
1247     modifications.put("BGM", "GLY");
1248     modifications.put("BH2", "ASP");
1249     modifications.put("BHD", "ASP");
1250     modifications.put("BIF", "PHE");
1251     modifications.put("BIL", "XAA");
1252     modifications.put("BIU", "ILE");
1253     modifications.put("BJH", "XAA");
1254     modifications.put("BLE", "LEU");
1255     modifications.put("BLY", "LYS");
1256     modifications.put("BMP", "ASN");
1257     modifications.put("BMT", "THR");
1258     modifications.put("BNN", "PHE");
1259     modifications.put("BNO", "XAA");
1260     modifications.put("BOE", "THR");
1261     modifications.put("BOR", "ARG");
1262     modifications.put("BPE", "CYS");
1263     modifications.put("BRU", "UR3");
1264     modifications.put("BSE", "SER");
1265     modifications.put("BT5", "ASN");
1266     modifications.put("BTA", "LEU");
1267     modifications.put("BTC", "CYS");
1268     modifications.put("BTR", "TRP");
1269     modifications.put("BUC", "CYS");
1270     modifications.put("BUG", "VAL");
1271     modifications.put("BVP", "UR3");
1272     modifications.put("BZG", "ASN");
1273     modifications.put("C  ", "CYS");
1274     modifications.put("C12", "TYG");
1275     modifications.put("C1X", "LYS");
1276     modifications.put("C25", "CYS");
1277     modifications.put("C2L", "CYS");
1278     modifications.put("C2S", "CYS");
1279     modifications.put("C31", "CYS");
1280     modifications.put("C32", "CYS");
1281     modifications.put("C34", "CYS");
1282     modifications.put("C36", "CYS");
1283     modifications.put("C37", "CYS");
1284     modifications.put("C38", "CYS");
1285     modifications.put("C3Y", "CYS");
1286     modifications.put("C42", "CYS");
1287     modifications.put("C43", "CYS");
1288     modifications.put("C45", "CYS");
1289     modifications.put("C46", "CYS");
1290     modifications.put("C49", "CYS");
1291     modifications.put("C4R", "CYS");
1292     modifications.put("C4S", "CYS");
1293     modifications.put("C5C", "CYS");
1294     modifications.put("C66", "XAA");
1295     modifications.put("C6C", "CYS");
1296     modifications.put("C99", "TFG");
1297     modifications.put("CAF", "CYS");
1298     modifications.put("CAL", "XAA");
1299     modifications.put("CAR", "CYS");
1300     modifications.put("CAS", "CYS");
1301     modifications.put("CAV", "XAA");
1302     modifications.put("CAY", "CYS");
1303     modifications.put("CB2", "CYS");
1304     modifications.put("CBR", "CYS");
1305     modifications.put("CBV", "CYS");
1306     modifications.put("CCC", "CYS");
1307     modifications.put("CCL", "LYS");
1308     modifications.put("CCS", "CYS");
1309     modifications.put("CCY", "CYG");
1310     modifications.put("CDE", "XAA");
1311     modifications.put("CDV", "XAA");
1312     modifications.put("CDW", "CYS");
1313     modifications.put("CEA", "CYS");
1314     modifications.put("CFL", "CYS");
1315     modifications.put("CFY", "FCYG"); // check
1316     modifications.put("CG1", "GLY");
1317     modifications.put("CGA", "GLU");
1318     modifications.put("CGU", "GLU");
1319     modifications.put("CH ", "CYS");
1320     modifications.put("CH6", "MYG");
1321     modifications.put("CH7", "KYG");
1322     modifications.put("CHF", "XAA");
1323     modifications.put("CHG", "XAA");
1324     modifications.put("CHP", "GLY");
1325     modifications.put("CHS", "XAA");
1326     modifications.put("CIR", "ARG");
1327     modifications.put("CJO", "GYG");
1328     modifications.put("CLE", "LEU");
1329     modifications.put("CLG", "LYS");
1330     modifications.put("CLH", "LYS");
1331     modifications.put("CLV", "AFG");
1332     modifications.put("CM0", "ASN");
1333     modifications.put("CME", "CYS");
1334     modifications.put("CMH", "CYS");
1335     modifications.put("CML", "CYS");
1336     modifications.put("CMR", "CYS");
1337     modifications.put("CMT", "CYS");
1338     modifications.put("CNU", "UR3");
1339     modifications.put("CP1", "CYS");
1340     modifications.put("CPC", "XAA");
1341     modifications.put("CPI", "XAA");
1342     modifications.put("CQR", "GYG");
1343     modifications.put("CR0", "TLG");
1344     modifications.put("CR2", "GYG");
1345     modifications.put("CR5", "GLY");
1346     modifications.put("CR7", "KYG");
1347     modifications.put("CR8", "HYG");
1348     modifications.put("CRF", "TWG");
1349     modifications.put("CRG", "THG");
1350     modifications.put("CRK", "MYG");
1351     modifications.put("CRO", "GYG");
1352     modifications.put("CRQ", "QYG");
1353     modifications.put("CRU", "EYG");
1354     modifications.put("CRW", "ASG");
1355     modifications.put("CRX", "ASG");
1356     modifications.put("CS0", "CYS");
1357     modifications.put("CS1", "CYS");
1358     modifications.put("CS3", "CYS");
1359     modifications.put("CS4", "CYS");
1360     modifications.put("CS8", "ASN");
1361     modifications.put("CSA", "CYS");
1362     modifications.put("CSB", "CYS");
1363     modifications.put("CSD", "CYS");
1364     modifications.put("CSE", "CYS");
1365     modifications.put("CSF", "CYS");
1366     modifications.put("CSH", "SHG");
1367     modifications.put("CSI", "GLY");
1368     modifications.put("CSJ", "CYS");
1369     modifications.put("CSL", "CYS");
1370     modifications.put("CSO", "CYS");
1371     modifications.put("CSP", "CYS");
1372     modifications.put("CSR", "CYS");
1373     modifications.put("CSS", "CYS");
1374     modifications.put("CSU", "CYS");
1375     modifications.put("CSW", "CYS");
1376     modifications.put("CSX", "CYS");
1377     modifications.put("CSY", "SYG");
1378     modifications.put("CSZ", "CYS");
1379     modifications.put("CTE", "TRP");
1380     modifications.put("CTG", "THR");
