src/jalview/util/ArgParserUtils.java

   1 package jalview.util;
   2
   3 import java.util.ArrayList;
   4 import java.util.HashMap;
   5 import java.util.HashSet;
   6 import java.util.List;
   7 import java.util.Locale;
   8 import java.util.Map;
   9 import java.util.Set;
  10
  11 import jalview.bin.Cache;
  12 import jalview.bin.argparser.Arg;
  13 import jalview.io.FileFormatI;
  14 import jalview.io.FileFormats;
  15
  16 public class ArgParserUtils
  17 {
  18   private static Set<String> alignmentExtensions = null;
  19
  20   private static Set<String> annotationsExtensions = null;
  21
  22   private static Set<String> featuresExtensions = null;
  23
  24   private static Set<String> treeExtensions = null;
  25
  26   public static void preProcessArgs(List<String> filenames)
  27   {
  28     // Running through the arguments to look for '-arg' or '--arg' should
  29     // already have happened, not doing it again.
  30     if (alignmentExtensions == null)
  31     {
  32       setValidExtensions();
  33     }
  34
  35     Set<String> filesSet = new HashSet<>(filenames);
  36
  37     List<Arg> argSet = new ArrayList<>();
  38     argSet.add(Arg.ANNOTATIONS);
  39     argSet.add(Arg.FEATURES);
  40     argSet.add(Arg.TREE);
  41
  42     Map<Arg, Set<String>> argExtensionsMap = new HashMap<>();
  43     argExtensionsMap.put(Arg.ANNOTATIONS, annotationsExtensions);
  44     argExtensionsMap.put(Arg.FEATURES, featuresExtensions);
  45     argExtensionsMap.put(Arg.TREE, treeExtensions);
  46
  47     Map<String, BaseInfo> baseInfoMap = new HashMap<>();
  48
  49     // we make a copy to run through, and delete associated filenames from the
  50     // original
  51     final List<String> filenamesCopy = new ArrayList<>(filenames);
  52     for (String filename : filenamesCopy)
  53     {
  54       if (filename == null)
  55       {
  56         continue;
  57       }
  58       String ext = FileUtils.getExtension(filename);
  59       if (ext != null && ext.length() > 0
  60               && alignmentExtensions.contains(ext))
  61       {
  62         BaseInfo bi = new BaseInfo(filename);
  63
  64         // this includes the dot at the end of the basename
  65         String base = FileUtils.getBase(filename);
  66
  67         for (Arg arg : argSet)
  68         {
  69           for (String possibleExt : argExtensionsMap.get(arg))
  70           {
  71             String possibleFile = base + possibleExt;
  72             if (filesSet.contains(possibleFile))
  73             {
  74               bi.putAssociatedFile(arg, possibleFile);
  75               filenames.remove(possibleFile);
  76               break;
  77             }
  78           }
  79         }
  80
  81         baseInfoMap.put(filename, bi);
  82       }
  83     }
  84
  85     // now we go through the saved associated files and add them back in to the
  86     // right places with the appropriate argument
  87     for (String filename : baseInfoMap.keySet())
  88     {
  89       BaseInfo bi = baseInfoMap.get(filename);
  90
  91       int pos = filenames.indexOf(filename);
  92       if (bi.associatedFiles != null)
  93       {
  94         for (Arg a : bi.associatedFiles.keySet())
  95         {
  96           String associatedFile = bi.associatedFiles.get(a);
  97           if (associatedFile == null)
  98           {
  99             // shouldn't happen!
 100             continue;
 101           }
 102           filenames.add(pos + 1, a.argString());
 103           filenames.add(pos + 2, associatedFile);
 104         }
 105       }
 106       // add an --open arg to separate from other files
 107       filenames.add(pos, Arg.OPEN.argString());
 108     }
 109   }
 110
 111   private static void setValidExtensions()
 112   {
 113     alignmentExtensions = new HashSet<>();
 114     FileFormats ffs = FileFormats.getInstance();
 115     List<String> validFormats = ffs.getReadableFormats();
 116
 117     for (String fname : validFormats)
 118     {
 119       FileFormatI tff = ffs.forName(fname);
 120       String[] extensions = tff.getExtensions().split(",");
 121       for (String ext : extensions)
 122       {
 123         alignmentExtensions.add(ext.toLowerCase(Locale.ROOT));
 124       }
 125     }
 126
 127     annotationsExtensions = new HashSet<>();
 128     for (String ext : Cache
 129             .getDefault("ARGPREPROCESSORANNOTATIONSEXTENSIONS",
 130                     "annotation,annotations")
 131             .split(","))
 132     {
 133       annotationsExtensions.add(ext);
 134     }
 135
 136     featuresExtensions = new HashSet<>();
 137     for (String ext : Cache.getDefault("ARGPREPROCESSORFEATURESEXTENSIONS",
 138             "feature,features").split(","))
 139     {
 140       featuresExtensions.add(ext);
 141     }
 142
 143     treeExtensions = new HashSet<>();
 144     for (String ext : Cache.getDefault("ARGPREPROCESSORTREEEXTENSIONS",
 145             "tree,tre,newick,nwk").split(","))
 146     {
 147       treeExtensions.add(ext);
 148     }
 149   }
 150 }
 151
 152 class BaseInfo
 153 {
 154   String filename;
 155
 156   Map<Arg, String> associatedFiles = null;
 157
 158   BaseInfo(String filename)
 159   {
 160     this.filename = filename;
 161   }
 162
 163   void putAssociatedFile(Arg a, String file)
 164   {
 165     if (associatedFiles == null)
 166     {
 167       associatedFiles = new HashMap<>();
 168     }
 169     associatedFiles.put(a, file);
 170   }
 171 }