src/jalview/schemes/ScoreMatrix.java

   1 package jalview.schemes;\r
   2 \r
   3 public class ScoreMatrix {\r
   4   String name;\r
   5   /**\r
   6    * reference to integer score matrix\r
   7    */\r
   8   int[][] matrix;\r
   9   /**\r
  10    * 0 for Protein Score matrix. 1 for dna score matrix\r
  11    */\r
  12   int type;\r
  13   ScoreMatrix(String name, int[][] matrix, int type) {\r
  14     this.matrix=matrix;\r
  15     this.type=type;\r
  16   }\r
  17   public boolean isDNA() {\r
  18     return type==1;\r
  19   }\r
  20   public boolean isProtein() {\r
  21     return type==0;\r
  22   }\r
  23   public int[][] getMatrix() {\r
  24     return matrix;\r
  25   }\r
  26   /**\r
  27    * \r
  28    * @param A1\r
  29    * @param A2\r
  30    * @return score for substituting first char in A1 with first char in A2\r
  31    */\r
  32   public int getPairwiseScore(String A1, String A2)\r
  33   {\r
  34     return getPairwiseScore(A1.charAt(0),A2.charAt(0));\r
  35   }\r
  36   public int getPairwiseScore(char c, char d) {\r
  37     int pog = 0;\r
  38 \r
  39     try\r
  40     {\r
  41       int a = (type==0) ? ResidueProperties.aaIndex[c] : ResidueProperties.nucleotideIndex[c];\r
  42       int b = (type==0) ? ResidueProperties.aaIndex[d] : ResidueProperties.nucleotideIndex[d];\r
  43 \r
  44       pog = matrix[a][b];\r
  45     }\r
  46     catch (Exception e)\r
  47     {\r
  48       //System.out.println("Unknown residue in " + A1 + " " + A2);\r
  49     }\r
  50 \r
  51     return pog;\r
  52   }\r
  53 \r
  54 }\r