src/jalview/urls/IdentifiersUrlProvider.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
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  11  *
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  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21
  22 package jalview.urls;
  23
  24 import static jalview.util.UrlConstants.DB_ACCESSION;
  25 import static jalview.util.UrlConstants.DELIM;
  26 import static jalview.util.UrlConstants.SEP;
  27
  28 import jalview.util.JSONUtils;
  29 import jalview.util.UrlLink;
  30
  31 import java.io.FileReader;
  32 import java.io.IOException;
  33 import java.util.ArrayList;
  34 import java.util.HashMap;
  35 import java.util.Iterator;
  36 import java.util.List;
  37 import java.util.Map;
  38 import java.util.StringTokenizer;
  39
  40 import org.json.simple.parser.ParseException;
  41
  42 /**
  43  *
  44  * Implements the UrlProviderI interface for a UrlProvider object which serves
  45  * URLs from identifiers.org
  46  *
  47  * @author $author$
  48  * @version $Revision$
  49  */
  50 public class IdentifiersUrlProvider extends UrlProviderImpl
  51 {
  52
  53   private static final String LOCAL_KEY = "Local";
  54
  55   private static final String ID_ORG_KEY = "identifiers.org";
  56
  57   // map of string ids to urls
  58   private HashMap<String, UrlLink> urls;
  59
  60   // list of selected urls
  61   private ArrayList<String> selectedUrls;
  62
  63   public IdentifiersUrlProvider(String cachedUrlList)
  64   {
  65     urls = readIdentifiers(IdOrgSettings.getDownloadLocation());
  66     selectedUrls = new ArrayList<>();
  67     checkSelectionMatchesUrls(cachedUrlList);
  68   }
  69
  70   /**
  71    * Read data from an identifiers.org download file
  72    *
  73    * @param idFileName
  74    *          name of identifiers.org download file
  75    * @return hashmap of identifiers.org data, keyed by MIRIAM id
  76    */
  77   @SuppressWarnings("unchecked")
  78   private HashMap<String, UrlLink> readIdentifiers(String idFileName)
  79   {
  80     // identifiers.org data
  81     HashMap<String, UrlLink> idData = new HashMap<>();
  82
  83     String errorMessage = null;
  84     try
  85     {
  86       // NOTE: THIS WILL FAIL IN SWINGJS BECAUSE IT INVOLVES A FILE READER
  87
  88       FileReader reader = new FileReader(idFileName);
  89       String key = "";
  90       Map<String, Object> obj = (Map<String, Object>) JSONUtils
  91               .parse(reader);
  92       if (obj.containsKey(ID_ORG_KEY))
  93       {
  94         key = ID_ORG_KEY;
  95       }
  96       else if (obj.containsKey(LOCAL_KEY))
  97       {
  98         key = LOCAL_KEY;
  99       }
 100       else
 101       {
 102         System.out.println(
 103                 "Unexpected key returned from identifiers jalview service");
 104         return idData;
 105       }
 106
 107       List<Object> jsonarray = (List<Object>) obj.get(key);
 108
 109       // loop over each entry in JSON array and build HashMap entry
 110       for (int i = 0; i < jsonarray.size(); i++)
 111       {
 112         Map<String, Object> item = (Map<String, Object>) jsonarray.get(i);
 113
 114         String url = (String) item.get("url") + "/" + DELIM + DB_ACCESSION
 115                 + DELIM;
 116         UrlLink link = new UrlLink((String) item.get("name"), url,
 117                 (String) item.get("prefix"));
 118         idData.put((String) item.get("id"), link);
 119       }
 120     } catch (IOException | ParseException e)
 121     {
 122       // unnecessary e.printStackTrace();
 123       // Note how in JavaScript we can grab the first bytes from any file
 124       // reader.
 125       // Typical report here is "NetworkError" because the file does not exist.
