src/jalview/structures/models/AAStructureBindingModel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.structures.models;
  22
  23 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  24 import jalview.api.SequenceRenderer;
  25 import jalview.api.StructureSelectionManagerProvider;
  26 import jalview.api.structures.JalviewStructureDisplayI;
  27 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  28 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  29 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  30 import jalview.datamodel.SequenceI;
  31 import jalview.io.DataSourceType;
  32 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  33 import jalview.structure.AtomSpec;
  34 import jalview.structure.StructureListener;
  35 import jalview.structure.StructureMapping;
  36 import jalview.structure.StructureMappingcommandSet;
  37 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  38 import jalview.util.Comparison;
  39 import jalview.util.MessageManager;
  40
  41 import java.awt.Color;
  42 import java.util.ArrayList;
  43 import java.util.Arrays;
  44 import java.util.BitSet;
  45 import java.util.List;
  46
  47 /**
  48  *
  49  * A base class to hold common function for protein structure model binding.
  50  * Initial version created by refactoring JMol and Chimera binding models, but
  51  * other structure viewers could in principle be accommodated in future.
  52  *
  53  * @author gmcarstairs
  54  *
  55  */
  56 public abstract class AAStructureBindingModel
  57         extends SequenceStructureBindingModel
  58         implements StructureListener, StructureSelectionManagerProvider
  59 {
  60
  61   private StructureSelectionManager ssm;
  62
  63   /*
  64    * distinct PDB entries (pdb files) associated
  65    * with sequences
  66    */
  67   private PDBEntry[] pdbEntry;
  68
  69   /*
  70    * sequences mapped to each pdbentry
  71    */
  72   private SequenceI[][] sequence;
  73
  74   /*
  75    * array of target chains for sequences - tied to pdbentry and sequence[]
  76    */
  77   private String[][] chains;
  78
  79   /*
  80    * datasource protocol for access to PDBEntrylatest
  81    */
  82   DataSourceType protocol = null;
  83
  84   protected boolean colourBySequence = true;
  85
  86   private boolean nucleotide;
  87
  88   private boolean finishedInit = false;
  89
  90   /**
  91    * current set of model filenames loaded in the Jmol instance
  92    */
  93   protected String[] modelFileNames = null;
  94
  95   public String fileLoadingError;
  96
  97   /**
  98    * Data bean class to simplify parameterisation in superposeStructures
  99    */
 100   protected class SuperposeData
 101   {
 102     /**
 103      * Constructor with alignment width argument
 104      *
 105      * @param width
 106      */
 107     public SuperposeData(int width)
 108     {
 109       pdbResNo = new int[width];
 110     }
 111
 112     public String filename;
 113
 114     public String pdbId;
 115
 116     public String chain = "";
 117
 118     public boolean isRna;
 119
 120     /*
 121      * The pdb residue number (if any) mapped to each column of the alignment
 122      */
 123     public int[] pdbResNo;
 124   }
 125
 126   /**
 127    * Constructor
 128    *
 129    * @param ssm
 130    * @param seqs
 131    */
 132   public AAStructureBindingModel(StructureSelectionManager ssm,
 133           SequenceI[][] seqs)
 134   {
 135     this.ssm = ssm;
 136     this.sequence = seqs;
 137   }
 138
 139   /**
 140    * Constructor
 141    *
 142    * @param ssm
 143    * @param pdbentry
 144    * @param sequenceIs
 145    * @param protocol
 146    */
 147   public AAStructureBindingModel(StructureSelectionManager ssm,
 148           PDBEntry[] pdbentry, SequenceI[][] sequenceIs,
 149           DataSourceType protocol)
 150   {
 151     this.ssm = ssm;
 152     this.sequence = sequenceIs;
 153     this.nucleotide = Comparison.isNucleotide(sequenceIs);
 154     this.pdbEntry = pdbentry;
 155     this.protocol = protocol;
 156     resolveChains();
 157   }
 158
