src/jalview/structure/StructureMapping.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
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  16  *
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  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.structure;
  22
  23 import jalview.datamodel.*;
  24
  25 public class StructureMapping
  26 {
  27   String mappingDetails;
  28
  29   SequenceI sequence;
  30
  31   String pdbfile;
  32
  33   String pdbid;
  34
  35   String pdbchain;
  36
  37   // Mapping index 0 is resNum, index 1 is atomNo
  38   int[][] mapping;
  39
  40   public StructureMapping(SequenceI seq, String pdbfile, String pdbid,
  41           String chain, int[][] mapping, String mappingDetails)
  42   {
  43     sequence = seq;
  44     this.pdbfile = pdbfile;
  45     this.pdbid = pdbid;
  46     this.pdbchain = chain;
  47     this.mapping = mapping;
  48     this.mappingDetails = mappingDetails;
  49   }
  50
  51   public SequenceI getSequence()
  52   {
  53     return sequence;
  54   }
  55
  56   public String getChain()
  57   {
  58     return pdbchain;
  59   }
  60
  61   public String getPdbId()
  62   {
  63     return pdbid;
  64   }
  65
  66   public int getAtomNum(int seqpos)
  67   {
  68     if (mapping.length > seqpos)
  69     {
  70       return mapping[seqpos][1];
  71     }
  72     else
  73     {
  74       return 0;
  75     }
  76   }
  77
  78   public int getPDBResNum(int seqpos)
  79   {
  80     if (mapping.length > seqpos)
  81     {
  82       return mapping[seqpos][0];
  83     }
  84     else
  85     {
  86       return 0;
  87     }
  88   }
  89
  90   public int getSeqPos(int pdbResNum)
  91   {
  92     for (int i = 0; i < mapping.length; i++)
  93     {
  94       if (mapping[i][0] == pdbResNum)
  95       {
  96         return i;
  97       }
  98     }
  99     return -1;
 100   }
 101 }