1381     modifications.put("CTH", "THR");
1382     modifications.put("CUC", "XAA");
1383     modifications.put("CWR", "SER");
1384     modifications.put("CXM", "MET");
1385     modifications.put("CY0", "CYS");
1386     modifications.put("CY1", "CYS");
1387     modifications.put("CY3", "CYS");
1388     modifications.put("CY4", "CYS");
1389     modifications.put("CYA", "CYS");
1390     modifications.put("CYD", "CYS");
1391     modifications.put("CYF", "CYS");
1392     modifications.put("CYG", "CYS");
1393     modifications.put("CYJ", "XAA");
1394     modifications.put("CYM", "CYS");
1395     modifications.put("CYQ", "CYS");
1396     modifications.put("CYR", "CYS");
1397     modifications.put("CYS", "CYS");
1398     modifications.put("CZ2", "CYS");
1399     modifications.put("CZO", "GYG");
1400     modifications.put("CZZ", "CYS");
1401     modifications.put("D11", "THR");
1402     modifications.put("D1P", "ASN");
1403     modifications.put("D3 ", "ASN");
1404     modifications.put("D33", "ASN");
1405     modifications.put("D3P", "GLY");
1406     modifications.put("D3T", "THR");
1407     modifications.put("D4M", "THR");
1408     modifications.put("D4P", "XAA");
1409     modifications.put("DA ", "ALA");
1410     modifications.put("DA2", "XAA");
1411     modifications.put("DAB", "ALA");
1412     modifications.put("DAH", "PHE");
1413     modifications.put("DAL", "ALA");
1414     modifications.put("DAR", "ARG");
1415     modifications.put("DAS", "ASP");
1416     modifications.put("DBB", "THR");
1417     modifications.put("DBM", "ASN");
1418     modifications.put("DBS", "SER");
1419     modifications.put("DBU", "THR");
1420     modifications.put("DBY", "TYR");
1421     modifications.put("DBZ", "ALA");
1422     modifications.put("DC ", "CYS");
1423     modifications.put("DC2", "CYS");
1424     modifications.put("DCG", "GLY");
1425     modifications.put("DCI", "XAA");
1426     modifications.put("DCL", "XAA");
1427     modifications.put("DCT", "CYS");
1428     modifications.put("DCY", "CYS");
1429     modifications.put("DDE", "HIS");
1430     modifications.put("DDG", "GLY");
1431     modifications.put("DDN", "UR3");
1432     modifications.put("DDX", "ASN");
1433     modifications.put("DFC", "CYS");
1434     modifications.put("DFG", "GLY");
1435     modifications.put("DFI", "XAA");
1436     modifications.put("DFO", "XAA");
1437     modifications.put("DFT", "ASN");
1438     modifications.put("DG ", "GLY");
1439     modifications.put("DGH", "GLY");
1440     modifications.put("DGI", "GLY");
1441     modifications.put("DGL", "GLU");
1442     modifications.put("DGN", "GLN");
1443     modifications.put("DHA", "SER");
1444     modifications.put("DHI", "HIS");
1445     modifications.put("DHL", "XAA");
1446     modifications.put("DHN", "VAL");
1447     modifications.put("DHP", "XAA");
1448     modifications.put("DHU", "UR3");
1449     modifications.put("DHV", "VAL");
1450     modifications.put("DI ", "ILE");
1451     modifications.put("DIL", "ILE");
1452     modifications.put("DIR", "ARG");
1453     modifications.put("DIV", "VAL");
1454     modifications.put("DLE", "LEU");
1455     modifications.put("DLS", "LYS");
1456     modifications.put("DLY", "LYS");
1457     modifications.put("DM0", "LYS");
1458     modifications.put("DMH", "ASN");
1459     modifications.put("DMK", "ASP");
1460     modifications.put("DMT", "XAA");
1461     modifications.put("DN ", "ASN");
1462     modifications.put("DNE", "LEU");
1463     modifications.put("DNG", "LEU");
1464     modifications.put("DNL", "LYS");
1465     modifications.put("DNM", "LEU");
1466     modifications.put("DNP", "ALA");
1467     modifications.put("DNR", "CYS");
1468     modifications.put("DNS", "LYS");
1469     modifications.put("DOA", "XAA");
1470     modifications.put("DOC", "CYS");
1471     modifications.put("DOH", "ASP");
1472     modifications.put("DON", "LEU");
1473     modifications.put("DPB", "THR");
1474     modifications.put("DPH", "PHE");
1475     modifications.put("DPL", "PRO");
1476     modifications.put("DPP", "ALA");
1477     modifications.put("DPQ", "TYR");
1478     modifications.put("DPR", "PRO");
1479     modifications.put("DPY", "ASN");
1480     modifications.put("DRM", "UR3");
1481     modifications.put("DRP", "ASN");
1482     modifications.put("DRT", "THR");
1483     modifications.put("DRZ", "ASN");
1484     modifications.put("DSE", "SER");
1485     modifications.put("DSG", "ASN");
1486     modifications.put("DSN", "SER");
1487     modifications.put("DSP", "ASP");
1488     modifications.put("DT ", "THR");
1489     modifications.put("DTH", "THR");
1490     modifications.put("DTR", "TRP");
1491     modifications.put("DTY", "TYR");
1492     modifications.put("DU ", "UR3");
1493     modifications.put("DVA", "VAL");
1494     modifications.put("DXD", "ASN");
1495     modifications.put("DXN", "ASN");
1496     modifications.put("DYG", "DYG");
1497     modifications.put("DYS", "CYS");
1498     modifications.put("DZM", "ALA");
1499     modifications.put("E  ", "ALA");
1500     modifications.put("E1X", "ALA");
1501     modifications.put("ECC", "GLN");
1502     modifications.put("EDA", "ALA");
1503     modifications.put("EFC", "CYS");
1504     modifications.put("EHP", "PHE");
1505     modifications.put("EIT", "THR");
1506     modifications.put("ENP", "ASN");
1507     modifications.put("ESB", "TYR");
1508     modifications.put("ESC", "MET");
1509     modifications.put("EXB", "XAA");
1510     modifications.put("EXY", "LEU");
1511     modifications.put("EY5", "ASN");
1512     modifications.put("EYS", "XAA");
1513     modifications.put("F2F", "PHE");
1514     modifications.put("FA2", "ALA");