 159   private boolean resolveChains()
 160   {
 161     /**
 162      * final count of chain mappings discovered
 163      */
 164     int chainmaps = 0;
 165     // JBPNote: JAL-2693 - this should be a list of chain mappings per
 166     // [pdbentry][sequence]
 167     String[][] newchains = new String[pdbEntry.length][];
 168     int pe = 0;
 169     for (PDBEntry pdb : pdbEntry)
 170     {
 171       SequenceI[] seqsForPdb = sequence[pe];
 172       if (seqsForPdb != null)
 173       {
 174         newchains[pe] = new String[seqsForPdb.length];
 175         int se = 0;
 176         for (SequenceI asq : seqsForPdb)
 177         {
 178           String chain = (chains != null && chains[pe] != null)
 179                   ? chains[pe][se]
 180                   : null;
 181           SequenceI sq = (asq.getDatasetSequence() == null) ? asq
 182                   : asq.getDatasetSequence();
 183           if (sq.getAllPDBEntries() != null)
 184           {
 185             for (PDBEntry pdbentry : sq.getAllPDBEntries())
 186             {
 187               if (pdb.getFile() != null && pdbentry.getFile() != null
 188                       && pdb.getFile().equals(pdbentry.getFile()))
 189               {
 190                 String chaincode = pdbentry.getChainCode();
 191                 if (chaincode != null && chaincode.length() > 0)
 192                 {
 193                   chain = chaincode;
 194                   chainmaps++;
 195                   break;
 196                 }
 197               }
 198             }
 199           }
 200           newchains[pe][se] = chain;
 201           se++;
 202         }
 203         pe++;
 204       }
 205     }
 206
 207     chains = newchains;
 208     return chainmaps > 0;
 209   }
 210   public StructureSelectionManager getSsm()
 211   {
 212     return ssm;
 213   }
 214
 215   /**
 216    * Returns the i'th PDBEntry (or null)
 217    *
 218    * @param i
 219    * @return
 220    */
 221   public PDBEntry getPdbEntry(int i)
 222   {
 223     return (pdbEntry != null && pdbEntry.length > i) ? pdbEntry[i] : null;
 224   }
 225
 226   /**
 227    * Answers true if this binding includes the given PDB id, else false
 228    *
 229    * @param pdbId
 230    * @return
 231    */
 232   public boolean hasPdbId(String pdbId)
 233   {
 234     if (pdbEntry != null)
 235     {
 236       for (PDBEntry pdb : pdbEntry)
 237       {
 238         if (pdb.getId().equals(pdbId))
 239         {
 240           return true;
 241         }
 242       }
 243     }
 244     return false;
 245   }
 246
 247   /**
 248    * Returns the number of modelled PDB file entries.
 249    *
 250    * @return
 251    */
 252   public int getPdbCount()
 253   {
 254     return pdbEntry == null ? 0 : pdbEntry.length;
 255   }
 256
 257   public SequenceI[][] getSequence()
 258   {
 259     return sequence;
 260   }
 261
 262   public String[][] getChains()
 263   {
 264     return chains;
 265   }
 266
 267   public DataSourceType getProtocol()
 268   {
 269     return protocol;
 270   }
 271
 272   // TODO may remove this if calling methods can be pulled up here
 273   protected void setPdbentry(PDBEntry[] pdbentry)
 274   {
 275     this.pdbEntry = pdbentry;
 276   }
 277
 278   protected void setSequence(SequenceI[][] sequence)
 279   {
 280     this.sequence = sequence;
 281   }
 282
 283   protected void setChains(String[][] chains)
 284   {
 285     this.chains = chains;
 286   }
 287
 288   /**
 289    * Construct a title string for the viewer window based on the data Jalview
 290    * knows about
 291    *
 292    * @param viewerName
 293    *          TODO
 294    * @param verbose
 295    *
 296    * @return
 297    */
 298   public String getViewerTitle(String viewerName, boolean verbose)
 299   {
 300     if (getSequence() == null || getSequence().length < 1
 301             || getPdbCount() < 1 || getSequence()[0].length < 1)
 302     {
 303       return ("Jalview " + viewerName + " Window");
 304     }
 305     // TODO: give a more informative title when multiple structures are
 306     // displayed.
