JAL-1834 removed quotes around truncated strings with ellipsis
[jalview.git] / src / jalview / schemes / TCoffeeColourScheme.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
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8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
10  * of the License, or (at your option) any later version.
11  *  
12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
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14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
20  */
21 package jalview.schemes;
22
23 import jalview.analysis.SequenceIdMatcher;
24 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
25 import jalview.datamodel.AlignmentI;
26 import jalview.datamodel.AnnotatedCollectionI;
27 import jalview.datamodel.Annotation;
28 import jalview.datamodel.SequenceCollectionI;
29 import jalview.datamodel.SequenceI;
30 import jalview.io.TCoffeeScoreFile;
31
32 import java.awt.Color;
33 import java.util.ArrayList;
34 import java.util.IdentityHashMap;
35 import java.util.Map;
36 import java.util.TreeMap;
37
38 /**
39  * Defines the color score for T-Coffee MSA
40  * <p>
41  * See http://tcoffee.org
42  * 
43  * 
44  * @author Paolo Di Tommaso
45  * 
46  */
47 public class TCoffeeColourScheme extends ResidueColourScheme
48 {
49
50   static final Color[] colors =
51   { new Color(102, 102, 255), // #6666FF
52       new Color(0, 255, 0), // #00FF00
53       new Color(102, 255, 0), // #66FF00
54       new Color(204, 255, 0), // #CCFF00
55       new Color(255, 255, 0), // #FFFF00
56       new Color(255, 204, 0), // #FFCC00
57       new Color(255, 153, 0), // #FF9900
58       new Color(255, 102, 0), // #FF6600
59       new Color(255, 51, 0), // #FF3300
60       new Color(255, 34, 0) // #FF2000
61   };
62
63   IdentityHashMap<SequenceI, Color[]> seqMap;
64
65   /**
66    * the color scheme needs to look at the alignment to get and cache T-COFFEE
67    * scores
68    * 
69    * @param alignment
70    *          - annotated sequences to be searched
71    */
72   public TCoffeeColourScheme(AnnotatedCollectionI alignment)
73   {
74     alignmentChanged(alignment, null);
75   }
76
77   @Override
78   public void alignmentChanged(AnnotatedCollectionI alignment,
79           Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hiddenReps)
80   {
81     // TODO: if sequences have been represented and they have scores, could
82     // compute an average sequence score for the representative
83
84     // assume only one set of TCOFFEE scores - but could have more than one
85     // potentially.
86     ArrayList<AlignmentAnnotation> annots = new ArrayList<AlignmentAnnotation>();
87     // Search alignment to get all tcoffee annotation and pick one set of
88     // annotation to use to colour seqs.
89     seqMap = new IdentityHashMap<SequenceI, Color[]>();
90     AnnotatedCollectionI alcontext = alignment instanceof AlignmentI ? alignment
91             : alignment.getContext();
92     int w = 0;
93     for (AlignmentAnnotation al : alcontext
94             .findAnnotation(TCoffeeScoreFile.TCOFFEE_SCORE))
95     {
96       if (al.sequenceRef != null && !al.belowAlignment)
97       {
98         annots.add(al);
99         if (w < al.annotations.length)
100         {
101           w = al.annotations.length;
102         }
103         Color[] scores = new Color[al.annotations.length];
104         int i = 0;
105         for (Annotation an : al.annotations)
106         {
107           scores[i++] = (an != null) ? an.colour : Color.white;
108         }
109         seqMap.put(al.sequenceRef, scores);
110       }
111     }
112     // TODO: compute average colour for each symbol type in each column - gives
113     // a second order colourscheme for colouring a sequence logo derived from
114     // the alignment (colour reflects quality of alignment for each residue
115     // class)
116   }
117
118   @Override
119   public Color findColour(char c, int j, SequenceI seq)
120   {
121     Color[] cols;
122
123     if (seqMap == null || (cols = seqMap.get(seq)) == null)
124     {
125       // see above TODO about computing a colour for each residue in each
126       // column: cc = _rcols[i][indexFor[c]];
127       return Color.white;
128     }
129
130     if (j < 0 || j >= cols.length)
131     {
132       return Color.white;
133     }
134     return cols[j];
135   }
136
137   @Override
138   public ColourSchemeI applyTo(AnnotatedCollectionI sg,
139           Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hiddenRepSequences)
140   {
141     return new TCoffeeColourScheme(sg);
142   }
143 }