src/jalview/schemes/ScoreColourScheme.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.schemes;\r
  20 \r
  21 import java.awt.*;\r
  22 \r
  23 /**\r
  24  * DOCUMENT ME!\r
  25  *\r
  26  * @author $author$\r
  27  * @version $Revision$\r
  28  */\r
  29 public class ScoreColourScheme\r
  30     extends ResidueColourScheme\r
  31 {\r
  32   /** DOCUMENT ME!! */\r
  33   public double min;\r
  34 \r
  35   /** DOCUMENT ME!! */\r
  36   public double max;\r
  37 \r
  38   /** DOCUMENT ME!! */\r
  39   public double[] scores;\r
  40 \r
  41   /**\r
  42    * Creates a new ScoreColourScheme object.\r
  43    *\r
  44    * @param scores DOCUMENT ME!\r
  45    * @param min DOCUMENT ME!\r
  46    * @param max DOCUMENT ME!\r
  47    */\r
  48   public ScoreColourScheme(double[] scores, double min, double max)\r
  49   {\r
  50     super();\r
  51 \r
  52     this.scores = scores;\r
  53     this.min = min;\r
  54     this.max = max;\r
  55 \r
  56     // Make colours in constructor\r
  57     // Why wasn't this done earlier?\r
  58     int i, iSize = scores.length;\r
  59     colors = new Color[scores.length];\r
  60     for (i = 0; i < iSize; i++)\r
  61     {\r
  62       float red = (float) (scores[i] - (float) min) / (float) (max - min);\r
  63 \r
  64       if (red > 1.0f)\r
  65       {\r
  66         red = 1.0f;\r
  67       }\r
  68 \r
  69       if (red < 0.0f)\r
  70       {\r
  71         red = 0.0f;\r
  72       }\r
  73       colors[i] = makeColour(red);\r
  74     }\r
  75   }\r
  76 \r
  77   /**\r
  78    * DOCUMENT ME!\r
  79    *\r
  80    * @param s DOCUMENT ME!\r
  81    * @param j DOCUMENT ME!\r
  82    *\r
  83    * @return DOCUMENT ME!\r
  84    */\r
  85   public Color findColour(char c, int j)\r
  86   {\r
  87     if (threshold > 0)\r
  88     {\r
  89       if (!aboveThreshold(c, j))\r
  90       {\r
  91         return Color.white;\r
  92       }\r
  93     }\r
  94 \r
  95     if (jalview.util.Comparison.isGap(c))\r
  96     {\r
  97       return Color.white;\r
  98     }\r
  99 \r
 100     Color currentColour = colors[ResidueProperties.aaIndex[c]];\r
 101 \r
 102     if (conservationColouring)\r
 103     {\r
 104       currentColour = applyConservation(currentColour, j);\r
 105     }\r
 106 \r
 107     return currentColour;\r
 108   }\r
 109 \r
 110   /**\r
 111    * DOCUMENT ME!\r
 112    *\r
 113    * @param c DOCUMENT ME!\r
 114    *\r
 115    * @return DOCUMENT ME!\r
 116    */\r
 117   public Color makeColour(float c)\r
 118   {\r
 119     return new Color(c, (float) 0.0, (float) 1.0 - c);\r
 120   }\r
 121 }\r