 307     StringBuilder title = new StringBuilder(64);
 308     final PDBEntry pdbe = getPdbEntry(0);
 309     title.append(viewerName + " view for " + getSequence()[0][0].getName()
 310             + ":" + pdbe.getId());
 311
 312     if (verbose)
 313     {
 314       String method = (String) pdbe.getProperty("method");
 315       if (method != null)
 316       {
 317         title.append(" Method: ").append(method);
 318       }
 319       String chain = (String) pdbe.getProperty("chains");
 320       if (chain != null)
 321       {
 322         title.append(" Chain:").append(chain);
 323       }
 324     }
 325     return title.toString();
 326   }
 327
 328   /**
 329    * Called by after closeViewer is called, to release any resources and
 330    * references so they can be garbage collected. Override if needed.
 331    */
 332   protected void releaseUIResources()
 333   {
 334
 335   }
 336
 337   public boolean isColourBySequence()
 338   {
 339     return colourBySequence;
 340   }
 341
 342   public void setColourBySequence(boolean colourBySequence)
 343   {
 344     this.colourBySequence = colourBySequence;
 345   }
 346
 347   protected void addSequenceAndChain(int pe, SequenceI[] seq,
 348           String[] tchain)
 349   {
 350     if (pe < 0 || pe >= getPdbCount())
 351     {
 352       throw new Error(MessageManager.formatMessage(
 353               "error.implementation_error_no_pdbentry_from_index",
 354               new Object[]
 355               { Integer.valueOf(pe).toString() }));
 356     }
 357     final String nullChain = "TheNullChain";
 358     List<SequenceI> s = new ArrayList<SequenceI>();
 359     List<String> c = new ArrayList<String>();
 360     if (getChains() == null)
 361     {
 362       setChains(new String[getPdbCount()][]);
 363     }
 364     if (getSequence()[pe] != null)
 365     {
 366       for (int i = 0; i < getSequence()[pe].length; i++)
 367       {
 368         s.add(getSequence()[pe][i]);
 369         if (getChains()[pe] != null)
 370         {
 371           if (i < getChains()[pe].length)
 372           {
 373             c.add(getChains()[pe][i]);
 374           }
 375           else
 376           {
 377             c.add(nullChain);
 378           }
 379         }
 380         else
 381         {
 382           if (tchain != null && tchain.length > 0)
 383           {
 384             c.add(nullChain);
 385           }
 386         }
 387       }
 388     }
 389     for (int i = 0; i < seq.length; i++)
 390     {
 391       if (!s.contains(seq[i]))
 392       {
 393         s.add(seq[i]);
 394         if (tchain != null && i < tchain.length)
 395         {
 396           c.add(tchain[i] == null ? nullChain : tchain[i]);
 397         }
 398       }
 399     }
 400     SequenceI[] tmp = s.toArray(new SequenceI[s.size()]);
 401     getSequence()[pe] = tmp;
 402     if (c.size() > 0)
 403     {
 404       String[] tch = c.toArray(new String[c.size()]);
 405       for (int i = 0; i < tch.length; i++)
 406       {
 407         if (tch[i] == nullChain)
 408         {
 409           tch[i] = null;
 410         }
 411       }
 412       getChains()[pe] = tch;
 413     }
 414     else
 415     {
 416       getChains()[pe] = null;
 417     }
 418   }
 419
 420   /**
 421    * add structures and any known sequence associations
 422    *
 423    * @returns the pdb entries added to the current set.
