Send gapChar to print original Data
[jalview.git] / src / jalview / schemes / ScoreColourScheme.java
1 /*\r
2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
4 *\r
5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
9 *\r
10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
13 * GNU General Public License for more details.\r
14 *\r
15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
18 */\r
19 package jalview.schemes;\r
20 \r
21 import java.awt.*;\r
22 \r
23 \r
24 /**\r
25  * DOCUMENT ME!\r
26  *\r
27  * @author $author$\r
28  * @version $Revision$\r
29  */\r
30 public class ScoreColourScheme extends ResidueColourScheme\r
31 {\r
32     /** DOCUMENT ME!! */\r
33     public double min;\r
34 \r
35     /** DOCUMENT ME!! */\r
36     public double max;\r
37 \r
38     /** DOCUMENT ME!! */\r
39     public double[] scores;\r
40 \r
41     /**\r
42      * Creates a new ScoreColourScheme object.\r
43      *\r
44      * @param scores DOCUMENT ME!\r
45      * @param min DOCUMENT ME!\r
46      * @param max DOCUMENT ME!\r
47      */\r
48     public ScoreColourScheme(double[] scores, double min, double max)\r
49     {\r
50         super();\r
51 \r
52         this.scores = scores;\r
53         this.min = min;\r
54         this.max = max;\r
55 \r
56         // Make colours in constructor\r
57         // Why wasn't this done earlier?\r
58         int i, iSize=scores.length;\r
59         colors = new Color[scores.length];\r
60         for (i = 0; i < iSize; i++)\r
61         {\r
62           float red = (float) (scores[i] - (float) min) / (float) (max - min);\r
63 \r
64           if (red > 1.0f)\r
65           {\r
66             red = 1.0f;\r
67           }\r
68 \r
69           if (red < 0.0f)\r
70           {\r
71             red = 0.0f;\r
72           }\r
73           colors[i] = makeColour(red);\r
74         }\r
75     }\r
76 \r
77     /**\r
78      * DOCUMENT ME!\r
79      *\r
80      * @param s DOCUMENT ME!\r
81      * @param j DOCUMENT ME!\r
82      *\r
83      * @return DOCUMENT ME!\r
84      */\r
85     public Color findColour(String s, int j)\r
86     {\r
87         if (threshold > 0)\r
88         {\r
89             if (!aboveThreshold(s, j))\r
90             {\r
91                 return Color.white;\r
92             }\r
93         }\r
94 \r
95         char c = s.charAt(0);\r
96 \r
97         if (jalview.util.Comparison.isGap((c)))\r
98         {\r
99             return Color.white;\r
100         }\r
101 \r
102         currentColour = colors[((Integer) ResidueProperties.aaHash.get(s)).intValue()];\r
103 \r
104         if(conservationColouring)\r
105          applyConservation(j);\r
106 \r
107         return currentColour;\r
108     }\r
109 \r
110     /**\r
111      * DOCUMENT ME!\r
112      *\r
113      * @param c DOCUMENT ME!\r
114      *\r
115      * @return DOCUMENT ME!\r
116      */\r
117     public Color makeColour(float c)\r
118     {\r
119         return new Color(c, (float) 0.0, (float) 1.0 - c);\r
120     }\r
121 }\r