1515     modifications.put("FA5", "ASN");
1516     modifications.put("FAG", "ASN");
1517     modifications.put("FAI", "ASN");
1518     modifications.put("FB5", "ALA");
1519     modifications.put("FB6", "ALA");
1520     modifications.put("FCL", "PHE");
1521     modifications.put("FFD", "ASN");
1522     modifications.put("FGA", "GLU");
1523     modifications.put("FGL", "GLY");
1524     modifications.put("FGP", "SER");
1525     modifications.put("FHL", "XAA");
1526     modifications.put("FHO", "LYS");
1527     modifications.put("FHU", "UR3");
1528     modifications.put("FLA", "ALA");
1529     modifications.put("FLE", "LEU");
1530     modifications.put("FLT", "TYR");
1531     modifications.put("FME", "MET");
1532     modifications.put("FMG", "GLY");
1533     modifications.put("FMU", "ASN");
1534     modifications.put("FOE", "CYS");
1535     modifications.put("FOX", "GLY");
1536     modifications.put("FP9", "PRO");
1537     modifications.put("FPA", "PHE");
1538     modifications.put("FRD", "XAA");
1539     modifications.put("FT6", "TRP");
1540     modifications.put("FTR", "TRP");
1541     modifications.put("FTY", "TYR");
1542     modifications.put("FVA", "VAL");
1543     modifications.put("FZN", "LYS");
1544     modifications.put("G  ", "GLY");
1545     modifications.put("G25", "GLY");
1546     modifications.put("G2L", "GLY");
1547     modifications.put("G2S", "GLY");
1548     modifications.put("G31", "GLY");
1549     modifications.put("G32", "GLY");
1550     modifications.put("G33", "GLY");
1551     modifications.put("G36", "GLY");
1552     modifications.put("G38", "GLY");
1553     modifications.put("G42", "GLY");
1554     modifications.put("G46", "GLY");
1555     modifications.put("G47", "GLY");
1556     modifications.put("G48", "GLY");
1557     modifications.put("G49", "GLY");
1558     modifications.put("G4P", "ASN");
1559     modifications.put("G7M", "GLY");
1560     modifications.put("GAO", "GLY");
1561     modifications.put("GAU", "GLU");
1562     modifications.put("GCK", "CYS");
1563     modifications.put("GCM", "XAA");
1564     modifications.put("GDP", "GLY");
1565     modifications.put("GDR", "GLY");
1566     modifications.put("GFL", "GLY");
1567     modifications.put("GGL", "GLU");
1568     modifications.put("GH3", "GLY");
1569     modifications.put("GHG", "GLN");
1570     modifications.put("GHP", "GLY");
1571     modifications.put("GL3", "GLY");
1572     modifications.put("GLH", "GLN");
1573     modifications.put("GLJ", "GLU");
1574     modifications.put("GLK", "GLU");
1575     modifications.put("GLM", "XAA");
1576     modifications.put("GLN", "GLN");
1577     modifications.put("GLQ", "GLU");
1578     modifications.put("GLU", "GLU");
1579     modifications.put("GLX", "GLX");
1580     modifications.put("GLY", "GLY");
1581     modifications.put("GLZ", "GLY");
1582     modifications.put("GMA", "GLU");
1583     modifications.put("GMS", "GLY");
1584     modifications.put("GMU", "UR3");
1585     modifications.put("GN7", "GLY");
1586     modifications.put("GND", "XAA");
1587     modifications.put("GNE", "ASN");
1588     modifications.put("GOM", "GLY");
1589     modifications.put("GPL", "LYS");
1590     modifications.put("GS ", "GLY");
1591     modifications.put("GSC", "GLY");
1592     modifications.put("GSR", "GLY");
1593     modifications.put("GSS", "GLY");
1594     modifications.put("GSU", "GLU");
1595     modifications.put("GT9", "CYS");
1596     modifications.put("GTP", "GLY");
1597     modifications.put("GVL", "XAA");
1598     modifications.put("GYC", "CYG");
1599     modifications.put("GYS", "SYG");
1600     modifications.put("H2U", "UR3");
1601     modifications.put("H5M", "PRO");
1602     modifications.put("HAC", "ALA");
1603     modifications.put("HAR", "ARG");
1604     modifications.put("HBN", "HIS");
1605     modifications.put("HCS", "XAA");
1606     modifications.put("HDP", "UR3");
1607     modifications.put("HEU", "UR3");
1608     modifications.put("HFA", "XAA");
1609     modifications.put("HGL", "XAA");
1610     modifications.put("HHI", "HIS");
1611     modifications.put("HHK", "AK"); // check
1612     modifications.put("HIA", "HIS");
1613     modifications.put("HIC", "HIS");
1614     modifications.put("HIP", "HIS");
1615     modifications.put("HIQ", "HIS");
1616     modifications.put("HIS", "HIS");
1617     modifications.put("HL2", "LEU");
1618     modifications.put("HLU", "LEU");
1619     modifications.put("HMR", "ARG");
1620     modifications.put("HOL", "ASN");
1621     modifications.put("HPC", "PHE");
1622     modifications.put("HPE", "PHE");
1623     modifications.put("HPH", "PHE");
1624     modifications.put("HPQ", "PHE");
1625     modifications.put("HQA", "ALA");
1626     modifications.put("HRG", "ARG");
1627     modifications.put("HRP", "TRP");
1628     modifications.put("HS8", "HIS");
1629     modifications.put("HS9", "HIS");
1630     modifications.put("HSE", "SER");
1631     modifications.put("HSL", "SER");
1632     modifications.put("HSO", "HIS");
1633     modifications.put("HTI", "CYS");
1634     modifications.put("HTN", "ASN");
1635     modifications.put("HTR", "TRP");
1636     modifications.put("HV5", "ALA");
1637     modifications.put("HVA", "VAL");
1638     modifications.put("HY3", "PRO");
1639     modifications.put("HYP", "PRO");
1640     modifications.put("HZP", "PRO");
1641     modifications.put("I  ", "ILE");
1642     modifications.put("I2M", "ILE");
1643     modifications.put("I58", "LYS");
1644     modifications.put("I5C", "CYS");
1645     modifications.put("IAM", "ALA");
1646     modifications.put("IAR", "ARG");
1647     modifications.put("IAS", "ASP");
1648     modifications.put("IC ", "CYS");