 424    */
 425   public synchronized PDBEntry[] addSequenceAndChain(PDBEntry[] pdbe,
 426           SequenceI[][] seq, String[][] chns)
 427   {
 428     List<PDBEntry> v = new ArrayList<PDBEntry>();
 429     List<int[]> rtn = new ArrayList<int[]>();
 430     for (int i = 0; i < getPdbCount(); i++)
 431     {
 432       v.add(getPdbEntry(i));
 433     }
 434     for (int i = 0; i < pdbe.length; i++)
 435     {
 436       int r = v.indexOf(pdbe[i]);
 437       if (r == -1 || r >= getPdbCount())
 438       {
 439         rtn.add(new int[] { v.size(), i });
 440         v.add(pdbe[i]);
 441       }
 442       else
 443       {
 444         // just make sure the sequence/chain entries are all up to date
 445         addSequenceAndChain(r, seq[i], chns[i]);
 446       }
 447     }
 448     pdbe = v.toArray(new PDBEntry[v.size()]);
 449     setPdbentry(pdbe);
 450     if (rtn.size() > 0)
 451     {
 452       // expand the tied sequence[] and string[] arrays
 453       SequenceI[][] sqs = new SequenceI[getPdbCount()][];
 454       String[][] sch = new String[getPdbCount()][];
 455       System.arraycopy(getSequence(), 0, sqs, 0, getSequence().length);
 456       System.arraycopy(getChains(), 0, sch, 0, this.getChains().length);
 457       setSequence(sqs);
 458       setChains(sch);
 459       pdbe = new PDBEntry[rtn.size()];
 460       for (int r = 0; r < pdbe.length; r++)
 461       {
 462         int[] stri = (rtn.get(r));
 463         // record the pdb file as a new addition
 464         pdbe[r] = getPdbEntry(stri[0]);
 465         // and add the new sequence/chain entries
 466         addSequenceAndChain(stri[0], seq[stri[1]], chns[stri[1]]);
 467       }
 468     }
 469     else
 470     {
 471       pdbe = null;
 472     }
 473     return pdbe;
 474   }
 475
 476   /**
 477    * Add sequences to the pe'th pdbentry's sequence set.
 478    *
 479    * @param pe
 480    * @param seq
 481    */
 482   public void addSequence(int pe, SequenceI[] seq)
 483   {
 484     addSequenceAndChain(pe, seq, null);
 485   }
 486
 487   /**
 488    * add the given sequences to the mapping scope for the given pdb file handle
 489    *
 490    * @param pdbFile
 491    *          - pdbFile identifier
 492    * @param seq
 493    *          - set of sequences it can be mapped to
 494    */
 495   public void addSequenceForStructFile(String pdbFile, SequenceI[] seq)
 496   {
 497     for (int pe = 0; pe < getPdbCount(); pe++)
 498     {
 499       if (getPdbEntry(pe).getFile().equals(pdbFile))
 500       {
 501         addSequence(pe, seq);
 502       }
 503     }
 504   }
 505
 506   @Override
 507   public abstract void highlightAtoms(List<AtomSpec> atoms);
 508
 509   protected boolean isNucleotide()
 510   {
 511     return this.nucleotide;
 512   }
 513
 514   /**
 515    * Returns a readable description of all mappings for the wrapped pdbfile to
 516    * any mapped sequences
 517    *
 518    * @param pdbfile
 519    * @param seqs
 520    * @return
 521    */
 522   public String printMappings()
 523   {
 524     if (pdbEntry == null)
 525     {
 526       return "";
 527     }
 528     StringBuilder sb = new StringBuilder(128);
 529     for (int pdbe = 0; pdbe < getPdbCount(); pdbe++)
 530     {
 531       String pdbfile = getPdbEntry(pdbe).getFile();
 532       List<SequenceI> seqs = Arrays.asList(getSequence()[pdbe]);
 533       sb.append(getSsm().printMappings(pdbfile, seqs));
 534     }
 535     return sb.toString();
 536   }
 537
 538   /**
 539    * Returns the mapped structure position for a given aligned column of a given
 540    * sequence, or -1 if the column is gapped, beyond the end of the sequence, or
 541    * not mapped to structure.
 542    *
 543    * @param seq
 544    * @param alignedPos
 545    * @param mapping
 546    * @return
 547    */
 548   protected int getMappedPosition(SequenceI seq, int alignedPos,
 549           StructureMapping mapping)
 550   {
 551     if (alignedPos >= seq.getLength())
 552     {
 553       return -1;
 554     }
 555
 556     if (Comparison.isGap(seq.getCharAt(alignedPos)))
 557     {
 558       return -1;
 559     }
 560     int seqPos = seq.findPosition(alignedPos);
 561     int pos = mapping.getPDBResNum(seqPos);
 562     return pos;
 563   }
 564
 565   /**
 566    * Helper method to identify residues that can participate in a structure
 567    * superposition command. For each structure, identify a sequence in the
 568    * alignment which is mapped to the structure. Identify non-gapped columns in
 569    * the sequence which have a mapping to a residue in the structure. Returns
 570    * the index of the first structure that has a mapping to the alignment.
