src/jalview/structure/StructureSelectionManager.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.structure;
  20
  21 import java.io.*;
  22 import java.util.*;
  23
  24 import MCview.*;
  25 import jalview.analysis.*;
  26 import jalview.datamodel.*;
  27
  28 public class StructureSelectionManager
  29 {
  30   static StructureSelectionManager instance;
  31
  32   StructureMapping[] mappings;
  33
  34   Hashtable mappingData = new Hashtable();
  35
  36   public static StructureSelectionManager getStructureSelectionManager()
  37   {
  38     if (instance == null)
  39     {
  40       instance = new StructureSelectionManager();
  41     }
  42
  43     return instance;
  44   }
  45
  46   /**
  47    * flag controlling whether SeqMappings are relayed from received sequence
  48    * mouse over events to other sequences
  49    */
  50   boolean relaySeqMappings = true;
  51
  52   /**
  53    * Enable or disable relay of seqMapping events to other sequences. You might
  54    * want to do this if there are many sequence mappings and the host computer
  55    * is slow
  56    *
  57    * @param relay
  58    */
  59   public void setRelaySeqMappings(boolean relay)
  60   {
  61     relaySeqMappings = relay;
  62   }
  63
  64   /**
  65    * get the state of the relay seqMappings flag.
  66    *
  67    * @return true if sequence mouse overs are being relayed to other mapped
  68    *         sequences
  69    */
  70   public boolean isRelaySeqMappingsEnabled()
  71   {
  72     return relaySeqMappings;
  73   }
  74
  75   Vector listeners = new Vector();
  76
  77   public void addStructureViewerListener(Object svl)
  78   {
  79     if (!listeners.contains(svl))
  80     {
  81       listeners.addElement(svl);
  82     }
  83   }
  84
  85   public String alreadyMappedToFile(String pdbid)
  86   {
  87     if (mappings != null)
  88     {
  89       for (int i = 0; i < mappings.length; i++)
  90       {
  91         if (mappings[i].getPdbId().equals(pdbid))
  92         {
  93           return mappings[i].pdbfile;
  94         }
  95       }
  96     }
  97     return null;
  98   }
  99
 100   /*
 101    * There will be better ways of doing this in the future, for now we'll use
 102    * the tried and tested MCview pdb mapping
 103    */
 104   synchronized public MCview.PDBfile setMapping(SequenceI[] sequence,
 105           String[] targetChains, String pdbFile, String protocol)
 106   {
 107     MCview.PDBfile pdb = null;
 108     try
 109     {
 110       pdb = new MCview.PDBfile(pdbFile, protocol);
 111     } catch (Exception ex)
 112     {
 113       ex.printStackTrace();
 114       return null;
 115     }
 116
 117     String targetChain;
 118     for (int s = 0; s < sequence.length; s++)
 119     {
 120       if (targetChains != null && targetChains[s] != null)
 121         targetChain = targetChains[s];
 122       else if (sequence[s].getName().indexOf("|") > -1)
 123       {
 124         targetChain = sequence[s].getName().substring(
 125                 sequence[s].getName().lastIndexOf("|") + 1);
 126       }
 127       else
 128         targetChain = "";
 129
 130       int max = -10;
 131       AlignSeq maxAlignseq = null;
 132       String maxChainId = " ";
 133       PDBChain maxChain = null;
 134
 135       for (int i = 0; i < pdb.chains.size(); i++)
 136       {
 137         AlignSeq as = new AlignSeq(sequence[s], ((PDBChain) pdb.chains
 138                 .elementAt(i)).sequence, AlignSeq.PEP);
 139         as.calcScoreMatrix();
 140         as.traceAlignment();
 141         PDBChain chain = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i));
 142
 143         if (as.maxscore > max
 144                 || (as.maxscore == max && chain.id.equals(targetChain)))
 145         {
 146           maxChain = chain;
 147           max = as.maxscore;
 148           maxAlignseq = as;
 149           maxChainId = chain.id;
 150         }
 151       }
 152
 153       final StringBuffer mappingDetails = new StringBuffer();
 154       mappingDetails.append("\n\nPDB Sequence is :\nSequence = "
 155               + maxChain.sequence.getSequenceAsString());
 156       mappingDetails.append("\nNo of residues = "
 157               + maxChain.residues.size() + "\n\n");
 158       PrintStream ps = new PrintStream(System.out)
 159       {
 160         public void print(String x)
 161         {
 162           mappingDetails.append(x);
 163         }
