src/jalview/structure/AtomSpec.java

   1 package jalview.structure;
   2
   3 /**
   4  * Java bean representing an atom in a PDB (or similar) structure model.
   5  *
   6  * @author gmcarstairs
   7  *
   8  */
   9 public class AtomSpec
  10 {
  11   private String pdbId;
  12
  13   private String chain;
  14
  15   private int pdbResNum;
  16
  17   private int atomIndex;
  18
  19   /**
  20    * Constructor
  21    *
  22    * @param id
  23    * @param chain
  24    * @param resNo
  25    * @param atomNo
  26    */
  27   public AtomSpec(String id, String chain, int resNo, int atomNo)
  28   {
  29     this.pdbId = id;
  30     this.chain = chain;
  31     this.pdbResNum = resNo;
  32     this.atomIndex = atomNo;
  33   }
  34
  35   public String getPdbId()
  36   {
  37     return pdbId;
  38   }
  39
  40   public String getChain()
  41   {
  42     return chain;
  43   }
  44
  45   public int getPdbResNum()
  46   {
  47     return pdbResNum;
  48   }
  49
  50   public int getAtomIndex()
  51   {
  52     return atomIndex;
  53   }
  54
  55   @Override
  56   public String toString()
  57   {
  58     return "pdbId: " + pdbId + ", chain: " + chain + ", res: " + pdbResNum
  59             + ", atom: " + atomIndex;
  60   }
  61 }