1649     modifications.put("IEL", "LYS");
1650     modifications.put("IEY", "HYG");
1651     modifications.put("IG ", "GLY");
1652     modifications.put("IGL", "GLY");
1653     modifications.put("IGU", "GLY");
1654     modifications.put("IIC", "SHG");
1655     modifications.put("IIL", "ILE");
1656     modifications.put("ILE", "ILE");
1657     modifications.put("ILG", "GLU");
1658     modifications.put("ILX", "ILE");
1659     modifications.put("IMC", "CYS");
1660     modifications.put("IML", "ILE");
1661     modifications.put("IOY", "PHE");
1662     modifications.put("IPG", "GLY");
1663     modifications.put("IPN", "ASN");
1664     modifications.put("IRN", "ASN");
1665     modifications.put("IT1", "LYS");
1666     modifications.put("IU ", "UR3");
1667     modifications.put("IYR", "TYR");
1668     modifications.put("IYT", "THR");
1669     modifications.put("IZO", "MET");
1670     modifications.put("JJJ", "CYS");
1671     modifications.put("JJK", "CYS");
1672     modifications.put("JJL", "CYS");
1673     modifications.put("JW5", "ASN");
1674     modifications.put("K1R", "CYS");
1675     modifications.put("KAG", "GLY");
1676     modifications.put("KCX", "LYS");
1677     modifications.put("KGC", "LYS");
1678     modifications.put("KNB", "ALA");
1679     modifications.put("KOR", "MET");
1680     modifications.put("KPI", "LYS");
1681     modifications.put("KST", "LYS");
1682     modifications.put("KYQ", "LYS");
1683     modifications.put("L2A", "XAA");
1684     modifications.put("LA2", "LYS");
1685     modifications.put("LAA", "ASP");
1686     modifications.put("LAL", "ALA");
1687     modifications.put("LBY", "LYS");
1688     modifications.put("LC ", "CYS");
1689     modifications.put("LCA", "ALA");
1690     modifications.put("LCC", "ASN");
1691     modifications.put("LCG", "GLY");
1692     modifications.put("LCH", "ASN");
1693     modifications.put("LCK", "LYS");
1694     modifications.put("LCX", "LYS");
1695     modifications.put("LDH", "LYS");
1696     modifications.put("LED", "LEU");
1697     modifications.put("LEF", "LEU");
1698     modifications.put("LEH", "LEU");
1699     modifications.put("LEI", "VAL");
1700     modifications.put("LEM", "LEU");
1701     modifications.put("LEN", "LEU");
1702     modifications.put("LET", "XAA");
1703     modifications.put("LEU", "LEU");
1704     modifications.put("LEX", "LEU");
1705     modifications.put("LG ", "GLY");
1706     modifications.put("LGP", "GLY");
1707     modifications.put("LHC", "XAA");
1708     modifications.put("LHU", "UR3");
1709     modifications.put("LKC", "ASN");
1710     modifications.put("LLP", "LYS");
1711     modifications.put("LLY", "LYS");
1712     modifications.put("LME", "GLU");
1713     modifications.put("LMF", "LYS");
1714     modifications.put("LMQ", "GLN");
1715     modifications.put("LMS", "ASN");
1716     modifications.put("LP6", "LYS");
1717     modifications.put("LPD", "PRO");
1718     modifications.put("LPG", "GLY");
1719     modifications.put("LPL", "XAA");
1720     modifications.put("LPS", "SER");
1721     modifications.put("LSO", "XAA");
1722     modifications.put("LTA", "XAA");
1723     modifications.put("LTR", "TRP");
1724     modifications.put("LVG", "GLY");
1725     modifications.put("LVN", "VAL");
1726     modifications.put("LYF", "LYS");
1727     modifications.put("LYK", "LYS");
1728     modifications.put("LYM", "LYS");
1729     modifications.put("LYN", "LYS");
1730     modifications.put("LYR", "LYS");
1731     modifications.put("LYS", "LYS");
1732     modifications.put("LYX", "LYS");
1733     modifications.put("LYZ", "LYS");
1734     modifications.put("M0H", "CYS");
1735     modifications.put("M1G", "GLY");
1736     modifications.put("M2G", "GLY");
1737     modifications.put("M2L", "LYS");
1738     modifications.put("M2S", "MET");
1739     modifications.put("M30", "GLY");
1740     modifications.put("M3L", "LYS");
1741     modifications.put("M5M", "CYS");
1742     modifications.put("MA ", "ALA");
1743     modifications.put("MA6", "ALA");
1744     modifications.put("MA7", "ALA");
1745     modifications.put("MAA", "ALA");
1746     modifications.put("MAD", "ALA");
1747     modifications.put("MAI", "ARG");
1748     modifications.put("MBQ", "TYR");
1749     modifications.put("MBZ", "ASN");
1750     modifications.put("MC1", "SER");
1751     modifications.put("MCG", "XAA");
1752     modifications.put("MCL", "LYS");
1753     modifications.put("MCS", "CYS");
1754     modifications.put("MCY", "CYS");
1755     modifications.put("MD3", "CYS");
1756     modifications.put("MD6", "GLY");
1757     modifications.put("MDH", "XAA");
1758     modifications.put("MDO", "ASG");
1759     modifications.put("MDR", "ASN");
1760     modifications.put("MEA", "PHE");
1761     modifications.put("MED", "MET");
1762     modifications.put("MEG", "GLU");
1763     modifications.put("MEN", "ASN");
1764     modifications.put("MEP", "UR3");
1765     modifications.put("MEQ", "GLN");
1766     modifications.put("MET", "MET");
1767     modifications.put("MEU", "GLY");
1768     modifications.put("MF3", "XAA");
1769     modifications.put("MFC", "GYG");
1770     modifications.put("MG1", "GLY");
1771     modifications.put("MGG", "ARG");
1772     modifications.put("MGN", "GLN");
1773     modifications.put("MGQ", "ALA");
1774     modifications.put("MGV", "GLY");
1775     modifications.put("MGY", "GLY");
1776     modifications.put("MHL", "LEU");
1777     modifications.put("MHO", "MET");
1778     modifications.put("MHS", "HIS");
1779     modifications.put("MIA", "ALA");
1780     modifications.put("MIS", "SER");
1781     modifications.put("MK8", "LEU");
1782     modifications.put("ML3", "LYS");