 164
 165         public void println()
 166         {
 167           mappingDetails.append("\n");
 168         }
 169       };
 170
 171       maxAlignseq.printAlignment(ps);
 172
 173       mappingDetails.append("\nPDB start/end " + maxAlignseq.seq2start
 174               + " " + maxAlignseq.seq2end);
 175       mappingDetails.append("\nSEQ start/end "
 176               + (maxAlignseq.seq1start + sequence[s].getStart() - 1) + " "
 177               + (maxAlignseq.seq1end + sequence[s].getEnd() - 1));
 178
 179       maxChain.makeExactMapping(maxAlignseq, sequence[s]);
 180
 181       maxChain.transferRESNUMFeatures(sequence[s], null);
 182
 183       int[][] mapping = new int[sequence[s].getEnd() + 2][2];
 184       int resNum = -10000;
 185       int index = 0;
 186
 187       do
 188       {
 189         Atom tmp = (Atom) maxChain.atoms.elementAt(index);
 190         if (resNum != tmp.resNumber && tmp.alignmentMapping != -1)
 191         {
 192           resNum = tmp.resNumber;
 193           mapping[tmp.alignmentMapping + 1][0] = tmp.resNumber;
 194           mapping[tmp.alignmentMapping + 1][1] = tmp.atomIndex;
 195         }
 196
 197         index++;
 198       } while (index < maxChain.atoms.size());
 199
 200       if (mappings == null)
 201       {
 202         mappings = new StructureMapping[1];
 203       }
 204       else
 205       {
 206         StructureMapping[] tmp = new StructureMapping[mappings.length + 1];
 207         System.arraycopy(mappings, 0, tmp, 0, mappings.length);
 208         mappings = tmp;
 209       }
 210
 211       if (protocol.equals(jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE))
 212         pdbFile = "INLINE" + pdb.id;
 213
 214       mappings[mappings.length - 1] = new StructureMapping(sequence[s],
 215               pdbFile, pdb.id, maxChainId, mapping, mappingDetails
 216                       .toString());
 217       maxChain.transferResidueAnnotation(mappings[mappings.length - 1]);
 218     }
 219     // ///////
 220
 221     return pdb;
 222   }
 223
 224   public void removeStructureViewerListener(Object svl, String pdbfile)
 225   {
 226     listeners.removeElement(svl);
 227
 228     boolean removeMapping = true;
 229
 230     StructureListener sl;
 231     for (int i = 0; i < listeners.size(); i++)
 232     {
 233       if (listeners.elementAt(i) instanceof StructureListener)
 234       {
 235         sl = (StructureListener) listeners.elementAt(i);
 236         if (sl.getPdbFile().equals(pdbfile))
 237         {
 238           removeMapping = false;
 239           break;
 240         }
 241       }
 242     }
 243
 244     if (removeMapping && mappings != null)
 245     {
 246       Vector tmp = new Vector();
 247       for (int i = 0; i < mappings.length; i++)
 248       {
 249         if (!mappings[i].pdbfile.equals(pdbfile))
 250         {
 251           tmp.addElement(mappings[i]);
 252         }
 253       }
 254
 255       mappings = new StructureMapping[tmp.size()];
 256       tmp.copyInto(mappings);
 257     }
 258   }
 259
 260   public void mouseOverStructure(int pdbResNum, String chain, String pdbfile)
 261   {
 262     SearchResults results = null;
 263     for (int i = 0; i < listeners.size(); i++)
 264     {
 265       if (listeners.elementAt(i) instanceof SequenceListener)
 266       {
 267         if (results == null)
 268         {
 269           results = new SearchResults();
 270
 271           for (int j = 0; j < mappings.length; j++)
 272           {
 273             if (mappings[j].pdbfile.equals(pdbfile)
 274                     && mappings[j].pdbchain.equals(chain))
 275             {
 276               results.addResult(mappings[j].sequence, mappings[j]
 277                       .getSeqPos(pdbResNum), mappings[j]
 278                       .getSeqPos(pdbResNum));
 279             }
 280           }
 281         }
 282         if (results.getSize() > 0)
 283         {
 284           ((SequenceListener) listeners.elementAt(i))
 285                   .highlightSequence(results);
 286         }
 287
 288       }
 289     }
 290   }
 291
 292   Vector seqmappings = null; // should be a simpler list of mapped seuqence
 293
 294   // pairs
 295
 296   public void mouseOverSequence(SequenceI seq, int indexpos, int index)
 297   {
 298     boolean hasSequenceListeners = handlingVamsasMo || seqmappings != null;
 299     SearchResults results = null;
 300     if (index==-1)
