Use font.getName, not font.getFontName
[jalview.git] / src / jalview / schemes / ScoreColourScheme.java
1 /*\r
2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
4 *\r
5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
9 *\r
10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
13 * GNU General Public License for more details.\r
14 *\r
15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
18 */\r
19 package jalview.schemes;\r
20 \r
21 import java.awt.*;\r
22 \r
23 \r
24 /**\r
25  * DOCUMENT ME!\r
26  *\r
27  * @author $author$\r
28  * @version $Revision$\r
29  */\r
30 public class ScoreColourScheme extends ResidueColourScheme\r
31 {\r
32     /** DOCUMENT ME!! */\r
33     public double min;\r
34 \r
35     /** DOCUMENT ME!! */\r
36     public double max;\r
37 \r
38     /** DOCUMENT ME!! */\r
39     public double[] scores;\r
40 \r
41     /**\r
42      * Creates a new ScoreColourScheme object.\r
43      *\r
44      * @param scores DOCUMENT ME!\r
45      * @param min DOCUMENT ME!\r
46      * @param max DOCUMENT ME!\r
47      */\r
48     public ScoreColourScheme(double[] scores, double min, double max)\r
49     {\r
50         super();\r
51 \r
52         this.scores = scores;\r
53         this.min = min;\r
54         this.max = max;\r
55     }\r
56 \r
57     /**\r
58      * DOCUMENT ME!\r
59      *\r
60      * @param s DOCUMENT ME!\r
61      * @param j DOCUMENT ME!\r
62      *\r
63      * @return DOCUMENT ME!\r
64      */\r
65     public Color findColour(String s, int j)\r
66     {\r
67         if (threshold > 0)\r
68         {\r
69             if (!aboveThreshold(s, j))\r
70             {\r
71                 return Color.white;\r
72             }\r
73         }\r
74 \r
75         float red = (float) (scores[((Integer) ResidueProperties.aaHash.get(s)).intValue()] -\r
76             (float) min) / (float) (max - min);\r
77 \r
78         if (red > 1.0f)\r
79         {\r
80             red = 1.0f;\r
81         }\r
82 \r
83         if (red < 0.0f)\r
84         {\r
85             red = 0.0f;\r
86         }\r
87 \r
88         char c = s.charAt(0);\r
89 \r
90         if (jalview.util.Comparison.isGap((c)))\r
91         {\r
92             return Color.white;\r
93         }\r
94 \r
95         // This isn';t great - pool of colours in here?\r
96         return makeColour(red);\r
97     }\r
98 \r
99     /**\r
100      * DOCUMENT ME!\r
101      *\r
102      * @param c DOCUMENT ME!\r
103      *\r
104      * @return DOCUMENT ME!\r
105      */\r
106     public Color makeColour(float c)\r
107     {\r
108         return new Color(c, (float) 0.0, (float) 1.0 - c);\r
109     }\r
110 }\r