1783     modifications.put("MLE", "LEU");
1784     modifications.put("MLL", "LEU");
1785     modifications.put("MLY", "LYS");
1786     modifications.put("MLZ", "LYS");
1787     modifications.put("MME", "MET");
1788     modifications.put("MMO", "ARG");
1789     modifications.put("MMT", "THR");
1790     modifications.put("MND", "ASN");
1791     modifications.put("MNL", "LEU");
1792     modifications.put("MNU", "UR3");
1793     modifications.put("MNV", "VAL");
1794     modifications.put("MOD", "XAA");
1795     modifications.put("MP8", "PRO");
1796     modifications.put("MPH", "XAA");
1797     modifications.put("MPJ", "XAA");
1798     modifications.put("MPQ", "GLY");
1799     modifications.put("MRG", "GLY");
1800     modifications.put("MSA", "GLY");
1801     modifications.put("MSE", "MET");
1802     modifications.put("MSL", "MET");
1803     modifications.put("MSO", "MET");
1804     modifications.put("MSP", "XAA");
1805     modifications.put("MT2", "MET");
1806     modifications.put("MTR", "THR");
1807     modifications.put("MTU", "ALA");
1808     modifications.put("MTY", "TYR");
1809     modifications.put("MVA", "VAL");
1810     modifications.put("N  ", "ASN");
1811     modifications.put("N10", "SER");
1812     modifications.put("N2C", "XAA");
1813     modifications.put("N5I", "ASN");
1814     modifications.put("N5M", "CYS");
1815     modifications.put("N6G", "GLY");
1816     modifications.put("N7P", "PRO");
1817     modifications.put("NA8", "ALA");
1818     modifications.put("NAL", "ALA");
1819     modifications.put("NAM", "ALA");
1820     modifications.put("NB8", "ASN");
1821     modifications.put("NBQ", "TYR");
1822     modifications.put("NC1", "SER");
1823     modifications.put("NCB", "ALA");
1824     modifications.put("NCX", "ASN");
1825     modifications.put("NCY", "XAA");
1826     modifications.put("NDF", "PHE");
1827     modifications.put("NDN", "UR3");
1828     modifications.put("NEM", "HIS");
1829     modifications.put("NEP", "HIS");
1830     modifications.put("NF2", "ASN");
1831     modifications.put("NFA", "PHE");
1832     modifications.put("NHL", "GLU");
1833     modifications.put("NIT", "XAA");
1834     modifications.put("NIY", "TYR");
1835     modifications.put("NLE", "LEU");
1836     modifications.put("NLN", "LEU");
1837     modifications.put("NLO", "LEU");
1838     modifications.put("NLP", "LEU");
1839     modifications.put("NLQ", "GLN");
1840     modifications.put("NMC", "GLY");
1841     modifications.put("NMM", "ARG");
1842     modifications.put("NMS", "THR");
1843     modifications.put("NMT", "THR");
1844     modifications.put("NNH", "ARG");
1845     modifications.put("NP3", "ASN");
1846     modifications.put("NPH", "CYS");
1847     modifications.put("NPI", "ALA");
1848     modifications.put("NRP", "LYG");
1849     modifications.put("NRQ", "MYG");
1850     modifications.put("NSK", "XAA");
1851     modifications.put("NTY", "TYR");
1852     modifications.put("NVA", "VAL");
1853     modifications.put("NYC", "TWG");
1854     modifications.put("NYG", "NYG");
1855     modifications.put("NYM", "ASN");
1856     modifications.put("NYS", "CYS");
1857     modifications.put("NZH", "HIS");
1858     modifications.put("O12", "XAA");
1859     modifications.put("O2C", "ASN");
1860     modifications.put("O2G", "GLY");
1861     modifications.put("OAD", "ASN");
1862     modifications.put("OAS", "SER");
1863     modifications.put("OBF", "XAA");
1864     modifications.put("OBS", "XAA");
1865     modifications.put("OCS", "CYS");
1866     modifications.put("OCY", "CYS");
1867     modifications.put("ODP", "ASN");
1868     modifications.put("OHI", "HIS");
1869     modifications.put("OHS", "ASP");
1870     modifications.put("OIC", "XAA");
1871     modifications.put("OIP", "ILE");
1872     modifications.put("OLE", "XAA");
1873     modifications.put("OLT", "THR");
1874     modifications.put("OLZ", "SER");
1875     modifications.put("OMC", "CYS");
1876     modifications.put("OMG", "GLY");
1877     modifications.put("OMT", "MET");
1878     modifications.put("OMU", "UR3");
1879     modifications.put("ONE", "UR3");
1880     modifications.put("ONH", "ALA");
1881     modifications.put("ONL", "XAA");
1882     modifications.put("OPR", "ARG");
1883     modifications.put("ORN", "ALA");
1884     modifications.put("ORQ", "ARG");
1885     modifications.put("OSE", "SER");
1886     modifications.put("OTB", "XAA");
1887     modifications.put("OTH", "THR");
1888     modifications.put("OTY", "TYR");
1889     modifications.put("OXX", "ASP");
1890     modifications.put("P  ", "GLY");
1891     modifications.put("P1L", "CYS");
1892     modifications.put("P1P", "ASN");
1893     modifications.put("P2T", "THR");
1894     modifications.put("P2U", "UR3");
1895     modifications.put("P2Y", "PRO");
1896     modifications.put("P5P", "ALA");
1897     modifications.put("PAQ", "TYR");
1898     modifications.put("PAS", "ASP");
1899     modifications.put("PAT", "TRP");
1900     modifications.put("PAU", "ALA");
1901     modifications.put("PBB", "CYS");
1902     modifications.put("PBF", "PHE");
1903     modifications.put("PBT", "ASN");
1904     modifications.put("PCA", "GLU");
1905     modifications.put("PCC", "PRO");
1906     modifications.put("PCE", "XAA");
1907     modifications.put("PCS", "PHE");
1908     modifications.put("PDL", "XAA");
1909     modifications.put("PDU", "UR3");
1910     modifications.put("PEC", "CYS");
1911     modifications.put("PF5", "PHE");
1912     modifications.put("PFF", "PHE");
1913     modifications.put("PFX", "XAA");
1914     modifications.put("PG1", "SER");
1915     modifications.put("PG7", "GLY");
1916     modifications.put("PG9", "GLY");