 301       index=seq.findPosition(indexpos);
 302     StructureListener sl;
 303     int atomNo = 0;
 304     for (int i = 0; i < listeners.size(); i++)
 305     {
 306       if (listeners.elementAt(i) instanceof StructureListener)
 307       {
 308         sl = (StructureListener) listeners.elementAt(i);
 309
 310         for (int j = 0; j < mappings.length; j++)
 311         {
 312           if (mappings[j].sequence == seq || mappings[j].sequence==seq.getDatasetSequence())
 313           {
 314             atomNo = mappings[j].getAtomNum(index);
 315
 316             if (atomNo > 0)
 317             {
 318               sl.highlightAtom(atomNo, mappings[j].getPDBResNum(index),
 319                       mappings[j].pdbchain, mappings[j].pdbfile);
 320             }
 321           }
 322         }
 323       }
 324       else
 325       {
 326         if (relaySeqMappings && hasSequenceListeners
 327                 && listeners.elementAt(i) instanceof SequenceListener)
 328         {
 329           // DEBUG
 330           //System.err.println("relay Seq " + seq.getDisplayId(false) + " " +
 331           //  index);
 332
 333           if (results == null)
 334           {
 335             results = new SearchResults();
 336             if (index >= seq.getStart() && index <= seq.getEnd())
 337             {
 338               // construct highlighted sequence list
 339
 340               if (seqmappings!=null)
 341               {
 342                 Enumeration e = seqmappings.elements();
 343                 while (e.hasMoreElements())
 344
 345                 {
 346                   ((AlignedCodonFrame) e.nextElement()).markMappedRegion(
 347                           seq, index, results);
 348                 }
 349               }
 350               // hasSequenceListeners = results.getSize() > 0;
 351               if (handlingVamsasMo)
 352               {
 353                 // maybe have to resolve seq to a dataset seqeunce...
 354                 // add in additional direct sequence and/or dataset sequence
 355                 // highlighting
 356                 results.addResult(seq, index, index);
 357               }
 358             }
 359           }
 360           if (hasSequenceListeners)
 361           {
 362             ((SequenceListener) listeners.elementAt(i))
 363                     .highlightSequence(results);
 364           }
 365         }
 366         else if (listeners.elementAt(i) instanceof VamsasListener
 367                 && !handlingVamsasMo)
 368         {
 369           // DEBUG
 370           //System.err.println("Vamsas from Seq " + seq.getDisplayId(false) + " " +
 371           // index);
 372           // pass the mouse over and absolute position onto the VamsasListener(s)
 373           ((VamsasListener) listeners.elementAt(i)).mouseOver(seq, indexpos);
 374         }
 375       }
 376     }
 377   }
 378
 379   /**
 380    * true if a mouse over event from an external (ie Vamsas) source is being
 381    * handled
 382    */
 383   boolean handlingVamsasMo = false;
 384   long lastmsg=0;
 385   /**
 386    * as mouseOverSequence but only route event to SequenceListeners
 387    *
 388    * @param sequenceI
 389    * @param position in an alignment sequence
 390    */
 391   public void mouseOverVamsasSequence(SequenceI sequenceI, int position)
 392   {
 393     handlingVamsasMo = true;
 394     long msg = sequenceI.hashCode()*(1+position);
 395     if (lastmsg!=msg)
 396     {
 397       lastmsg = msg;
 398       mouseOverSequence(sequenceI, position, -1);
 399     }
 400       handlingVamsasMo = false;
 401   }
 402
 403   public Annotation[] colourSequenceFromStructure(SequenceI seq,
 404           String pdbid)
 405   {
 406     return null;
 407     // THIS WILL NOT BE AVAILABLE IN JALVIEW 2.3,
 408     // UNTIL THE COLOUR BY ANNOTATION IS REWORKED
 409     /*
 410      * Annotation [] annotations = new Annotation[seq.getLength()];
 411      *
 412      * StructureListener sl; int atomNo = 0; for (int i = 0; i <
 413      * listeners.size(); i++) { if (listeners.elementAt(i) instanceof
 414      * StructureListener) { sl = (StructureListener) listeners.elementAt(i);
 415      *
 416      * for (int j = 0; j < mappings.length; j++) {
 417      *
 418      * if (mappings[j].sequence == seq && mappings[j].getPdbId().equals(pdbid) &&
 419      * mappings[j].pdbfile.equals(sl.getPdbFile())) { System.out.println(pdbid+"