 571    *
 572    * @param alignment
 573    *          the sequence alignment which is the basis of structure
 574    *          superposition
 575    * @param matched
 576    *          a BitSet, where bit j is set to indicate that every structure has
 577    *          a mapped residue present in column j (so the column can
 578    *          participate in structure alignment)
 579    * @param structures
 580    *          an array of data beans corresponding to pdb file index
 581    * @return
 582    */
 583   protected int findSuperposableResidues(AlignmentI alignment,
 584           BitSet matched, SuperposeData[] structures)
 585   {
 586     int refStructure = -1;
 587     String[] files = getStructureFiles();
 588     if (files == null)
 589     {
 590       return -1;
 591     }
 592     for (int pdbfnum = 0; pdbfnum < files.length; pdbfnum++)
 593     {
 594       StructureMapping[] mappings = getSsm().getMapping(files[pdbfnum]);
 595       int lastPos = -1;
 596
 597       /*
 598        * Find the first mapped sequence (if any) for this PDB entry which is in
 599        * the alignment
 600        */
 601       final int seqCountForPdbFile = getSequence()[pdbfnum].length;
 602       for (int s = 0; s < seqCountForPdbFile; s++)
 603       {
 604         for (StructureMapping mapping : mappings)
 605         {
 606           final SequenceI theSequence = getSequence()[pdbfnum][s];
 607           if (mapping.getSequence() == theSequence
 608                   && alignment.findIndex(theSequence) > -1)
 609           {
 610             if (refStructure < 0)
 611             {
 612               refStructure = pdbfnum;
 613             }
 614             for (int r = 0; r < alignment.getWidth(); r++)
 615             {
 616               if (!matched.get(r))
 617               {
 618                 continue;
 619               }
 620               int pos = getMappedPosition(theSequence, r, mapping);
 621               if (pos < 1 || pos == lastPos)
 622               {
 623                 matched.clear(r);
 624                 continue;
 625               }
 626               lastPos = pos;
 627               structures[pdbfnum].pdbResNo[r] = pos;
 628             }
 629             String chain = mapping.getChain();
 630             if (chain != null && chain.trim().length() > 0)
 631             {
 632               structures[pdbfnum].chain = chain;
 633             }
 634             structures[pdbfnum].pdbId = mapping.getPdbId();
 635             structures[pdbfnum].isRna = theSequence.getRNA() != null;
 636
 637             /*
 638              * move on to next pdb file (ignore sequences for other chains
 639              * for the same structure)
 640              */
 641             s = seqCountForPdbFile;
 642             break;
 643           }
 644         }
 645       }
 646     }
 647     return refStructure;
 648   }
 649
 650   /**
 651    * Returns true if the structure viewer has loaded all of the files of
 652    * interest (identified by the file mapping having been set up), or false if
 653    * any are still not loaded after a timeout interval.