1917     modifications.put("PGL", "XAA");
1918     modifications.put("PGN", "GLY");
1919     modifications.put("PGP", "GLY");
1920     modifications.put("PGY", "GLY");
1921     modifications.put("PHA", "PHE");
1922     modifications.put("PHD", "ASP");
1923     modifications.put("PHE", "PHE");
1924     modifications.put("PHI", "PHE");
1925     modifications.put("PHL", "PHE");
1926     modifications.put("PHM", "PHE");
1927     modifications.put("PIA", "AYG");
1928     modifications.put("PIV", "XAA");
1929     modifications.put("PLE", "LEU");
1930     modifications.put("PM3", "PHE");
1931     modifications.put("PMT", "CYS");
1932     modifications.put("POM", "PRO");
1933     modifications.put("PPN", "PHE");
1934     modifications.put("PPU", "ALA");
1935     modifications.put("PPW", "GLY");
1936     modifications.put("PQ1", "ASN");
1937     modifications.put("PR3", "CYS");
1938     modifications.put("PR5", "ALA");
1939     modifications.put("PR9", "PRO");
1940     modifications.put("PRN", "ALA");
1941     modifications.put("PRO", "PRO");
1942     modifications.put("PRS", "PRO");
1943     modifications.put("PSA", "PHE");
1944     modifications.put("PSH", "HIS");
1945     modifications.put("PST", "THR");
1946     modifications.put("PSU", "UR3");
1947     modifications.put("PSW", "CYS");
1948     modifications.put("PTA", "XAA");
1949     modifications.put("PTH", "TYR");
1950     modifications.put("PTM", "TYR");
1951     modifications.put("PTR", "TYR");
1952     modifications.put("PU ", "ALA");
1953     modifications.put("PUY", "ASN");
1954     modifications.put("PVH", "HIS");
1955     modifications.put("PVL", "XAA");
1956     modifications.put("PYA", "ALA");
1957     modifications.put("PYO", "UR3");
1958     modifications.put("PYX", "CYS");
1959     modifications.put("PYY", "ASN");
1960     modifications.put("QLG", "QLG");
1961     modifications.put("QMM", "GLN");
1962     modifications.put("QPA", "CYS");
1963     modifications.put("QPH", "PHE");
1964     modifications.put("QUO", "GLY");
1965     modifications.put("R  ", "ALA");
1966     modifications.put("R1A", "CYS");
1967     modifications.put("R4K", "TRP");
1968     modifications.put("RC7", "HYG");
1969     modifications.put("RE0", "TRP");
1970     modifications.put("RE3", "TRP");
1971     modifications.put("RIA", "ALA");
1972     modifications.put("RMP", "ALA");
1973     modifications.put("RON", "XAA");
1974     modifications.put("RT ", "THR");
1975     modifications.put("RTP", "ASN");
1976     modifications.put("S1H", "SER");
1977     modifications.put("S2C", "CYS");
1978     modifications.put("S2D", "ALA");
1979     modifications.put("S2M", "THR");
1980     modifications.put("S2P", "ALA");
1981     modifications.put("S4A", "ALA");
1982     modifications.put("S4C", "CYS");
1983     modifications.put("S4G", "GLY");
1984     modifications.put("S4U", "UR3");
1985     modifications.put("S6G", "GLY");
1986     modifications.put("SAC", "SER");
1987     modifications.put("SAH", "CYS");
1988     modifications.put("SAR", "GLY");
1989     modifications.put("SBL", "SER");
1990     modifications.put("SC ", "CYS");
1991     modifications.put("SCH", "CYS");
1992     modifications.put("SCS", "CYS");
1993     modifications.put("SCY", "CYS");
1994     modifications.put("SD2", "XAA");
1995     modifications.put("SDG", "GLY");
1996     modifications.put("SDP", "SER");
1997     modifications.put("SEB", "SER");
1998     modifications.put("SEC", "ALA");
1999     modifications.put("SEG", "ALA");
2000     modifications.put("SEL", "SER");
2001     modifications.put("SEM", "SER");
2002     modifications.put("SEN", "SER");
2003     modifications.put("SEP", "SER");
2004     modifications.put("SER", "SER");
2005     modifications.put("SET", "SER");
2006     modifications.put("SGB", "SER");
2007     modifications.put("SHC", "CYS");
2008     modifications.put("SHP", "GLY");
2009     modifications.put("SHR", "LYS");
2010     modifications.put("SIB", "CYS");
2011     modifications.put("SIC", "DC"); // check
2012     modifications.put("SLA", "PRO");
2013     modifications.put("SLR", "PRO");
2014     modifications.put("SLZ", "LYS");
2015     modifications.put("SMC", "CYS");
2016     modifications.put("SME", "MET");
2017     modifications.put("SMF", "PHE");
2018     modifications.put("SMP", "ALA");
2019     modifications.put("SMT", "THR");
2020     modifications.put("SNC", "CYS");
2021     modifications.put("SNN", "ASN");
2022     modifications.put("SOC", "CYS");
2023     modifications.put("SOS", "ASN");
2024     modifications.put("SOY", "SER");
2025     modifications.put("SPT", "THR");
2026     modifications.put("SRA", "ALA");
2027     modifications.put("SSU", "UR3");
2028     modifications.put("STY", "TYR");
2029     modifications.put("SUB", "XAA");
2030     modifications.put("SUI", "DG");
2031     modifications.put("SUN", "SER");
2032     modifications.put("SUR", "UR3");
2033     modifications.put("SVA", "SER");
2034     modifications.put("SVV", "SER");
2035     modifications.put("SVW", "SER");
2036     modifications.put("SVX", "SER");
2037     modifications.put("SVY", "SER");
2038     modifications.put("SVZ", "XAA");
2039     modifications.put("SWG", "SWG");
2040     modifications.put("SYS", "CYS");
2041     modifications.put("T  ", "THR");
2042     modifications.put("T11", "PHE");
2043     modifications.put("T23", "THR");
2044     modifications.put("T2S", "THR");
2045     modifications.put("T2T", "ASN");
2046     modifications.put("T31", "UR3");
2047     modifications.put("T32", "THR");
2048     modifications.put("T36", "THR");
2049     modifications.put("T37", "THR");
2050     modifications.put("T38", "THR");
