apparent bug in JpredFile parser where annotation was not being removed from alignmen...
[jalview.git] / src / jalview / schemes / ScoreColourScheme.java
1 /*\r
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
4  *\r
5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
9  *\r
10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
13  * GNU General Public License for more details.\r
14  *\r
15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
18  */\r
19 package jalview.schemes;\r
20 \r
21 import java.awt.*;\r
22 \r
23 /**\r
24  * DOCUMENT ME!\r
25  *\r
26  * @author $author$\r
27  * @version $Revision$\r
28  */\r
29 public class ScoreColourScheme\r
30     extends ResidueColourScheme\r
31 {\r
32   /** DOCUMENT ME!! */\r
33   public double min;\r
34 \r
35   /** DOCUMENT ME!! */\r
36   public double max;\r
37 \r
38   /** DOCUMENT ME!! */\r
39   public double[] scores;\r
40 \r
41   /**\r
42    * Creates a new ScoreColourScheme object.\r
43    *\r
44    * @param scores DOCUMENT ME!\r
45    * @param min DOCUMENT ME!\r
46    * @param max DOCUMENT ME!\r
47    */\r
48   public ScoreColourScheme(double[] scores, double min, double max)\r
49   {\r
50     super();\r
51 \r
52     this.scores = scores;\r
53     this.min = min;\r
54     this.max = max;\r
55 \r
56     // Make colours in constructor\r
57     // Why wasn't this done earlier?\r
58     int i, iSize = scores.length;\r
59     colors = new Color[scores.length];\r
60     for (i = 0; i < iSize; i++)\r
61     {\r
62       float red = (float) (scores[i] - (float) min) / (float) (max - min);\r
63 \r
64       if (red > 1.0f)\r
65       {\r
66         red = 1.0f;\r
67       }\r
68 \r
69       if (red < 0.0f)\r
70       {\r
71         red = 0.0f;\r
72       }\r
73       colors[i] = makeColour(red);\r
74     }\r
75   }\r
76 \r
77   /**\r
78    * DOCUMENT ME!\r
79    *\r
80    * @param s DOCUMENT ME!\r
81    * @param j DOCUMENT ME!\r
82    *\r
83    * @return DOCUMENT ME!\r
84    */\r
85   public Color findColour(char c, int j)\r
86   {\r
87     if (threshold > 0)\r
88     {\r
89       if (!aboveThreshold(c, j))\r
90       {\r
91         return Color.white;\r
92       }\r
93     }\r
94 \r
95     if (jalview.util.Comparison.isGap(c))\r
96     {\r
97       return Color.white;\r
98     }\r
99 \r
100     Color currentColour = colors[ResidueProperties.aaIndex[c]];\r
101 \r
102     if (conservationColouring)\r
103     {\r
104       currentColour = applyConservation(currentColour, j);\r
105     }\r
106 \r
107     return currentColour;\r
108   }\r
109 \r
110   /**\r
111    * DOCUMENT ME!\r
112    *\r
113    * @param c DOCUMENT ME!\r
114    *\r
115    * @return DOCUMENT ME!\r
116    */\r
117   public Color makeColour(float c)\r
118   {\r
119     return new Color(c, (float) 0.0, (float) 1.0 - c);\r
120   }\r
121 }\r