 126       // "https://." is coming from System.getProperty("user.home"), but this
 127       // could
 128       // be set by the page developer to anything, of course.
 129       errorMessage = e.toString();
 130       idData.clear();
 131     }
 132     // BH 2018 -- added more valuable report
 133     if (errorMessage != null)
 134     {
 135       System.err.println("IdentifiersUrlProvider: cannot read " + idFileName
 136               + ": " + errorMessage);
 137     }
 138     return idData;
 139   }
 140
 141   private void checkSelectionMatchesUrls(String cachedUrlList)
 142   {
 143     StringTokenizer st = new StringTokenizer(cachedUrlList, SEP);
 144     while (st.hasMoreElements())
 145     {
 146       String id = st.nextToken();
 147
 148       if (isMiriamId(id))
 149       {
 150         // this is an identifiers.org MIRIAM id
 151         if (urls.containsKey(id))
 152         {
 153           selectedUrls.add(id);
 154         }
 155       }
 156     }
 157
 158     // reset defaultUrl in case it is no longer selected
 159     setPrimaryUrl(primaryUrl);
 160   }
 161
 162   @Override
 163   public boolean setPrimaryUrl(String id)
 164   {
 165     if (urls.containsKey(id))
 166     {
 167       primaryUrl = id;
 168     }
 169     else
 170     {
 171       primaryUrl = null;
 172     }
 173
 174     return urls.containsKey(id);
 175   }
 176
 177   @Override
 178   public String writeUrlsAsString(boolean selected)
 179   {
 180     if (!selected)
 181     {
 182       return ""; // we don't cache unselected identifiers.org urls
 183     }
 184
 185     StringBuffer links = new StringBuffer();
 186     if (!selectedUrls.isEmpty())
 187     {
 188       for (String k : selectedUrls)
 189       {
 190         links.append(k);
 191         links.append(SEP);
 192       }
 193       // remove last SEP
 194       links.setLength(links.length() - 1);
 195     }
 196     return links.toString();
 197   }
 198
 199   @Override
 200   public List<String> getLinksForMenu()
 201   {
 202     List<String> links = new ArrayList<>();
 203     for (String key : selectedUrls)
 204     {
 205       links.add(urls.get(key).toStringWithTarget());
 206     }
 207     return links;
 208   }
 209
 210   @Override
 211   public List<UrlLinkDisplay> getLinksForTable()
 212   {
 213     return super.getLinksForTable(urls, selectedUrls, false);
 214   }
 215
 216   @Override
 217   public void setUrlData(List<UrlLinkDisplay> links)
 218   {
 219     selectedUrls = new ArrayList<>();
 220
 221     Iterator<UrlLinkDisplay> it = links.iterator();
 222     while (it.hasNext())
 223     {
 224       UrlLinkDisplay link = it.next();
 225
 226       // Handle links with MIRIAM ids only
 227       if (isMiriamId(link.getId()))
 228       {
 229         // select/deselect links accordingly and set default url
 230         if (urls.containsKey(link.getId()))
 231         {
 232           if (link.getIsSelected())
 233           {
 234             selectedUrls.add(link.getId());
 235           }
 236           if (link.getIsPrimary())
 237           {
 238             setPrimaryUrl(link.getId());
 239           }
 240         }
 241       }
 242     }
 243   }
 244
 245   @Override
 246   public String getPrimaryUrl(String seqid)
 247   {
 248     return super.getPrimaryUrl(seqid, urls);
 249   }
 250
 251   @Override
 252   public String getPrimaryUrlId()
 253   {
 254     return primaryUrl;
 255   }
 256
 257   @Override
 258   public String getPrimaryTarget(String seqid)
 259   {
 260     return null;
 261   }
 262
 263   @Override
 264   public String choosePrimaryUrl()
 265   {
 266     return null;
 267   }
 268
 269   @Override
 270   public boolean contains(String id)
 271   {
 272     return (urls.containsKey(id));
 273   }
 274 }