 654    *
 655    * @param files
 656    */
 657   protected boolean waitForFileLoad(String[] files)
 658   {
 659     /*
 660      * give up after 10 secs plus 1 sec per file
 661      */
 662     long starttime = System.currentTimeMillis();
 663     long endTime = 10000 + 1000 * files.length + starttime;
 664     String notLoaded = null;
 665
 666     boolean waiting = true;
 667     while (waiting && System.currentTimeMillis() < endTime)
 668     {
 669       waiting = false;
 670       for (String file : files)
 671       {
 672         notLoaded = file;
 673         if (file == null)
 674         {
 675           continue;
 676         }
 677         try
 678         {
 679           StructureMapping[] sm = getSsm().getMapping(file);
 680           if (sm == null || sm.length == 0)
 681           {
 682             waiting = true;
 683           }
 684         } catch (Throwable x)
 685         {
 686           waiting = true;
 687         }
 688       }
 689     }
 690
 691     if (waiting)
 692     {
 693       System.err.println(
 694               "Timed out waiting for structure viewer to load file "
 695                       + notLoaded);
 696       return false;
 697     }
 698     return true;
 699   }
 700
 701   @Override
 702   public boolean isListeningFor(SequenceI seq)
 703   {
 704     if (sequence != null)
 705     {
 706       for (SequenceI[] seqs : sequence)
 707       {
 708         if (seqs != null)
 709         {
 710           for (SequenceI s : seqs)
 711           {
 712             if (s == seq || (s.getDatasetSequence() != null
 713                     && s.getDatasetSequence() == seq.getDatasetSequence()))
 714             {
 715               return true;
 716             }
 717           }
 718         }
 719       }
 720     }
 721     return false;
 722   }
 723
 724   public boolean isFinishedInit()
 725   {
 726     return finishedInit;
 727   }
 728
 729   public void setFinishedInit(boolean fi)
 730   {
 731     this.finishedInit = fi;
 732   }
 733
 734   /**
 735    * Returns a list of chains mapped in this viewer.
 736    *
 737    * @return
 738    */
 739   public abstract List<String> getChainNames();
 740
 741   /**
 742    * Returns the Jalview panel hosting the structure viewer (if any)
 743    *
 744    * @return
 745    */
 746   public JalviewStructureDisplayI getViewer()
 747   {
 748     return null;
 749   }
 750
 751   public abstract void setJalviewColourScheme(ColourSchemeI cs);
 752
 753   /**
 754    * Constructs and sends a command to align structures against a reference
 755    * structure, based on one or more sequence alignments. May optionally return
 756    * an error or warning message for the alignment command.
 757    *
 758    * @param alignments
 759    *          an array of alignments to process
 760    * @param structureIndices
 761    *          an array of corresponding reference structures (index into pdb
 762    *          file array); if a negative value is passed, the first PDB file
 763    *          mapped to an alignment sequence is used as the reference for
 764    *          superposition
 765    * @param hiddenCols
 766    *          an array of corresponding hidden columns for each alignment
 767    * @return
 768    */
 769   public abstract String superposeStructures(AlignmentI[] alignments,
 770           int[] structureIndices, HiddenColumns[] hiddenCols);
 771
 772   public abstract void setBackgroundColour(Color col);
 773
 774   protected abstract StructureMappingcommandSet[] getColourBySequenceCommands(
 775           String[] files, SequenceRenderer sr, AlignmentViewPanel avp);
 776
 777   /**
 778    * returns the current sequenceRenderer that should be used to colour the
 779    * structures
 780    *
 781    * @param alignment
 782    *
 783    * @return
 784    */
 785   public abstract SequenceRenderer getSequenceRenderer(
 786           AlignmentViewPanel alignment);
 787
 788   protected abstract void colourBySequence(
 789           StructureMappingcommandSet[] colourBySequenceCommands);
 790
 791   public abstract void colourByChain();
 792
 793   public abstract void colourByCharge();
 794
 795   /**
 796    * colour any structures associated with sequences in the given alignment
 797    * using the getFeatureRenderer() and getSequenceRenderer() renderers but only
 798    * if colourBySequence is enabled.
 799    */
 800   public void colourBySequence(AlignmentViewPanel alignmentv)
 801   {
 802     if (!colourBySequence || !isLoadingFinished())
 803     {
 804       return;
 805     }
 806     if (getSsm() == null)
 807     {
 808       return;
 809     }
 810     String[] files = getStructureFiles();
 811
 812     SequenceRenderer sr = getSequenceRenderer(alignmentv);
 813
 814     StructureMappingcommandSet[] colourBySequenceCommands = getColourBySequenceCommands(
 815             files, sr, alignmentv);
 816     colourBySequence(colourBySequenceCommands);
 817   }
 818
 819   public boolean hasFileLoadingError()
 820   {
 821     return fileLoadingError != null && fileLoadingError.length() > 0;
 822   }
 823
 824   public abstract jalview.api.FeatureRenderer getFeatureRenderer(
 825           AlignmentViewPanel alignment);
 826 }