 420      * "+mappings[j].getPdbId() +" "+mappings[j].pdbfile);
 421      *
 422      * java.awt.Color col; for(int index=0; index<seq.getLength(); index++) {
 423      * if(jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index))) continue;
 424      *
 425      * atomNo = mappings[j].getAtomNum(seq.findPosition(index)); col =
 426      * java.awt.Color.white; if (atomNo > 0) { col = sl.getColour(atomNo,
 427      * mappings[j].getPDBResNum(index), mappings[j].pdbchain,
 428      * mappings[j].pdbfile); }
 429      *
 430      * annotations[index] = new Annotation("X",null,' ',0,col); } return
 431      * annotations; } } } }
 432      *
 433      * return annotations;
 434      */
 435   }
 436
 437   public void structureSelectionChanged()
 438   {
 439   }
 440
 441   public void sequenceSelectionChanged()
 442   {
 443   }
 444
 445   public void sequenceColoursChanged(Object source)
 446   {
 447     StructureListener sl;
 448     for (int i = 0; i < listeners.size(); i++)
 449     {
 450       if (listeners.elementAt(i) instanceof StructureListener)
 451       {
 452         sl = (StructureListener) listeners.elementAt(i);
 453         sl.updateColours(source);
 454       }
 455     }
 456   }
 457
 458   public StructureMapping[] getMapping(String pdbfile)
 459   {
 460     Vector tmp = new Vector();
 461     for (int i = 0; i < mappings.length; i++)
 462     {
 463       if (mappings[i].pdbfile.equals(pdbfile))
 464       {
 465         tmp.addElement(mappings[i]);
 466       }
 467     }
 468
 469     StructureMapping[] ret = new StructureMapping[tmp.size()];
 470     for (int i = 0; i < tmp.size(); i++)
 471     {
 472       ret[i] = (StructureMapping) tmp.elementAt(i);
 473     }
 474
 475     return ret;
 476   }
 477
 478   public String printMapping(String pdbfile)
 479   {
 480     StringBuffer sb = new StringBuffer();
 481     for (int i = 0; i < mappings.length; i++)
 482     {
 483       if (mappings[i].pdbfile.equals(pdbfile))
 484       {
 485         sb.append(mappings[i].mappingDetails);
 486       }
 487     }
 488
 489     return sb.toString();
 490   }
 491
 492   private int[] seqmappingrefs = null; // refcount for seqmappings elements
 493
 494   private synchronized void modifySeqMappingList(boolean add,
 495           AlignedCodonFrame[] codonFrames)
 496   {
 497     if (!add && (seqmappings == null || seqmappings.size() == 0))
 498       return;
 499     if (seqmappings == null)
 500       seqmappings = new Vector();
 501     if (codonFrames != null && codonFrames.length > 0)
 502     {
 503       for (int cf = 0; cf < codonFrames.length; cf++)
 504       {
 505         if (seqmappings.contains(codonFrames[cf]))
 506         {
 507           if (add)
 508           {
 509             seqmappingrefs[seqmappings.indexOf(codonFrames[cf])]++;
 510           }
 511           else
 512           {
 513             if (--seqmappingrefs[seqmappings.indexOf(codonFrames[cf])] <= 0)
 514             {
 515               int pos = seqmappings.indexOf(codonFrames[cf]);
 516               int[] nr = new int[seqmappingrefs.length - 1];
 517               if (pos > 0)
 518               {
 519                 System.arraycopy(seqmappingrefs, 0, nr, 0, pos);
 520               }
 521               if (pos < seqmappingrefs.length - 1)
 522               {
 523                 System.arraycopy(seqmappingrefs, pos + 1, nr, 0,
 524                         seqmappingrefs.length - pos - 2);
 525               }
 526             }
 527           }
 528         }
 529         else
 530         {
 531           if (add)
 532           {
 533             seqmappings.addElement(codonFrames[cf]);
 534
 535             int[] nsr = new int[(seqmappingrefs == null) ? 1
 536                     : seqmappingrefs.length + 1];
 537             if (seqmappingrefs != null && seqmappingrefs.length > 0)
 538               System.arraycopy(seqmappingrefs, 0, nsr, 0,
 539                       seqmappingrefs.length);
 540             nsr[(seqmappingrefs == null) ? 0 : seqmappingrefs.length] = 1;
 541             seqmappingrefs = nsr;
 542           }
 543         }
 544       }
 545     }
 546   }
 547
 548   public void removeMappings(AlignedCodonFrame[] codonFrames)
 549   {
 550     modifySeqMappingList(false, codonFrames);
 551   }
 552
 553   public void addMappings(AlignedCodonFrame[] codonFrames)
 554   {
 555     modifySeqMappingList(true, codonFrames);
 556   }
 557 }