src/jalview/schemes/ScoreMatrix.java

   1 package jalview.schemes;\r
   2 \r
   3 public class ScoreMatrix\r
   4 {\r
   5   String name;\r
   6   /**\r
   7    * reference to integer score matrix\r
   8    */\r
   9   int[][] matrix;\r
  10   /**\r
  11    * 0 for Protein Score matrix. 1 for dna score matrix\r
  12    */\r
  13   int type;\r
  14   ScoreMatrix(String name, int[][] matrix, int type)\r
  15   {\r
  16     this.matrix = matrix;\r
  17     this.type = type;\r
  18   }\r
  19 \r
  20   public boolean isDNA()\r
  21   {\r
  22     return type == 1;\r
  23   }\r
  24 \r
  25   public boolean isProtein()\r
  26   {\r
  27     return type == 0;\r
  28   }\r
  29 \r
  30   public int[][] getMatrix()\r
  31   {\r
  32     return matrix;\r
  33   }\r
  34 \r
  35   /**\r
  36    *\r
  37    * @param A1\r
  38    * @param A2\r
  39    * @return score for substituting first char in A1 with first char in A2\r
  40    */\r
  41   public int getPairwiseScore(String A1, String A2)\r
  42   {\r
  43     return getPairwiseScore(A1.charAt(0), A2.charAt(0));\r
  44   }\r
  45 \r
  46   public int getPairwiseScore(char c, char d)\r
  47   {\r
  48     int pog = 0;\r
  49 \r
  50     try\r
  51     {\r
  52       int a = (type == 0) ? ResidueProperties.aaIndex[c] :\r
  53           ResidueProperties.nucleotideIndex[c];\r
  54       int b = (type == 0) ? ResidueProperties.aaIndex[d] :\r
  55           ResidueProperties.nucleotideIndex[d];\r
  56 \r
  57       pog = matrix[a][b];\r
  58     }\r
  59     catch (Exception e)\r
  60     {\r
  61       //System.out.println("Unknown residue in " + A1 + " " + A2);\r
  62     }\r
  63 \r
  64     return pog;\r
  65   }\r
  66 \r
  67 }\r