2051     modifications.put("T39", "THR");
2052     modifications.put("T3P", "THR");
2053     modifications.put("T41", "THR");
2054     modifications.put("T48", "THR");
2055     modifications.put("T49", "THR");
2056     modifications.put("T4S", "THR");
2057     modifications.put("T5O", "UR3");
2058     modifications.put("T5S", "THR");
2059     modifications.put("T66", "XAA");
2060     modifications.put("T6A", "ALA");
2061     modifications.put("TA3", "THR");
2062     modifications.put("TA4", "XAA");
2063     modifications.put("TAF", "THR");
2064     modifications.put("TAL", "ASN");
2065     modifications.put("TAV", "ASP");
2066     modifications.put("TBG", "VAL");
2067     modifications.put("TBM", "THR");
2068     modifications.put("TC1", "CYS");
2069     modifications.put("TCP", "THR");
2070     modifications.put("TCQ", "TYR");
2071     modifications.put("TCR", "TRP");
2072     modifications.put("TCY", "ALA");
2073     modifications.put("TDD", "LEU");
2074     modifications.put("TDY", "THR");
2075     modifications.put("TFE", "THR");
2076     modifications.put("TFO", "ALA");
2077     modifications.put("TFQ", "PHE");
2078     modifications.put("TFT", "THR");
2079     modifications.put("TGP", "GLY");
2080     modifications.put("TH6", "THR");
2081     modifications.put("THC", "THR");
2082     modifications.put("THO", "XAA");
2083     modifications.put("THR", "THR");
2084     modifications.put("THX", "ASN");
2085     modifications.put("THZ", "ARG");
2086     modifications.put("TIH", "ALA");
2087     modifications.put("TLB", "ASN");
2088     modifications.put("TLC", "THR");
2089     modifications.put("TLN", "UR3");
2090     modifications.put("TMB", "THR");
2091     modifications.put("TMD", "THR");
2092     modifications.put("TNB", "CYS");
2093     modifications.put("TNR", "SER");
2094     modifications.put("TOX", "TRP");
2095     modifications.put("TP1", "THR");
2096     modifications.put("TPC", "CYS");
2097     modifications.put("TPG", "GLY");
2098     modifications.put("TPH", "XAA");
2099     modifications.put("TPL", "TRP");
2100     modifications.put("TPO", "THR");
2101     modifications.put("TPQ", "TYR");
2102     modifications.put("TQI", "TRP");
2103     modifications.put("TQQ", "TRP");
2104     modifications.put("TRF", "TRP");
2105     modifications.put("TRG", "LYS");
2106     modifications.put("TRN", "TRP");
2107     modifications.put("TRO", "TRP");
2108     modifications.put("TRP", "TRP");
2109     modifications.put("TRQ", "TRP");
2110     modifications.put("TRW", "TRP");
2111     modifications.put("TRX", "TRP");
2112     modifications.put("TS ", "ASN");
2113     modifications.put("TST", "XAA");
2114     modifications.put("TT ", "ASN");
2115     modifications.put("TTD", "THR");
2116     modifications.put("TTI", "UR3");
2117     modifications.put("TTM", "THR");
2118     modifications.put("TTQ", "TRP");
2119     modifications.put("TTS", "TYR");
2120     modifications.put("TY1", "TYR");
2121     modifications.put("TY2", "TYR");
2122     modifications.put("TY3", "TYR");
2123     modifications.put("TY5", "TYR");
2124     modifications.put("TYB", "TYR");
2125     modifications.put("TYI", "TYR");
2126     modifications.put("TYJ", "TYR");
2127     modifications.put("TYN", "TYR");
2128     modifications.put("TYO", "TYR");
2129     modifications.put("TYQ", "TYR");
2130     modifications.put("TYR", "TYR");
2131     modifications.put("TYS", "TYR");
2132     modifications.put("TYT", "TYR");
2133     modifications.put("TYU", "ASN");
2134     modifications.put("TYW", "TYR");
2135     modifications.put("TYX", "XAA");
2136     modifications.put("TYY", "TYR");
2137     modifications.put("TZB", "XAA");
2138     modifications.put("TZO", "XAA");
2139     modifications.put("U  ", "UR3");
2140     modifications.put("U25", "UR3");
2141     modifications.put("U2L", "UR3");
2142     modifications.put("U2N", "UR3");
2143     modifications.put("U2P", "UR3");
2144     modifications.put("U31", "UR3");
2145     modifications.put("U33", "UR3");
2146     modifications.put("U34", "UR3");
2147     modifications.put("U36", "UR3");
2148     modifications.put("U37", "UR3");
2149     modifications.put("U8U", "UR3");
2150     modifications.put("UAR", "UR3");
2151     modifications.put("UCL", "UR3");
2152     modifications.put("UD5", "UR3");
2153     modifications.put("UDP", "ASN");
2154     modifications.put("UFP", "ASN");
2155     modifications.put("UFR", "UR3");
2156     modifications.put("UFT", "UR3");
2157     modifications.put("UMA", "ALA");
2158     modifications.put("UMP", "UR3");
2159     modifications.put("UMS", "UR3");
2160     modifications.put("UN1", "XAA");
2161     modifications.put("UN2", "XAA");
2162     modifications.put("UNK", "XAA");
2163     modifications.put("UR3", "UR3");
2164     modifications.put("URD", "UR3");
2165     modifications.put("US1", "UR3");
2166     modifications.put("US2", "UR3");
2167     modifications.put("US3", "THR");
2168     modifications.put("US5", "UR3");
2169     modifications.put("USM", "UR3");
2170     modifications.put("VAD", "VAL");
2171     modifications.put("VAF", "VAL");
2172     modifications.put("VAL", "VAL");
2173     modifications.put("VB1", "LYS");
2174     modifications.put("VDL", "XAA");
2175     modifications.put("VLL", "XAA");
2176     modifications.put("VLM", "XAA");
2177     modifications.put("VMS", "XAA");
2178     modifications.put("VOL", "XAA");
2179     modifications.put("WCR", "GYG");
2180     modifications.put("X  ", "GLY");
2181     modifications.put("X2W", "GLU");
2182     modifications.put("X4A", "ASN");
2183     modifications.put("X9Q", "AFG");
2184     modifications.put("XAD", "ALA");
