src/jalview/schemes/UserColourScheme.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.schemes;
  20
  21 import java.awt.*;
  22 import java.util.StringTokenizer;
  23
  24 public class UserColourScheme
  25     extends ResidueColourScheme
  26 {
  27   Color [] lowerCaseColours;
  28
  29   protected String schemeName;
  30
  31   public UserColourScheme()
  32   {  }
  33
  34   public UserColourScheme(Color[] newColors)
  35   {
  36     colors = newColors;
  37   }
  38
  39   public UserColourScheme(String colour)
  40   {
  41     Color col = getColourFromString(colour);
  42
  43     if(col==null)
  44     {
  45       System.out.println("Unknown colour!! "+colour);
  46       col = createColourFromName(colour);
  47     }
  48
  49     colors = new Color[24];
  50     for(int i=0; i<24; i++)
  51       colors[i] = col;
  52   }
  53
  54   public Color[] getColours()
  55   {
  56     return colors;
  57   }
  58
  59   public Color[] getLowerCaseColours()
  60   {
  61     return lowerCaseColours;
  62   }
  63
  64   public void setName(String name)
  65   {
  66     schemeName = name;
  67   }
  68
  69   public String getName()
  70   {
  71     return schemeName;
  72   }
  73
  74   public Color getColourFromString(String colour)
  75   {
  76     colour = colour.trim();
  77
  78     Color col = null;
  79     try
  80     {
  81       int value = Integer.parseInt(colour, 16);
  82       col = new Color(value);
  83     }
  84     catch (NumberFormatException ex)
  85     {}
  86
  87     if (col == null)
  88       col = ColourSchemeProperty.getAWTColorFromName(colour);
  89
  90     if (col == null)
  91     {
  92       try
  93       {
  94         java.util.StringTokenizer st = new java.util.StringTokenizer(colour,
  95             ",");
  96         int r = Integer.parseInt(st.nextToken());
  97         int g = Integer.parseInt(st.nextToken());
  98         int b = Integer.parseInt(st.nextToken());
  99         col = new Color(r, g, b);
 100       }
 101       catch (Exception ex)
 102       {}
 103     }
 104
 105     return col;
 106
 107   }
 108
 109   public Color createColourFromName(String name)
 110   {
 111     int r, g, b;
 112
 113     int lsize = name.length();
 114     int start = 0, end = lsize / 3;
 115
 116     int rgbOffset = Math.abs(name.hashCode() % 10) * 15;
 117
 118     r = Math.abs(name.substring(start, end).hashCode() + rgbOffset) % 210 + 20;
 119     start = end;
 120     end += lsize / 3;
 121     if (end > lsize)
 122       end = lsize;
 123
 124     g = Math.abs(name.substring(start, end).hashCode() + rgbOffset) % 210 + 20;
 125
 126     b = Math.abs(name.substring(end).hashCode() + rgbOffset) % 210 + 20;
 127
 128     Color color = new Color(r, g, b);
 129
 130     return color;
 131   }
 132
 133   public void parseAppletParameter(String paramValue)
 134   {
 135     StringTokenizer st = new StringTokenizer(paramValue, ";");
 136     StringTokenizer st2;
 137     String token=null, colour, residues, residue;
 138     try{
 139       while (st.hasMoreElements())
 140       {
 141         token = st.nextToken().trim();
 142         residues = token.substring(0, token.indexOf("="));
 143         colour = token.substring(token.indexOf("=") + 1);
 144
 145         st2 = new StringTokenizer(residues, " ,");
 146         while (st2.hasMoreTokens())
 147         {
 148           token = st2.nextToken();
 149           if(token.equalsIgnoreCase("lowerCase"))
 150           {
 151             if (lowerCaseColours == null)
 152               lowerCaseColours = new Color[23];
 153             for (int i = 0; i < 23; i++)
 154               if (lowerCaseColours[i] == null)
 155                 lowerCaseColours[i] = getColourFromString(colour);
 156
 157               continue;
 158           }
 159
 160           int colIndex =
 161               ( (Integer) ResidueProperties.aaHash.
 162                get(token)).intValue();
 163
 164           if(token.equals(token.toLowerCase()))
 165           {
 166             if(lowerCaseColours==null)
 167             {
 168               lowerCaseColours = new Color[23];
 169             }
 170             lowerCaseColours[colIndex] = getColourFromString(colour);
 171           }
 172           else
 173             colors[colIndex] = getColourFromString(colour);
 174         }
 175       }
 176     }
 177     catch(Exception ex)
 178   {
 179     System.out.println("Error parsing userDefinedColours:\n"
 180                        +token+"\n"+ex);
 181   }
 182
 183   }
 184
 185
 186
 187   public Color findColour(String s, int j)
 188   {
 189       int index = ((Integer) (ResidueProperties.aaHash.get(s))).intValue();
 190
 191       if ((threshold == 0) || aboveThreshold(ResidueProperties.aa[index], j))
 192       {
 193         if(lowerCaseColours!=null && 'a' <= s.charAt(0) && s.charAt(0) <= 'z')
 194           currentColour = lowerCaseColours[index];
 195         else
 196           currentColour = colors[index];
 197       }
 198       else
 199       {
 200           currentColour = Color.white;
 201       }
 202
 203       if(conservationColouring)
 204         applyConservation(j);
 205
 206
 207       return currentColour;
 208    }
 209
 210    public void setLowerCaseColours(Color [] lcolours)
 211    {
 212      lowerCaseColours = lcolours;
 213    }
 214
 215 }