2185     modifications.put("XAE", "ASN");
2186     modifications.put("XAL", "ALA");
2187     modifications.put("XAR", "ASN");
2188     modifications.put("XCL", "CYS");
2189     modifications.put("XCN", "CYS");
2190     modifications.put("XCP", "XAA");
2191     modifications.put("XCR", "CYS");
2192     modifications.put("XCS", "ASN");
2193     modifications.put("XCT", "CYS");
2194     modifications.put("XCY", "CYS");
2195     modifications.put("XGA", "ASN");
2196     modifications.put("XGL", "GLY");
2197     modifications.put("XGR", "GLY");
2198     modifications.put("XGU", "GLY");
2199     modifications.put("XPR", "PRO");
2200     modifications.put("XSN", "ASN");
2201     modifications.put("XTH", "THR");
2202     modifications.put("XTL", "THR");
2203     modifications.put("XTR", "THR");
2204     modifications.put("XTS", "GLY");
2205     modifications.put("XTY", "ASN");
2206     modifications.put("XUA", "ALA");
2207     modifications.put("XUG", "GLY");
2208     modifications.put("XX1", "LYS");
2209     modifications.put("XXY", "THG");
2210     modifications.put("XYG", "DYG");
2211     modifications.put("Y  ", "ALA");
2212     modifications.put("YCM", "CYS");
2213     modifications.put("YG ", "GLY");
2214     modifications.put("YOF", "TYR");
2215     modifications.put("YRR", "ASN");
2216     modifications.put("YYG", "GLY");
2217     modifications.put("Z  ", "CYS");
2218     modifications.put("Z01", "ALA");
2219     modifications.put("ZAD", "ALA");
2220     modifications.put("ZAL", "ALA");
2221     modifications.put("ZBC", "CYS");
2222     modifications.put("ZBU", "UR3");
2223     modifications.put("ZCL", "PHE");
2224     modifications.put("ZCY", "CYS");
2225     modifications.put("ZDU", "UR3");
2226     modifications.put("ZFB", "XAA");
2227     modifications.put("ZGU", "GLY");
2228     modifications.put("ZHP", "ASN");
2229     modifications.put("ZTH", "THR");
2230     modifications.put("ZU0", "THR");
2231     modifications.put("ZZJ", "ALA");
2232
2233   }
2234
2235   public static String getCanonicalAminoAcid(String aA)
2236   {
2237     String canonical = modifications.get(aA);
2238     return canonical == null ? aA : canonical;
2239   }
2240
2241   // main method generates perl representation of residue property hash
2242   // / cut here
2243   public static void main(String[] args)
2244   {
2245     Hashtable<String, Vector<String>> aaProps = new Hashtable<>();
2246     System.out.println("my %aa = {");
2247     // invert property hashes
2248     for (String pname : propHash.keySet())
2249     {
2250       Map<String, Integer> phash = propHash.get(pname);
2251       for (String rname : phash.keySet())
2252       {
2253         Vector<String> aprops = aaProps.get(rname);
2254         if (aprops == null)
2255         {
2256           aprops = new Vector<>();
2257           aaProps.put(rname, aprops);
2258         }
2259         Integer hasprop = phash.get(rname);
2260         if (hasprop.intValue() == 1)
2261         {
2262           aprops.addElement(pname);
2263         }
2264       }
2265     }
2266     Enumeration<String> res = aaProps.keys();
2267     while (res.hasMoreElements())
2268     {
2269       String rname = res.nextElement();
2270
2271       System.out.print("'" + rname + "' => [");
2272       Enumeration<String> props = aaProps.get(rname).elements();
2273       while (props.hasMoreElements())
2274       {
2275         System.out.print("'" + props.nextElement() + "'");
2276         if (props.hasMoreElements())
2277         {
2278           System.out.println(", ");
2279         }
2280       }
2281       System.out.println("]" + (res.hasMoreElements() ? "," : ""));
2282     }
2283     System.out.println("};");
2284   }
2285
2286   // to here
2287
2288   /**
2289    * Returns a list of residue characters for the specified inputs
2290    *
2291    * @param forNucleotide
2292    * @param includeAmbiguous
2293    * @return
2294    */
2295   public static List<String> getResidues(boolean forNucleotide,
2296           boolean includeAmbiguous)
2297   {
2298     List<String> result = new ArrayList<>();
2299     if (forNucleotide)
2300     {
2301       for (String nuc : nucleotideName.keySet())
2302       {
2303         int val = nucleotideIndex[nuc.charAt(0)];
2304         if ((!includeAmbiguous && val > 4) || (val >= maxNucleotideIndex))
2305         {
2306           continue;
2307         }
2308         nuc = nuc.toUpperCase();
2309         if (!result.contains(nuc))
2310         {
2311           result.add(nuc);
2312         }
2313       }
2314     }
2315     else
2316     {
2317       /*
2318        * Peptide
2319        */
2320       for (String res : aa3Hash.keySet())
2321       {
2322         int index = aa3Hash.get(res).intValue();
2323         if ((!includeAmbiguous && index >= 20) || index >= maxProteinIndex)
2324         {
2325           continue;
2326         }
2327         res = res.toUpperCase();
2328         if (!result.contains(res))
2329         {
2330           result.add(res);
2331         }
2332       }
2333     }
2334
2335     return result;
2336   }
2337
2338   /**
2339    * Returns the single letter code for a three letter code, or '0' if not known
2340    *
2341    * @param threeLetterCode
2342    *          not case sensitive
2343    * @return
2344    */
2345   public static char getSingleCharacterCode(String threeLetterCode)
2346   {
2347     if (threeLetterCode == null)
2348     {
2349       return '0';
2350     }
2351     Integer index = ResidueProperties.aa3Hash
2352             .get(threeLetterCode.toUpperCase());
2353     return index == null ? '0' : aa[index].charAt(0);
2354   }
2355 }